가산세 감면의 정당한 사유 등

[사건번호] 조심2024부3391 (2024.10.15) [세 목] 양도 [결정유형] 경정 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 가산세 감면의 정당한 사유 등 [결정요지] 소득세법제97조의2 제4항의 규정취지는 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 자산을 양도할 경우, 일반적인 양도차익 계산방식과 달리 가업상속공제를 받은 자산에 대한 양도차익을 계산하기 위한 특례규정이나, 주식은 부동산, 기계장치 등 다른 자산과 달리 개별적으로 구분되지 아니하여 사업과 관련된 자산의 비율로 구분하고 있음에도 자산의 범위를 별도로 규정하고 있지 아니하여 청구인과 같이 쟁점주식 주 중 공제금액(약 원)에 상당하는 주식(**주)에 대해서만 적용된다고 해석할 수 있는 점 등에 비추어, 청구인이 물납한 주식에 대하여소득세법제97조의2 제4항을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하지 아니한 정당한 사유가 있다고 할 것임 [관련법령] ｢소득세법」제97조의2 [참조결정] 조심2022서7132 / 조심2019중3428 / 조심2021서4589 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 00세무서장이 2024.5.3. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원 의 부과처분은 가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2017.8.23. 배우자 a(이하 “피상속인”이라 한다)의 사망으로 비상장주식 ㈜b(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다) 90,000주(지분율 100%)를 비롯한 상속재산을 상속받고, 쟁점주식 90,000주를 OOO원(1주당 OOO원)으로 평가하여 상속재산가액에 포함한 후, 가업에 해당하는 법인의 주식가액 OOO원(최종 OOO 원)을상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 가업상속공제액으로 산정하여 상속세과세가액에서 차감하는 등 2017.8.23. 상속분 상속세 OOO원을 2018.2.12. 신고하였다.
• 나. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.8.7.부터 2018.10.25.까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시한 후, 가업상속공제신청분에 대해서는 신고시인하고, 예금 등 상속재산 누락분에 대하여 과세표준을 증액하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2018.12.11. 청구인에게 2017.8.23. 상속분 상속세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 상속세 신고세액 및 고지세액의 일부를 납부한 후 나머지 상속세액은 쟁점주식 20,381주로 물납하겠다는 물납신청서를 제출하였고, 처분청은 2018.7.17. 청구인에게 물납허가를 통지하였으며, 이후 2020.4.22. 감사원의 심사청구 결과에 따른 처분청의 감액경정으로 2020.5.14. 5,080주를 돌려받았는데, 청구인이 상속재산을 물납하여 처분청에서 수납처리된 쟁점주식의 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인이 물납하여 수납처리된 쟁점주식 내역 (단위: 주, 원)
• 라. 청구인은 2018.7.17. 물납한 쟁점주식 20,381주(최종 15,301주)에 대한 2018년 귀속 양도소득세를 2019.2.21. 신고하면서 쟁점주식의 양도가액과 취득가액을 모두 1주당 OOO원(상속개시일 당시 쟁점주식 1주당 평가액)을 적용하여 양도차익이 없는 것으로 하였다.
• 마. 조사청은 감사원으로부터 2024.4.22.부터 2024.5.10.까지 기관감사를 받던 중, 청구인이 물납한 쟁점주식 15,301주에 대한 양도소득세 신고시 쟁점주식의 취득가액을소득세법제97조의2 제4항 단서에 따라 OOO원으로 산정하였어야 함에도 상속개시일 당시 1주당 평가액(OOO원)을 반영한 OOO원으로 하여 양도차익을 과소하게 계산하였다고 보아 양도소득세를 부과할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.5.3. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 부과제척기간이 임박하여 한 이 건 처분은 과세전적부심사 기회를 상실케 한 절차상 하자가 있는 위법한 처분이다. (가) 청구인이 2019.2.21. 처분청에 2018년 귀속 양도소득세를 예정신고하였음에도, 처분청은 특별한 이유 없이 장기간 소명요구 등을 하지 아니하다가 부과제척기간 만료일(2024.5.31.) 28일 전인 2024.5.3. 청구인에게 과세예고통지서와 납세고지서(2024.5.31. 납기)를 동시에 송달하였다. (나) 법원 판례나 조세심판례에서도 과세예고통지와 함께 고지한 과세는 효력이 없다고 일관되게 판단하고 있는데, 최근 결정된 조세심판원 심판례(조심 2022서7132, 2023.4.10.)에서도 “과세처분 이전에 과세예고통지를 누락한 경우 그 과세처분을 위법하다고 보는 이유는, 구국세기본법및 같은 법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 보는 데에 있다 할 것(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 같은 뜻임)이고,국세기본법제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 한 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로 보이고, 과세관청이 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아닌 것으로 보이며 이러한 경우에도국세기본법제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하다 할 것이다(조심 2019중3428, 2020.4.27. 외 다수 같은 뜻임)”라고 결정한 바 있다. (다) 따라서 부과제척기간이 임박하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사 청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하거나 박탈한 것으로 절차상 중대한 하자가 있어 위법하다. (2) 청구인은 가업상속공제를 적용받지 않은 쟁점주식 15,301주로 물납을 하였기 때문에소득세법제97조의2 제4항에 따른 양도소득세 이월과세 대상에서 제외하여야 한다. (가) 처분청은 ‘청구인이 상속받은 쟁점주식 모두가 가업상속공제를 적용받은 주식’이라는 전제하에서소득세법제97조의2 제4항을 적용하였으나, 청구인이 상속받은 쟁점주식 90,000주 중 가업상속공제를 적용받은 주식은 71,118주이고, 가업상속공제를 적용받지 않은 주식은 18,882주이다. (나)소득세법제97조의2 제4항에서 ‘상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 공제가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때’라고 규정하고 있으므로 양도소득세 이월과세는 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속 재산가액에 대해서만 적용해야 한다. 