주식매수선택권 행사일의 전일까지 특례적용신청서 등이 제출되지 않은 것으로 보아 쟁점특례규정 적용을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분의 당부

• 가. 청구인은 벤처기업인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)의 직원으로 근무하면서 2018.3.29. A로부터 주식매수선택권을 부여받고 2021.8.10. 해당 주식매수선택권을 행사하여 취득한 A 주식을 보유하다가 2022.11.24. A 주식 3,434주를 양도하고 2023.2.28. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 및 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제16조의4 제1항에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례(이하 “쟁점특례규정”라 한다)를 적용받기 위해서는 같은 법 시행령 제14조의4 제2항에 따라 주식매수선택권 행사일(2021.8.10.)의 전일까지 벤처기업 주식매수선택권 전용계좌개설확인서가 첨부된 특례적용신청서를 제출하여야 하나, 청구인은 주식매수선택권 행사일 이후인 2021.8.11. 해당 특례적용신청서를 제출하였으므로 쟁점특례규정을 미충족한 것으로 보아 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 OOO원 중 조특법 제16조의2에 따른 비과세대상금액 OOO을 차감한 OOO원을 쟁점특례규정 적용 대상에 해당하지 아니한 것으로 하여 2024.2.16. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.19. 이의신청을 거쳐 2024.8.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 주식매수선택권은 쟁점특례규정에서 규정한 적격 주식매수선택권의 요건을 모두 충족하였고, 청구인은 행사일에 전용계좌를 개설하여 주금납입을 완료하였으며, 같은 날에 A에게 주식매수선택권 특례적용신청서를 제출함으로써 A 주식의 양도에 대해 양도소득세로 납부하고자 하는 등의 의사표현을 명확하게 하였다. 신주인수청구서에 기재된 2021.8.10.은 A이 주식매수선택권을 행사하는 여러 직원의 서류를 일괄처리하는 관행으로 재무담당 직원의 안내에 따라 날인한 것으로 해당 일자를 주식매수선택권의 행사일로 볼 수 없고 주식매수선택권의 실제 행사일은 주금납입일인 2021.8.11.이므로 청구인이 A에 제출하여야 하는 서류가 하루 차이로 늦게 제출되었다고 할지라도 A은 청구인의 과세특례 신청의 의사결정을 사전에 충분하게 인지하였다. A은 주식매수선택권의 행사일이 속하는 달의 다음 달 10일 즉, 기한 내 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상 명세서를 관할 세무서에 제출하였고, 청구인이 종합소득세로 과세되지 아니하고 향후 해당 주식의 양도 시 양도소득세로 과세되며, A은 손금으로 인정받지 아니하는 것으로 과세적용함에 문제가 없도록 하였다. 실질과세의 원칙상 단순히 계약서의 형식에만 의존할 것이 아니라 당사자의 의사, 거래의 내용, 서류작성의 경위 등 거래의 전체 과정을 실질적으로 판단하여 세법을 적용하여야 한다. 주식매수선택권 행사 시 주식을 발행하는 벤처기업이 법인세를 신고기한까지 문제없이 신고하기 위해서는 반드시 그 이전에 임직원이 이 건 과세특례를 신청할 것인지 여부를 확인하여야 하고, 법인세 신고기한 이전의 어느 시점까지로 강제할 필요가 있는데 관련 법령에서는 그 시기를 주식매수선택권 행사일 전일까지로 규정하고 있는바, 이는 이미 신고한 법인세 및 종합소득세가 소급하여 변경될 수 없도록 하며, 주식매수선택권 행사 후 주가 변동에 따른 손실을 해당 임직원이 감내하는 것을 의미한다(조심 2021서6907, 2022.12.13. 참조). 청구인은 행사일에 주금납입과 동시에 주식매수선택권 전용계좌를 개설하여 특례적용신청서를 제출하였는바, 행사일과 행사일 전일 하루사이에 A의 주가의 변동과 관련한 요인은 존재하지 않았고, 청구인에게 조세회피의 의도도 없었다. 청구인과 동일자에 주식매수선택권을 행사하여 아직 행사주식을 양도하지 아니한 직원은 2021년 귀속 종합소득세 결정‧고지를 받지 않았으나, 과세특례가 적용된 것으로 신뢰하여 양도소득세 신고 및 납부를 성실하게 이행한 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세를 부과하고 청구인에 대한 주식보상비용에 대해서만 손금인정을 받는 것은 동일한 사실에 대해서는 동일한 조세부담을 지도록 한 조세평등주의에 반하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 시행령 제14조의4 제2항에 따르면 “법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다”고 되어 있고, 별도의 예외규정이 없으므로 쟁점특례규정을 적용받기 위해서는 위의 규정에서 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세는 과세특례적용 여부 등에 따라 과세방식이나 세부담 효과가 달라지게 되므로 주식매수선택권 행사 이전에 미리 그 전용계좌를 개설하고 입고하도록 하는 등 일련의 절차는 주식매수선택권의 체계적인 관리와 쟁점특례규정의 적용을 위한 핵심 관리방안으로 볼 수 있다(조심 2021서6907, 2022.12.13. 참조). 청구인은 A과 함께 납세협력의무를 충실하게 이행하였다고 주장하나, 조특법 시행령 제14조의4 제2항의 “벤처기업의 임원은 특례적용대상명세서는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다”는 요건을 충족하지 못한 상태에서 행사일이 속한 달의 다음 달 10일인 2021.9.10.까지 해당 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 행사주식지급명세서를 제출하였다고 하여 납세협력의무를 성실하게 이행하였다고 보기 어렵다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백하게 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다. 쟁점특례규정은 과세시기를 이연시킴으로써 납세자의 세금부담이 완화되는 측면을 고려한다면 이는 명백한 과세 혜택이라 볼 수 있어 엄격하게 해석하는 것이 조세공평주의에도 부합되는 것인바, 처분청이 청구인에게 한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주식매수선택권 행사일의 전일까지 특례적용신청서 등이 제출되지 않은 것으로 보아 쟁점특례규정 적용을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 증빙 등 및 처분청 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청의 심리자료 등에 따르면, 이 건 주식매수선택권 행사와 관련한 거래내역은 아래 <표>와 같다. <표> 이 건 주식매수선택권 행사 등 거래내역 구분 일자 비고 주식매수선택권 부여 2018.3.29. 주식매수선택권 행사 2021.8.10. 신주인수청구서 주금 납입 2021.8.11. 주식매수선택권 전용계좌개설 2021.8.11. 전용계좌개설확인서 특례적용신청서 및 전용계좌개설확인서 제출 2021.8.11. 청구인⇨ A 주식매수선택권 행사주식지급 명세서 특례적용대상명세서 제출 2021.9.10. A ⇨ 세무서 (나) 이 건 관련한 특례적용신청서 및 전용계좌개설확인서는 아래와 같음

