청구법인이 쟁점특허권을 특수관계인으로부터 고가매입하였다고 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

가. 청구법인은 2001.5.9. 개업하여 부산광역시 연제구 OOO 에서 건설업, 부동산매매 및 임대업을 목적으로 설립된 사업자로 2020.6.5. 청구법인의 대표이사를 A(지분율 100%) 에서 B(A 의 배우자) 로 변경하였고, 2020.12.28. 주주 A 으로부터 태양광 발전설비의 효율향상 설비 외 4 건의 특허권 (이하 “ 쟁점특허권 ” 이라 한다) 을 감정가액인 OOO 원으로 매입 (이하 “ 쟁점거래 ” 라 한다) 한 후 이를 손금산입하고, 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하여 2020 사업연도 OOO 원, 2021 사업연도 OOO 원, 2022 사업연도 OOO 원 합계 OOO 원을 감가상각하였다. 나. 부산지방국세청장 (이하 “ 조사청 ” 이라 한다) 은 2023.10.5. 부터 2023.12.9. 까지의 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점특허권을 특수관계인인 A 으로부터 고가매입하여 부당하게 청구법인의 자금을 유출한 것으로 조사된 세무조사 결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점거래를 부인하여 A 이 당초 쟁점특허권의 권리자인 D 로부터 쟁점특허권을 취득한 취득가액 OOO 원을 시가로 보아 법인세법제52조 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 쟁점특허권의 취득가액과 양도가액의 차액인 OOO 원을 손금불산입하고, A 에 대한 배당소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 쟁점특허권의 3 개 사업연도의 감가상각비 OOO 원을 손금불산입하여 2023.2.8. 2020 사업연도 법인세 OOO 원, 2021 사업연도 법인세 OOO 원, 2022 사업연도 법인세 OOO 원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 쟁점특허권 취득경위는 아래와 같다. (가) 쟁점특허권은 최초 ㈜ C(이하 “ 파산법인 ” 이라 한다) 이 보유했던 태양광 발전설비의 효율향상 설비 등에 대한 특허권으로 2017 년 파산법인의 부도로 인하여 채권자들이 채권확보를 위해 경매를 신청하였는데 파산법인의 부도로 쟁점특허권의 미래가치를 평가할 수 없을 뿐 아니라 재산적 가치가 사실상 없어진 상태임에도 D 는 향후 특허권 수요자가 나타날 경우 투기적 가치가 있을 것으로 보아 경매에 참여하여 2018.10.18. 쟁점특허권을 OOO 원에 경락을 받았으며, 2020 년 말 A 은 D 로부터 쟁점특허권을 OOO 원에 취득하기로 합의하였으나, 개인사정으로 2020.12.24. 특허권을 등록한 후 2020.12.28. 청구법인에게 감정가액인 OOO 원에 양도하게 되었다. (나) A 은 과거 건설업을 운영하면서 건설공법에 관한 연구에 관심이 많아 2008.6.26. 수돗물 급수장치 등 특허권을 직접 출원하여 권리등록을 한 이력이 있고, 2017 년 정부의 신재생에너지 정책으로 정부의 막대한 보조금 지원에 고수익 사업이 될 것이라 판단하여 태양광 발전사업을 계획하였으며, 태양광 발전사업에 필요한 특허권을 보유할 경우 입찰 등에 유리하다는 사실을 알고 지인에게 특허권 취득을 부탁한 결과 쟁점특허권을 보유하고 있던 D 는 OOO 원을 현금으로 달라는 조건을 제시하였고, 턱없이 적은 금액이라 의심스러웠지만 2020 년 9 월 말 쟁점특허권 확보를 위하여 가진 현금 OOO 원을 D 에게 지급하고 특허권리 등록 시 잔금을 지급하기로 하였는데, D 가 계약서 작성을 꺼려 매매계약서를 작성하지 않았고, OOO 원 지급 시 영수증을 받았으나 대수롭지 않게 취급하다가 현재 찾지 못하는 상황이어서 쟁점특허권을 거래한 일자를 특정하지 못하고 2020 