[요지] 미환류소득과 관련한 기업소득 산정시 이월결손금 재차 공제가 가능하다는 규정이 없고, 개정 규정 역시 이월결손금 재차공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보임
[요지] 미환류소득과 관련한 기업소득 산정시 이월결손금 재차 공제가 가능하다는 규정이 없고, 개정 규정 역시 이월결손금 재차공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보임
[참조결정] 조심2015서3701 / 조심2023서7720
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이미 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에서 재차 차감할 수 있다. (가) 청구법인이 2020사업연도 및 2021사업연도 법인세를 신고할 당시 미환류소득에 대한 법인세 관련 규정상 기업소득 계산 시 차감하는 결손금은 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 중 각 사업연도 법인세 과세표준에서 공제되지 않은 금액 즉, 기초 이월결손금을 의미하며 결손금 재차 차감에 대한 아무런 제재 규정이 없는바, 해당 사업연도 기업소득 산출 시 차감하는 결손금은 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 않은 결손금에 해당한다면 해당 사업연도 이전 기업소득 산출 시 차감되었는지 여부와 관계없이 차감할 수 있는 것이다. 현행 법인세법은 법인세 과세표준 산정 시에는 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 법인세법에 따라 신고한 결손금은 각 사업연도 소득금액에서 공제하도록 규정하고 있으며, 또한 공제 가능한 결손금은 별도의 규정을 두어 각 사업연도 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 규정하여, 개시일 전에 발생한 결손금이라 할지라도 과세표준 계산 시 이미 공제한 결손금은 재차 차감할 수 없도록 법인세법 제14조 제3항에서 명확히 규정하고 있다. 한편, 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 산출방법을 규정하고 있는 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목을 보면, 기업소득에서 차감하는 결손금은 “법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”으로 규정하여 해당 규정 내에서 차감할 수 있는 결손금을 별도로 규정하고 있지 않고 법인세법상 규정을 준용하도록 하고 있다. 이와 같은 법 체계를 적용하면, 기업소득 계산 시 차감할 수 있는 결손금은 법인세법 제14조 제3항에 따라 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액이기 때문에 당해 사업연도 이전에 기업소득 계산 시 차감했는지 여부는 당기 기업소득 계산에 영향을 미치지 않는다. 만약, 처분청의 의견과 같이 기업소득 계산 시 기 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에 재차 차감할 수 없는 것으로 해석하려면, 관련 규정에 기업소득에서 차감할 수 있는 이월결손금은 “각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 기업소득 산출 시 차감하지 아니한 금액”이라는 전제가 있어야 가능한 것이다. 그러나, 기업소득 산출방법을 규정하고 있는 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목은 이러한 제한 없이 오로지 법인세법상 이월결손금 규정을 준용하도록 하고 있으므로 법을 엄격히 문언해석 하였을 때 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액” 즉, 법인세 과세표준 산정 시 “기초 이월결손금” 전액은 기업소득 산출 시 차감할 수 있는 것이다. 그럼에도 불구하고 처분청은 기획재정부의 새로운 예규인 법인세제과-333, 2022.8.24.(이하 “신규 유권해석”이라 한다)를 근거로 이 건 법인세 부과처분을 한 것은 부당하다. (나) 2020년 시행된 조특법 집행기준 100의32-100의32-3 즉, 투자ㆍ상생협력 촉진세제 적용대상 및 계산방법과 기획재정부의 종전 유권해석으로도 기업소득 계산 시 차감하는 결손금은 “해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 중 각 사업연도 과세표준에서 공제되지 않은 금액” 즉, “기초 이월결손금”을 의미하므로 해당 사업연도 기업소득 산출 시 차감하는 결손금은 전기 기업소득 산출 시 차감되었는지 여부와 관계없이 차감할 수 있는 것이다. 