쟁점권리 양도에 대해 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

가. 청구인은 OO 시 OO 구 OOO 소재 부동산 (이하 “ 쟁점부동산 ” 이라 한다) 을 1982.10.27.(토지) 및 1993.1.20.(건물) 취득하였다. 나. OO 시는 시민공원주변 재정비촉진지구 지정 (OO 시 고시 제 2007-198 호, 2007.5.23.) 등으로 인하여 2015.1.13. 쟁점부동산을 수용하고, 청구인에게 보상금 OOO 원을 지급하였다. 다. 청구인은 2021.3.23. 보상금 등을 반환 (이자 포함 OOO 원) 하였고, 도시재정비 촉진을 위한 특별법에 따라 토지등소유자 (이하 “ 쟁점권리 ” 라 한다) 로 간주되었다. 라. 청구인은 2021.3.23. 쟁점권리를 OOO 원에 양도하는 계약을 체결하고, 2021.4.23. 양도하였으며, 이에 따라 2022.8.1. 양도소득세 중과세율 (50%) 을 적용하여 2021 년 귀속 양도소득세를 기한후 신고하였으나, 세액 (OOO 원) 을 납부하지 아니하였다. 마. 이에 따라 처분청은 2023.1.3. 청구인에게 2021 년 귀속 양도소득세 OOO 원을 고지 (납부지연가산세 OOO 원 포함, 이하 “ 쟁점무납부고지 ” 라 한다) 하였다. 바. 청구인은 2023.11.22. 쟁점권리를 양도함에 따라 발생한 소득이 소득세법제89조에 규정된 비과세 양도소득에 해당하므로 당초 기한후 신고에 따른 세액의 감액을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 아무런 통지를 하지 아니하였다. 사. 청구인은 2024.2.21. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

가. 청구인 주장 (1) 청구인이 쟁점권리를 양도할 당시에 다른 부동산을 소유하고 있지 않았으므로, 쟁점권리의 양도는 양도소득세 비과세 대상이다. (가) 쟁점부동산의 소유권이 환원되지는 않았으나, 청구인은 보상금 등을 반납하여 쟁점권리를 원시적으로 취득한 것이고, 쟁점부동산의 실질적인 소유자는 청구인이다. (나) 기존 1 주택을 조합에 양도하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우에는 소득세법제89조 제4호에 따라 양도소득세가 비과세되는데, 토지등소유자가 추후 분양신청에 따라 조합원입주권을 확보하여 양도하는 경우에도 이와 실질적으로 동일하다. (2) 쟁점권리의 양도대금 증여에 대한 사해행위취소소송이 제기되었으나, 부산지방법원은 쟁점권리의 양도소득이 소득세법제89조 제1항 제3호 또는 제4호에 따른 양도소득세 비과세 대상이므로, 사해행위가 인정되지 않는다고 판결하였다. 나. 처분청 의견 (1) 국세기본법제68조 제1항에 따르면 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90 일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있으나, 청구인은 납세고지서가 송달된 날 (2023.1.6.) 로부터 90 일이 경과한 2024.2.21. 심판청구를 제기하였다. (2) 쟁점무납부고지에는 중대하고 명백한 위법사유가 존재하지 않으므로, 당연무효가 아니다. (가) 토지등소유자 간주 규정 (도시재정비 촉진을 위한 특별법제11조 제4항) 은 보상을 받은 자가 보상금 등을 반환하는 경우 수용한 날을 기준으로 소급하여 권리를 설정하는 것이 아니라, 보상금을 반환한 날에 새로이 토지등소유자로 간주하는 규정이므로 쟁점부동산의 수용과 쟁점권리의 취득은 별개이다. (나) 쟁점권리 양도계약서에 따르면, 쟁점부동산은 폐쇄등기 상태로 없는 지번으로 등기이전 자체가 되지 않는다고 기재되어 있고, 청구인이 등기상의 소유자가 아니라고 기재되어 있다. (다) 보유기간이 1 년 미만인 경우 50% 의 중과세율이 적용되고, 청구인이 한 기한후 신고는 적법하므로 처분청이 한 쟁점무납부고지 또한 하자가 없다.