년 9 월 말경 쟁점특허권 매매계약을 하였다고 소명하고 있다. (다) A 은 2020 년 7 월 구의회의 의장으로 취임하였고, D 로부터 쟁점특허권 권리등록을 앞둔 전날 공직자가 영리업무를 겸직하여 특혜시비로 논란이 된 뉴스를 접하고 구의회 의장인 A 이 태양광 발전설비 사업체를 직접 운영할 경우 논란이 발생할 것을 우려하여 고심 끝에 청구법인에 쟁점특허권을 양도하기로 하였으나, 특수관계인이 법인에 양도 시 법인세법상 시가로 양도하여야 한다는 전문가와 국세청 상담센터의 상담을 받고, A 의 쟁점특허권 취득가액 OOO 원은 본래 가치의 가격으로 보기 어려워 감정가액으로 양도하여야 한다는 상담내용에 따라 2020 년 10 월경 감정기관에 감정평가를 의뢰하였고, 2020 년 12 월 말경 쟁점특허권의 감정가액이 OOO 원으로 확인되어 2020.12.24. A 명의로 쟁점특허권에 대한 권리등록을 하고, 이어 2020.12.28. 청구법인 명의로 권리등록을 하였는데, 세무조사를 받은 지금에서야 A 은 2020 년 9 월 말경 쟁점특허권의 권리 등록을 하였더라면 공부상 쟁점특허권 보유기간은 3 개월이 되었을 것이고, 쟁점특허권의 시가를 결정하지 못하여 A 의 특허권리 등록이 3 개월 가까이 지연되는 일이 발생하지 않았을 것이며, 4 일은 쟁점특허권 시가 상담과 감정평가를 하기에는 현실적으로 불가능한 기간임을 볼 때 A 은 2020 년 9 월 말 쟁점특허권 거래를 하였다는 것을 알 수 있다. (라) 청구법인은 특허권을 취득하면 태양광발전 전열판 설치 전문공사를 하기로 하고, 태양광발전소 1 차 분양계획 (100kw 전력생산단위를 1 구획으로 1 구획당 OOO 원∼ OOO 원) 을 하였으며, 분양이 원활하게 이루어질 경우 임야 또는 잡종지로 전열판 설치 공사가 쉬운 지역을 매입할 계획으로 부산광역시 연제구 OOO 의 OOO 팀장과 수차례 부동산 상담으로 하였으나 결국 사업에 착수하지 못하여 태양광발전 사업용 부동산을 매입하지 않았다.

(2) A 의 취득가액 (OOO 원) 은 쟁점특허권의 적정한 교환가치를 반영하지 못하므로 시가로 볼 수 없다. (가) 법인세법 시행령제89조 제1항은 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격을 시가로 보고 있고, 특수관계인이 아닌 제 3 자 간 일반적으로 거래한 가격이 있는 경우 그 가격을 시가로 보고 있는데 처분청은 A 의 취득가액을 특수관계가 없는 제 3 자 간 거래한 가격으로 보았으나, 특수관계가 없는 제 3 자 간의 거래란 쟁점거래의 거래당사자인 청구법인과 A 을 기준으로 특수관계가 아닌 제 3 자와 또 다른 제 3 자인의 순수한 제 3 자 간의 거래여야 하므로 A 의 취득가액은 순수한 제 3 자 간 거래가액이 아니므로 시가로 볼 수 없는데, 이러한 거래를 제 3 자 간 거래로 용인한다면 쟁점거래의 거래당사자가 특수관계인으로서 전단계 거래에서 취득가액을 조절하여 쟁점거래에서 경제적 이익을 전가할 수 있기 때문에 불완전한 제 3 자 간의 거래를 유사매매사례가액으로 보아서는 아니된다. (나) 특허권은 그 특수성으로 특허권과 같은 영역에 있는 사업자 간의 거래여야 본래의 가치로 거래가격이 결정되지만 D 는 무려 31 개의 특허권을 거의 공짜에 가까운 낮은 가격으로 취득하였고, 특허권을 유지하기 위하여 매년 OOO 원 상당의 특허료를 납부해야 하는 상황에서 쟁점특허권을 양도한 것으로 이는 쟁점특허권의 본래 가치로 결정된 가격이 아니고, 특수관계인이 아닌 제 3 자 간 거래한 가액을 시가로 적용하기 위해서는 쟁점거래의 가격결정 기준과 전단계 거래의 가격결정 기준이 동일하거나 최소한 유사하여야 하고 일반적으로 거래되는 정상적인 거래가격이어야 제 3 자 간 거래인 유사매매사례가액으로서 이를 시가로 볼 수 있다 할 것이다. (다) 법인세법제52조 제2항은 부당행위계산 부인 규정 적용 시 거래가격을 시가로 적용할 경우 그 거래가격이 경제적 합리성을 가진 가격일 것을 강조하고 있고, 대법원도 아무리 특수관계인 사이의 행위나 계산이 조세의 부담을 감소시키는 결과를 가져왔다 하더라도 경제적 합리성을 갖춘 것이라면 함부로 부당행위계산 부인의 대상으로 보아서는 아니된다고 판시 (대법원 1990.5.11. 