조세심판원 심판청구 양도소득세

청구인이 매수인과 토지 매매계약을 체결한 구두계약일 당시 쟁점토지가 농지에 해당하였으므로 「조세특례제한법」제69조에 따른 8년 이상 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2024-부-5763 선고일 2025.06.12

청구인은 재조사 과정에서 청구인이 박희준으로부터 1,700백만원을 지급받은 내용이 기재된 금융거래내역 이외 별도의 증빙자료가 없다고 진술하였고, 납세의무자인 청구인이 쟁점구두계약과 관련된 증빙자료를 제출하여 이를 입증하지 못한 이상 쟁점토지에 대한 매매계약서가 작성되고, 각 토지에 대한 소유권이전등기가 경료된 때. 쟁점토지에 대한 매매계약이 체결되었다고 보는 것이 합리적인 점, 매매계약서상 매매계약조건으로 쟁점토지에 대한 형질변경 등을 한다는 내용이 기재되어 있지 않은 것으로 나타나는바, 조특법 시행령 제66조 제5항 제1호에 따라 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2022.4.5. 울산광역시 울주군 OOO 전 1,676㎡, 210-2 도로 138㎡, 210-3 도로 60㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 OOO원에, 2023.1.4. 울산광역시 울주군 OOO 전 277㎡, 210-2 도로 23㎡, 210-3 도로 10㎡, 210-7 전 935㎡, 210-2 도로 77㎡, 210-3 도로 34㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 각 양도하고 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 8년 이상 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
  • 나. 처분청은 2023.10.11.부터 2023.10. 30.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 청구인이 양도한 쟁점토지가 대지개발에 따라 양도 당시에 이미 농지가 아닌 대지로 전환되고 이후 농지로 이용된 내역을 확인할 수 없다는 이유로 감면 적용을 부인하고, 2023.12.14. 청구인에게 양도소득세 합계 OOO원(2022년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2023년 귀속 양도소득세 OOO원)을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.25. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 청구인이 구두 매매계약일이라 주장하는 2020.6.5.에 계약의 실제 존재 여부, 계약 내용 등에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정(조심 OOO, 2024.7.16.)을 하였다.
  • 라. 처분청은 재조사를 실시한 결과 청구인이 주장하는 구두 계약과 관련된 증빙자료의 제출이 없는 이상 이를 인정할 수 없는 것으로 보아 2024.9.23. 청구인에게 당초 처분을 유지하는 취지의 재조사 결과통지를 하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 2020.6.5. 쟁점토지를 포함한 울산광역시 울주군 OOO 전 4,254㎡(이하 “OOO 토지”라 한다) 토지를 양도가액 OOO원에 A에게 이를 양도하기로 한 구두계약(이하 “쟁점구두계약”이라 한다)은 유효한 계약으로, 쟁점토지가 쟁점구두계약일 당시 농지에 해당하였으므로 조특법 시행령 제66조 제5항 제1호 단서에 따라 쟁점토지를 조특법 제69조에 따른 8년 이상 자경 농지에 해당하는 것으로 판단하여야 한다.

(2) 처분청은 매수인 A이 OOO 토지에 대하여 감정평가법인에 의뢰하여 산정한 감정가액과 쟁점구두계약상 양도가액이 차이가 크므로 쟁점구두계약을 인정할 수 없다는 의견이나, OOO 토지의 경우 당시 맹지였으나, 연접한 울산광역시 울주군 OOO 토지에 2020년 7월말경 도로가 개설된 이후 이를 A이 사용할 수 있도록 토지소유자와 구두합의를 한 점을 반영하여 높은 감정평가액이 산정된 것일 뿐이다.