청구법인의 2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 경정청구 및 2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고 시 시행된 조특법 집행기준 100의32-100의32-3은 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 법인세법 제13조 제1호의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 규정하고 있다. 또한, 기획재정부는 2021.8.19. 종전 유권해석을 하였는데 동 유권해석은 위 집행기준과 같은 입장으로 “미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”으로 해석하고 있다. 이러한 집행기준과 종전 유권해석에 따르면 “법인세법에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”의 구체적인 의미는 “해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 중 각 사업연도 과세표준에서 공제되지 않은 금액”으로 이는 해당 사업연도 기초 결손금을 의미하여, 기업소득 산출 시 차감한 결손금을 당해 사업연도 기업소득 산출 시 차감할 수 없다는 제한규정이 없다. 따라서, 2020사업연도 및 2021사업연도 기업소득 산출 시 당해 사업연도 이전에 기업소득 산출 시 결손금으로 차감하였더라도 해당 사업연도에 법인세법상 공제하지 않고 차감할 수 있는 결손금에 해당한다면, 당해 사업연도 기업소득 산출 시 차감할 수 있는 결손금에 해당하는 것임에도 처분청이 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 종전 유권해석을 존중하여 2020사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였고 이에 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아 들여 처분청의 공식 입장을 확인받은 사실이 있음에도 불구하고 이에 반하는 부과처분을 한 것은 국세기본법상 규정된 신의성실의 원칙을 위반한 것이다. 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청의 공적 견해가 있어야 하고(이하 “①요건”이라 한다), 신뢰보호가치가 있어야 하며(이하 “②요건”이라 한다), 신뢰에 기인한 납세자의 조치가 있어야 하고(이하 “③요건”이라 한다), 인과관계가 있어야 하며(이하 “④요건”이라 한다), 선행조치에 반하는 적법한 처분이 존재하여야 한다(이하 “⑤요건”이라 한다). 청구법인은 종전 유권해석을 근거로 2020사업연도 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하여 처분청이 이를 인용하였는데, 이는 “납세자가 생성된 예규에 따라 경정청구를 하였고 과세관청도 납세자의 경정청구가 타당한 것으로 인정하여 경정청구를 받아들이도록 결정하였다면, 이는 신의성실의 원칙의 적용함에 있어서 당해 납세자가 직접 질의하여 회신받은 것이 아니라 할지라도 당해 납세자가 질의하여 회신을 받은 것과 동일한 효과가 있다고 보아 신의성실의 원칙 적용대상이다”는 조세심판원의 선결정례(조심 2015서3701, 2016.5.17.) 취지에 따라 ①요건이 충족되었다 할 것이다. 또한, 청구법인은 기획재정부가 생성한 종전 유권해석과 적법하게 공포된 조특법 집행기준을 신뢰하였고, 청구법인의 행위에 어떤 귀책사유도 존재하지 아니하여 ②요건 및 ③요건도 충족되었다. 인과관계란 과세관청의 공적 견해와 납세자의 신뢰에 기인한 조치 간에는 상당한 인과관계가 있어야 한다는 요건으로, 상대방이 과세관청의 선행조치의 정당성을 믿고 일정한 조치를 한 경우를 의미하는바, 청구법인은 2021년 8월 기획재정부가 생성한 종전 유권해석을 바탕으로 2021년 10월 경정청구를 진행하였으며, 해당 경정청구의 인용으로 과세관청이 미환류소득에 대한 법인세를 환급하였으므로 청구법인은 이 건 쟁점에 대하여 과세관청의 입장을 공식적으로 확인할 수 있게 되었고 이를 신뢰할 수 있게 되었다. 따라서, 청구법인은 종전 유권해석 및 경정청구 환급이라는 과세과청의 공적 견해를 신뢰하고 해당 공적 견해를 바탕으로 경정청구, 미환류소득 법인세 신고 등의 세무적 조치를 하였으므로 ④요건도 충족하였다. 선행조치에 반하는 적법한 처분의 존재란 과세관청이 기왕에 자기가 표명한 공적 견해에 위배되는 처분을 하는 것을 의미하며, 해당 처분은 과세처분뿐만 아니라 환급의 거부, 재산의 압류, 징수유예의 취소 등 납세자에게 경제적으로 불이익을 주는 모든 처분을 포함한다. 처분청은 기획재정부가 2022년 8월 당초 입장을 변경하여 생성한 신규 유권해석을 토대로 청구법인에게 이 건 미환류소득에 대한 법인세 부과처분을 하였는바, 선행조치에 반하는 적법한 처분이 존재하여 ⑤요건도 충족하였다. 따라서, 처분청은 이 건 부과처분을 함에 있어 신의성실의 원칙을 위반하였다.