한편 상증세법 시행령 제15조 제5항에서 ‘가업상속 재산가액’에 대해 규정하고 있는데,법인세법을 적용받는 가업의 경우에는 ‘[법인의 주식 등의 가액 × (1 - 사업무관자산비율)]’의 산식에 의하여 가업상속 공제액을 계산하도록 하고 있다. ‘상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식’의 경우 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에서 상속받은 주식의 가액에 법인의 사업관련 자산가액 비율을 곱한 금액을 가업상속재산가액으로 규정하여 주식가액 중 사업과 관련이 있는 자산의 보유비율에 상당하는 금액에 대해서만 가업상속공제를 적용하고 있는바, 납세자가 가업상속공제의 적용을 신청한 주식의 가액 중 가업상속공제액 산정과정에서 제외되는 부분을 고려하여소득세법제97조의2 제4항이 적용되는 주식의 취득가액을 산정하여야 할 것인데, 이에 대해서는 관련 법령에서 규정하고 있지 아니하다(조심 2021서4589, 2023.5.9.). (다) 청구인이 상속받은 쟁점주식에는 가업상속공제를 적용받은 주식과 가업상속공제를 받지 않은 주식이 혼재되어 있고, 이 중 어떤 주식을 물납할 지는 납세자의 선택을 존중하여야 한다. 청구인은 당초 가업상속공제를 받지 않은 주식 34,713주 중 20,381주를 발행하여 물납을 하였고, 경정·결정으로 5,080주를 반환받아 최종 물납한 주식은 15,301주이다. (라) 한편, 국세청은 가업상속공제를 적용한 후에 사후관리요건을 위반하여 상속세가 부과된 후 해당 자산을 양도하는 경우에는 본 규정에 따른 양도소득세 이월과세가 적용되지 않는다(서면-2021-법규재산 6738, 2022.12.5.)고 회신한 사실이 있다. (마) 그러므로 가업상속공제를 적용받지 못한 주식의 취득가액은 양도 주식의 1주당 평가액(326,216원)을 반영한 양도가액과 동일한 가액이고, 청구인이 해당 가업상속공제를 받지 않은 주식을 물납하여 발생하는 양도차익은 0원이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 청구인이 납세의무를 알지 못하는 것이 무리가 아닌 것으로 볼 정당한 사정이 있으므로 그 의무불이행의 책임을 청구인에게 물어 가산세를 부과한 처분은 부당하다. (가)소득세법제97조의2 제4항에서 상속받은 주식 중 어떤 주식을 물납한 것으로 볼 것인지에 대해서는 명시하고 있지 않기 때문에 청구인은 상속받은 주식 90,000주 중 가업상속공제를 적용받지 아니한 주식 15,301주를 물납하였다고 보아 양도차익을 0원으로 하여 양도소득세를 신고하였다. (나) 소득세법제97조의2 제4항은 가업상속주식을 물납할 때 어떤 주식으로 물납한 것으로 볼 것인지에 대해 규정하고 있지 아니하여 흠결이 있는바, 납세자가 아무런 법률 규정과 논거도 없이 처분청 의견처럼 물납한 주식이 가업상속주식과 비가업상속주식에서 평균적으로 물납되었다고 인지하여 조세의 납부시기를 앞당겨가면서 양도소득세를 납부할 것이라고 기대하는 것은 불가능하다. 이는 세법해석이 아닌소득세법제97조의2 제4항의 흠결 때문에 발생한 문제이므로 납세자를 탓할 수 없다. (다) 청구인이 2019년 2월 처분청에 2018년 귀속 양도소득세를 예정신고한 후, 약 5년 3개월이 지난 2024년 5월에 조사청에 대한 감사원의 기관감사 중 처분청이 양도소득세를 부과처분 한 것을 볼 때, 이는 단순히 행정절차가 지연된 것이 아니라 처분청 스스로 과세처분에 대한 확신이 없었기 때문임을 알 수 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 부과제척기간이 임박하여 부과한 이 건 양도소득세 부과처분이 납세자의 과세전적부심사 청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하거나 박탈한 것으로 절차상 중대한 하자가 있어 위법하다고 주장하나, (가) 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 제도이나, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적인 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2010.11. 선고 2010두19713 판결 참고). (나) 이 건은 2024.5.3. 과세예고통지서와 납세고지서(전자고지)가 동시에 송달되었으나,국세기본법제81조의15 제3항 제3호에 의하면 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세예고통지를 생략할 수 있으므로, 부과제척기간이 임박하여 과세예고통지와 납세고지서를 동일한 날짜에 송달한 것을 납세자의 권리를 침해하거나 박탈한 것으로 볼 수 없다. (2) 청구인은 가업상속공제를 적용받지 않은 주식으로 물납하였기 때문에 양도소득세 이월과세 대상에서 제외하여야 한다고 주장하나, (가) 소득세법제97조의2 제4항의 적용대상을 상증세법 제18조의2 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 자산으로만 규정하고 있고, 청구인은 상속받은 쟁점주식의 전부를 가업상속재산으로 하고 사업관련 자산가액의 비율을 적용하여 상증세법 제18조의2 제1호에 따른 가업상속공제를 신청하였다. (나) 청구인은 상속으로 쟁점주식을 취득하면서 사업과 관련된 자산의 비율로 가업상속공제를 받은 것으로서, 주식 수를 구분하여 공제받은 것이 아니므로 쟁점주식 전부를 가업상속공제가 적용된 자산으로 보아야 하는 것이 타당하므로소득세법제97조의2 제4항에 따라 취득가액을 계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다. (3) 청구인은 납세의무를 알지 못하는 것이 무리가 아닌 것으로 볼 정당한 사정이 있어 가산세 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 쟁점주식의 취득가액을 잘못 계산하여 양도소득세를 신고하였는데, 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각 종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 단순한 법령의 부지 및 착오는 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

