청구인이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점주택의 처분일을 기준으로 3년 이상 쟁점교회의 고유목적사업에 직접 사용되었음이 충분히 객관적으로 입증되었다고 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못 없음
청구인이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점주택의 처분일을 기준으로 3년 이상 쟁점교회의 고유목적사업에 직접 사용되었음이 충분히 객관적으로 입증되었다고 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못 없음
(1) 쟁점주택은 재개발로 멸실되기 전까지 쟁점교회 및 사단법인 OOO 산하 교회들이 교육관 및 종교시설로 사용되었는데, 청구인은 쟁점교회의 담임목사인 동시에 그 상위단체인 OOO 총회의 총회장으로 총회 소속의 교회들을 대표하고, 소속교회들의 목회활동을 총괄하여 후원하는 역할을 맡고 있다.
(2) 각각의 종교사단법인에 소속되어 있는 종교단체들은 그 단체범위 아래에서 종교라는 특수성으로 인해 강한 유대감을 바탕으로 인적·물적 교류가 활발하고 그 특수성 및 폐쇄성으로 인해 집단 내에서의 상호의존성이 강한바, 청구인이 담임목사로 있는 쟁점교회가 소유하고 있었던 쟁점주택은 총회 산하 여러 교회들이 선교목적으로 사용되었고, 쟁점주택의 양도금액인 쟁점금액 역시 총회 산하 여러 교회들의 선교활동 지원비 및 교회나 기도원의 증축, 신축에 사용되었다.
(3) 기존주택을 증여로 취득할 때의 취득세와 재개발 후 취득한 쟁점주택에 대한 취득세에 대하여 관할 구청으로부터 종교활동에 사용한 점을 인정받아 세액을 면제받았고, 관할 구청은 취득 당시에 종교시설로 신청한 내용을 인정하여 취득세를 감면해준 후 매년 주기적으로 쟁점주택을 방문하여 종교활동을 하고 있는 지 점검하였다.
(4) 또한 2018.3.28. 기존주택이 재개발로 멸실되기 전까지 타인에 대한 임대가 있었는지에 대하여도 관할 동사무소에 확인한바, 전입내역이 없었던 점으로 보아 (현재는 임차보증금에 대한 대항력을 위해 대부분의 임차인이 확정일자를 받는 현실을 고려하여 보면) 이는 기존주택이 개인의 주거목적이 아닌 선교활동의 용도로 사용되었다는 점을 증명한다고 볼 수 있다.
(1) 청구인은 기존주택이 재개발로 멸실되기 전까지 교회 및 그 외 산하 교회들의 교육관 및 종교시설로 사용하였다고 주장하며 사용사실 확인서 등을 제출하였으나, 그러한 주장만으로 쟁점주택을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로 쟁점주택의 처분이익은법인세법상 과세소득에 해당한다. 또한 설령 청구인이 쟁점주택을 쟁점교회의 고유목적사업에 사용하였다고 주장하여도 “3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용”이라 함은 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 말하는 것이므로, 재개발로 인한 기존주택의 멸실 이후 취득한 쟁점주택의 양도일까지 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 점으로 보아 관련 규정을 적용할 수 없다.
(2) 쟁점교회가 소유하고 있었던 쟁점주택을 양도함에 따라 쟁점교회에게 법인세를 부과하였는데, 이와 관련한 소득처분은 청구인이 증거목록으로 제출한 등기사항전부증명서 및 대표자 증명서를 통해 실질 귀속자가 청구인으로 판단되므로 당초 소득처분은 적법하다.
(3) 청구인은 기존주택을 증여로 취득할 때의 취득세와 재개발 후 취득한 쟁점주택의 취득세에 대하여 세액을 면제받았으므로 법인세도 과세제외 되어야한다는 취지로 주장하나, 취득세와 법인세는 과세관청 및 부과요건 등이 다른 별개의 세목이므로, 취득세가 부과되지 않았다고 하여 법인세도 과세제외 된다고 볼 근거는 없다.
(4) 또한 비영리내국법인이 고유목적으로 사용한 유형자산 등의 처분 수입을 과세대상에서 제외하는 것은 비영리내국법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 이들 법인을 세제상 지원 및 육성하기 위함이다. 이는 일반 영리법인 납세자와 비교할 때 특별한 조세혜택을 부여하는 규정으로, 조세법의 기본원칙인 조세법률주의에 입각하여 그 어떤 법률보다 엄격해석 하여야 함이 타당하다. 청구인은 쟁점교회가 양도한 쟁점주택이법인세법상 과세소득에서 제외되고, 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인에 대한 종합소득세 부과처분을 취소해 달라고 주장하나, 이는 상기와 같이 조세공평의 원칙상 엄격해석이 결여되어 있다.
(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 (2) 법인세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31084호로 개정된 것) 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(3) 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정된 것) 제186조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. (단서 생략)
(4) 지방세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
② 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.
1. bbb(OOO 목사)외 20명이 교회 소속 증명서를 첨부하여 서명·날인한 사용사실 확인서의 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 사용사실 확인서
○○○
2. 기존주택 및 쟁점주택과 관련하여 지방세 세목별 과세증명서에 기재된 취득세 및 재산세의 납부내역은 아래 <표2>·<표3>과 같다. <표2> 취득세 납부내역 (단위: 원)
○○○ <표3> 재산세 납부내역 (단위: 원)
○○○
3. 청구인은 이외에 기존주택과 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서와 쟁점주택의 전입세대확인서 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)법인세법제4조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 유형자산 등의 처분으로 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 유형자산 등으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제3조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 유형자산 등을 해당 유형자산 등의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 말한다고 규정하고 있다. 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 유형자산 등을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 유형자산 등의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 관계 법령의 취지로, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다. (나) 청구인은 쟁점주택이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하여 그 처분수입은 쟁점교회의 법인세 과세대상에서 제외되어야 하므로, 이에 따라 행하여진 소득금액변동통지에 의해 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점주택의 처분일을 기준으로 3년 이상 쟁점교회의 고유목적사업에 직접 사용되었음이 충분히 객관적으로 입증되었다고 보기 어려워 보이는 점, 쟁점주택 등이 고유목적사업에 직접 사용되었다고 하더라도, 쟁점교회가 보유하고 있던 기존주택은 2016.9.1. 재건축조합에 양도된 후 2018.3.28. 멸실되었고, 이후 2020.12.9. 취득한 쟁점주택도 2020.12.28. 양도되었으므로 약 4년 3개월(2016.9.1.∼2020.12.8.)은 고유목적사업에 사용되지 못한 것으로 보이고,법인세법제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에서 불가피하게 사용하지 못한 경우에 대하여는 규정되어 있지 않으므로, 그렇다면 쟁점주택은 처분일 현재 3년 이상 고유목적에 계속 사용하지 아니하여 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 청구인이 쟁점금액을 쟁점교회의 정관에 따른 선교활동 및 교회나 기도원의 증축 비용 등으로 사용하였음에 대한 구체적 증빙(지출결의 내역, 금융증빙 등)이 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점교회의 고유목적사업에 직접 사용된 유형자산 등이 아니라고 보아 해당 처분이익에 대하여 법인세를 부과하고 쟁점금액을 대표자인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.