선고 89 누 8095 판결) 하였으며, 경제적 합리성에 대하여 대법원은 경제적 합리성 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가 관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래 형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니되고, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다고 판시 (대법원 2017.1.25. 선고 2016 두 50686 판결) 하고 있으며, 또한 비록 제 3 자 사이에 이루어진 거래에서의 가격이라 하더라도 그 가격이 거래 대상이 되는 자산의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못한 것일 때는 시가라고 할 수 없다고 판시 (대법원 2005.6.23. 선고 2005 두 3066 판결, 대법원 2004.10.27. 선고 2003 두 12493 판결) 하였다. 또한 특허권은 물리적 형태가 없고 기술적 가치와 배타적인 권리만을 지닌 특성이 있어 모든 특허권은 하나만 존재함으로 각기 다른 특허기술이고, 그 거래가액 또한 동일하거나 유사한 가격이 존재하지 않아 거의 대부분이 감정가액으로 거래가 이루어지고 있으며, 법인세법 부당행위계산 부인 규정에서는 거래가격을 시가로 적용할 경우 상속세 및 증여세법 평가기간 내 평가액을 시가로 하도록 하는 규정을 적용하지 않도록 하여 거래시기보다는 거래의 경제적 합리성과 객관적인 교환가치가 반영된 거래가격을 적용하도록 하고 있다. 쟁점특허권을 낙찰받은 D 는 A 에게 이를 양도하면서 거래가격 결정 시 경락가액을 기초로 쟁점특허권의 권리유지를 위하여 납부해 온 특허료 납부금액에 대한 보상적 대가를 포함하여 쟁점특허권을 양도한 것이므로 A 의 취득가액은 특허권 본래의 가치로 거래가격이 결정된 것이 아니기 때문에 경제적 합리성이 결여된 객관적인 교환가치가 적정하게 반영되지 않은 가액이므로 이는 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제89조의 부당행위계산 부인 규정에 따른 시가로 볼 수 없으므로 쟁점특허권의 시가는 법인세법 시행령제89조 제2항에 따라 거래가격이 불분명하므로 감정가액을 적용하는 것이 타당하다. (3) 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다. (가) 처분청은 쟁점특허권 매입에 따른 회계처리 내용에 쟁점특허권 양수도 목적이 “ 대표이사의 가지급금을 정리하기 위함 ” 이라는 내용을 임의로 추가하여 청구법인이 소명자료를 작성하여 제출한 것처럼 답변서를 제출하였으나, 청구법인은 처분청의 질문에 대금지급 여력이 없어 기존의 가지급금과 상계처리하였다고 답변하였는데 처분청은 이를 가지급금 정리목적이었다고 받아들인 것으로 보인다. (나) 이 건의 쟁점은 A 의 취득가액을 쟁점거래의 시가로 볼 수 있는지 판단하는 것이나, 처분청은 법인세법상 부당행위계산 부인 규정에 적용할 시가에 따른 법리적인 주장보다는 쟁점특허권을 취득한 것이 가지급금 정리목적이었던 것처럼 하여 청구법인이 쟁점특허권을 고가 매입할 의도가 있었음을 강조하고자 하는 것으로, 이는 A 이 당시 공직자로서 영리업무금지 규정에 반할 것을 우려하여 특허권리 등록이 늦어졌고, 부득이 청구법인에 양도한 것뿐이며, 처분청의 의견처럼 청구법인이 쟁점특허권을 고가 매입하여 A 의 가지급금을 정리하기 위한 목적이었다고 한다면 A 은 쟁점특허권 취득 시 매매계약서를 작성하여 보관하였을 것이고, 대금지급 영수증도 잘 보관하였을 것이며, 특허권리 등록도 매매계약 즉시 하였을 것이다. (다) 쟁점특허권은 취득가액과 감정가액의 차이가 크고, 취득목적이 