① 부과제척기간이 임박하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분이 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부

② 청구인이 가업상속공제가 적용된 쟁점주식을 물납하였다고 보아소득세법제97조의2 제4항 단서를 적용하여 물납주식 전부의 취득가액을 산정한 처분의 당부

③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1.국세징수법제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2.조세범 처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 상속세 및 증여세법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제18조(기초공제) ② 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 다만, 동일한 상속재산에 대해서는 제1호와 제2호에 따른 공제를 동시에 적용하지 아니한다.

1. 가업[대통령령으로 정하는 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업(상속이 개시되는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 3개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 매출액의 평균금액이 3천억원 이상인 기업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 기업을 말한다. 이하 같다]의 상속(이하 "가업상속"이라 한다): 가업상속 재산가액에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 200억원을 초과하는 경우에는 200억원을 한도로 하되, 피상속인이 15년 이상 계속하여 경영한 경우에는 300억원, 피상속인이 20년 이상 계속하여 경영한 경우에는 500억원을 한도로 한다.

⑤ 제2항 각 호의 구분에 따른 공제를 받은 상속인이 상속개시일(제1호라목의 경우에는 상속이 개시된 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 말일)부터 10년(제2호의 경우에는 5년) 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 제2항에 따라 공제받은 금액에 해당일까지의 기간을 고려하여 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 상속개시 당시의 상속세 과세가액에 산입하여 상속세를 부과한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 부과하는 상속세에 가산한다.

