쟁점토지 전체를 8년 이상 재촌·자경을 하였으므로 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] oo세무서장이 2023.12.5. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2014.10.23. oo특별자치도 ooo시 OOO(과수원 1,542㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2023.1.20. 농업회사법인 주식회사 A에게 OOO원에 양도하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 OOO원을 적용하여 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도소득세 신고 적정여부를 검토한 결과, 청구인이 쟁점토지의 전체면적 1,542㎡ 중 1,056㎡(이하 “쟁점감면부인토지”라 한다)를 8년 이상 직접 경작을 하지 아니하였다고 보아, 2023.12.5. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 보유기간 8년 2개월 동안 재촌‧자경하였으므로 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당한다.

(1) 청구인은 본래 커피나무에 관심이 많았었고, 제주특별자치도의 풍토와 기후가 커피나무를 발아하고 육성할 수 있는 가능성이 있다고 보아, 쟁점토지 등을 매수하였다. (가) 청구인은 쟁점토지를 매수한 후 계획하였던 커피나무의 발아를 시도 하였고, 발아에 성공한 묘목들을 쟁점토지에 이식하였으나, 이식하였던 묘목들이 10월 이후에는 섭씨 13도 이하로 내려가면 고사할 가능성이 있기에 그 다음해 봄까지는 쟁점토지와 연접한 토지에 설치하였던 비닐하우스 시설 안에서 키우다가 쟁점토지에 이식하여 키우는 것을 반복하였다. (나) 커피 묘목은 충분히 햇볕을 직접 쬐고 통풍도 원활하게 이루어져야 하기에 비닐하우스 시설에서 계속 기를 수가 없어 노지에 이식하여 키우다가 한시적으로 비닐하우스에서 키우는 작업이 필요했다. 그 과정에서 청구인은 커피나무의 육성을 돕고 병충해를 예방하기 위해 비료와 농약을 구입하기도 하였고, 제주특별자치도 농업기술원과 서귀포농업기술 센터의 농업연구관사들로부터 기술지도를 받기도 하였으며, 2022년 에는 그동안 재배하였던 묘목 중 일부를 a에게 일천만원에 판매하였

• 다. (2) 조특법 제69조는 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 도모하고, 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 하는 것으로, 농지소재지에 거주하는 대통령령으로 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면해 주고자 하는 데 있다. 대통령령으로 그 거주 요건이나 경작 방법, 대상 토지를 제한하여 두었을 뿐, 그 토지 일부에 대해 자경 감면 요건이 충족하지 아니한 경우, 이를 구분하여 감면 적용하여야 한다는 규정은 없다.

(3) 처분청은 과거 위성사진을 확인한 결과, 일부 토지에 대하여 경작여부가 확인되지 아니하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 적용하기 어렵다는 의견이다. (가) 그러나 자경요건 판단 시, 현장확인 없이 항공사진 등을 근거로 한 것은 신빙성이 부족하다는 결정례(국심 2006중1361, 2006.9.12.)가 있었고, 실제 쟁점토지의 커피나무 묘목이 매우 작고 주변의 풀들과 유사하여 위성사진으로 구별이 어려운 사정이 있음에도 단순히 항공사진을 근거로 이루어진 이 건 처분은 위법·부당하다. (나) 항공사진을 살펴보면, 쟁점토지에 대하여 청구인이 자경을 위한 통로로 이용하는 일부 구역 이외에 전체 토지를 8년 넘게 자경한 사실을 확인할 수 있고, 커피나무의 경우 토지 전체에 커피나무만 심는다고 하여 재배가 가능한 것이 아니라 주변에 바람을 막아주고 어느 정도 그늘을 막아줄 수 있는 나무들이 필요하기에 이를 위하여 불가피하게 야자수 등을 심기로 한 것이다. (다) 쟁점토지를 최대한 활용하여 노지에 커피나무 묘목을 식재하였고, 가을에 비닐하우스로 옮길 수 있도록 통로를 확보하여 두었다. (라) 청구인이 조특법에 따라 자경농지에 대한 양도소득세를 감면 적용을 하기 위해 조세법률주의의 과세요건법정주의나 명확주의가 적용되어야 하고, 처분청도 구체적인 법령에 따라 명백히 입증된 사실과 이유에 근거하여 조특법을 적용하여야 함에도 쟁점토지에 대하여 항공사진만으로 자경여부를 판단하고, 명확한 근거 없이 쟁점감면부인토지를 구분하여 양도소득세 감면적용을 배제한 것은 위법·부당하다.