가지급금 정리목적이었다 할지라도 처분청은 A 의 취득가액을 법인세법상 쟁점거래의 시가로 보아야 한다는 근거와 법리적 의견을 제시하여야 하나, 이러한 법리적 의견을 제시하지 않고 있고, 쟁점특허권을 일반적 특허권의 거래가액으로 산정하면 OOO 원 이상으로 추정되는 등 쟁점특허권의 실질가치를 고려할 때 A 이 취득가액 그대로 청구법인에 양도하였더라면 이를 저가양도로 보아 소득세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 종합소득세를 과세하였을 것으로 예상되는바, 이는 처분청 역시 A 의 취득가액이 경제적 합리성을 갖춘 정상가액으로 볼 수 없기 때문인 것으로 경제적 합리성이 결여되어 객관적 교환가치로 볼 수 없는 A 의 취득가액을 쟁점특허권의 시가로 본 이 건 처분은 취소하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 A 의 가지급금을 상계처리하기 위하여 쟁점특허권을 고가 매입한 것으로 보인다. (가) 쟁점특허권 취득과정을 보면 2018.8.6. D 는 쟁점특허권을 OOO 원 (OOO 원 ×5 건) 에 낙찰받아 2020.12.24. 이를 청구법인의 전 대표이사였던 A 에게 OOO 원에 양도하였고, A 은 4 일 뒤인 2020.12.28. 이를 청구법인에게 OOO 원에 양도하였다. (나) D 가 쟁점특허권 취득 당시 파산법인의 매각대상 특허권은 총 40 건으로 모두 태양광발전사업 관련 특허권이었고, 이 중 D 가 취득한 특허권은 31 건이었으며 이 중 5 건인 쟁점특허권만을 A 에게 양도한 것으로 청구법인은 태양광발전사업을 하기 위해서였다면 다양한 기술 등이 필요할 것으로 보임에도 단 5 건만을 취득하였는데 이는 실제 태양광발전사업을 할 의사가 없이 특허권을 취득하였음을 보여준다. (다) 청구법인은 A 으로부터 쟁점특허권을 취득하였으나 취득 이후 태양광발전사업을 시도한 사실이 없어 쟁점특허권 취득에 OOO 원을 투자한 이유를 찾을 수가 없고, 2020.12.28. A 으로부터 쟁점특허권 취득에 따른 대금 OOO 원을 A 의 주주임원단기채권 OOO 원과 상계처리하였으며, 나머지 금액은 쟁점특허권 양도 관련 A 의 기타소득세 OOO 원 및 지방소득세 OOO 원을 납부하기 위하여 예수금으로 회계처리하였고, 2020.12.27. A 의 주주임원단기채권의 잔액은 OOO 원으로 A 은 쟁점특허권 양도를 통하여 OOO 원의 채무가 소멸되는 결과를 가져오게 되었다. (라) 청구법인은 2020.12.30. 감정평가법인으로부터 쟁점특허권에 대한 기술가치평가를 받았고, 평가기간은 2020.12.16. 부터 2020.12.30. 까지로 A 이 쟁점특허권을 취득 (2020.12.24.) 하기도 전에 청구법인이 먼저 기술가치평가를 한 것으로 확인되며, 쟁점특허권등록원부 이력을 보면 A 은 쟁점특허권의 기술가치평가가 완료되지 않은 2020.12.28. 에 쟁점특허권의 청구법인에 대한 권리이전등록을 완료하는 등 이는 일반적인 거래에서 볼 수 없는 형태로 기술가치평가서는 쟁점특허권의 가액에 대한 근거를 만들어 놓기 위한 수단으로 보여진다. (2) 청구법인이 쟁점특허권을 감정한 가액 OOO 원은 아래와 같은 사유로 취득가액으로 인정하기 어렵다. (가) 조사청이 청구법인에 대한 조사를 착수한 후 특허권 양수도 관련 자료제출을 요구하자 청구법인의 과장으로 재직중인 A 의 아들 E 은 특허권 양수도 관련 세무처리계획을 제출하였고, 이 서류의 내용은 특허권 양도를 통하여 청구법인의 대표이사로 재직하던 중 발생한 A 의 가지급금을 정리하기 위하여 누군가로부터 조언을 받은 것으로 보이며, 양수도 이유 부분에는 2020.6.4. 