쟁점세무조사가 중복 세무조사에 해당하여 이 건 부과처분이 위법하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)은 2014.9.17.부터 2023.12.31.까지 OO광역시 OO구 OOO에서 의약품, 의료용기구 도·소매업을 영위한 법인이고, 청구법인 주식회사 B(이 “B”라 한다)는 2020.6.1.부터 2023.12.31.까지 OO광역시 OO구 OOO에서 의료기기 도·소매업을 영위한 법인이며, 청구법인 주식회사 C(이하 “C”라 한다)는 2016.10.10. 설립되어 OO광역시 OO군 OOO에서 의 료기기 제조업을 영위하는 법인이고, 청구법인 주식회사 D(이하 “D”라 하고, A·B·C와 함께 이하 “청구법인들”이라 한다)는 2019.1.2.부터 OO광역시 OO구 OOO에서 의료기기 도·소매업을 영위하는 법인이다.
• 나. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.8.24.부터 2023.11.30.까지 청구 법인 들의 2020～2022사업연도 과세기간에 대한 법인세 통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한 다) 를 실시한 결과, 청구법인들은 명의위장업체들과 실제 거래 없이 세금계산서를 수수하고 가공인 건비를 계상한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인들에게 <별지>와 같이 법인세․부가가치세 등을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인들은 이에 불복하여 2024.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장 대법원 판례(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)에 따르면, “국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항, 제81조의7 제1항, 제81조의9 제1항, 제81조의11의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하 는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세 무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사 의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니며, 다만 당초의 세무조사가 다른 세목 이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세 금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적 으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무 리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사 에 해당하지 아니한다”고 판시하고 있다. 즉, 대법원은 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하 는 예외적인 경우를 제외하고는 금지되어 있는 것이 원칙임을 선포하고 있고, 이에 따라 과세 기 간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하 여 세무조사를 하는 것은 국세기본법이 금지하는 중복조사에 해당하며, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 하였다고 하더라도 이를 달리 보지 않고 중복 세무조사로 보고 있다. 처분청(OO세무서장)은 2022년 10월경 2021사업연도 법인세 신고 및 접대비 등과 관련하여 청 구법인들에 대하여 세무조사를 하여 2022.11.21. 서면확인으로 종결처리한 사실이 있음에도 2023년경 동일한 사안에 대하여 쟁점세무조사를 하였는바, 이는국세기본법에서 금지하고 있는 중복조사에 해당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 대법원 판례(2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)에 따르면, “과세자료의 수집 또는 신고 내 용의 정확성 검정 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해 당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언 제나 정식의 세무조사에 착수할 수 밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조 사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 세무조사 에 해당한다고 볼 수 없다”고 하면서, “세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사 에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 하며, 세무공무원의 조사행위가 사업장 현황 확인, 기장 여부의 단순확인, 특정한 매출사실의 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우 에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과 세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안 의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조 사로 보아야 한다”고 판시한 바 있다. 과세관청은 납세자의 신고내역의 오류 또는 조세회피 혐의가 확인되는 경우 세무조사에 앞 서 납세자에게 서면으로 관련자료를 요청하여 검토하는 서면확인 제도를 운영하고 있고, 서면확 인 시 납세자의 사업장 등을 방문하여 납세자 등을 접촉하는 행위를 원칙적으로 금지하고 있다. 처분청은 A, B, D에 대하여 쟁점세무조사에 앞서 위 법인들이 신고한 인건비 등을 검증하기 위해 서면확인을 한 바 있으나, 사업장 등을 방문하여 납세자 등을 직접 접촉하지 않고 납세 자가 의무적으로 보관하도록 되어 있는 신고 관련 서류의 제출을 요청하였으며, 납세자가 자 발적으로 제출한 소명자료를 검증하는 방식으로 서면확인을 하였다. 조사청은 청구법인들 이 2개 이상의 과세기간 동안 가공세금계산서를 수수한 혐의가 확인되어 조사대상으로 선정하였 고, 조사착수 후 대금흐름을 확인하기 위해 금융조회를 실시하여 실제 근무하지 않는 자의 계좌 로 급여를 이체한 후 현금으로 출금한 사실이 확인되어 가공인건비 계상 혐의를 검토하게 되었으며, 청구법인들이 이를 시인함에 따라 이 건 처분을 하였다. 한편, C는 쟁점세무조사에 앞서 서면확인을 받은 사실이 없는바, 이를 전제로 쟁점세무조 사가 중복조사에 해당한다는 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세무조사가 중복 세무조사에 해당하여 이 건 부과처분이 위법하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 (2021.12.21. 법률 제18586호로 개정된 것) 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하 여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세 무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기 간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문 에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하 여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. (2) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 개정된 것) 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자 에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자 료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙 행 위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 로 인정하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인들의 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인들 내역 (2) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 처분청이 청구법인들에게 송달한 해명자료 제출 안내문, 해명자료 검토결과 안내문 등에 따르면, 처분청의 A, B, D에 대한 서면확인 내역은 다음과 같고, C를 상대로 한 서면확 인 내역은 확인되지 아니한다.

