조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지를 분할·양도한 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-부-6014 선고일 2025.07.31

쟁점토지는 분할 전 전체를 양도하는 한 건의 계약이었으나, 위 계약을 임의로 해제한 뒤 쟁점토지를 분할하여 2개의 계약으로 다시 체결한 점, 매수법인의 자금사정에 의해서 쟁점토지를 분할하여 양도하였다고 보기는 어려워 보이는 점, 쟁점토지 분할 후 양도계약이 체결되기 전에 쟁점토지 지상에 건축허가 신청을 한 것으로 보아 처음부터 쟁점토지 전체에 건물신축 등을 위하여 매수할 계획이었던 것으로 보이는 점, 청구인이 제시한 증거만으로는 과세기간을 달리하여 양도할만한 특별한 사정이 있다고 인정하기 어려워 보이고, 8년 자경감면 한도를 늘리기 위한 목적에서 쟁점토지를 임의분할한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

[이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 제주특별자치도 서귀포시 OOO 전 5,408㎡를 소유하던 중, 이를 같은 리 324-1 2,754㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 같은 리 324-3 2,584㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다), 같은 리 324-4 70㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①·②토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)로 분할하였고, 2022.10.28. 주식회사 A(이하 “매수법인”이라 한다)에게 쟁점①·③토지를 OOO원에, 2022.12.30. 쟁점②토지 및 같은 리 319-1 221㎡ 토지를 OOO원에 각 양도하는 계약(이하 “쟁점토지 분할 후 양도계약”이라 한다)을 체결하였다.
  • 나. 청구인은 쟁점토지 및 제주특별자치도 서귀포시 OOO 221㎡ 토지의 양도와 관련하여 2022년 및 2023년 귀속 양도소득세를 각 신고하면서 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고하였다.
  • 다. 처분청은 ‘쟁점토지에 대한 양도계약이 양도소득세 감면한도를 회피하기 위해 하나의 거래를 형식적으로 나누어 거래하였다’고 보아, 2024.7.12. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.1. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 국세기본법 제14조 제3항 에 따른 실질과세의 원칙이 적용되기 위해서는 청구인에게 부당한 행위가 있어야 한다. 매수법인은 자금이 부족하여 쟁점토지 분할 전 양도계약을 해제하였으나, 건축사업을 진행하기 위하여 대출 등을 통하여 자금을 확보한 뒤, 쟁점토지 분할 후 양도계약의 대금을 지급하였다. 이는 청구인이 아닌 매수법인의 사정에 의하여 쟁점토지를 분할하여 양도한 것이므로 청구인에게는 탈세 목적 내지 부당한 행위가 있다고 볼 수 없고, 부당한 행위가 없다면 실질과세의 원칙을 적용할 수 없으므로 토지를 분할하여 양도한 계약을 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분청의 과세처분은 부당하다.