까지 대표이사였던 A 의 가지급금을 정리하기 위하여 쟁점특허권을 양수도한다고 기재되어 있고, 쟁점특허권 관련 후속 회계처리 및 원천징수납부금액은 실제 청구법인이 회계처리한 금액과 일치함을 알 수 있다. (나) 조사청은 청구법인에게 태양광발전사업 추진을 시도했다는 증빙자료 제출을 요구하였으나 태양광발전사업의 타당성 검토나 사업가능성, 수익성에 대한 검토를 찾아볼 수 없었고, 코로나로 사업추진을 하지 못하였다고 하는 등 태양광발전사업 관련 자료를 전혀 제시하지 못하였으며, 청구법인의 2020 사업연도 법인세 수입금액이 OOO 원이라는 사실을 감안하면 쟁점특허권을 제 3 자로부터 매입한 거래가액이 있음에도 불구하고 감정비용까지 지불하면서 쟁점특허권을 고가로 매입할 특별한 사정이 없어 보이고, 청구법인이 쟁점특허권을 사용 수익한 사실도 없어 청구법인의 영업이익 증대에 아무런 기여를 하지 못하였으므로 이는 영리법인의 합리적 의사결정에 따른 것이 아닌 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래라고 보이며, A 이 쟁점특허권을 취득하고 단 4 일만에 청구법인에게 이를 양도한 이유는 자기의 가지급금을 없애기 위한 일련의 과정으로 판단되므로 처분청이 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 제 3 자 간 유사매매사례가액인 OOO 원을 시가로 보아 과세한 처분은 타당하다.

가.

청구법인이 쟁점특허권을 특수관계인으로부터 고가매입하였다고 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.

(1) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산 (이하 “ 부당행위계산 ” 이라 한다) 과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “ 시가 ” 라 한다) 을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조 (소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여 (賞與) ㆍ배당ㆍ기타사외유출 (其他社外流出) ㆍ사내유보 (社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

60 조에 따른 신고

66 조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 “ 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 ” 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제 3 자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의 2 제2항에 따른 거래소 (이하 “ 거래소 ” 라 한다) 최종시세가액 (거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액) 으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 상속세 및 증여세법 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100 분의 20 을 가산한다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의 2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 (감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2 ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식 (주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다) 의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “ 직전 6 개월 (증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3 개월로 한다)” 은 각각 “ 직전 6 개월 ” 로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2001.5.9. 