(3) 처분청은 쟁점구두계약에 따른 양도대금 정산 내역이 확인되지 않으므로 쟁점구두계약을 인정할 수 없다는 의견이나, A은 아래 <표1>과 같이 OOO원을 청구인에게 지급하였고, 나머지 잔금 OOO원의 경우 청구인의 아들 및 딸이 A으로부터 토지를 원가에 양도받은 경위로 청구인이 A으로부터 지급받지 않기로 합의하여 쟁점구두계약에 따른 양도대금을 정산하였다. <표1> 쟁점구두계약상 양도대금 정산내역

○○○

(4) 처분청은 OOO 토지가 아닌 쟁점토지만이 A에게 양도된 것으로 확인되므로 쟁점구두계약을 인정할 수 없다는 의견이나, 사실관계는 다음과 같다. (가) OOO 토지 중 일부 면적(100㎡)의 경우 연접한 토지 소유자인 B에게 OOO 토지의 실제 소유자였던 A이 구입원가 OOO원에 양도하게 된 것인데, 이는 OOO 토지에 진입할 수 있는 도로와 접한 울산광역시 울주군 OOO 토지의 소유자 B에게 도로사용승낙을 받는 조건으로 양도한 것이다. (나) OOO 토지 중 일부 면적(924㎡)의 경우 등기사항전부증명서상 청구인이 청구인의 아들 C에게 증여한 것으로 소유권이전등기가 경료되어 있는데, A이 위 토지에서 진행하던 공사를 진행하던 중 이를 C에게 되팔아 달라고 요청하여 OOO원(토지 OOO원 및 건축중인 건물OOO원)에 이를 OOO 에게 양도하기로 구두계약을 하였고, 이에 따라 2021.6.10. C이 A 명의 계좌로 계약금 명목으로 OOO원을 송금한 후 2021.9.24. 위 토지에 대한 소유권이전등기를 경료한 후 금융기관에서 이를 담보로 대출을 실행하여 A 명의의 금융기관 대출금 일부(OOO원)을 대신 변제하였으며, A이 지출하여야 할 시설공사대금 OOO원을 대신 변제하여 정산하였다. (다) OOO 토지 중 일부 면적(1,046㎡)의 경우 A이 A의 배우자 D에게 양도한 토지로 명의상 소유자인 청구인이 2022.11.1. 매매를 원인으로 그 소유권을 D에게 이전하였고, D이 토지 지상에 건물을 완공한 이후 2023.6.7. 이를 담보로 대출을 실행하여 양도대금 OOO원을 A의 금융채무를 대신 변제하는 방식으로 정산하였다. (라) OOO 토지 중 일부 면적(732㎡)의 경우 A에게 소유권이전등기가 경료된 이후 A이 위 토지 지상에서 건물을 건축하던 중 청구인의 딸 F와 사위 E의 요청으로 A에게 사정하여 토지 양도가액 OOO원으로 2022.7.5. F 및 E에게 토지 및 건축중인 건물을 함께 양도하게 되었고, 2022.8.1. E이 토지 양도대금 OOO원 외 건축비 및 개발부담금 대여금 합계 OOO원을 A 명의의 금융채무를 대신 변제하는 것으로 정산하였다.

(5) 한편 처분청은 청구인과 A이 공동 사업자로 사업자등록을 한 점을 고려할 때 쟁점구두계약 체결행위가 통정하여 허위로 체결한 가장행위로서 이를 인정할 수 없다는 의견이나, A이 은행에 쟁점토지를 담보로 대출을 실행하려고 하니 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 소유자가 청구인이었던 이유로 인해 청구인과 A이 공동사업자로 사업자 등록을 한 것일 뿐이고, 2022.1.25. 체결된 대출계약에 따른 대출금도 A 명의의 계좌로 이체되어 A이 이를 상환한 사실을 고려할 때 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점구두계약이 실제 유효한 계약이므로 매매계약체결일을 기준으로 쟁점토지가 농지에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 쟁점구두계약 체결일 직후인 2020.6.2.을 기준일로 하여 작성된 OOO 토지의 감정가액이 OOO원으로 확인되어 청구인이 주장하는 쟁점구두계약상 양도가액 OOO원과의 차액 수준을 고려할 때 쟁점구두계약을 인정하기 어렵다.

(2) 청구인은 청구인이 주장하는 쟁점구두계약의 양도대상물인 OOO 토지가 아닌 일부 토지인 쟁점토지만을 A에게 양도한 것으로 확인되고, A이 쟁점구두계약이 계약내용대로 이행되지 않았음에도 별도의 위약금을 요구하거나 계약취소를 한 사실이 확인되지 않는바, 쟁점구두계약을 인정하기 어렵다.

(3) 청구인은 쟁점구두계약에 따라 양도대금 OOO원을 지급받았다고 주장하나, 실제 A으로부터 OOO원을 이체받은 사실만 확인되고, 나머지 양도대금의 정산과 관련된 증빙자료를 제출하지 않았으므로 쟁점구두계약을 인정하기 어렵다.