○○○ (다) 처분청의 이 건 종합소득세 과세자료 검토서의 주요 내용은 아래와 같다.

○ 주식매수선택권 전용계좌개설확인서 제출기간 검토

• 위 납세자가 제출한 과세특례적용신청서에 주식매수선택권 행사일을 2021.8.11.로 기재하였으나, 납세자가 제출한 신주인수청구서 제출일 은 2021.8.10.로 확인되어 실제 주식매수선택권 행사일은 2021.8.10.인 것으로 확인됨(중략)

• 조특법 시행령 제14조의4 제2항에 의거 주식매수선택권 행사이익 과세특례 적용 위해 납세자는 해당 벤처기업에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 행사일 전일 2021.8.9.까지 제출하여야 하나, 해당 확인서가 2021.8.11.에 발급된 것으로 확인됨

○ 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례요건 검토

• 위 납세자는 조특법 제16조의2에 의거 벤처기업 주식매수선택권 행 사이익 비과세 특례 적용을 주장하였으며, 납세자가 제출한 세법상담 자료 및 사전답변 등을 검토한바, 납세자가 주장하는 비과세 특례요 건 적용 가능하여 OOO원에 대한 소득세 비과세 적용가능한 것으로 판단됨 (후략) (라) 청구인은 2021.8.10. A에게 신주인수청구서를 제출하였는데, 해당 신주인수청구서의 내용은 아래와 같다.