가.

도시재정비 촉진을 위한 특별법에 따라 보상금 등을 반환하고 취득한 토지등소유자의 지위를 양도하는 경우 양도소득세가 비과세된다는 청구주장의 당부 나.

(1) 소득세법 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “ 조합원입주권 ” 이란 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원 (같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다) 으로서 취득한 것 (그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다) 으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세 (이하 " 양도소득세 " 라 한다) 를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택 (가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다) 과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지 (이하 이 조에서 " 주택부수토지 " 라 한다) 의 양도로 발생하는 소득 가. 1 세대가 1 주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

1 개 보유한 1 세대 [ 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가일 (인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대 ] 가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1 조합원입주권 외에 1 주택을 소유한 경우로서 해당 1 주택을 취득한 날부터 3 년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것 (3 년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1 세대가 주택 (주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의 2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산 (起算) 하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액 (이하 " 양도소득 산출세액 " 이라 한다) 을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

94 조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1 년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100 분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100 분의 70) (2) 소득세법 시행령 제154조【 1 세대 1 주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “ 대통령령으로 정하는 요건 ” 이란 1 세대가 양도일 현재 국내에 1 주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2 년 (제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3 년) 이상인 것 [ 취득 당시에 주택법제63조의 2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역 (이하 “ 조정대상지역 ” 이라 한다) 에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2 년 (제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3 년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2 년 이상인 것 ] 을 말한다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. (후략) (3) 도시재정비 촉진을 위한 특별법 제11조【기반시설 설치비용의 분담 등】④ 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우에 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 국토교통부령으로 정하는 이자를 더한 금액을 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 보며, 이 경우 해당 재정비촉진구역 사업시행자가 기반시설의 설치에 필요한 부지를 제공한 것으로 본다. 또한 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 보상금액을 반환하지 아니한 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역에서 매각되는 토지 또는 건축물에 대하여 우선 매수를 청구할 수 있다. (4) 도시 및 주거환경정비법 제39조【조합원의 자격 등】① 제25조에 따른 정비사업의 조합원 (사업시행자가 신탁업자인 경우에는 위탁자를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 은 토지등소유자 (재건축사업의 경우에는 재건축사업에 동의한 자만 해당한다) 로 하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 그 여러 명을 대표하는 1 명을 조합원으로 본다. 제72조【분양공고 및 분양신청】① 사업시행자는 제50조 제9항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 날 (사업시행계획인가 이후 시공자를 선정한 경우에는 시공자와 계약을 체결한 날) 부터 120 일 이내에 다음 각 호의 사항을 토지등소유자에게 통지하고, 분양의 대상이 되는 대지 또는 건축물의 내역 등 대통령령으로 정하는 사항을 해당 지역에서 발간되는 일간신문에 공고하여야 한다.

