쟁점토지가 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

[

] 심판청구를 기각한다. [

]

가. 청구법인은 2007.1.1. 개업하여 부산광역시 사하구 OOO 소재지에서 자동차부품 등 제조업을 영위하고 있는 업체로, 2017.10.27. ㈜ A 으로부터 매매를 원인으로 부산광역시 사하구 OOO 소재 공장용지 11 필지 총 22,273 ㎡ (이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다) 를 취득하였다가 2021.3.18. 주식회사 B 에게 이를 양도한 후 비사업용 토지로 보아 2021 사업연도 법인세를 신고하였으나, 2022.10.6. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당되지 아니한다는 사유 등으로 과다 납부한 2021 사업연도 법인세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다. 나. 부산지방국세청장 (이하 “ 조사청 ” 이라 한다) 은 청구법인의 위 경정 청구를 검토한 결과, 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 관련 법인세의 환급을 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2022.12.27. 청구법인에게 2021 사업연도 법인세 OOO 원을 환급하였다. 다. 이후 조사청은 ㈜ A 의 공장용지를 취득하여 매각한 후 비사업용 토지로 신고하였다가 청구법인과 동일 사유로 경정청구를 제기한 공동취득자에 대한 경정청구 거부처분에 대하여 우리 원이 관련 심판청구 (조심 2022 부 5750, 2022.11.17.) 를 기각으로 결정한 사실 등을 확인하고 청구법인의 경정청구를 재검토하여 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당되는 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과하도록 처분청에 결정결의서 (안) 을 통보하였다. 라. 처분청은 이에 따라 2023.8.18. 청구법인에게 2021 사업연도 법인세 OOO 원을 경정·고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.12. 이의신청을 거쳐 2024.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 행정청이 행정작용의 일환으로서 사전협상형 도시계획의 수립을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지 이용에 관한 인·허가를 일절 해주지 아니하여 (일률적으로 통제) 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 토지라 할 수 있으므로 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하고 있는 “ 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산 ” 에 해당한다. (가) 부산광역시 사하구청은 쟁점토지를 포함한 대상지를 사전협상형 지구단위계획 (도시관리계획) 의 수립을 위해 도시관리계획 (지구단위계획) 안 열람공고 (사하구 공고 OOO) 를 한 후 관련 공부 (도시계획확인원) 상 “ 도시관리계획 입안 중 ” 으로 등록하여 토지 이용 (건축허가) 을 일률적으로 제한 (규제) 하였다. 도시관리계획 입안 중인 토지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 (이하 “ 국토계획법 ” 이라 한다) 제63조 제1항에 따라 개발행위 허가를 제한할 수 있는데, 부산광역시 사하구청도 이를 인정하였다. (나) 행정청이 행정작용의 일환으로서 사전협상형 지구단위계획 (도시관리계획) 의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 일절 해주지 아니한 것은 현실적으로 토 지의 사용이 금지되거나 제한된 것으로 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하고 있는 “ 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산 ” 에 해당하는바, 법원도 “ 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산 ” 에는 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 일체 해주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함된다고 판단하였다 (대법원 1994.11.22. 선고 94 누 2503 판결 등 참조). (다) 조사청이 2021 년 부산광역시 사하구청에 건축허가 제한 등과 관련한 확인을 요청한 결과, 동 구청장은 건축허가 제한 등의 행정지도를 실시한 사실이 없다고 회신하였는데, 처분청은 이후 새로운 사실이 밝혀지지 아니하고 담당자만 변경된 상황에서 ㈜ C 의 진정민원에 대한 회신만을 근거로 실질적인 제한이 있었다고 보기 어 렵다는 의견을 제시하였으나, 청구법인의 두 차례에 걸친 문의에 대한 동 구청장의 공식적인 답변 (2023.6.26. 및 2023.7.27.) 에 의하면 제한이 있었음을 확인할 수 있고, 처분청은 사하구청장이 조사청에 보낸 공 문과 ㈜ C 에 보낸 공문의 내용이 서로 상충된다면 사하구청에 재차 확인을 통하여 추가 검증절차를 거쳐 객관적인 증거를 근거로 판단하여야 함에도 아무런 근거 없이 ㈜ C 에 회신한 공문의 내용 (토지 이용을 제한하고 건축허가를 불허하였다고 인정한 내용) 을 의도적으로 부인하였다. (라) 또한, 처분청은 청구법인이 건축허가 등을 신청한 사실이 없으므로 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제한 경우로 보기 어렵다는 의견이나, 행정청이 의도적으로 건축허가 신청 접수를 거부함으로써 청구법인이 형식적인 건축허가를 신청하지 아니하였다 하더라도 쟁점토지는 사용이 금지되거나 제한된 부동산임이 명백하다. 처분청은 사전협상형 지구단위계획은 법적 강제성이 없을 뿐만 아니라 무산되더라도 공장 건축이 제한되는 것을 의미하지 않으며, 실질적인 건축허가 금지 등의 행정지도를 실시한 것으로 인정하기 어렵다고 보았으나, 부산광역시 사하구청은 대상지가 ‘2030 년 부산도시기본계획 ’ 에서 해양관광전략 개발지로 사전협상형 지구단위계획 검토 중임에 따라 난개발 방지를 목적으로 토지이용을 규제하고 있다고 스 스로 인정하였고, ‘2030 년 부산도시관리계획 ’ 등 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정되어 준공업지역으로 공장건축 허가가 불가하다고 공문을 통해 의견을 명확히 표명하였으며, 청구법인을 포함한 토지주들이 사전협상형 지구단위계획 추진을 철회해 달라고 요청한 것에 대하여 동 계획 추진 철회는 어렵다고 답변하면서 부산광역시와 토지소유자들의 원만한 협의를 통해 토지활용 계획이 수립되기를 바란다는 의견을 표명함으로써 사실상 행정지도를 통해 쟁점토지의 이용을 금지하거나 제한한 사실이 확인된다. (마) 한편, 처분청은 사하구청과 부산광역시가 사유재산권 침해에 따른 법적 책임의 소지가 있어 토지주들의 민원과 탄원에 대해 의도적으로 명확하게 회신하지 않았음을 인정하였다. 사유재산권 침해는 토지주들의 토지 이용을 규제하는 것인데, 대상지가 2030 년 부산도시관리계획에서 해양관광 거점으로 지정된 상황에서 사하구청과 부산광 역시는 대상지를 사전협상형 지구단위계획으로 추진하여야 하므로 법적 근거 없이 토지주들의 토지이용을 규제할 경우 행정청의 법적 책임 소지가 있게 되므로 토지주들의 건축허가 여부에 대한 각종 질의나 민원 및 탄원 등에 대하여 의도적으로 명확한 답변을 회피함으로써 토지 이용을 사실상 규제하면서 사전협상형 지구단위계획을 추진한 것이다. (2) 쟁점토지는 ‘2030 년 부산도시관리계획 ’, ‘OOO 종합개발계획 ’ 등 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정되어 준공업지역으로서 공장 건축 허가는 불가하였으므로 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지에 해당하고, 부산광역시의 도시기본계획에 따라 사전협상형 지구단위계획으로 추진되도록 되어 있어 개별 필지만 개발할 수 없고 대상지 전체를 토지주들이 공동으로 개발해야 하는 토지 이므로 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하는 “ 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산 ” 에 해당한다. (가) 쟁점토지는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지이다. 