쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가가 모두 있는 경우로서 청구인이 실지거래가액으로 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 확인되고, 부가가치세법 제29조 제9항 단서규정이 납세자의 자산별 양도가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 취지인 점 등을 감안한다면 쟁점부동산의 양도거래가 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산할 대상에 해당되지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
(1) (주위적 청구) 쟁점건물은 철거(양도일 이후 실제 철거됨: 2020.2.17. 멸실신고)가 예정된 건물로서 당사자 간의 통상적인 거래의 관행을 벗어나거나, 거래의 진정한 합의로 볼 수 없는 어떠한 근거도 없으므로 쟁점부동산은 토지와 건물의 일괄 양도로 볼 수 없어 기준시가 안분대상에 해당하지 않는다. 쟁점부동산은 쟁점건물이 철거되고 새롭게 건물을 신축할 것을 전제로 매매가 이루어진 것이므로 쟁점건물의 가치는 고려될 수 없었고, 오히려 매수인이 철거비용을 지출하는 상황이었다. 실제로 쟁점부동산의 매매계약서 특약사항에 따라 2020.2.25.부터 2020.5.31.까지 건물을 철거하였고, 멸실신고가 이루어진 점을 고려할 때 OOO원으로 정한 쟁점건물의 가격은 거래사실을 그대로 반영한 정상적인 거래가액으로서 정당한 실거래가액이다. 실질적으로 매매당사자들 사이에서 건물의 가치는 거의 고려되지 않아 그 건물의 가격을 낮게 책정하는 것이 당사자들의 정당한 의사에 부합하는 경우에는 실거래가액을 부인할 수 없다(서울행정법원 2022.12.16. 선고 2021구합68223 판결 참조). 청구인과 매수인은 쟁점건물의 철거를 전제로 쟁점토지만을 사용할 목적으로 매매계약을 체결하였으므로 쟁점건물 자체의 경제적 가치는 이미 상실되었다. 청구인은 쟁점부동산의 양도와 동시에 폐업(부동산임대업)하였고, 추가적인 임대소득은 발생하지 않았다. 또한, 쟁점건물의 경제적 가치가 없는 것으로 하였기에 양도소득세 신고도 토지에 국한하였고, 쟁점건물분은 아예 양도소득세 신고도 하지 않았다. 따라서, 쟁점건물의 취득가액은 필요경비로 공제하지 않았으므로 이것만으로 청구인이 쟁점건물의 경제적 가치를 인식하지 않았음이 입증된다. 쟁점부동산의 양도에서 건물가액을 OOO원으로 결정한 것에는 조세회피의 목적도 없다. 쟁점건물이 철거된 후 쟁점토지만을 사용할 목적으로 일괄취득 후 쟁점건물은 즉시 멸실될 계획이라면, 매수인의 관점에서 쟁점건물의 가치는 없으므로 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 제시하는 것이 통상적이고 합리적이다. 쟁점건물 가격을 OOO원으로 하고, 쟁점부동산 양도가액을 쟁점토지 가액으로 하자는 매수인의 요청에 매도인(청구인)이 동의하여 결정된 매매가액은 경제적 합리성을 갖춘 실거래가액이다. 곧 철거가 이루어질 쟁점건물의 실거래가액을 OOO원으로 결정한 것은 조세회피목적의 자의적 구분이 아니므로 실질과세의 원칙에 따라 쟁점건물의 공급가액은 OOO원으로 보아야 한다. 처분청은 부가가치세법 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조가 2018.12.31. 개정된 이유로 사업자가 토지, 건물 등을 함께 공급하며 계약서상 건물가액을 공사원가에도 미치지 못하거나 근접한 수준에 불과한 가액으로 구분기재 하는 등 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분으로 볼 수 없는 경우에도 계약서상 구분기재 하였다는 사실만으로 실지거래가액으로 신고하는 경우가 다수 있어, 자산별 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피 방지를 위해 법령을 개정하게 되었다고 입법배경을 설명하고 있다. 실질과세의 원칙은 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 대하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로서 부당한 조세회피를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하는데 그 주된 목적이 있는데, 쟁점건물의 장부상 취득가액은 OOO원이고, 양도시점의 소급한 감정가액은 OOO원이다. 반면, 처분청이 기준시가를 적용하여 산출한 건물가액은 OOO원으로 각각 783%, 811%라는 실로 엄청난 왜곡과 현실성 없는 허수가 산출된다. 이러한 수치를 근거로 하여 과세하는 것은 처분청 스스로가 근거과세를 위배하는 것이고, 공평과세와 과세정의의 관점에서도 옳지 않다. 기계적인 산식에 의해 산출된 허수에 과세하는 것은 실질과세의 원칙에도 위배된다.
(2) (예비적 청구) 앞서 살펴본 바와 같이 기준시가를 적용하여 산출된 처분청이 계산한 쟁점건물 가액 OOO원은 장부가액 OOO원, 소급한 감정가액 OOO원과 비교해 보면 장부가액과는 7.83배, 감정가액과는 8.11배의 차이가 남으로 이는 너무 현실성이 없고, 2019.9.5.자로 소급한 감정가액을 기준으로 환산하더라도 OOO원으로 산출된다. 이와 같이 기준시가를 적용하여 산출한 쟁점건물 가액은 현실성 없는 허수에 불과하므로 국세청 감정가액, 감정가액, 장부가액 등 현실성 있는 가액으로 평가하여야 한다.