③ 대지 또는 건축물에 대한 분양을 받으려는 토지등소유자는 제2항에 따른 분양신청기간에 대통령령으로 정하는 방법 및 절차에 따라 사업시행자에게 대지 또는 건축물에 대한 분양신청을 하여야 한다. (5) 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의 3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5 년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날 (처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날) 부터 90 일 이내 (법정신고기한이 지난 후 5 년 이내로 한정한다) 에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액 (각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다) 이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2 개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2 개월 이내에 아무런 통지 (제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2 개월이 되는 날의 다음 날부터 제 7 장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다. 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점무납부고지와 관련된 내역은 아래와 같다. (가) 청구인은 2022.8.1. 쟁점권리의 양도에 대하여 2021 년 귀속 양도소득세를 기한후 신고 (세율: 50%, 세액: OOO 원) 하였다. (나) 청구인은 2023.11.22. 심판청구와 동일한 취지로 당초 기한후 신고한 2021 년 귀속 양도소득세 전액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 아무런 통지를 하지 아니하였다. (2) 쟁점부동산 및 쟁점권리의 취득 내역은 아래와 같다. (가) 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면, 청구인은 쟁점부동산을 1982.10.27.(토지) 및 1993.1.20.(건물) 취득하여 보유하고 있다가 2015.1.13. 수용되어 2015.1.21. 부산광역시로 소유권이 이전되었다. (나) 청구인은 2021.3.23. 쟁점부동산의 수용에 따른 보상금 OOO 원과 이자 OOO 원을 반납하여 도시재정비 촉진을 위한 특별법제11조 제4항에 따라 쟁점권리를 취득하였다. (3) 쟁점권리 양도 등과 관련된 내역은 아래와 같다. (가) 청구인은 2021.3.23. a 및 b 과 쟁점권리를 양도하기로 계약하고, 2021.4.23. OOO 원에 양도하였는데, 해당 계약서에서는 매매물건이 토지등소유자의 지위이고, 청구인은 등기상의 소유자가 아니며, 등기이전이 불가능하다고 기재되어 있다. (나) 쟁점권리 양도 당시 청구인 세대는 주택 등을 보유하고 있지 않았고, 시민공원주변재정비촉진 3 구역 재개발사업에 대한 관리처분계획인가도 이루어지지 않았다. (다) 청구인은 쟁점권리의 양도대가를 수령한 다음 며느리인 c 등 8 인에게 OOO 원을 증여하였고, 법무부장관은 이를 사해행위로 보아 사해행위취소소송을 제기하였으나, 부산지방법원은 쟁점권리의 양도가 양도소득세 비과세 대상인 것으로 보아 원고의 청구를 기각하였다 (부산지방법원 2023.12.14. 선고 2023 가단 344173 판결). (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 이 건 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 본다. 국세기본법제45조의 2 제3항에서는 경정청구를 한 자가 2 개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2 개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구를 할 수 있다고 규정되어 있다. 청구인은 2022.8.1. 쟁점권리의 양도에 대하여 2021 년 귀속 양도소득세를 기한후 신고하였고, 2023.11.22. 해당 세액의 감액을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 이에 대하여 아무런 통지를 하지 아니하였는바, 이 건 심판청구는 실질적으로 청구인이 제기한 경정청구에 대한 처분청의 부작위 또는 거부처분의 위법성을 다투는 의미로 볼 수 있고, 이러한 경우 청구기간의 제한이 별도로 규정되어 있지 않으므로, 청구인으로서는 청구취지만 변경하여 실질적으로 동일한 취지의 심판청구를 재차 제기할 수 있을 것이어서 이 건 심판청구에서 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 부작위 또는 거부처분의 위법성을 본안심리대상으로 삼는 것이 가장 유효적절한 권리구제의 수단이라고 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점에 대하여 본다. 청구인은 쟁점권리를 원시취득하였고, 쟁점권리의 양도에 대하여 양도소득세가 비과세된다고 주장한다. 그러나, 쟁점부동산은 2015.1.13. 수용되어 2015.1.15. 부산광역시로 소유권이전등기되었는데, 청구인이 추후 보상금 등을 납입하여 쟁점권리를 취득하였다 하더라도 쟁점부동산의 수용에 따른 법률효과가 소급하여 변경된다고 볼 수 없고, 청구인 명의로 환원등기가 이루어지지도 않았으므로, 청구인은 도시재정비 촉진을 위한 특별법제11조 제4항에 의하여 새로이 부동산에 관한 권리를 취득한 것으로 봄이 타당한 점 (조심 2022 부 202, 2022.6.30., 같은 뜻임), 청구인 또한 쟁점권리가 토지등소유자의 지위에 해당하고, 청구인이 등기상 소유자가 아니며, 등기이전이 불가능하다고 계약한 점, 토지등소유자의 지위는 주택이나 조합원입주권이 아니라 할 것이므로, 쟁점권리의 양도는 소득세법제89조 제1항 제3호 및 제4호에 열거된 양도소득세 비과세 요건을 충족하지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.