(1) 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속해서 재차 차감할 수 없다. 투자ㆍ상생협력촉진세제는 기업의 소득을 투자ㆍ임금증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로서, 기업의 소득 중 투자, 임금증가액 등으로 사용하지 아니한 미환류소득이 있는 경우에 그에 대한 법인세를 납부하도록 하고 있다. 이때 미환류소득 산정은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 계산하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 미환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 법인세 과세표준 계산 시에도 전체적으로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하는 것을 방지하고자 이월결손금 공제제도를 두고 있으며, 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 계속해서 재차 공제하고 있지 않다. 이와 같이 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제를 도입한 것은 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 미환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이고, 같은 취지인 법인세 과세표준 계산 시에 재차 공제하지 않고 차감하는 이월결손금과 달리 볼 이유가 없으므로 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제 가능 기간 동안 재차 차감이 가능하다고 볼 수는 없는 것이다. 즉, 미환류소득에서 이월결손금을 공제하도록 한 규정은 결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 미환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 취지인데, 기존 미환류소득 계산 시 이월결손금을 전액 공제하여 환류여력이 충분한 기업에게 재차 이월결손금 공제를 허용한다면 이는 미환류소득 과세제도의 취지에 반하는 것으로서 타당하지 않다. 기획재정부도 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 미환류소득 계산 시 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신(신규 유권해석)한 바 있다. 청구법인은 신규 유권해석이 합병법인에 관한 것이므로 일반법인에게는 적용할 수 없다고 주장하나, 기획재정부는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 달리 미환류소득 계산 시에는 피합병법인 사업의 소득발생 여부와 관계없이 승계받은 이월결손금 전액을 미환류소득에서 공제할 수 있다고 해석(종전 유권해석)함으로써 미환류소득 계산 시 공제하는 이월결손금에 대하여는 합병법인과 일반법인에 차이가 없음을 확인한 바 있다. 그러므로 기획재정부에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 미환류소득 계산 시 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신한 신규 유권해석은 일반 법인에게도 동일하게 적용할 수 있고, 합병법인과 달리 일반법인만 이월결손금을 재차 공제하여 줄 아무런 합리적 사유가 존재하지 않으며 재차 공제를 허용할 경우 미환류소득 제도의 입법취지에도 어긋난다. 청구법인은 기획재정부의 종전 유권해석에서 미환류소득 법인세 산정 시 차감하는 이월결손금은 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 하여 마치 이를 통해 이월결손금의 재차 공제가 허용되는 것처럼 주장하나, 위 유권해석의 내용 중에서 재차 공제를 허용한다는 문언은 어디에도 존재하지 않는다. 청구법인이 제시한 종전 유권해석을 보면, 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금을 “법인세법 제13조 제1호의 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 해석하고 있는바, 이는 법인세법 제13조 제1호에 기재된 이월결손금 문구를 그대로 기재하고 있음을 알 수 있다. 즉, 위 종전 유권해석은 미환류소득 계산 시 공제하는 이월결손금의 범위에 대해 법인세법상 이월결손금에 관한 규정을 기재하며 보충설명하고 있는 것으로서 “각 사업연도의 소득에서 공제한도 등을 적용하지 않은 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액”을 기준으로 기업소득 환류세제를 적용하라는 의미이지 이월결손금의 재차 공제를 허용하는 취지의 해석이 아니다. 따라서, 청구법인이 이미 차감한 이월결손금을 이후 사업연도인 2020사업연도 및 2021사업연도에 재차 차감하여 미환류소득을 과소신고하였다고 보아 처분청이 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) 처분청은 이 건 법인세 부과처분을 함에 있어서 신의성실의 원칙을 위반하지 않았다. 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합된다는 특별한 사정이 있어야 할 것이다. 그러나, 이 건 처분의 경우 이월결손금 재차 차감 가능 여부에 관한 신규 유권해석이 발생하기 이전에 이러한 취지의 유권해석이 존재하지 아니하였음에도 청구법인이 재차 차감 여부와 아무 관련 없는 종전 유권해석을 잘못 해석하여 신고한 것이 그 원인으로서, 이는 청구법인의 귀책사유인 것이지 과세관청이 청구법인에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해를 표명하였다거나, 처분청이 해당 견해표명에 반하는 처분을 하여 청구법인의 이익이 침해된 사실이 없으며, 타 법인과 형평성에 어긋날 정도로 합법성의 원칙을 희생하여야 할 합리적인 사유가 있지 않으므로 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다. 또한, 청구법인이 경정청구를 제기하여 환급받은 법인세를 감사결과 다시 부과하였다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어렵고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들여 세액을 환급하였다 하더라도 경정내역에 탈루 또는 오류가 발견된 때에는 국세 부과제척기간이 만료되기 전까지 정당한 세액에 대하여 다시 과세가 가능하므로 처분청이 이 건 처분을 함에 있어서 신의성실의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금의 재차 차감이 가능한지 여부
② 처분청이 이 건 부과처분을 함에 있어 신의성실의 원칙을 위반하였는지 여부
(1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.