(2) 처분청의 청구인에 대한 과세처분이 정당하기 위해서는 과세요건사실을 입증하여야 하는데, 처분청은 청구인이 세법적 혜택을 받기 위해서 하나의 거래를 두 개로 나누었다는 사실을 입증하지 않았다. 오히려, 매수법인의 자금사정에 따라 쟁점토지를 분할하여 양도하였다는 사실은 매수법인의 대표이사 A의 사실확인서를 통하여 확인된다. 처분청은 위와 같은 사실확인서가 있는데도 매수법인에 대한 세무조사 없이 청구인의 토지가 분할되어 양도되었다는 사실만으로 청구인에게 과세처분을 하였다. 실질과세의 원칙을 적용하기 위해서는 실질과 형식이 다르다는 입증을 처분청이 하여야 하는데도 이를 하지 않았고, 과세요건사실에 대한 입증도 없으며, 오히려 실질과 형식이 다르지 않다는 청구인의 입증이 있는데도 근거 없이 과세처분을 하였으므로 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 매매와 관련하여 감면한도를 회피하기 위하여 경제적 실질은 연속된 하나의 매매계약인데도 두 개의 매매계약을 체결하였고, 과세기간을 달리하여 부당하게 조세감면의 혜택을 받은 것으로 판단되므로 처분청의 처분은 정당하다. (가) 청구인은 쟁점토지 분할 전 계약(2022.6.13.) 및 쟁점토지 분할 후 계약일(2022.10.28., 2022.12.30.) 직전과 직후인 2022.7.13.과 2022.10.12. 쟁점토지를 나누어 양도하였는데, 쟁점토지 전부를 일괄 양도하지 않고, 쟁점토지를 분할하여 매매계약을 체결하는 등 불편을 감수하면서 양도할 이유는 없다. (나) 쟁점토지 분할 전 계약일(2022.6.13.)과 쟁점토지 분할 후 계약 체결일(2022.10.28., 2022.12.30.)의 시간 차이가 4개월에 불과하여 사실상 하나의 양도계약과 다름없다. 청구인은 매수법인이 자금이 부족하여 두 개의 매매계약서가 체결하였다고 주장하나, 계약체결일 사이에 간격이 짧다는 점에서 1필지였던 쟁점토지를 분할하여 두 개의 매매계약을 체결할 실익이 없다. (다) 매수법인은 2022.10.27. 쟁점토지에 대하여 건축허가를 신청하는 등 쟁점토지 분할 후 계약이 체결되기도 전에 쟁점토지 전체에 대하여 건축허가를 신청하였다. 이는 쟁점토지 분할 전 계약체결 당시에 이미 쟁점토지 전체에 대하여 사실상 매매계약을 체결한 것으로 보인다.

(2) 청구인은 쟁점토지 분할 후 양도계약이 체결되기 약 4개월 전인 2022.6.13. OOO원을 수취하였고, 쟁점토지 분할 후 양도계약상 계약금 지급일에 해당 금액이 지급되지 않는 등 매매계약서 내용과 실지 매매대금 지급 내역이 서로 상이하고, 청구인은 쟁점토지 분할 전 양도계약을 체결하였으나, 매수법인의 자금 사정을 원인으로 잔금이 지급되지 않아 쟁점토지 분할 전 양도계약이 해제되었다고 주장하나, 2022.6.13. 체결된 최초의 매매계약서는 쟁점토지 전체를 하나의 계약서로 계약하였다는 것을 인정하였다는 점에 비추어 보면 실제로 하나의 계약으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지를 분할·양도한 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

  • 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
  • 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