개업하여 부산광역시 연제구 OOO 에서 건설업, 부동산매매 및 임대업을 목적으로 설립된 사업자로 2021.2.18. 이후 태양광발전사업과 관련한 7 개의 사업종목을 추가하였고, A 은 청구법인 설립 시부터 2020.6.4. 까지 청구법인의 대표이사였으며, 2020.6.5. A 의 배우자인 B 가 청구법인의 대표이사로 변경되었고, A 은 현재까지 청구법인의 지분 100% 를 보유하고 있으며, 2000.10.13. 부터 2003.5.31. 까지 전원건축의 대표자로 사업자등록을 하였던 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 건설업이 주요 수입금액인 것으로 나타나고, 법인세 신고내역은 아래 < 표 1> 과 같다. < 표 1> 청구법인의 법인세 신고내역 (다) 쟁점특허권 현황은 아래 < 표 2> 와 같고, 쟁점특허권의 등록원부상 권리자 변동 및 변동사유는 아래 < 표 3> 과 같으며, D 는 2018.8.6. 파산법인의 특허권 40 건 중 31 건을 OOO 원에 낙찰받았고, 쟁점특허권 (5 건) 의 물건별 낙찰가액은 OOO 원으로 쟁점특허권의 가액은 OOO 원이며, 이를 2020.12.24. 청구법인의 전 대표이사였던 A 에게 OOO 원에 양도하 였고, A 은 2020.12.28. 이를 청구법인에게 OOO 원에 양도하였다. < 표 2> 쟁점특허권 (5 개) 현황 < 표 3> 쟁점특허권 중 제 10-1237903 호의 권리자 변동 및 변동사유 (라) 청구법인의 주주임원단기채권 계정별 원장에 의하면 청구법인은 쟁점특허권 취득에 따른 대금 OOO 원을 A 의 주주임원단기채권 OOO 과 상계처리하였고, 쟁점특허권 양수대금 OOO 원의 대체 전표내역에 의하면 청구법인은 A 의 기타소득세 OOO 원 및 지방소득세 OOO 원을 납부하기 위하여 이를 예수금으로 처리하였으며, 쟁점특허권을 무형자산으로 하여 2020 사업연도 OOO 원, 2021 사업연도 OOO 원, 2022 사업연도 OOO 원을 감가상각하였다. (2) 청구법인은 A 의 취득가액을 쟁점특허권의 시가로 볼 수 없다고 주장하며 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) OOO 특허법률사무소가 2020.11.9. 청구법인을 수신자로, 참조를 A 대표이사로 기재하여 송부한 청구서에 의하면 쟁점특허권 기술가치평가비용 (5 건) 변리사 수수료 OOO 원, 감정평가사 경유비용 OOO 원에 부가가치세를 포함한 OOO 원을 청구하였고, 청구법인은 2020.12.24. OOO 특허법률사무소로부터 아래 < 표 4> 와 같이 매입세금계산서를 수취하였다. < 표 4> 쟁점특허권 기술평가 관련 매입세금계산서 (나) 2020.12.30. 발행된 쟁점특허권에 대한 기술평가서에 의하면 평가기준일은 2020.12.24., 평가기간은 2020.12.16. ∼ 2020.12.30.(2 주) 이고, 가치평가 결과 아래 < 표 5> 와 같이 특허번호 제 10-OOO 호 OOO 원, 제 10-OOO 호 OOO 원 등 합계 OOO 원으로 평가된 것으로 기재되어 있고, 평가개요 목적부분에는 ‘ 청구법인의 주요 주주인 A 은 향후 신재생에너지 사업 확장을 대비하여 위 특허기술을 확보하여 해당 특허기술을 청구법인으로 양도하게 되었다 ’ 라고 기재되어 있으며, 쟁점특허권 평가 시 매출액 추정부분을 보면 파산법인은 2017 년 실질적으로 폐업상태에 이르렀고 이러한 파산법인의 경제적 환경 변화로 미래 자산 가치의 예상을 합리적으로 산정하기 곤란한 상태이나 파산법인의 가장 최근 2013 년부터 2016 년까지의 매출액 (4 개년 연평균매출액 OOO 원, 연평균 성장률 – 43.1%) 분석에 기초하여 2017 년은 연평균 매출액을 적용하고 이후 2018 년부터 2020 년까지는 연평균 성장률을 적용하였으며, 2020 년 청구법인의 예상매출액은 파산법인의 2020 년 추정 매출액을 2/3 비중을 적용하고 2021 년 이후 예상매출액은 전 세계 태양광 시장 전망 (2017 년부터 2022 년까지의 발전량의 연평균 성장률 13.9% 의 1/2 비중을 반영) 하여 예상 매출액을 기반으로 특허권별로 기술가치를 평가한 것으로 나타난다. < 표 5> 쟁점특허권 가치평가 결과 (3) 쟁점특허권과 관련한 조사청의 조사결과 및 처분청의 처분내용은 아래와 같다. (가) 조사청은 청구법인에게 쟁점특허권 양수도 관련 자료 제출을 요구하였고, 청구법인의 과장으로 재직 중인 A 의 아들 E 은 ‘ 특허권 양수도 관련 세무처리 ’ 로 기재된 자료를 제출하였으며, 동 자료에 의하면 “1. 