(4) 처분청 의견에 대한 청구인의 추가 항변내용은 아래와 같다. (가) 처분청은 동일한 상황에서 전체 토지에 대한 요건을 충족하여 감면을 적용받는 자와 불평등을 초래할 수 있는 것이라는 의견이나, 자경농지 양도소득세 감면 규정의 입법 취지는 일정 기간 이상 농업을 영위한 납세자에게 농지의 양도 단계에서 세제상의 혜택을 부여하여 농업의 육성과 농민을 보호하겠다는 것으로서, 근본적으로 혜택을 부여하고자 하는 것이지, 1필지의 토지 중 실제 농사가 이루어진 곳을 명확히 구분하여 과세관청에서 농사가 이루어지지 아니하였다고 판단되는 부분에 대해서는 양도세액 감면의 혜택을 배제하고자 하는 것이 주된 취지는 아니다. (나) 물론, 특례 규정으로서 요건에 부합하는지 여부를 확인할 수는 있으나, 통상 농사를 짓는 현황에 대해 달리 기록하기 어려운 농민들이 그 자경여부를 명확히 증빙하지 못하는 부분이 있다고 하여 그 특례 규정을 반드시 배제하도록 하였다거나 이를 임의로 판단할 수 있는 재량권까지 부여하였다고 보기는 어렵다. (다) 청구인은 묘목을 판매할 목적보다는 제주 기후에 맞는 커피나무를 재배하여 커피 열매를 수확할 목표를 가지고 있었고, 이에 커피 열매를 충분히 수확할 수 있는 8∼10년생까지는 충분히 나무를 키우고자 하였다. 묘목 등의 재배도 경작에 포함되는 것인데, 청구인이 쟁점토지에서 묘목을 길렀음을 확인할 수 있음에도 자경사실을 부인할 명확한 근거가 없고, 청구인이 최종적으로 커피 원두를 생산하여 판매할 계획이었으나 낯선 풍토와 기후 및 관련 자료와 경험 부족으로 안타깝게도 원두를 생산할 정도에 이르지 못한 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고서상 감면세액의 적정여부를 검토한 결과, 쟁점토지에서 쟁점감면부인토지를 제외한 토지에는 감귤나무가 식재된 것을 확인하여 양도소득세 감면을 적용하였고, 쟁점감면부인토지에는 쟁점토지의 농지원부, 2015년부터 2022년까지 농약 및 비료 구매내역, 감귤판매 계좌내역, 항공사진, 기타소득발생현황 등을 근거로 쟁점토지 중 작물재배의 흔적이 확인되지 아니하여 양도소득세 감면적용을 배제하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지에서 감귤나무를 키우고, 쟁점감면부인토지에서는 커피나무를 키웠는데, 커피나무는 쟁점토지와 연접한 청구인 소유의 토지(OOO리 OOO번지, 이하 “연접토지”라 한다)에서 키우다가 늦은 봄에 쟁점감면부인토지로 이식하였다고 주장한다. (가) 그러나 처분청은 2023.5.16. 쟁점토지를 현장확인을 하였고, 쟁점감면부인토지에는 항공사진과 인터넷 포털사이트의 로드뷰에서 확인되지 아니한 검은 천이 덮여 있었는데 커피 묘목이라고 하는 가느다란 나무줄기가 있는 것을 확인하였다. (나) 청구인은 위의 커피 묘목 중 일부는 2022년도에 매수인 a에게 판매하였다며 확인서와 입금내역을 제출하였으나, a은 서울특별시 소재 부동산업(주택관리, 부동산개발업, 인력공급업)을 영위하는 사업자로, 그 업종이 커피 묘목 취득과는 관련이 없고, 개인적으로 구매하였다고 하더라도 이를 이유로 청구인이 8년 동안 직접 자경하였음이 입증되었다고 볼 수 없다. (다) 청구인은 커피 묘목의 판매나 나무 생육을 완료하여 커피원두를 생산 및 판매목적이었음을 확인할 수 있는 작물의 수확과 매출현황이 확인되는 바가 없고, 2022년도 중 묘목을 일부 판매한 것 또한 일회성으로 발생한 것이며, 수량은 단 55본에 불과하다. 이 외 매출현황 등은 확인되지 아니하고, 거래확인서상 판매 묘목은 8년생이라고 표시되었으나, 이를 청구인이 8년 이상 자경하였다는 직접적인 증빙으로는 볼 수 없다. (라) 청구인은 8년 자경에 대한 증빙으로 b이 작성한 확인서를 제출하였는데, 이 확인서는 사인간에 작성한 것으로 청구인이 쟁점토지에서 8년 이상의 기간 동안 커피 묘목 등을 생산하였음을 입증할 수 있는 객관적·구체적 증빙에 해당하지 아니한다.

(3) 청구인은 커피를 재배할 목적으로 커피묘목을 식재하였고, 이를 위하여 비닐하우스 및 난방시설 설치 등을 하였으나, 난방비 등의 원가 상승으로 커피 원두의 생산 및 납품이 원활이 이루어지지 아니하였고, 작물의 특성 및 기후 현황과 청구인의 묘목 생육과정 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 작물 재배의 목적보다 커피 묘목의 생육 연구를 한 것으로 보이고, 경작하였다고 하더라도 자경기간이 8년 이상임을 입증할 객관적·구체적 증빙이 확인되지 아니하여 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 충족하였다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 전체를 8년 이상 재촌·자경을 하였으므로 조특법 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금”이란 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정 제4조에 따른 농지이양은퇴보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑥ 소득세법 제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

