재개발로 취득한 신축주택 양도 관련 1세대1주택 장기보유특별공제 적용을 위한 2년 거주요건 판단시 종전주택 거주기간과 신축주택 거주기간을 통산할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1988.8.20. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 2년 이상 거주한 후 기존주택이 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발정비사업을 통해 2006.12.27. 관리처분계획 인가됨에 따라 청산금 OOO원을 추가납부하고 서울특별시 서초구 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(2010.10.29. 준공)하였다.
• 나. 청구인은 2020.10.30. 신축주택을 OOO원에 양도한 후 양도소득세 예정신고를 하면서 1세대 1주택 고가주택 비과세를 적용하고 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율(10년, 최대 80%, 이하 “쟁점[표2]의 특별공제율”이라 한다)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 기존주택에서는 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 거주한 사실이 없으므로 신축주택에 대한 청산금 납부분 양도차익에 대해서는 쟁점[표2]의 특별공제율이 아닌 소득세법 제95조 제2항 [표1]의 장기보유일반공제율(15년, 최대 30%, 이하 “쟁점[표1]의 일반공제율”이라 한다)을 적용하여야 하는 것으로 보아, 기존주택의 양도차익에 대해서는 쟁점[표2]의 특별공제율을, 청산금 납부분 양도차익에 대해서는 쟁점[표1]의 일반공제율을 각 적용하여 2023.9.15. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.12.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제95조 제1항 에서 규정하는 양도소득금액은 ‘양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공제를 공제한 금액’이고, 장기보유특별공제율은 같은 법 제95조 제2항에서 ‘다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 [표2]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다’고 규정하고 있으며, 하단의 ‘거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다’는 요건은 2020.8.18. 법 제17477호로 개정된 법률에서 추가된 것이므로 해당 개정 법률에서 ‘거주기간 요건’이 신설된 것으로 보아야 한다. 2020.8.18. 법 제17477호로 개정된 소득세법 부칙 제1조에 의하면 개정된 소득세법의 시행일은 2021.1.1.이고, 제2조에 의하면 이 법 중 양도소득에 관한 규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 2020.10.29. 양도한 신축주택의 경우 거주기간에 따른 장기보유특별공제 재계산의 불이익을 받아서는 안된다. 한편, 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 소득세법 시행령 제159조의3 은 ‘법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.’고 규정하고 있으나, 이는 거주기간 요건을 법률에 규정하지 않고 시행령에만 규정하고 있으므로 위법하고, 청산금 납부분 양도차익에 대하 장기보유특별공제 적용방법에 대하여 기존주택에서는 2년 이상 거주했으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에는 청산금납부분 양도차익에 대해 쟁점[표2]의 특별공제율을 적용하지 아니하는 것이라는 국세청 예규(기준-2-2—법령해석재산-0078, 2020.4.3.) 또한 법에 근거하지 않은 것으로 위법하다. 처분청은 쟁점[표2]의 특별공제율은 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 양도차익이 발생한 경우에 적용받을 수 있는 것으로 1세대 1주택의 요건을 시행령에 위임하고 있고, 같은 법 시행령 제159조의3에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있으므로 청산금 납부분 양도차익에 대하여는 쟁점[표1]의 일반공제율 30%를 적용하여야 한다는 의견이나, 앞서 본 바와 같이 2020.8.18. 법 제17477호로 개정된 소득세법 부칙 제1조에 의하면 개정된 소득세법의 시행일은 2021.1.1.이고, 제2조에 의하면 이 법 중 양도소득에 관한 규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 위 시행령에 따라 거주요건을 적용한 것은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항 단서는 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 쟁점[표2]의 특별공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 한다’고 규정하고 있고, 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되어 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 소득세법 시행령 제159조의3 은 ‘법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있다. 청구인은 신축주택에서 거주하지 않은 것으로 확인되므로 청산금 납부분 양도차익에 대하여는 쟁점[표1]의 일반공제율 30%를 적용하여야 한다. 2018.9.13. 부동산대책에 따른 후속조치로 소득세법 시행령 이 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되면서 주택 실수요 요건 강화를 위하여 장기보유특별공제 중 1세대 1주택 특례규정(공제율 24∼80%)에 거주요건을 신설하여 2년 이상 거주하지 않은 경우에는 1세대 1주택 특례규정의 적용대상에서 제외하고, 쟁점[표1]의 일반공제율 (최대 30%)만 적용되도록 하였다. 재건축으로 완공된 신축주택에서 거주하지 아니한 경우 장기보유특별공제율 적용과 관련하여 국세청에서는 ‘기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에도 소득세법 제95조 제2항 쟁점[표2]의 특별공제율 을 적용하는 것입니다. 다만, 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금납부분 양도차익에 대해서는 소득세법 제95조 제2항 쟁점[표2]의 특별공제율 을 적용하지 아니하는 것입니다.’라고 해석(서면-2021-부동산-1042, 2021.3.11.)하였다. 