양수도 이유: 대표이사의 가지급금 정리하기 위함. A 명의 특허권을 청구법인에게 양도, 3. 양수도 일자: 2020 년 12 월 중 회계처리하여 가지급금과 상계 ” 라고 기재되어 있다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점특허권을 특수관계인으로부터 고가매입하여 부당하게 청구법인의 자금을 유출하였다는 세무조사 결과에 따라 쟁점거래를 부인하여 A 이 당초 쟁점특허권의 권리자인 D 로부터 쟁점특허권을 취득한 취득가액 OOO 원을 시가로 보아 법인세법제52조 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 쟁점특허권의 취득가액과 양도가액의 차액인 OOO 원을 손금불산입하고, 쟁점특허권에 따른 3 개 사업연도의 감가상각비 OOO 원을 손금불산입하였으며, 쟁점특허권의 취득가액과 양도가액의 차액인 OOO 원을 A 에 대한 배당소득으로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대표이사였던 A 이 태양광 사업을 목적으로 쟁점특허권을 취득한 것으로 특허권의 특성상 쟁점특허권과 거래가액이 동일하거나 유사한 가격이 존재하지 않으므로 법인세법 시행령제89조 제2항의 감정가액을 시가로 보는 것이 타당하고, A 의 취득가액은 쟁점특허권의 본래가치를 반영한 것으로 볼 수 없어 시가로 부적절하다고 주장하나, 법인세법제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다고 규정하고 있고, 청구법인의 전 대표이사이자 청구법인의 주식 100% 를 보유하고 있는 A 은 2020.12.24. 쟁점특허권을 OOO 원에 취득한 것으로 나타나며, A 이 2020 년 9 월 말 쟁점특허권을 취득하였다는 주장을 입증할 수 있는 계약서나 금융자료를 제시하지 못하고 있는바, 쟁점특허권 등록원부상 일자인 2020.12.24. 을 쟁점특허권의 취득일로 보아야 하고, A 은 쟁점특허권을 취득한 후 4 일만에 청구법인에 양도 (2020.12.28.) 하였는바, A 의 취득가액은 제 3 자 간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하므로 쟁점특허권의 시가로 볼 수 있는 점, 조사청 조사 시 청구법인에 재직 중인 A 의 아들 E 이 제출한 청구법인의 쟁점특허권 양수도 관련 세무처리계획에 의하면 A 의 가지급금 정리를 위하여 쟁점특허권을 양수도한다고 기재되어 있고, A 의 기타소득세와 지방소득세를 산정해본 것으로 나타나며, 청구법인의 주주임원단기채권 계정별 원장을 보면 쟁점특허권 취득대금 OOO 원을 A 의 주주임원단기채권 OOO 원과 상계처리한 것으로 나타나고, A 의 기타소득세 OOO 원과 지방소득세 OOO 원을 납부하기 위하여 예수금으로 처리한 것이 확인되는 점, 청구법인은 태양광 발전사업을 추진하고자 한 계획서나 검토자료를 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 쟁점특허권을 사용 수익한 사실도 나타나지 않는 점, 청구법인은 A 이 쟁점특허권을 취득하기 전인 2020.12.16. 쟁점특허권에 대한 기술가치평가를 한 것으로 나타나므로 기술가치평가서는 쟁점특허권 가액에 대한 근거를 만들어놓기 위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 A 의 취득가액을 쟁점특허권의 시가로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.