부산광역시 사하구청이 작성한 ‘ 건축허가 제한구역 지정 요청을 위한 검토보고서 ’ 에 따르면, 대상지는 현재 준공업지역으로 건축행위가 가능하여 공장, 위험물처리시설 등 허가 신청 시 주변경관 부조화 및 환경 악영향 등 난개발 우려가 있으므로, 대상지 일원의 체계적 개발계획 수립 및 난개발 방지를 위한 지구단위계획 수립 등 관련 계획 수립 시까지 건축허가를 제한하는 것으로 되어 있는바, 쟁점토지를 포함한 대상지는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지임을 알 수 있다. (나) 쟁점토지는 사전협상형 지구단위계획으로 추진되도록 되어 있어 개별 필지만 개발할 수 없다. 공동개발 구역으로 지정되어 개별 필지만으로는 건축허가를 받을 수 없는 등 개발이 불가능한 경우 해당 개발행위가 제한된 기간은 소득세법 시행령 제168조의 14 제1항 제1호에 따른 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당한다 (사전 -2019-OOO, 2019.12.27.). ‘ 사전협상형 지구단위계획 ’ 이란 개발사업의 공공성 증진과 저이용 토지의 효율적 활용을 위해 개발 잠재력이 있는 대규모 부지를 민간과 공공이 정해진 원칙과 기준에 따른 협상을 통해 구체적인 개발계획을 수립하고 도시계획을 변경하는 제도로, 해당 구역 전체가 민간과 공공이 정해진 원칙과 기준에 따라 협상을 통해 개발계획이 수립되게 되므로 적어도 일괄협상이 결정될 때까지는 개별 필지별로 개발이 불가능하여 그 기간에는 토지주에게 개별적으로 건축 인·허가를 제한하거나 불허하게 되므로 사전협상형 도시계획 (지구단위계획) 으로 추진되면 해당 부지는 개별 필지별로 인·허가를 받을 수 없고 해당 부지 전체를 목적에 맞게 인·허가를 받아 공동으로 개발하여야 한다. 이와 같이 사전협상형 토지계획으로 추진되면 개별 필지별 개발이 불가능하여 그 기간에는 토지주에게 개별적으로 건축 인·허가를 제한하거나 불허하게 되므로 ‘ 토지소유주들이 공장 건축허가를 신청하였다면 건축허가가 실제로 불허되었을 것으로 단정하기 어려우며, 대상지를 주거지역 또는 상업지역으로 개발하기 위해 공장 건축허가를 신 청하지 않은 것으로 볼 여지도 있다 ’ 는 조사청의 의견은 타당하지 않다. (다) 부산광역시 사하구청은 부산광역시의 승인을 얻어 사전협상형 지구단위계획이 수립될 때까지 개별 건축허가 (개별 개발사항) 를 일률적으로 제한하였다. 사하구청은 쟁점토지를 포함한 대상지에 사전협 상형 지구단위계획구역 지정을 위한 공고 (사하구 공고 OOO) 를 한 후 지구단위계획 수립 취지 및 목적 등을 검토하여 개별 개발사항을 지속적으로 제한하였으며, 그 결과 현재까지 건축허가는 단 1 건도 없었다. 처분청은 건축허가 신청이 없어서 건축허가가 1 건도 승인되지 않았다고 보았으나, 이는 사하구청과 부산광역시에 공장건축에 대한 문의가 수차례 있었음에도 토지 이용을 규제할 목적으로 건축허가를 1 건도 승인하지 않았음을 의미하는 것으로, “2030 년 부산도시관리계획 ” 및 “OOO 종합개발계획 ” 등 상위계획에서 해양관광 거점으로 지정되어 준공업지역으로서 공장 건축허가를 불허하였기 때문이다. (3) 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 다목에서 규정하고 있는 건축법 제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축할 수 없게 된 토지에 해당하고, 여기서 “ 행정지도 ” 란 행정기관이 그 소관 사무의 범위에서 일정한 행정목적을 실현 하기 위하여 특정인에게 일정한 행위를 하거나 하지 아니하도록 지도, 권고, 조언 등을 하는 행정작용을 말한다 (행정절차법 제2조 제3호). 청구법인을 포함한 토지주들은 부산광역시 사하구청에 공장 건축허가에 대한 질의서를 수차례 제출 (2018.5.23. 자 질의서, 2018.5.29. 자 요청서, 2018.6.7. 자 의견서, 2019.9.19. 자 탄원서) 하였으므로 사실상 서면질의 방법으로 건축허가를 신청한 반면, 부산광역시 사하구청은 부산광역시가 추진하고자 하는 사전협상형 도시계획 (지구단위계획) 을 추진하기 위해 청구법인을 포함한 토지주들을 대상으로, 지구단위계획 구역지정을 위한 절차가 진행 중에 있으므로 토지의 효율적인 개발을 위하여 진행 중인 행정업무에 협조해 달라고 지도하거나, 부산광역시와 사전협상형 지구단위계획에 대한 원만한 협의를 통한 토지활용 계획수립을 권고 또는 조언하였으며, 건축허가 가능 여부에 대한 명확한 서면회신을 거부하는 등 다양한 형태의 행정지도에 의하여 건축허가를 제한 (또는 거부) 하였다. (4) 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호에서 규정하고 있는 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 부동산으로 볼 수 있다. 국토계획법 제2조 제2호에서 “ 도시계획 ” 을 “ 도시기본계획 ” 과 “ 도시관리계획 ” 으로 구분하고, 제4호 마목에서 “ 지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획 ” 을 도시관리계획 중 하나로 정의하고 있는데, “ 지구단위계획 구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획 ” 은 “ 도시계획 ” 에 해당하고, “ 정당한 사유 ” 에는 법령에 의한 금지 또는 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 포함한다. (가) 내국법인이 취득한 토지가 지구단위계획의 변경 등으로 인해 개발이 지연되고 있는 경우, 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산에 해당하는지 여부는 부동산의 취득 목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단하여야 한다. (나) 부산광역시 사하구청은 난개발을 방지하고 효율적 개발과 도시 기능의 재배치 및 정비로 토지의 활용 잠재력을 높이기 위하여 쟁점토지를 포함한 대상지를 도시관리계획 (사전협상형 지구단위계획구역) 으로 지정하는 절차를 진행 (2018 년 5 월 23 일자 부산광역시 사하구 공고 OOO) 하였으므로 이는 국토계획법에서 규정하고 있는 “ 도시계획의 변경 등 ” 에 해당한다. (다) 대법원의 판례 (대법원 1994.11.22. 선고 94 누 2503 판결 등 참조) 및 조세심판원의 선결정례 (국심 98 부 1651, 1999.2.20. 등 참조) 등에 따르면 쟁점토지는 “ 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 일체 하여 주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우 ” 에 해당하고, 이러한 이유로 법령에 의한 금지 또는 제한 등 청구법인이 쟁점토지를 마음대로 사용할 수 없는 외부적 사유 즉, “ 정당한 사유 ” 가 충분하다고 할 수 있다. (라) 사전협상형 지구단위계획 구역지정 절차가 진행되는 동안에는 토지의 사용이 제한되거나 금지되어 현실적으로 토지를 사용할 수 없으므로 쟁점토지의 경우 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도가 매우 충분하다 할 것이며, 청구법인은 부산광역시 사하구청에 탄원서를 포함하여 수차례 민원 (서면제출, 방문 등) 을 제기하는 등 쟁점토지를 업무에 사용 (공장용 건물 신축 등) 하고자 진지한 노력을 충분히 다하였다. 나. 처분청 의견 (1) 사전협상형 지구단위계획 검토대상지로 지정된 쟁점토지는 취득 당시 법령상 제한이 없었을 뿐만 아니라 개별 매수자들의 형식적인 건축허가에 관한 질의·탄원서에 대한 답변을 들어 법령상 제한이 있었다고 인정하는 것은 그 입법 취지에도 반하므로, 쟁점토지는 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당한다고 볼 수 없다. (가) ‘ 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 ’ 란 토지의 용도에 따라 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 말하며 (서울고등법원 2022.5.10. 