○○○ (마) 주식매수선택권 행사주식지급명세서(2021년 8월)를 살펴보면, 청구인은 2021.8.11. 주식매수선택권 3,434주를 행사하였는데, 당시의 1주당 행사가액은 OOO원이고, 행사일 당시 1주당 시가금액은 OOO원이며, 관련 행사이익은 OOO원으로 나타난다. (바) A의 주식매수선택권 행사주식지급명세서 등에 따르면, A은 청구인에 대한 주식매수선택권 지급수량 3,434주, 매수가액 OOO원으로 되어 있고, A의 특례적용대상명세서에서 청구인의 주식매수선택권 행사일은 2021.8.11., 주식매수선택권 행사이익은 OOO원으로 기재되어 있다(해당 명세서의 제출일자는 공란임). (사) 청구인이 제출한 주식매매계약서 등에 따르면, 청구인은 2022.11.24. B에게 A 주식 10,000주를 매매대금 OOO원(주당 매매가격 OOO원)에 양도하였고, 양도소득금액 OOO원, 납부할 세액 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 조특법 시행령 제14조의4 제2항에서 규정하고 있는 주식매수선택권 행사자의 과세특례적용신청서 제출 의무는 원천징수의무자가 특례적용 대상자를 파악하고, 과세관청은 주식매수선택권의 행사내용 및 종합소득세 또는 양도소득세 신고·납부의무 이행 여부를 파악하고 관리하기 위하여 납세자의 자료제출의무를 규정한 것이라 할 것이며, 쟁점특례규정의 과세특례 제도는 주식매수선택권 행사자에 대한 과세이연(해당 주식 처분 시 양도소득으로 과세) 및 해당 법인에 대한 과세 영향(근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정)이 나타나므로 법령상 과세특례적용신청에 대한 행사자의 명확한 의사표시가 요구된다고 할 것이다. 처분청은 청구인이 조특법 시행령 제14조의4 제2항의 요건을 충족하지 아니하였다 하여 쟁점특례규정의 적용을 배제하고 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분이 정당하다는 의견이나, 이 건에서 청구인은 주식매수선택권 행사 시부터 조특법 제16조의4 제2항에 따른 과세특례 규정을 적용받기 위하여 회사가 과세관청에 관련 서류를 제출할 법정기한 이전인 2021.8.11. A에 특례적용신청서와 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 제출하는 등 청구인은 과세특례적용을 받기 위한 의사표시를 하고 필수적인 절차를 이행한 것으로 보이는 점, 무신고 결정 또는 기한 후 신고 등으로 조세특례의 적용배제를 규정한 조특법 제128조에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항(조특법 제16조의2⁓4)은 열거되어 있지 아니하고 주식매수선택권의 행사 시에 신청서류 제출기한 미충족 시 과세특례를 배제한다고 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점, 청구인은 과세특례를 적용받기 위한 제반 서류를 A에 정상적으로 제출하였고, A은 법정제출 기한 내에 쟁점특례규정의 적용에 필요한 서류를 제출하여 과세관청으로서도 쟁점특례규정을 적용함에 있어 임직원의 특례신청 여부, 주식매수선택권 행사 내용 등 세원관리에 필요한 자료를 파악할 수 있었다 할 것이므로, 벤처기업의 우수인력의 유치를 지원한다는 과세특례 취지를 감안하면 이 건에서 과세특례적용을 배제하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 주식매수선택권의 행사이익 중 OOO원에 대해서는 조특법 제16조의4 제1항 및 제2항에 따른 과세특례를 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2024서4058, 2025.7.9., 조세심판원 합동회의, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

② 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기 업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 소득세법 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따른 주식매수선권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사 시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 소득세법 제97조 제1항 제1호 에 따른 취득가액으로 한다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 법인세법 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 소득세법 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일

2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조제1항 에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제128조(추계과세 시 등의 감면배제) ② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제96조, 제96조의2, 제96조의3, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제99조의12, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항, 제121조의33 제2항을 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제14조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 (중략)

② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 금융투자업자는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (중략)

⑥ 법 제16조의4 제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 소득세법 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (중략)

⑨ 법 제16조의4 제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

(3) 소득세법 제20조【근로소득】③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.(중략)

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 법인세법 시행령 제2조 제5항 에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인 등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)