(2) 조세특례제한법(2022.1.1. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. (단서 생략)
2. 각 사업연도 종료일 현재 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
(3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 법인세법 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. (단서 생략)
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
(4) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 법인세법 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. (단서 생략).
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
(5) 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)
1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 자본금과 적립금조정명세서(갑) 상 사업연도별 이월결손금은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 이월결손금 내역 (단위: 원) OOO (나) 청구법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산 시 공제한 이월결손금과 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 차감한 이월결손금은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 각 사업연도 법인세 및 미환류소득 법인세 신고 시 차감한 이월결손금 (단위: 원) OOO (다) 조사청의 감사지적에 따라 처분청이 이월결손금을 다시 반영하여 계산한 미환류소득은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 감사지적 후 처분청의 미환류소득 계산 내역 (단위: 원) OOO (라) 청구법인 및 처분청이 제시한 기획재정부의 유권해석은 아래와 같다. ㅇ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.
• (질의내용) 조세특례제한법 제100조의32의 미환류소득 계산시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 제1안: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 제2안: 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액
• 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. ㅇ 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.
• 조세특례제한법 제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 (1안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 가능 (2안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능 질의의 경우 2안이 타당합니다. (마) 조특법 시행령 제100조의32 제4항은 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되었는데 그 내용은 아래와 같다. ＜개정 전후 조문 내용＞ 개정 전 개정 후 법인세법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금 (합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) ⇒ 법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. ＜간추린 개정세법(기획재정부)의 주요 내용＞
□ 투자ㆍ상생협력촉진세제 ㅇ 투자ㆍ임금증가ㆍ상생 금액이 기업소득의 일정액에 미달 시 20% 세율로 추가과세 기업소득: 각 사업연도 소득+국세환급금 이자 등–법인세액, 법인지방소득세 상당액, 이월결손금 등 ㅇ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제한 결손금 60% 한도적용(법인세법 제13조 제1항) - (법인세액) 해당 사업연도의 법인세액 - (법인지방소득세 상당액)
□ 기업소득 차감항목 명확화 (좌 동) ㅇ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제가능한 결손금 60% 한도 미적용 - (법인세액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액에서 공제감면세액을 차감하고 가산세를 가산한 금액 - (법인지방소득세 상당액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액의 10% (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①과 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2020사업연도 및 2021사업연도 법인세 신고 당시 적용할 미환류소득에 대한 법인세 관련 규정상 기업소득 계산 시 차감하는 결손금은 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 중 각 사업연도 법인세 과세표준에서 공제되지 않은 금액(기초 이월결손금)을 의미하고, 결손금 재차 차감에 대한 아무런 제재 규정이 없으므로 해당 사업연도 기업소득 산출 시 차감하는 결손금은 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 않은 결손금에 해당한다면 해당 사업연도 이전 기업소득 산출 시 차감되었는지 여부와 관계없이 차감할 수 있고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들였다가 다시 이 건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙을 위반한 것이라고 주장하나, 조특법 시행령 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면, 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) 등을 차감하도록 규정하고 있고, 기획재정부의 종전 유권해석에서 “미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 되어 있는바, 위 법령이나 유권해석에서 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정에 있어 이월결손금의 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이나 표현이 존재하지 아니하고, 2022.2.15. 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에 따르면 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것에 불과한 것으로 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이며, 국세기본법 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것으로 규정하고 있으나, 청구법인이 제시한 종전 유권해석은 이월결손금의 재차 공제를 허용한다는 의미로 보이지 않고, 처분청이 이 건 과세에 적용한 신규 유권해석 이전에 이월결손금을 재차 차감(공제)할 수 있다는 명시적인 해석례가 존재하지 않으며, 이와 다른 세무상 관행이 존재한다고도 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2023서7720, 2024.6.4., 외 다수 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.