선고 2021 누 58419 판결 외 다수 참조), 이때 토지의 용도에 따라 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우 ’ 에 해당하는지는 토지의 본래의 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경 가능성 등도 고려하여 판단하여야 하므로 (대법원 2013.10.31. 선고 2011 두 14425 판결 참조), 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하지 아니한다. (나) 쟁점토지는 취득 당시 준공업지역으로 공장 건축이 가능하였고, 사전협상형 지구단위계획은 토지소유자와 지방자치단체가 협의하여 진행하는 것으로 법적 강제성이 없다. 사전협상형 지구단위계획으로 용도지역이 상향하는 경우 주거지역·상업지역 (아파트, 숙박시설 등 건축) 으로 변경되나, 동 계획이 무산되더라도 당초 용도지역 (준공업지역) 이 하향 (예: 녹지지역) 되거나 건축가능한 건물 (공장, 오피스텔 등) 의 건 축을 제한할 가능성은 상당히 떨어짐에도 청구법인은 법적인 근거 없이 막연히 추상적인 가능성을 주장하고 있는 것에 불과하다. (다) 또한, 도시관리계획안 열람공고는 주민 의견을 청취하는 것으로 지구단위계획 결정 전 사전절차로 공장 건축을 일률적으로 금지·제한하는 효력이 생기는 것은 아니며, 이 건 열람공고에는 쟁점토지의 사 용을 제한하거나 개발을 제한하는 내용이 없는 것으로 확인된다. 한편, 지방자치단체가 건축 제한을 하더라도 이는 관계 법령에 따라 건축허가 제한 대상구역, 제한 기간 및 그 사유 등을 고시하여야 할 사항으로, 쟁점토지와 관련하여 건축허가 제한 등을 고시한 사실이 없다. (라) 지구단위계획의 결정 효력은 지형도면을 고시한 날 발생하고, 주민 의견 청취 및 도시관리계획 입안 중인 사항은 이후 의견 수렴, 수정 및 변경 절차를 거쳐 구체적 입안이 가능한 것으로 현실적인 법령 시행 또는 사업계획의 확정시기가 도래하지 아니한 것에 해당하고, 지구단위계획 결정 전 이미 사업이나 공사에 착수한 경우 도시관리계획 의 결정과 관계없이 사업이나 공사를 계속할 수 있음에도 (국토계획법 제31조 제2항) 청구법인은 질의·탄원서만 제출하였을 뿐 실질적인 행정절차인 건축허가 신청을 한 사실이 없다. (마) 한편, 다수의 언론 기사 및 2017 년 부산광역시 주요 업무보고를 통해 쟁점토지가 청구법인이 취득하기 전인 2011 년부터 부산광역시 도시계획 예정지였다가 ㈜ A 의 부지 매각 진행으로 2017 년 1 월 사전협상 주요 검토대상지로 선정되었음을 알 수 있고, D(이하 “D” 라 한다) 의 창립총회 회의록에 의하면 2018.1.19. 임시이사회를 개최한 것으로 확인되며, 토지주의 양도소득세 첨부서류를 통하여 2017 년 12 월부터 단체 결성을 위한 준비가 있었던 것으로 확인되는 등 질의·탄원서에 대한 답변을 받기 전부터 D 의 결성을 준비하였다는 사실은 청구법인의 토지 취득 목적이 공장 건축이 아니었음을 반증한다 할 것이다. (바) 또한, ㈜ A 공장용지의 최초계약자 중 하나인 ㈜ E 의 대표자인 K 는 동 부지의 취득부터 매각까지 중개한 ㈜ F 중개법인 (이하 “ 쟁점중개법인 ” 이라 한다) 의 대표자이자 D 의 총무로, 동 위원회의 창립총회 회의록에 의하면 본 업무를 주도적으로 처리한 것으로 기재되어 있으며, 인터넷 네이버 블로그에 토지매각 업무 중개 및 아파트 단지 계획 등을 홍보한 점 등을 감안하면 청구법인을 포함한 토지주들은 ㈜ A 공장용지를 주거지역 또는 상업지역으로 개발하기 위해 공장 건축 허가를 신청하지 아니한 것으로 보이며, D 와 부산광역시 사하구청의 사전협상형 지구단위계획의 의견협의 과정을 통하여 공장 건축이 아닌 용도변경 (준공업지역→주거·상업지역) 에 의한 토지개발 목적이 있었음이 확인되었다 (조심 2023 부 10399, 2024.2.6. 참조). (사) 건축허가 여부는 건축법, 국토계획법, 사도법 등 관련 법령에 따른 건축허가 신청 내용에 대하여 소관과의 검토를 거친 후 종합적으로 승인할 사항으로, 당초부터 질의·탄원서만으로 건축허가 여부를 답변받을 수 있는 사항이 아님에도 청구법인을 포함한 ㈜ A 공장용지 매수인들은 수차례 질의·탄원서를 보내며 건축허가 불가 답변을 요구하였는바, 청구법인 등은 건축허가 불가 답변을 요 구하는 형식적인 행위만 취한 것이지 질의·탄원서 제출을 공장 건축을 위한 진실한 노력이나 시도로 보기는 어렵다. (아) 쟁점토지가 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제92조의 11 제1항 제1호에 해당하는지 여부를 살펴보면, 2018.5.23. 도시관리계획 (지구단위지역계획) 안을 열람공고한 후 쟁점토지 양도 시까지 쟁점토지가 지구단위계획구역 등으로 지정된 사실이 없으므로 국토계획법에 따라 사용이 제한 또는 금지된 토지에 해당되지 아니하고, 다른 법률에 의한 제한도 없는 것으로 확인되므로 쟁점토지를 법령에 의해 사용이 금지 또는 제한된 것으로 볼 수 없으며, ㈜ C 의 건축허가 신청 및 부산광역시 사하구청의 거부사실을 인정할 만한 객관적 증거가 없고, 단순 구두 신청 및 답변만으로는 행정청의 사용금지 또는 제한이 있었던 것으로 인정하기 어렵다. (자) 또한, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 다목 및 제46조의 2 제1항 제1호에 해당하는지 여부를 살펴보면, 청구법인을 포 함한 토지주들은 단순히 서면질의서 등을 제출하면서 건축허가 여부를 통보해 줄 것을 요청하였을 뿐 실제 공장 건축허가를 신청한 사실이 없으므로 전제조건인 ‘ 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관 련된 인가·허가·면허 등을 신청한 자 ’ 에 해당되지 아니하고, 청구법인이 건축허가를 제한한 것이라 주장하는 2018.5.23. 도시관리계획안 열람 공고는 쟁점토지의 사용을 제한하거나 개발을 제한한다는 것이 아니라 ‘ 도시관리계획 입안에 관한 주민 의견 청취 ’ 를 위한 것이므로 이것만으로는 건축허가를 제한한 것으로 보기 어렵다. 따라서 쟁점토지는 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지에도 해당하지 않는다. (2) 쟁점토지는 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지에 해당하지 아니한다. (가) 부산광역시 사하구청 공고 OOO 도시관리계획 (지구 단위계획구역) 안 열람공고 ’ 에서 지구단위계획구역 결정 (안) 에 대한 결정 사유만 포함되어 있을 뿐 관할구역 내 토지 사용을 제한하는 내용은 포함되어 있지 아니하고, 청구법인이 제출한 공문 (부산광역시 OOO) 은 ‘ 건축허가 제한과 개발행위 허가 제한을 할 사항이 아니므로 체계적 개발이 될 수 있도록 협조를 구한다 ’ 는 내용일 뿐 건축법에 따른 건축허가의 제한을 승인한 것이 아니며, 부산광역시와 사하구청 간 내부 업무검토 결과 건축허가 제한을 승인하거나 이를 공고한 내용도 없으므로, 청구법인의 공장 건축을 제한한 것으로 볼 수 없다. (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 다목 및 제46조의 2 제1항 제1호는 토지 취득 후 당해 사업과 관련된 인·허가 등을 신청하였으나, 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지에 해당하는 경우에 적용된다. 즉, 토지의 취득 당시부터 공익 등의 사유로 토지의 사용에 일반적 제한이 있기는 하나, 인·허가 신청 등에 따른 토지 사용의 가능성이 열려있어 토지 취득자가 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인·허가 및 면허 등을 신청하였음에도 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축 허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지를 사업용 토지로 볼 수 있는 것으로, 이는 법령상 사용 제한 요건 외에 인·허가 신청 및 허가 제한을 요건으로 한다 (부산고등법원 2011.6.1. 선고 2010 누 3992 판결 참조). 