1. 제2항 제1호의 가업상속 공제를 받은 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하게 된 경우

• 다. 주식 등을 상속받은 상속인의 지분이 감소한 경우. 다만, 상속인이 상속받은 주식 등을 제73조에 따라 물납(物納)하여 지분이 감소한 경우는 제외하되, 이 경우에도 상속인은 제22조 제2항에 따른 최대주주나 최대출자자에 해당하여야 한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.7.26. 대통령령 제28211호로 개정된 것) 제15조(가업상속) ⑤ 법 제18조 제2항 제1호에서 "가업상속 재산가액"이란 다음 각 호의 구분에 따라 제3항 제2호의 요건을 모두 갖춘 상속인이 받거나 받을 상속재산의 가액을 말한다. 1.소득세법을 적용받는 가업: 가업에 직접 사용되는 토지, 건축물, 기계장치 등 사업용 자산의 가액에서 해당 자산에 담보된 채무액을 뺀 가액 2.법인세법을 적용받는 가업: 가업에 해당하는 법인의 주식등의 가액[해당 주식등의 가액에 그 법인의 총자산가액(상속개시일 현재 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다) 중 상속개시일 현재 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(상속개시일 현재를 기준으로 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조에서 "사업무관자산"이라 한다)을 제외한 자산가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 것을 말한다] 가.법인세법제55조의2에 해당하는 자산
• 나. 법인세법 시행령제49조에 해당하는 자산 및 타인에게 임대하고 있는 부동산(지상권 및 부동산임차권 등 부동산에 관한 권리를 포함한다)
• 다. 법인세법 시행령제61조 제1항 제2호에 해당하는 자산
• 라. 과다보유현금[상속개시일 직전 5개 사업연도 말 평균 현금(요구불예금 및 취득일부터 만기가 3개월 이내인 금융상품을 포함한다)보유액의 100분의 150을 초과하는 것을 말한다]
• 마. 법인의 영업활동과 직접 관련이 없이 보유하고 있는 주식, 채권 및 금융상품(라목에 해당하는 것은 제외한다)

(4) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다. 가.도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

• 나. 토지의 경계를 변경하기 위하여공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ④상속세 및 증여세법제18조 제2항 제1호에 따른 공제(이하 이 항에서 "가업상속공제"라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 피상속인의 취득가액(제97조 제1항 제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 "가업상속공제적용률"이라 한다)

2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 - 가업상속공제적용률)

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 증여세 상당액의 계산과 가업상속공제적용률의 계산방법 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 소득세법 시행령(2018.6.5. 대통령령 제28946호로 개정된 것) 제163조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ③ 법 제97조의2 제4항을 적용할 때 가업상속공제적용률은상속세 및 증여세법제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율로 하고, 가업상속공제가 적용된 자산별 가업상속공제금액은 가업상속공제금액을 상속 개시 당시의 해당 자산별 평가액을 기준으로 안분하여 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 배우자의 사망에 따라 쟁점주식 90,000주 등을 상속받으면서 상속세 신고시 적용한 가업상속공제액은 아래 <표2>와 같고, 조사청이 피상속인에 대한 상속세조사를 실시한 후 이를 시인한 사실에 대해서는 양측 간에 다툼이 없다. <표2> 청구인의 신고 및 조사청이 시인한 가업상속공제액 (단위: 주, 원) (나) 청구인은 상속세 신고납부세액 및 결정고지세액에 대해서 상속받은 쟁점주식으로 물납을 신청하였는데, 쟁점주식의 물납내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점주식의 물납내역 (단위: 주, 원) (다) 청구인은 2018.7.17. 물납한 쟁점주식에 대하여 2018년 귀속 양도소득세를 아래 <표4>와 같이 2019.2.21. 신고하였다. <표4> 물납한 쟁점주식에 대한 청구인의 양도소득세 신고내역 (단위: 원) (라) 청구인은 가업상속공제액이 OOO 원이므로 가업상속공제를 적용받은 주식은 71,118주라고 주장하며 상속받은 쟁점주식 90,000주 중 15,301주를 물납한 후, 보유하고 있는 쟁점주식의 내역을 아래 <표5>와 같이 제시하였다. <표5> 상속주식·물납주식·잔여 보유주식의 구분내역 (단위: 주) (마) 조사청은 감사원으로부터 2024.4.22.부터 2024.5.10.까지 기관감사를 받던 중, 청구인이 물납한 쟁점주식 15,301주에 대한 양도소득세 신고시 쟁점주식의 취득가액을소득세법제97조의2 제4항 단서에 따라 아래 <표6>과 같이 OOO원으로 산정하여 양도소득세를 부과할 것을 처분청에 통보하였는데, 심리일 현재 감사원의 청구인에 대한 감사지적 및 시정요구 사항은 없는 것으로 나타난다. <표6> 처분청이 계산한 쟁점주식의 취득가액 (바) 처분청은 청구인에게 소명요구나 추가 조사 없이 아래 <표7>과 같이 물납한 쟁점주식 15,301주에 대한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였는데, 납부고지서(전자고지)과 과세예고통지서를 동일한 날짜(2024.5.3.)에 청구인에게 송달한 것으로 나타난다. <표7> 처분청의 양도소득세 경정내역 (단위: 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 이 사건 양도소득세 부과처분에 대한 과세예고통지서와 납세고지서를 동시에 송달하여 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다고 주장하나, 국세기본법제81조의15 제2항 제3호는 “과세예고 통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간 만료일까지 3개월 이하”인 경우 과세전적부심사 청구 관련 규정을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있는데, 처분청이 이 사건 양도소득세 부과처분에 관한 과세예고통지를 한 날(2024.5.3)로부터 이 사건 양도소득세 부과제척기간 만료일(2024.5.31.)까지 3개월 이하의 기간이 남아 있었고, 처분청이 조사청으로부터 부족징수한 양도소득세에 대한 처분지시를 받고 위 과세예고통지를 한 사실을 보면 처분청이 부당하게 과세예고통지를 지연하였다거나 하는 사정이 나타나지 않으므로 과세전적부심사를 받지 못하여 이 사건 양도소득세 부과처분에 중대한 절차상 하자가 존재한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 1)소득세법제97조의2 제4항에서 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 공제가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 취득가액은 피상속인의 취득가액(제97조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액)에 해당자산 가액 중 가업상속공제가 적용된 비율을 곱한 금액과 상속개시일 현재 해당자산 가액에 ‘1-가업상속공제적용률’을 곱한 금액의 합계액으로 하도록 규정하고 있다. 다만, ‘상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식’의 경우 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에서 상속받은 주식의 가액에 법인의 사업 관련 자산가액비율을 곱한 금액을 가업상속재산가액으로 규정하여 주식가액 중 사업과 관련 있는 자산의 보유비율에 상당하는 금액에 대해서만 가업상속공제를 적용하고 있는바, 납세자가 가업상속공제의 적용을 신청한 주식의 가액 중 가업상속공제액 산정과정에서 제외되는 부분을 고려하여소득세법제97조의2 제4항이 적용되는 주식의 취득가액을 산정하여야 할 것인데, 이에 대해서는 관련 법령에서 규정하고 있지 아니하다.