이와 같은 해석은 소득세법 시행령 제166조[양도소득금액]에서 규정한 청산금을 납부한 경우 신축주택의 양도차익 산식에 따라 계산한 ‘기존건물분 양도차익(관리처분 인가전 양도차익+관리처분 인가후 양도차익 중 기존건물과 부수토지의 평가액에 대한 차익)’에 대하여는 신축주택에 미거주한 경우라도 불이익 없이 쟁점[표2]의 특별공제율 을 적용할 수 있도록 해석한 것이고, 그와 반대로 청산금 납부분 양도차익(관리처분 인가후 양도차익 중 납부한 청산금에 대한 차익)]에 하여는 신축주택에서 미거주한 경우 거주요건 미충족으로 보아 쟁점[표1]의 일반공제율 을 적용하도록 해석함으로써 재건축 주택의 양도차익에 따라 적용할 장기보유특별공제율에 대한 구체적인 방법을 제시한 것이다. 따라서 기존주택분 양도차익에 대해서는 쟁점[표2]의 특별공제율을 적용하고, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 쟁점[표1]의 일반공제율을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 1세대 1주택에 대한 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 거주기간 2년 이상을 계산함에 있어 기존주택의 거주기간을 신축주택의 거주기간으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1988.8.20. 기존주택을 취득하여 2년 이상 거주한 후 기존주택이 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발정비사업을 통해 2006.12.27. 관리처분계획 인가됨에 따라 청산금 OOO원을 추가납부하고 신축주택을 취득(2010.10.29. 준공)하였다가 2020.10.30. 이를 OOO원에 양도하였다. (2) 양도소득세 경정내역은 <표1> 기재와 같은바, 처분청은 기존주택 양도차익에 대해서는 소득세법 제95조 제2항의 쟁점[표2]의 특별공제율을, 청산금 납부분 양도차익에 대하여는 쟁점[표1]의 일반공제율을 적용한 것으로 확인된다. 표1> 양도소득세 신고ㆍ경정내역 ㅇㅇㅇ

(3) 청구인의 주민등록초본에 의하면 청구인 세대는 기존주택에 1998.10.20. 전입하여 6년 4개월간 거주하다가 2005.3.3. 전출하였고, 청산금 납부분 양도차익 보유기간 산정기준일인 관리처분계획인가일(2006.12.27.)부터 양도일(2020.10.29.)까지 신축주택에 거주한 이력은 없는 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 1세대 1주택에 대한 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 거주기간 2년 이상을 계산함에 있어 기존주택의 거주기간을 신축주택의 거주기간으로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 제95조 제1항 에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 정하고 있고, 같은 조 제2항 단서에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 자산에 대하여는 쟁점[표2]의 특별공제율을 적용하도록 정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의3에서는 쟁점[표2]의 특별공제율이 적용되는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제166조 제2항에서 재개발ㆍ재건축 사업의 조합원이 조합에 기존주택을 제공하고 청산금을 납부한 후 취득한 신축주택을 양도하는 경우 양도차익은 청산금 납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 청산금 납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분 계획 인가일부터 신축주택의 양도일까지의 기간을 적용한다고 규정하고 있으며, 국세청 부동산납세과에서 작성한 ‘9.13.대책 후속 소득세법 시행령 개정(대통령령 제29242호, 2018.10.23.)’에 따르면 소득세법 시행령 제159조 의 3의 개정취지에 대하여 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 2년 이상 거주하는 경우 쟁점[표2]의 특별공제율을 적용하는 것으로 1세대 1주택자의 장기보유특별공제요건을 강화하였다고 밝히고 있다. 이상의 관련 법령 등에 따르면 신축주택에서 2년 이상 거주하여야 청산금 납부분에 대해 쟁점[표2]의 특별공제율을 적용받을 수 있는데, 청구인은 신축주택에서는 거주하지 아니한 것으로 확인되므로 처분청이 신축주택의 청산금 납부분 양도차익에 대하여 쟁점[표1]의 일반공제율을 적용하여 청구인에게 양도소득세 등을 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2022전1957, 2022.12.7., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법 제16834호로 개정된 것) 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호생략)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(괄호 생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> <표2> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 8 4년 이상 5년 미만 100분의 32 중 략 5년 이상 6년 미만 100분의 40 11년 이상 12년 미만 100분의 22 6년 이상 7년 미만 100분의 48 12년 이상 13년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 56 13년 이상 14년 미만 100분의 26 8년 이상 9년 미만 100분의 64 14년 이상 15년 미만 100분의 28 9년 이상 10년 미만 100분의 72 15년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80

(2) 소득세법(2020.12.29. 법 제17477호로 개정된 것) 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조 제1항 제1호부터 제4호까지 및 같은 조 제7항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2021년 6월 1일부터 시행한다. (3) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정된 것) 제154조[1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 제159조의3[장기보유특별공제] 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. ※ 부칙 <제29242호,2018.10.23> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 제166조[양도차익의 산정 등] ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간