따라서 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외되거나 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후 건축허가 신청 또는 개발행위 허가를 신청한 사실이 없으므로 건축을 할 수 없게 된 토지의 요건을 충족하지 못한다. (3) 쟁점토지는 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하게 된 토지에 해당하지 아니한다. (가) ‘ 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 ’ 란 토지계획의 변경 등으로 인해 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 나아가 ‘ 정당한 사유 ’ 의 유무를 판단함에 있어서는 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단해야 한다 (대법원 2004.2.13. 선고 2002 두 11479 판결 참조). (나) 청구법인이 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부에 대하여 살펴보면, 사전협상형 지구단위계획은 법적 강제성이 없고 지가 상승분의 일부를 지방자치단체에 공공기여 하면서 용도지역이 상향 변경되기 때문에 특혜 논란이 많은 제도로, D 가 사전협상형 지구단위계획에 참여하지 않을 시 부산광역시가 계획한 도시계획이 진행되지 않을 뿐이며, 청구법인은 당초 토지의 용도대로 공장 건축이 제한되는 것은 아님에도 D 의 사업 목적인 토지 개발 및 이익 도모와 반대되는 논리를 펼침으로써 억울함을 주장하고 있는바, 청구법인의 질의·탄원서에 대하여 행정업무에 대한 협조 요청 및 건축법, 국토계획법 및 토지이용계획에 대한 관련 부서 의견 등을 종합하여 건축허가 여부를 검토할 것이라 내용으로 답변한 것일 뿐 이를 건축허가를 불허한 것으로 보는 것은 자의적 해석에 불과하다. 따라서 청구법인은 ‘ 건축허가 불가 ’ ‘ 지구단위계획 입안 중 철회 ’ 라는 실현 불가능한 답변만 요구하였을 뿐 공장 건축의 장애를 극복하기 위한 진지하고 가시적인 노력을 하였다고 보기 어렵다. (다) D 에서 ‘ 용도지역 변경을 통한 사전협상형 지구단위계획 ’ 을 진행한 사실을 통하여 ㈜ A 공장용지 취득 목적이 공장 건축이 아니었음이 확인되고, D 의 정관상 사업 목적 역시 지구단위계획 수립, 토지 단체 일괄 협상 등인 점 등을 종합하면 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 공식적인 행정적 절차를 의도적으로 수행하지 아니한 것으로 보이므로 쟁점 토지를 정당한 사유로 사업에 사용하지 아니한 토지에 포함할 수 없다. (4) 한편, 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 사용에 제한 (또는 금지) 이 없었고 취득 후 법령에서 정하고 있는 부득이한 사유에 해당하여 사용이 제한되었다고 주장하나, 이는 설득력이 부족할 뿐만 아니라 쟁점토지가 사전협상형 지구단위계획 검토대상지에 선정되어 행정청은 도시관리계획 입안에 관한 주민 의견 청취를 공고하였고, 청구법인이 건축허가를 신청하거나 관련 법률에 따른 건축허가 제한 등을 포함한 행정지도를 받은 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 및 제46조의 2 제1항에서 열거하는 업무무관 자산 및 비사업용 토지에서 제외되는 ‘ 부득이한 사유 ’ 중 어느 하나에도 부합하지 않는다. (가) 청구법인은 쟁점토지가 사전협상형 지구단위계획 추진 대상지이므로 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당한다고 주장하나, 부산광역시 사전협상 기준 안 내서에 따르면 사전협상형 지구단위계획은 토지소유자와 부산광역시가 협의하여 토지 용도를 변경해 주는 대신 토지 가치 상승분에 대해 공공기여를 하여 개발이익 일부를 회수하는 공공과 민간이 상생하는 취지 의 제도로 법적 강제성이 없으며, D 가 지방자치단체와 사전협상형 지구단위계획을 무산시킴으로써 주거 또는 상업지역으로 용도 지역간 상향 변경이 불가능해지면 아파트·숙박시설 등의 건축이 제한되는 것일 뿐 공장 건축이 제한되는 것은 아니다. (나) 청구법인이 건축허가 제한을 승인한 것이라 주장하는 ‘ 부산광역시 건축허가 제안서 제출에 대한 알림 ’ 이라는 제목의 공문은 부산광역시와 사하구청 간 내부 업무 검토 과정에서 부산광역시가 사하구청에 건축허가 제한과 개발행위 허가 제한을 할 사항이 아니므로 체 계적 개발이 될 수 있도록 협조를 구하는 공문이지 건축법에 따른 건축허가의 제한을 승인한 것이 아니다. 즉, 당해 공문이 건축허가 제 한을 승인한 것이라면 행정청은 관련 법령에 따라 건축허가 제한 대상 구역, 제한 기간 및 사유 등을 고시하여야 하나 쟁점토지와 관련하여 건축허가 제한 등이 고시된 사항이 없다. (다) 또한, 청구법인은 쟁점토지에 부산광역시 사하구청이 ‘ 도시관리계획 입안 중 ’ 인 사항으로 토지의 사용을 제한하였다고 주장하나, 2018.5.23. 도시관리계획안 열람공고의 내용은 도시관리계획안에 대한 주민 의견을 청취하고자 하는 것으로 공고문에 쟁점토지의 사용을 제한하거나 개발을 제한한다는 내용이 나타나지 아니하므로, 단순히 ‘ 도시관리계획 입안에 관한 주민 의견 청취 공고 ’ 만으로는 건축허가를 제한한 것으로 보기 어렵다. (라) 쟁점토지가 포함된 OOO 일대 해당 토지 소유주들이 D 의 정관상 명시되어 있는 ‘ 단지 전체 매각 협상 및 해당 부지의 지가에 악영향을 주는 각 개인의 난개발 방지 ’ 를 목적으로 D 를 설립한 점을 고려하면 D 는 각기 다른 취득 목적을 가진 토지 소유주들이라면 설립하기 힘든 협의체로 보이고, 쟁점토지가 사전협상형 지구단위계획 대상지로 지정될 것이라는 논의 및 대상지 소유자에 대한 사전협상 제도 홍보 활동은 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 이전인 2017 년 상반기부터 진행되어 왔으므로, OOO 토지의 매입부터 매각까지 전 과정을 중개한 쟁점중개법인의 대표자가 대표자로 있는 ㈜ E 및 청구법인 등은 쟁점토지 매수 당시 (2017 년 10 월) 사전협상형 지구단위계획 대상지 검토 사실을 이미 인지하고 있었다고 봄이 합리적이다. (마) 또한, ‘ 사업계획의 승인 ’ 은 주택법에 규정된 주택개발사업 시 갖추어야 할 요건으로 준공업지역에서 본래의 용도인 공장신축을 위해서는 필요 없는 요건이나 최초 매매계약서의 특약사항 제2항에 ‘ 사업계획의 승인 등의 매수인 책임 의무 등 ’ 을 명시한 사실을 고려하면 계약서 작성 당시 매도인과 매수인은 쟁점토지가 개발계획 예정지라는 사실을 인지하고 있었고 토지 취득 후 매수인도 토지 개발계획 예정이라는 사실을 알 수 있었던 것으로 보인다. (바) 한편, 청구법인은 건축허가 여부를 확인하기 위하여 부산광역시 사하구청을 방문하였다고 주장하는 날 (2018.1.29.) 이전부터 (2017 년 12 월) D 설립을 준비하였고, 동 위원회가 준공업지역에서 주거‧상업지역으로 용도지역 변경을 통해 공동주택 등을 신축하려는 사 전협상형 지구단위계획을 추진한 것은 준공업지역에서의 공장신축과는 완전히 상반되는 주장이며, ㈜ A 공장용지의 아파트 등 개발가능성, 해양관광단지 조성에 대한 다수의 언론기사 등을 고려할 때 쟁점토지를 공장신축 목적으로 취득하는 경영상 의사결정을 하였다는 주장은 신빙성이 부족하다. (5) 청구법인은 쟁점토지를 매수한 지 3 년 4 개월 만에 매도하여 약 OOO 원 상당의 양도차익을 얻었다. 즉, 청구법인은 타인 자본에 의존 하여 업무와 직접 관련이 없는 토지를 취득하여 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도함으로써 쟁점토지를 재산증식 수단으로 이용하였는바, 당해 법인에 대하여 부동산 관련 지급이자를 손금에 불산입하고 중과세를 적용하는 것은 법인세법 제27조 및 제55조의 2 의 입법취지에 부합한다 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다. (6) 위와 같이 쟁점토지가 법령상 열거되어 있는 업무무관자산 및 비사업용 토지에서 제외되는 부득이한 사유에 해당하지 아니하는 것은 물론이거니와 각 토지소유자의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경 가능성을 고려하지 아니한 채 형식적인 건축허가 질의·탄원서에 대한 민원 회신을 법령상 제한이 있었다고 인정하는 것은 부산광역시의 대규모 개발부지에 대한 투기를 용인해 주는 결과가 된다. 따라서 청구법인이 당초부터 공장 건축을 목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 볼 수 없으므로 쟁점토지를 업무무관자산으로서 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