1. 처분청(OO세무서장)은 2022년 8월 A에 2021사업연도 법인세 신고검증을 위하여 업무 용 승용차(법인차량 112모**) 유지비용이 업무와 관련성이 있는지 여부를 입증할 수 있는 서 류, 신용카드 사용 관련 업무관련성을 입증할 수 있는 서류 제출을 요청하는 ‘법인세 신 고관련 해명자료 제출 안내문’을 발송하였고, A은 법인세 소명자료에 대한 안내대로 업무무관 경비를 소득금액조정계산서에 반영하여 법인세를 수정신고․납부하였으며, 처분청은 2022년 9 월 수정신고 내용이 정상인 것으로 보아 A에 검토결과를 통지하고 서면확인을 종결하였다. 이후, 처분청(OO세무서장)은 2022년 9월 A에 과세자료 처리를 위하여 2020～2021사업 연 도에 대한 경비 관련 해명자료 제출을 요청하였고, A은 2022년 10월 처분청에 ‘접대비 관 련 확인서, 증빙서류 및 접대비 한도초과를 반영한 법인세 수정신고서’를 제출하였으며, 처분청은 2022년 11월 수정신고 내용이 정상인 것으로 보아 A에 검토결과를 통지하고 서면확인을 종결하였다. 2) 처분청(OO세무서장)은 2022년 9월 B에게 과세자료 처리를 위하여 2021년 E(OOO-2****) 에 대한 인건비 OOO원에 대한 자료를 요청하는‘해명자료 제출 안내문’을 발송하였고, B는 이 에 대해 2022년 10월 ‘전 대표이사 인건비 지급 적정 여부’에 대한 해명자료를 제출하였으며, 처분청은 2022년 10월 전 대표이사 인건비 신고를 정상신고로 판단하여 검토결과를 B에 통지하고 서면확인을 종결하였다.

3. 처분청(OO세무서장)은 2022년 9월 D에 과세자료 처리를 위하여 2019～2021사업연도 계정별 원장․분개장, 경비 관련 전표, 신용카드 사용내역 제출을 요청하는 ‘해명자료 제출 안내문’을 발송하였고, D는 2022년 11월 처분청에 ‘접대비 관련 확인서 및 증빙서류, 수정신고서’를 제출하였으며, 처분청은 2022년 11월 수정신고 내역이 정상인 것으로 보아 D에 검토결과를 통지하고 서면확인을 종결하였다. (나) 조사청은 2023.8.24.부터 2023.11.30.까지 청구법인들의 2020～2022사업연도에 대한 쟁점세무조사를 실시하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다.

1. 청구법인들의 대표이사 F과 실행위자 G은 지인 등의 명의로 명의위장업체의 사업자 등 록을 한 후 가공세금계산서를 수수하고, 청구법인들이 송금한 매입대금을 현금출금하였으 며, 가공인건비를 계상하여 관련 금원을 현금출금하였는바, 청구법인들의 대표이사 F(영업활동 담당)및 실행위자 G(F과 동업하면서 내부업무를 담당)은 위 사실을 인정하는 내용의 확인서를 작성하였다. 2) 쟁점세무조사 결과 확인된 청구법인들의 가공매입 및 가공인건비 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점세무조사 적출내역 3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점세무조사 가 위법한 중복 세무조사이므로 그에 따른 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 세무공무원 의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 처분청이 쟁점세무조사 전에 서면확인을 실시하 면서 청구법인 A․B․D에게 한 해명자료 제출 안내는 이에 대하여 대답하거나 수인할 의무가 없 는 서면확인 절차로서 단순한 사실관계의 확인에 불과한 것으로 보이는 점, 처분청이 서면확인을 실시하면서 청구법인 A․B․D의 사업장에서 상주하며 상당 기간 질문을 하거나 장부․서류 등을 검 사․조사하여 영업의 자유 등에 큰 영향을 미치는 세무조사를 실시하였다고 보기 어려운 점, 청구법인 C는 쟁점세무조사 전에 해명자료 제출 안내문을 송달받은 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한