2. 이 건의 경우, 청구인은 가업상속공제를 받지 않은 금액 상당의 주식만을 물납하였으므로 쟁점주식 15,301주 전부를소득세법제97조의2 제4항을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나,소득세법제97조의2 제4항의 적용대상을 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 자산으로만 규정하고 있는 점, 청구인은 상속받은 쟁점주식 90,000주 전부를 가업상속재산으로 하고 사업관련 자산가액 비율을 적용하여 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속공제를 신청한 점, 청구인은 상속으로 쟁점주식 90,000주를 취득하면서 사업과 관련된 자산의 비율로 가업상속공제를 받은 것으로서, 주식 수로 구분하여 공제받은 것이 아니므로 쟁점주식 90,000주 전부를 가업상속공제가 적용된 자산으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대,

1. 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)이다.

2. 이 건의 경우,소득세법제97조의2 제4항의 규정취지는 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 자산을 양도할 경우, 일반적인 양도차익 계산방식과 달리 가업상속공제를 받은 자산에 대한 양도차익을 계산하기 위한 특례규정이나, 주식은 부동산, 기계장치 등 다른 자산과 달리 개별적으로 구분되지 아니하여 사업과 관련된 자산의 비율로 구분하고 있음에도 자산의 범위를 별도로 규정하고 있지 아니하여 청구인과 같이 쟁점주식 90,000주 중 공제금액(약 OOO원)에 상당하는 주식(71,118주)에 대해서만 적용된다고 해석할 수 있는 점, 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에 따라 산정된 청구인의 가업상속 재산가액(약 OOO원)이 가업상속공제 한도금액(OOO원) 범위 안에 있고,소득세법제97조의2 제4항 제1호의 산식 및 같은 법 시행령 제163조의2 제3항에서 규정한 가업상속공제적용률의 정의는 가업상속공제금액을 가업상속 재산가액으로 나눈 비율로 규정하고 있는바, 청구인이 이를 적용할 경우 가업상속공제금액과 가업상속 재산가액이 동일하여 가업상속공제적용률은 100%로 계산된다고 볼 수 있어 가업상속공제가 적용되는 자산의 양도차익을 계산하는소득세법제97조의2 제4항의 해석상 의의가 충분히 있다고 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 물납한 주식에 대하여소득세법제97조의2 제4항을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하지 아니한 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 2018년 귀속 양도소득세를 부과하면서 가산세를 포함하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.