가.

쟁점토지가 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등: < 별지 > 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 쟁점토지를 양도한 후 이를 비사업용 토지로서 업무무관자산으로 보아 아래 < 표 1> 과 같이 2021 사업연도 법인세 신고 시 관련 유지비용 상당액 (지급이자 포함) 을 손금불산입하는 한편, 양 도소득 상당액의 100 분의 10 에 해당하는 법인세를 추가로 납부하였다가 이후 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당되지 아니한다는 사유 등으로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 당초 청구법인의 위 경정청구를 인 용하여 청구법인에게 과다납부한 2021 사업연도 법인세를 환급하였다가 이를 재검토하여 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당되는 것으로 경정하여 청구법인에게 아래 < 표 1> 과 같이 이 건 법인세를 경정·고지하였다. < 표 1> 청구법인의 당초 법인세 신고 및 처분청의 경정 (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 각자대표인 G 이 운영하는 ㈜ H 는 2015.12.1. 설립되어 부동산업을 영위하고 있는 업체로, 2017.6.16. I ㈜ 등 5 개의 법인 및 J 등 2 명의 개인과 공동으로 쟁점토지를 포함한 ㈜ A 의 공장용지 등 총 178,074 ㎡ 및 지상건물 6,991.67 ㎡를 분필에 필요한 대금 (OOO 원) 을 부담하는 조건으로 매수하는 계약을 체결하였는데, 다음과 같이 최초 매매계약서 특약사항 제2항에 ‘ 사업계획의 승인 및 건축 인허가 추진 등은 매수인에게 책임이 있다 ’ 고 명시되어 있다. < 표 2> 쟁점토지 등의 최초 매매계약서 (나) 이후 ㈜ H 등은 다수의 매수인을 확보하여 2017.9.28. 위 ㈜ A 공장용지를 59 개의 필지로 분할하여 등기하였고, 청구법인은 2017.10.27. ㈜ A 으로부터 당초 ㈜ H 가 매수하려고 한 쟁점토지를 총 OOO 원에 매수하였다가 2023.3.18. 부동산 개발 및 시행업을 운영하는 ㈜ B 에 총 OOO 원에 일괄 양도 하였다 (양도차익 OOO 원). (다) 쟁점토지의 취득 및 매각을 담당한 쟁점중개법인의 대표이사는 쟁점토지의 최초 계약자인 ㈜ E 의 대표이사인 K 이고, 쟁점중개법인은 2017.10.14. 동 법인이 운영하는 네이버 블로그에 ㈜ A 공장용지 매각을 중개한 사실과 해당 토지가 아파트 부지 등으로 개발될 가능성이 있음을 홍보하는 내용을 게시한 것으로 나타난다. (라) 부산광역시 공고 OOO 에 따르면, 부산광역시장은 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 2013.4.30. “OOO 종합개발계획 수립용역 ” 을 공고한 바 있고, 이와 관련한 2013.4.2. 발행된 부산일보에는 ‘ 부산광역시 사하구 OOO 종합개발 계획이 2010 년 남해안권 발전 종합계획의 하나로 세워진 후 3 년 만에 기본계획 수립을 위한 용역에 들어가며 이는 부산발전연구원이 발표한 OOO 해양관광단지 조성 기본계획수립안 (조감도) 에 따라 실시된다 ’ 는 내용이 보도되어 있다. (마) 또한, 부산광역시가 2017 년 11 월경 변경 고시한 ‘2020 부산도시 기본계획 ’ 에 의하면 OOO 일원 ㈜ A 및 M 공업지역은 사전협상형 도시계획의 주 요 검토대상지로 선정된 것으로 확인되는바, 쟁점토지와 관련한 개발계획의 주요 추진 내용은 아래 < 표 3> 과 같다. < 표 3> 추요 토지개발계획 추진 내용 (바) 부산광역시 사하구청장은 2018.5.23. 국토계획법 제28조 및 같은 법 시행령 제22조 등에 따라 다음과 같이 쟁점토지를 포함한 부산광역시 사하구 OOO 일원에 대하여 도시관리계획 (지구단위계획) 안 열람공고 (부산광역시 사하구 공고 OOO) 를 하였다. 부산광역시사하구 공고 제 2018-578 호 도시관리계획 (지구단위계획구역) 안 열람공고