(4) 청구인은 A이 알고 지내던 지인의 아들이라고 진술하였고, 2021.10.28. A과 부동산매매업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하였으며, 쟁점토지 중 울산광역시 울주군 OOO 토지를 담보로 OOO과 대출계약을 체결함에 있어 공동채무자로 확인되는바, 쟁점구두계약의 경우 A과 통정한 허위의 의사표시로서 판단된다.

3. 심리 및 판단
쟁점

청구인이 매수인과 토지 매매계약을 체결한 구두계약일 당시 쟁점토지가 농지에 해당하였으므로 조세특례제한법제69조에 따른 8년 이상 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) OOO 토지의 경우 아래 <표2>와 같이 울산광역시 울주군 OOO 전 277㎡ 외 5필지로 분할되었고, 각 토지의 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> OOO 토지 및 쟁점토지 등기사항전부증명서상 소유권 이전 내역 (단위: ㎡) 지번 총면적 소유자별 면적 소유권이전등기일 소유자 등기원인 비고

○○○ 826 826 2021.9.24. C 증여

○○○ 277 277 2023.1.4. A 양도 쟁점토지②

○○○ 303 68 2021.9.24. C 증여 84 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 54 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 2022.7.5. F 양도 23 2023.1.4. A 양도 쟁점토지② 27 2023.1.4. D 양도 쟁점토지②

○○○ 134 30 2021.9.24. C 증여 47 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 23 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 2022.7.5. F 양도 10 2023.1.4. A 양도 쟁점토지② 34 2023.1.4. D 양도 쟁점토지②

○○○ 1,676 1,021 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 655 2022.4.5. A 양도 쟁점토지① 2022.7.5. F 양도

○○○ 100 100 2021.7.9. B 양도

○○○ 935 935 2023.1.4. D 양도 쟁점토지 ② (나) 청구인은 쟁점토지에 대하여 2022.4.5. 및 2022.11.1. A과 쟁점토지에 대하여 매매대금 합계 OOO원에 쟁점토지의 소유권을 A 및 D에게 이전하는 내용의 매매계약서를 작성하였다. <표3> 쟁점토지① 매매계약서

○○○ <표4> 쟁점토지② 매매계약서

○○○

(2) 청구인이 2020.6.5. A과 쟁점토지와 관련된 쟁점구두계약을 체결하였다고 주장하면서 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 A과 2020.6.5. 쟁점구두계약을 체결하고 A이 청구인에게 OOO원을 지급하였다고 주장하면서, 청구인 명의 계좌(OOO 계좌번호 352-1102-**-13 등) 및 A 명의 계좌(OOO 계좌번호 9003-2541-**-5)상 금융거래내역을 제출하였다. (나) 청구인은 쟁점구두계약에 따라 A이 쟁점토지에 대한 토지형질을 변경하여 이를 사용할 수 있도록 청구인이 토지사용 승낙서를 작성하였고, A이 OOO 토지 지상에 건축물 신축공사를 진행하였다고 주장하면서 청구인이 작성한 토지사용 승낙서, 건설공사 표준도급계약서 및 건설공사 관련 세금계산서를 제출하였다. <표5> 토지사용 승낙서

○○○ <표6> 건설공사 표준도급계약서

○○○ <표7> 건설공사 관련 세금계산서

○○○ (다) 청구인은 OOO 토지 중 청구인이 C에게 증여한 것으로 소유권이전등기가 경료된 토지(울산광역시 울주군 OOO 826㎡ 외 2필지)의 경우 실제 A이 C에게 양도한 토지라고 주장하면서 건축주 변경신고필증, 농지전용변경협의서, C 명의 계좌(OOO 2020-4923-**) 및 A 명의 계좌(OOO 352-1449--) 내역을 제출하였다. <표8> 건축관계자 변경신고 내역