② 제71조에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계가 1억원(이하 이 항에서 "증여세감면한도액"이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 그 감면받을 증여세액과 그 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액을 합친 금액으로 계산한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 제주특별자치도 서귀포시 OOO 전 5,408㎡를 소유하였는데, 2022.7.13. 위 토지 중 2,584㎡를 분할하여 쟁점②토지가 되었고, 2022.10.12. 같은 리 324-1 2,924㎡ 중 70㎡를 분할하여 쟁점③토지가 되었으며, 분할하고 남은 같은 리 324-1 2,754㎡는 쟁점①토지가 되었다. <표1> 쟁점토지 분할내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 2022.6.13. 매수법인에 제주특별자치도 서귀포시 OOO(쟁점토지로 분할되기 전 토지임) 및 같은 리 319-1 221㎡ 토지를 OOO원에 양도하는 계약을 체결(이하 “쟁점토지 분할 전 양도계약”이라 한다)하였으나, 위 계약은 해제되었다. (다) 매수법인은 2022.10.27. 서귀포시장에 건축허가 신청서를 제출하였는데, 쟁점①·②토지를 포함하여 신청하였고, 2022.12월경 서귀포시장으로부터 건축허가 승인을 받았다. (라) 청구인은 2022.10.28. 매수법인에게 쟁점①·③토지를 OOO원에 양도계약하면서, 계약금 OOO원은 계약 당일, 잔금 OOO원은 2022.12.20. 지급받기로 계약(2022.12.20. 잔금을 지급받았음)하였고, 청구인은 2022.12.30. 매수법인에게 쟁점②토지 및 같은 리 319-1 토지를 OOO원에 양도계약하면서, 계약금 OOO원은 계약 당일, 잔금 OOO원은 2023.3.31. 지급받기로 계약(잔금을 2023.3.30. 지급받았음)하였다. (마) 청구인이 제출한 농협계좌 거래내역에 의하여 확인되는 쟁점토지의 매매대금 수령내역은 아래 <표2>와 같고, 쟁점①·③토지 매매대금은 OOO원이나, 실제 수령한 매매대금은 OOO원이며, 쟁점②토지 매매계약서상 총 매매대금은 OOO원이나, 실제 수령한 매매대금은 OOO원으로 나타난다. <표2> 쟁점토지의 매매대금 수령내역 ㅇㅇㅇ * 쟁점②토지의 계약금은 매수법인의 요청으로 2022.6.13. 입금된 OOO원으로 갈음하였다고 청구인은 주장함 (바) 청구인과 매수법인 사이의 쟁점토지에 대한 계약 및 신청내역을 정리하면 아래 <표3>와 같다. <표3> 청구인과 매수법인 사이의 쟁점토지에 관한 계약 및 신청내역 구분 계약체결 (신청)일 대상 매수(신청)인 비고 양도계약 2022.6.13. 쟁점토지 매수법인 계약이 해제됨 건축허가 신청 2022.10.27. 쟁점①·②토지 매수법인 분할 후 양도계약 체결 전 신청임 양도계약 2022.10.28. 쟁점①·③토지 매수법인 양도계약 2022.12.30. 쟁점②토지 매수법인 (사) 청구인은 쟁점①·③토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지 감면을 받아 2022년 귀속 양도소득세 OOO원으로, 쟁점②토지의 양도에 대하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원으로 각 신고하였으나, 처분청은 2024.7.12. 청구인에게 ‘쟁점토지에 관하여 두 개의 양도계약이 아닌 하나의 거래로 보아야 한다’는 이유로 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. <표4> 청구인에 대한 2023년 귀속 양도소득세 경정결의서 ㅇㅇㅇ (아) 매수법인의 대표이사인 A은 2024.7.16. ‘제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지를 분할하여 매수한 이유는 토지 전체를 매수할 자금이 없었던 것이었고, 쟁점토지를 매수하기 전에 건축허가 신청서를 제출한 이유는 PF대출을 위한 것이었다’는 내용의 사실확인서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 매수법인의 자금사정에 의해 쟁점토지를 분할하여 양도한 것이므로 이를 하나의 거래로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점토지는 분할 전 전체를 양도하는 한 건의 계약이었으나, 위 계약을 임의로 해제한 뒤 쟁점토지를 분할하여 2개의 계약으로 다시 체결한 점, 해제된 계약과 쟁점토지 분할 후 계약일은 4개월의 차이가 나고, 분할 후 양도계약 사이에 2개월의 차이가 나는 등 짧은 시간 내에 이루어져 매수법인의 자금사정에 의해서 쟁점토지를 분할하여 양도하였다고 보기는 어려워 보이는 점, 쟁점토지 분할 후 양도계약이 체결되기 전에 매수법인이 쟁점토지 지상에 건축허가 신청을 한 것으로 보아 매수법인은 처음부터 쟁점토지 전체에 건물신축 등을 위하여 매수할 계획이었던 것으로 보이는 점, 청구인이 제시한 증거만으로는 과세기간을 달리하여 양도할만한 특별한 사정이 있다고 인정하기 어려워 보이고, 8년 자경감면 한도를 늘리기 위한 목적에서 쟁점토지를 임의분할한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다

원본 출처 (국세법령정보시스템)