OOO 일원의 도시관리계획 (지구단위계획 구역) 입안에 관하여 주민의 의견을 청취하고자 국토계획법 제28조 및 같은 법 시행령 제22조, 토지이용규제기본법 제8조 및 같은 법 시행령 제6조, 부산광역시도시계획조례 제9조에 따라 도시관리계획안의 주요내용을 아래와 같이 공고하고 일반인에게 보입니다.

2. 아래 도시관리계획안의 내용에 대하여 의견이 있으신 분은 열람기간 내에 열람장소로 의견서를 제출하여 주시기 바랍니다. 2018 년 5 월 23 일 부산광역시 사하구청장 (중략) ⃞ 지구단위계획구역 결정 (안) 구분 구역명 위치 면적 (㎡) 기정 변경 변경 후 신설 (구)A 지구단위계획구역 사하구 OOO 일원

• 증)175,590 175,590

• 결정사유: A 폐업으로 대규모 유휴토지가 발생되어 효율적 개발과 도시기능의 재배치 및 정비로 토지의 활용 잠재력을 높이기 위해 지구단위계획구역으로 지정 ※ 편입토지: OOO 외 53 필지. 끝. (사) 한편, 조사청은 부산광역시 사하구청 도시정비과 및 건축과에 쟁점토지와 관련한 건축제한 여부에 대하여 문의하였는데, 사하구청 건축과장은 2021.8.24. ‘ 건축허가를 제한한 사실이 없음 ’ 으로, 사하구청 도시정비과장은 2021.8.26. ‘ 건축 허가 제한 등 행정지도한 사항 없음 ’ 으로 각각 회신한 것으로 나타난다. (아) ㈜ A 공장용지를 공동매수한 토지주들은 2017 년 12 월 부터 D 설립을 준비하여 2018.2.22. D 를 창립하고 2018.3.1. 면세사업자로 등록하였는바, 동 위원회의 창립총회 회의록의 일부는 다음과 같다. (자) D 의 정관 제3조에 의하면 동 위원회는 ‘L 내 도로개설, 관리, 단지개발계획의 기획 및 개발행위, 전체 토지의 일괄매각, 토지이용의 편리성 확보, 지가에 악영향을 주는 각 개인의 난개발방지, 각 회원의 공동이익향상, 나아가 OOO 의 발전과 부산광역시의 균형있는 발전을 도모함 ’ 을 목적으로 하고, ㈜ E 의 대표자인 K 는 위 ㈜ A 공장용지의 취득부터 매각 까지의 전 과정을 중개한 쟁점중개법인의 대표자이자 D 의 총무로서 동 위원회의 업무를 주도적으로 처리하였으며, 청구법인은 동 위원회의 이사로 확인되며, 동 위원회는 ㈜ A 공장용지 공동매수자 들이 2021.3.18. 주식회사 B 에 매입한 토지를 약 OOO 원에 양도한 이후인 2021.5.20. 폐업신고를 하였다. (차) 청구법인이 제시한 증빙자료 등에 의하면, 청구법인 및 D 가 ㈜ A 공장용지와 관련하여 제기한 주요 질의·답변 내용 등은 아래 < 표 4> 와 같다. 일자 청구법인·D 부산광역시장 및 사하구청장 2018.3.22. 지주가 부산광역시와 사전협상을 통해 지구단위계획을 수립, 상호 협의 과정을 거치면 토지의 용도를 준공업지역에서 준주거지역 또는 상업지역으로 지구단위계획 승인, 토지 용도변경이 가능한지 여부

• 2018.3.26. 준공업지역 해제와 관련한 질의

• 2030 부산도시기본계획에 근거 하여 지주가 지구단위계획을 수 립해서 부산광역시와 사전협상을 거치면 현재의 준공업지역에서 타용도지역 (공동주택, 호텔, 상가, 마리나시설 등의 복합개발) 으로 용도변경이 가능한지 여부 등

• 2018.5.14. 건축허가 불허 사유 질의 (사하구청장)

• 2018.5.23.

• 도시관리계획 (안) 열람공고 (사하구청장) 2018.5.24.

• 난개발방지 지구단위계획 지정을 위한 관련 절차를 진행 (입안계획수립) 중에 있음 (사하구청장) 2018.5.29. ㈜ A 부지에 건축허가가 가능한지 여부 질의

• 2018.6.7. 지구단위계획 철회 혹은 인접부지까지 지구단위계획 포함 의견 제출

• 2018.6.8.

• 건축허가 관련 질의에 대한 답변

• 건축허가 여부는 건축법, 국토계획법 및 토지이용계획에 대한 관련 부서 의견 등을 종합 검토하여 판단하여야 함 2018.7.6.

• 인근 부지를 포함하여 지구단위계획으로 지정하는 것은 유휴토지가 아닌 운영 중에 있는 공장을 포함하는 사항으로 법령상 불가 답변, 사전협상형 지구단위계획 추진 계획 있는지 질의 2019.9.4. 2019.9.19. 지구단위추진계획을 취소하고 당초 용도대로 사용하게 해달라는 탄원서 제출 (부산광역시장)

• 2019.9.27.

• 사전협상형지구단위계획 추진 중이므로 지구단위계획구역 열람공고 (입안중) 철회는 어려움 (사하구청장) 2019.10.30.

• 사전협상형지구단위계획 추진 보류 중 협상미추진시 지구단위계획 관련 절차 이행 (사하구청장) 2020.7.2. 지구단위계획구역 지정해제 질의서 (부산광역시장, 사하구청장)

• 2020.7.17.