○○○ <표9> 농지전용변경협의서

○○○ <표10> OOO 명의 계좌 금융거래 내역

○○○ (라) 청구인은 쟁점토지① 중 울산광역시 울주군 OOO 지분 303 분의 54, 같은 리 210-3 지분 134분의 23 및 같은 리 210-4 지분 1,676분의 655의 경우 청구인이 A에게 양도하였다가 청구인의 요청으로 청구인의 자녀 F가 다시 재매수한 토지로서 청구인의 사위 E이 A에게 OOO원을 지급하였다고 주장하면서 E 명의의 계좌의 금융거래내역을 제출하였다. <표11> E 명의 계좌(OOO 352-2012-**-) 금융거래 내역

○○○

(3) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청의 재조사 종결 보고서 내용은 아래 <표12>와 같다. <표12> 재조사 종결 보고서(일부 발췌)

○○○ (나) 당초 청구인이 제출한 OOO 토지에 대한 감정평가서상 공시지가기준법에 따라 평가금액이 OOO원으로 결정된 것으로 확인되며, 청구인이 주장하는 쟁점구두계약에 따른 매매대금과 차이가 있어 쟁점구두계약을 신뢰하기 어렵다는 의견으로, 아래 <표13>과 같이 OOO 토지에 대한 감정평가서를 제출하였다. <표13> OOO 토지에 대한 감정평가서(일부 발췌)

○○○ (다) 청구인이 2021.10.28. A과 동업계약을 체결하고 부동산매매업을 공동으로 영위하는 것으로 하여 사업자등록(2023.6.30. 폐업)을 하였고, A과 공동채무자로서 쟁점토지① 중 울산광역시 울주군 OOO 토지를 담보로 OOO에서 대출을 실행한 점을 고려할 때 쟁점구두계약의 경우 허위의 의사표시라는 의견으로, 청구인과 A간의 동업계약서 등을 제출하였다. <표14> 동업계약서

○○○ <표15> 울산광역시 울주군 OOO 토지 등기사항전부증명서(일부 발췌)

○○○ (라) 청구인이 재조사 과정에서 쟁점구두계약과 관련된 제출서류가 없다는 취지로 진술한 점을 고려할 때 쟁점구두계약을 신뢰하기 어렵다는 의견으로 청구인의 문답서를 제출하였다. <표16> 청구인 문답서(일부 발췌)

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점구두계약에 따라 매수자가 토지 형질변경을 한 경우로서 쟁점구두계약일 쟁점토지가 농지에 해당하였으므로, 쟁점토지가 조특법 제69조에 따른 8년 이상 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 규정 적용 대상에 해당한다고 주장하나, 양도소득세 감면 여부가 문제인 경우로서 매매계약일 당시 농지에 해당하였다고 주장하며 이를 다투는 경우 실제 농지에 관한 매매계약이 매매계약서 작성일 이전에 체결된 사정은 납세의무자에게 유리한 것으로서, 그 매매계약에 관한 사실관계의 대부분이 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안할 때 납세의무자에게 그와 같은 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합하는바, 청구인은 재조사 과정에서 청구인이 A으로부터 OOO원을 지급받은 내용이 기재된 금융거래내역 이외 별도의 증빙자료가 없다고 진술하였고, 납세의무자인 청구인이 쟁점구두계약과 관련된 증빙자료를 제출하여 이를 입증하지 못한 이상 쟁점토지에 대한 매매계약서가 작성되고, 각 토지에 대한 소유권이전등기가 경료된 2022.4.5. 및 2023.1.4. 쟁점토지에 대한 매매계약이 체결되었다고 보는 것이 합리적인 점, 또한 청구인이 주장하는 쟁점구두계약과 2022.4.5. 등에 작성된 쟁점토지 매매계약서의 경우 매매대상 부동산 및 매매대금이 상이하여 쟁점구두계약의 존재 여부 및 그 내용에 대하여 그대로 신뢰하기는 어려워 보이는 점, 청구인이 A 및 D과 2022.4.5. 및 2022.11.1.에 작성한 쟁점토지 매매계약서를 당초 쟁점구두계약상 계약 내용을 문서화한 것이라고 보더라도, 위 매매계약서상 매매계약조건으로 쟁점토지에 대한 형질변경 등을 한다는 내용이 기재되어 있지 않은 것으로 나타나는바, 조특법 시행령 제66조 제5항 제1호에 따라 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인의 위 주장을 인정하기는 어려우므로, 처분청이 쟁점토지가 조특법 제69조에 따른 8년 이상 자경한 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 [대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

(3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (4) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)