⑧ 법 제69조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우”란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조 제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 제3항 에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지대장 등본과 자경증명의 확인
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2014.10.23. 쟁점토지와 연접토지를 취득하여 보유하다가 2023.1.20. 청구인이 대표로 있는 농업회사법인 주식회사 A에 쟁점토지를 양도한 후 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지 중 1,056㎡에 대해 청구인이 8년 동안 직접 경작하지 아니한 것으로 보아, 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. <표 삽입을 위한 여백> <표1> 2023년 귀속 양도소득세 신고 및 경정 내역 (단위: 원, %) OOO (나) 국세청 전산망 자료에 따르면, 청구인은 2014.8.3. 직장에서 퇴직한 이후 소득이 거의 발생 되지 아니하였고, 2014.7.11.부터 현재까지 ooooo ooo시에 거주하는 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지는 생산관리지역의 과수원으로, 처분청이 제출한 쟁점토지 지적도 및 연도별 항공사진은 <표2>와 같다. <표2> 쟁점토지 지적도 및 항공 사진 OOO (라) 청구인은 커피나무 묘목을 판매한 증빙으로 2022.10.7.자 농산물 거래확인서를 제출하였고, 청구인의 계좌에는 2022.11.3. 커피나무 묘목을 매수한 a으로부터 OOO원이 입금된 것으로 나타난다. (마) 청구인은 커피나무 묘목 순화작업을 청구인에게 지도하였다는 내용의 ‘커피나무묘목재배 지도 확인서(제주특별자치도 농업기술원 지도자 b, c, d)’와 2022.10.7. a이 청구인으로부터 커피나무를 구입하였다는 내용의 ‘사실확인서’, 상록 주식회사가 청구인에게 2021.4.18., 2022.8.24. 커피나무비료를 판매하였다는 내용의 ‘커피나무비료 판매확인서’를 제출하였다. (바) 2015∼2022년 기간 동안 쟁점토지와 연접토지는 과수원으로 재산세(분리과세)가 부과되었고, 연접토지와는 달리 쟁점토지에 대한 직불금 신청 및 수령 사실은 없는 것으로 나타난다. (사) 농지원부상 쟁점토지는 2022.2.28., 연접토지는 2014.10.28. 각각 등록되었고, 농지대장에는 쟁점토지의 이용현황에 ‘다년생 식물재배’, 경작현황에 ‘농업경영(자경), 2022.2.28. 확인’으로 기재되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 쟁점토지 전부(1,542㎡)를 8년 이상 직접 경작한 사실이 객관적으로 확인되지 아니하므로 쟁점토지 중 일부 면적(486㎡)은 감면 인정하고 나머지 면적(1,056㎡, 쟁점감면부인토지)에 대하여는 양도소득세 감면 부인하여 이 건 처분을 하였으나, 쟁점토지는 하나의 필지로 이루어진 과수원(지목)으로서, 처분청이 8년 자경감면 부인의 근거로 제시한 2015년부터 2022년까지의 연도별 항공사진을 살펴보면 쟁점토지와 연접토지에는 전체적으로 묘목으로 보이는 작물들이 식재되어 있고 처분청의 자경 인정 부분과 자경 부인 부분 간에 뚜렷한 형상의 차이를 보이지 아니하는 점(처분청 스스로도 청구인이 쟁점토지에 농사를 지었다는 사실은 인정하고 있음), 위 항공사진 식별만으로 처분청이 쟁점토지 중 32%에 해당하는 면적에 대해 8년 자경을 인정하고 나머지 68%에 해당하는 면적은 자경 부인한 것은 그 근거가 불분명할 뿐만 아니라 합리적이라고 보기도 어려운 점, 쟁점토지 및 연접토지 일원에서 2014년～2023년 기간 중에 커피나무묘목 재배와 관련한 농업기술지도를 하였다는 ooooo도 농업기술원 지도사 3명의 확인서, 2022년 커피나무묘목 판매 관련 구매자 a의 농산물 거래확인서(6～8년생 55본) 및 금융증빙(2022.11.3. a 1천만원 입금내역) 등으로 보아 쟁점토지에 커피나무묘목 등을 재배하였다는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 관할 지방자치단체장의 재산세 부과내역 및 농지대장에 따르면, 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 과수원 지목(공부/현황)으로 재산세를 납부하였고, 2022년 2월 쟁점토지 이용 및 경작현황 확인결과 ‘다년생 식물재배 및 농업경영(자경)’ 사실이 기재되어 있는 점, 처분청은 청구인이 연접토지에 대하여 2014.10.28. 농지원부 등록 및 직불금 수령 사실이 있음에도 쟁점토지에 대하여는 2022.2.28. 농지원부에 등록하고 직불금도 수령한 사실이 없다는 점을 8년 자경 부인의 근거로 제시하나, 이는 처분청 스스로 쟁점토지 중 일부에 대하여 8년 자경을 인정한 사실과도 부합하지 아니하고, 연접토지와는 달리 뒤늦게 쟁점토지를 농지원부에 등록하였고 직불금을 신청하지 않은 것은 행정절차 미숙 또는 착오에 기인한 것이라는 청구인의 주장을 수긍할 수 있어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지 중 일부(쟁점감면부인토지)에 대하여 조특법 제69조에 의한 양도소득세 감면 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.