• 관련 기관과 의견협의를 거쳐 향후 계획을 조속히 결정할 예정임 (사하구청장) < 표 4> D 의 질의·답변 내용 (3) 청구법인이 제시한 주요 증빙자료는 다음과 같다. (가) 부산광역시는 2018.1.11. 대상지 일원을 2030 년 부산도시기본계획에서 해양관광축으로의 개발을 유도하고자 난개발 방지를 위한 적극적 대책을 마련하는 등 상위계획에 부합되는 체계적·계획적 개발이 유도될 수 있도록 협조할 것을 요청하는 다음과 같은 공문을 사하구청에 시달한 것으로 나타난다. (나) 부산광역시 사하구청은 위 부산광역시의 ‘AOOO 일원 난개발 방지 협조 요청 ’ 에 따라 2018.1.29. 대상지 일원을 건축법 제18조에 의한 건축허가를 제한하고자 부산광역시에 건축허가 제한 (안) 과 건축허가 제한구역 지정 요청을 위한 검토보고서를 제출하였는데, 동 보고서상 제한 사유는 다음과 같다. (다) 부산광역시장은 사하구청장의 대상지에 대한 건축허가 제한을 승인해 달라는 요청에 대하여 2018.2.14. 다음과 같이 회신하였다. (라) 또한, ㈜ A 공장부지를 취득한 후 토지주들 중 C ㈜는 2023.6.26.(1 차 질의) 및 2023.7.27.(2 차 질의) 각각 부산광역시 사하구청에 건축허가를 불허한 이유를 확인하고자 민원을 제출하였고, 이에 대하여 사하구청은 다음과 같이 각각 회신한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법인세법 제55조의 2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의 11 제1항 제1호는 비사업용 토지 판정 시 ‘ 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 ’ 는 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보도록 규정하고 있고, ‘ 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 ’ 란 용도에 따른 통상적인 제한을 넘어 법령에 의하여 특별히 사용이 제한된 토지로 해석하는 것이 입법취지에 부합한다 할 것인바 (조심 2023 부 10399, 2024.2.6. 등, 같은 뜻임), 이 건의 경우 부산광역시 사하구청장이 2018.5.23. ‘A 폐업으로 대규모 유휴토지가 발생되어 효율적 개발과 도시기능의 재배치 및 정비로 토지의 활용 잠재력을 높이기 위해 지구단위계획구역으로 지정 ’ 하기 위 하여 고시한 도시관리계획 (지구단위계획구역) 안 열람공고는 쟁점토지를 본래의 용도인 공장용지로 사용하는 것을 금지 또는 제한한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점토지와 관련하여 관할관청에 건축허가 가능 여부를 단순히 질의한 것은 건축법에 따른 건축 인·허가 신고 및 신청으로 볼 수 없고, 청구법인이 적법한 절차를 거쳐 인·허가 신고 및 신청을 한 사실도 확인되지 아니하는 점, 쟁점토지가 소재한 부산광역시 사하구 OOO 일원은 청구법인이 쟁점토지를 매수하기 이전부터 개발계획이 있었던 것으로 확인되고, 청구법인 및 토지 공동매수자들이 결성한 D 의 설립 목적은 ‘ 단지 개발계획 수립 및 지구단위계획 수립 ’, ‘ 단지 전체 매각 협상 ’, ‘ 개인의 난개발 방지 ’ 인 점 등을 감안하면 청구법인이 쟁 점토지에 공장을 신축할 계획이 있었는지 여부도 불분명할 뿐만 아니라 정당한 사유로 쟁점토지를 사업에 사용하지 않았다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당되지 아니하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별지 >

(1) 법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

1 호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물 (건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권 (이하 이 조 및 제95조의 2 에서 " 토지등 " 이라 한다) 을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100 분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100 분의 40) 을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “ 비사업용 토지 ” 란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1 호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제92조의 3 【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분에서 “ 대통령령으로 정하는 기간 ” 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3 년 이상이고 5 년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 토지의 소유기간에서 3 년을 차감한 기간을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3 년 중 1 년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100 분의 40 에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의 11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의 2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지 (이하 이 조에서 “ 비사업용 토지 ” 라 한다) 에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의 2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니 하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의 11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가 (건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

1 호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간 (4) 건축법 제18조【건축허가 제한 등】① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장·광역시장·도지사는 지역계획이나 도시·군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장·군수·구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

③ 국토교통부장관이나 시·도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축허가를 받은 건축물의 착공을 제한하려는 경우에는 토지이용규제 기본법 제8조에 따라 주민의견을 청취한 후 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한기간은 2 년 이내로 한다. 다만, 1 회에 한하여 1 년 이내의 범위에서 제한기간을 연장할 수 있다.

⑤ 국토교통부장관이나 특별시장·광역시장·도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한 목적·기간, 대상 건축물의 용도와 대상 구역의 위치·면적·경계 등을 상세하게 정하여 허가권자에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 허가권자는 지체 없이 이를 공고하여야 한다.

⑥ 특별시장·광역시장·도지사는 제2항에 따라 시장·군수·구청장의 건축허가나 건축물의 착공을 제한한 경우 즉시 국토교통부장관에게 보고하여야 하며, 보고를 받은 국토교통부장관은 제한 내용이 지나치다고 인정하면 해제를 명할 수 있다. (5) 토지이용규제 기본법 제8조【지역·지구 등의 지정 등】① 중앙행정기관의 장이나 지방자치단체의 장이 지역·지구 등을 지정 (변경 및 해제를 포함한다. 이하 같다) 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 미리 주민의 의견을 들어야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하거나 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 따로 지정 절차 없이 법령이나 자치법규에 따라 지역·지구 등의 범위가 직접 지정되는 경우

2. 다른 법령 또는 자치법규에 주민의 의견을 듣는 절차가 규정되어 있는 경우

3. 국방상 기밀유지가 필요한 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 (6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제28조【주민과 지방의회의의견 청취】① 국토교통부장관 (제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 시·도지사, 시장 또는 군수는 제25조에 따라 도시·군관리계획을 입안할 때에는 주민의 의견을 들어야 하며, 그 의견이 타당하다고 인정되면 도시·군관리계획안에 반영하여야 한다. 다만, 국방상 또는 국가안전보장상 기밀을 지켜야 할 필요가 있는 사항 (관계 중앙행정기관의 장이 요청하는 것만 해당한다) 이거나 대통령령으로 정하는 경미한 사항인 경우에는 그러하지 아니하다.

② 국토교통부장관이나 도지사는 제24조 제5항 및 제6항에 따라 도시·군관리계획을 입안하려면 주민의 의견 청취 기한을 밝혀 도시·군관리계획안을 관계 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사·시장 또는 군수에게 송부하여야 한다. 제31조【도시·군관리계획 결정의 효력】① 도시·군관리계획 결 정의 효력은 제32조 제4항에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생한다.