(2) 청구인은 기준시가 안분계산은 현실성 없는 계산 방법으로 2024.6.3. 평가한 쟁점부동산의 감정평가액을 기준으로 쟁점건물의 공급가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 시행령 제64조 에 따르면 “공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가액”이라고 규정하고 있는바, 청구인이 소급 작성한 평가자료에는 토지와 건물의 가액이 구분되어 있으나 감정평가액 적용이 가능한 기간에 감정평가한 것이 아니므로 적정한 감정평가방법에 의한 감정가액이라 보기 어렵다. 조세심판원도 감정평가 적용기간을 경과하여 소급 감정평가를 받은 경우 감정평가액이 아닌 기준시가를 적용하여 안분계산하는 것이 타당하다는 취지로 결정하였다(조심 OOO, 2019.10.18.). 또한, 청구인은 쟁점건물의 장부가액으로 공급가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제9항 에 따르면 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서는 제1호의 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”와 제2호의 “사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우” 등 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있다. 따라서, 소급감정평가 등의 계산방법은 인정되기 어렵고 부가가치세법 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 기준시가 비율로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.
① 쟁점부동산의 양도거래는 기준시가 비율로 안분계산할 대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
② 쟁점부동산은 소급감정가액이나 장부가액을 기준으로 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청 결의서에 따르면 쟁점토지의 기준시가는 OOO원, 쟁점건물의 기준시가는 OOO원으로 기재되어 있다. (나) 쟁점부동산의 매매계약서를 살펴보면, 청구인 및 이OO은 2019.7.17. 주식회사 A에게 쟁점부동산을 OOO원(잔금일: 2019.10.16.)에 매매하기로 계약하였는데, 별지 특약사항의 주요 내용은 아래와 같다. <특약사항> (중략)
4. 이 계약은 매수인의 주택건설사업을 위한 토지매입이고, 잔금 이후 건물을 철거할 예정이므로 매매대금에 건물대금은 없는 것으로 한다.
5. 부동산 거래신고와 관련, 매매대상물의 필지별 매매금액의 안분이 필요한 경우, 공인중개사가 매도인과 협의하여 적정한 금액으로 안분 신고하기로 한다.
6. 매도인은 잔금 지급일 이전에 임차인을 명도하여 공실 상태로 인계하며, 매수인은 명도비 보전금으로 매도인에게 OOO원을 별도로 지불한다.
7. 임차인의 이사 일정이 잔금기일보다 당겨지거나 늦어질 경우, 상호 협의하여 잔금일을 조정할 수 있다. 다만, 연장의 경우 1개월 이내로 한다.
8. 잔금 지급시 매도인은 건물철거신고서에 서명하고, 건물철거는 매수인의 책임으로 한다. 다만, 건물 철거가 늦어져 세금이 발생할 경우, 매수인이 책임지기로 한다. (중략) (다) 처분청은 2024.7.8. 청구인(영승부동산)에게 폐업사실증명(폐업일: 2019.9.5., 업태: 부동산업)을 발급하였다. (라) 청구인이 제출한 쟁점부동산에 대한 감정평가보고서(기준시점: 2019.9.5., 작성일자: 2024.6.5.)에 따르면, 해당 부동산 가운데 쟁점토지 감정가액은 OOO원, 쟁점건물 감정가액은 OOO원으로 나타난다. (마) 쟁점건물에 대한 임대신고 현황은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점건물에 대한 임대신고 현황 (바) 쟁점건물의 공부상 현황은 2종 근린생활시설(총 2개층)이고, 1층 면적은 89.28㎡이고, 2층 면적은 41.76㎡이다. (사) 청구인이 제출한 재무상태표(2018.12.31.)를 보면 건물의 가액은 OOO원으로 기재되어 있다. (2) 2018.12.31. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 신설과 관련하여 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 ‘2018 간추린 개정세법’의 내용은 아래와 같다.
(1) 개정내용 종전 개정
□ 토지․건물 등 일괄 공급시 기준 시가 등으로 가액을 안분하는 경우 ㅇ 가액구분이 불분명한 경우 <추 가>
□ 기준시가 등으로 가액을 안분하는 경우 추가 ㅇ (좌 동) ㅇ 납세자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우 (2) 개정이유 ㅇ 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지 (3) 적용시기 ㅇ ’19.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제1항 제1호에 따르면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 규정하면서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 또는 토지와 건물 또는 구축물 등의 기준시가가 있는 경우로서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있을 경우 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있다. 청구인은 쟁점부동산의 양도는 토지와 건물의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산할 대상에 해당되지 않는다고 주장하나, 쟁점부동산 매매계약서에 ‘이 계약은 매수인의 주택건설사업을 위한 토지매입이고, 잔금 후 건물을 철거할 예정이므로 매매대금에 건물대금은 없는 것으로 한다’고 되어 있으나, 이 건의 경우 쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가가 모두 있는 경우로서 청구인이 실지거래가액으로 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 확인되고, 부가가치세법 제29조 제9항 단서규정이 납세자의 자산별 양도가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 취지인 점 등을 감안한다면 쟁점부동산의 양도거래가 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산할 대상에 해당되지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산가액은 소급감정가액이나 장부가액을 기준으로 안분계산하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제64조 제1항 제1호의 단서 규정에 따르면, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 규정하고 있는바, 이 건은 쟁점부동산에 대한 감정평가보고서 작성일이 2024.6.5.로 쟁점부동산의 공급시기(2019년 제2기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속한 과세기간의 종료일까지의 기간을 경과하였으므로 청구인이 제시한 감정평가가액으로 쟁점부동산의 공급가액을 안분계산하기는 어려워 보이는 점, 장부가액을 기준으로 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액을 안분계산하여야 한다는 청구주장은 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 에 의해 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에 적용하는 것이므로 토지와 건물의 기준시가가 모두 있는 이 건은 이에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 공급가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가 비율로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 산정하고 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.(중략)
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
(3) 소득세법 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
심판청구를 기각한다.