② 도시·군관리계획 결정 당시 이미 사업이나 공사에 착수한 자 (이 법 또는 다른 법률에 따라 허가·인가·승인 등을 받아야 하는 경우에는 그 허가·인가·승인 등을 받아 사업이나 공사에 착수한 자를 말한다) 는 그 도시·군관리계획 결정과 관계없이 그 사업이나 공사를 계속할 수 있다. 다만, 시가화조정구역이나 수산자원보호구역의 지정에 관한 도시·군관리계획 결정이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사·시장 또는 군수에게 신고하고 그 사업이나 공사를 계속할 수 있다. 제32조【도시·군관리계획에 관한 지형도면의 고시 등】④ 국토교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 직접 지형도면을 작성하거나 지형도면을 승인한 경우에는 이를 고시하여야 한다. 제51조【지구단위계획구역의 지정 등】① 국토교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역의 전부 또는 일부에 대하여 지구단위계획구역을 지정할 수 있다. 8 의

3. 도시지역 내 유휴토지를 효율적으로 개발하거나 교정시설, 군 사시설, 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 이전 또는 재배치하여 토지 이용을 합리화하고, 그 기능을 증진시키기 위하여 집중적으로 정비가 필요한 지역으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 지역 제54조【지구단위계획구역에서의 건축 등】지구단위계획구역에서 건축물 (일정 기간 내 철거가 예상되는 경우 등 대통령령으로 정하는 가설건축물은 제외한다) 을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하여야 한다. 다만, 지구단위계획이 수립되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 제63조【개발행위허가의 제한】① 국토교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 지역으로서 도시·군관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 한 차례만 3 년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한할 수 있다. 다만, 제3호부터 제5호까지에 해당하는 지역에 대해서는 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거치지 아니하고 한 차례만 2 년 이내의 기간 동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수 있다.

2. 개발행위로 인하여 주변의 환경·경관·미관·문화재 등이 크게 오염되거나 손상될 우려가 있는 지역

·군기본계획이나 도시·군관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 그 도시·군기본계획이나 도시·군관리계획이 결정될 경우 용도지역·용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역

4. 지구단위계획구역으로 지정된 지역

② 국토교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 제1항에 따라 개발행위허가를 제한하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 제한지역·제한사유·제한대상행위 및 제한기간을 미리 고시하여야 한다.

④ 국토교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수가 개발행위허가를 제한하거나 개발행위허가 제한을 연장 또는 해제하는 경우 그 지역의 지형도면 고시, 지정의 효력, 주민 의견 청취 등에 관하여는 토지이용규제 기본법 제8조에 따른다. 제76조【용도지역 및 용도지구에서의 건축물의 건축 제한 등】① 제36조에 따라 지정된 용도지역에서의 건축물이나 그 밖의 시설의 용도·종류 및 규모 등의 제한에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제22조【주민 및 지방의회의 의견청취】② 법 제28조 제5항에 따라 조례로 주민의 의견 청취에 필요한 사항을 정할 때 적용되는 기준은 다음 각 호와 같다.

·군관리계획안의 주요 내용을 다음 각 목의 매체에 각각 공고할 것 가. 해당 지방자치단체의 공보나 둘 이상의 일반일간신문 (신문 등의 진흥에 관한 법률 제9조 제1항에 따라 전국 또는 해당 지방자치단체를 주된 보급지역으로 등록한 일반일간신문을 말한다) 나. 해당 지방자치단체의 인터넷 홈페이지 등의 매체

·군관리계획안을 14 일 이상의 기간 동안 일반인이 열람할 수 있도록 할 것 제30조【용도지역의 세분】① 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시의 시장 (이하 " 대도시 시장 " 이라 한다) 은 법 제36조 제2항에 따라 도시·군관리계획결정으로 주거지역·상업지역·공업지역 및 녹지지역을 다음 각 호와 같이 세분하여 지정할 수 있다.

가. 전용주거지역: 양호한 주거환경을 보호하기 위하여 필요한 지역 (1) 제 1 종전용주거지역: 단독주택 중심의 양호한 주거환경을 보호하기 위하여 필요한 지역 (2) 제 2 종전용주거지역: 공동주택 중심의 양호한 주거환경을 보호하기 위하여 필요한 지역 나. 일반주거지역: 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역 (1) 제 1 종일반주거지역: 저층주택을 중심으로 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역 (2) 제 2 종일반주거지역: 중층주택을 중심으로 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역 (3) 제 3 종일반주거지역: 중고층주택을 중심으로 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역 다. 준주거지역: 주거기능을 위주로 이를 지원하는 일부 상업기능 및 업무기능을 보완하기 위하여 필요한 지역

가. 중심상업지역: 도심·부도심의 상업기능 및 업무기능의 확충을 위하여 필요한 지역 나. 일반상업지역: 일반적인 상업기능 및 업무기능을 담당하게 하기 위하여 필요한 지역 다. 근린상업지역: 근린지역에서의 일용품 및 서비스의 공급을 위하여 필요한 지역 라. 유통상업지역: 도시 내 및 지역 간 유통기능의 증진을 위하여 필요한 지역

가. 전용공업지역: 주로 중화학공업, 공해성 공업 등을 수용하기 위하여 필요한 지역 나. 일반공업지역: 환경을 저해하지 아니하는 공업의 배치를 위하여 필요한 지역 다. 준공업지역: 경공업 그 밖의 공업을 수용하되, 주거기능·상업기능 및 업무기능의 보완이 필요한 지역

가. 보전녹지지역: 도시의 자연환경·경관·산림 및 녹지공간을 보전할 필요가 있는 지역 나. 생산녹지지역: 주로 농업적 생산을 위하여 개발을 유보할 필요가 있는 지역 다. 자연녹지지역: 도시의 녹지공간의 확보, 도시확산의 방지, 장래 도시용지의 공급 등을 위하여 보전할 필요가 있는 지역으로서 불가피한 경우에 한하여 제한적인 개발이 허용되는 지역 제45조【지구단위계획의 내용】② 법 제52조 제1항 제1호의 규정에 의한 용도지역 또는 용도지구의 세분 또는 변경은 제30조 각호의 용 도지역 또는 제31조 제2항 각 호의 용도지구를 그 각 호의 범위 (제31조 제3항의 규정에 의하여 도시ㆍ군계획 조례로 세분되는 용도지구를 포함한다) 안에서 세분 또는 변경하는 것으로 한다. 이 경우 법 제51조 제1항 제8호의 2 및 제8호의 3 에 따라 지정된 지구단위계획구역에서는 제30조 각 호에 따른 용도지역 간의 변경을 포함한다

13. 준공업지역안에서 건축할 수 없는 건축물: 별표 14 에 규정된 건축물 제71조【용도지역 안에서의 건축제한】① 법 제76조 제1항에 따른 용도지역 안에서의 건축물의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한 (이하 " 건축제한 " 이라 한다) 은 다음 각 호와 같다.

13. 준공업지역 안에서 건축할 수 없는 건축물: 별표 14 에 규정된 건축물 (8) 부산광역시 도시계획 조례 제30조【용도지역 안에서의 건축 제한】영 제71조에 따라 용도지역 안에서의 건축물의 용도·종류 및 규모 등의 제한은 다음 각 호와 같다.

13. 준공업지역 안에서 건축할 수 없는 건축물: 별표 13 과 같다.