조세심판원 심판청구

쟁점거래가 사업의 포괄적 양수도에 해당하는지 여부

사건번호 조심 2024부0260 선고일 2024-11-12 조세심판원

[요지] 청구인등은 쟁점부동산에 대하여 과세사업인 임대업을 영위하였고, 양수인은 과세‧면세사업인 ㅇㅇ과 커피숍 관련 사업을 영위하였기에 쟁점부동산에 대한 사업의 동질성이 그대로 유지되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2017.6.30. a(청구인의 배우자이고, 청구인과 합하여 이하 “청구인등”이라 한다)과 공동으로 경상남도 거제시 OOO 외 1개 필지의 토지 및 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(지분은 각 2분의 1씩)한 후, ‘A’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하였고, a은 청구인으로부터 쟁점부동산 지분을 임차하여 B병원 관련 사업을 영위하였다.
  • 나. 청구인등은 2018.5.2. 쟁점부동산을 의료법인 D의료재단(이하 “C병원”이라 한다)에게 총 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후, 2018년 7월경 쟁점부동산 임대업에 대한 2018년 제1기 부가가치세 신고 시 a 지분(이하 “쟁점지분”이라 한다)에 상응하는 임대수입금액은 a이 부가가치세가 면제되는 B병원을 직접 경영하였다는 이유로 부가가치세 과세표준에서 제외하였고, 2018.12.31. 쟁점부동산과 관련한 사업자등록(부동산임대업, B병원)상 폐업신고를 각각 하였다.
  • 다. 처분청은 2020년 3월경 청구인등이 쟁점부동산 임대업을 폐업하면서 잔존재화에 대한 부가가치세를 신고하지 아니한 것에 대하여 부가가치세 조사를 실시하였고, 그 과정에서 청구인등은 2020.3.16. 쟁점부동산의 잔존재화 공급가액을 OOO원으로 계산하여 2018년 제1기 부가가치세 OOO원(신고불성실가산세 포함)을 수정신고 ․납부하였다.
  • 라. 이후 청구인은 2023.5.18. 쟁점거래가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄적인 양수도에 해당한다고 보아, 이미 수정신고․납부한 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.7.25. 동 경정청구를 거부하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.2. 이의신청을 거쳐 2023.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인등이 쟁점부동산 및 그 내부에 있는 커피숍을 포함하여 양도한 쟁점거래는부가가치세법상 사업의 포괄적 양수도로서 재화의 공급에 해당하지 않는다. 청구인의 배우자 a은 쟁점부동산에서 B병원을 영위하였고, B병원과 관련한 모든 인적․물적 설비를 양수한 C병원도 같은 장소에서 의료업을 영위하였다. 쟁점부동산에 대한 매매계약서 제3조 등에 의하면, B병원 직원의 승계 및 퇴직금 정산(제1항), 커피숍 등 매점에 대한 임대차 계약 및 시설유지보수업체(제2항)를 모두 승계하는 것으로 명시되어 있다. 또한 청구인등은 부부로서 동일한 경제주체이고,국세기본법제14조의 실질과세원칙을 적용할 때 B병원 외에 쟁점부동산에 대한 임대업은 사업자로서의 지위가 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점거래를 면세사업(B병원)의 포괄적 양수도로 보지 않고 청구인등의 폐업 시 잔존재화에 대한 부가가치세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 쟁점거래가 과세사업(임대업)의 포괄적 양수도에 해당하지 않더라도, 쟁점지분은 a의 의료업에 전용되었으므로, 부가가치세 과세대상에서 제외되어야 한다. 민법제191조는 “동일한 물건에 대한 소유권과 다른 물권이 동일한 사람에게 귀속한 때에는 다른 물권은 소멸한다”고 규정되어 있는바, 동일인이 권리의 주체와 의무의 주체가 될 수 없고, 임대업자인 a 자신이 운영하는 쟁점지분의 병원 임대차계약에 대한 물권은 소멸하는 것이다. 따라서 쟁점지분에 해당하는 부동산임대는 소멸된 물권으로 유효하지 않은 계약관계로써 과세재화의 임대용역에 해당하지 아니하는바, 면세전용된 쟁점지분의 양도는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다.

  • 나. 처분청 의견 (1)부가가치세법 시행령제23조에 따르면, 사업의 포괄적 양수도는 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 인적·물적 시설 등 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것인바, 청구인등이 부동산임대업으로 영위하였던 쟁점부동산은 C병원이 의료업을 영위할 목적으로 매입하여 병원으로 영위하였기에 사업의 동일성을 유지하지 못한 점, B병원의 직원들(45명) 중 15명(승계비율 약 33.3%)만 C병원에 계속 근무하고 있기에 인적 승계도 이루어지지 않은 점, 부동산매매계약서상 약품 도매상과의 거래관계․퇴직금 등의 미정산에 따른 우발채무 외에 양수도 전의 진료 사후관리를 청구인등이 책임지는 것으로 약정되어 있는 점 등을 감안할 때 쟁점거래는 사업의 포괄적 양수도가 되었다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다. (가) 청구인등은 쟁점부동산을 공동사업장으로 하여 A이라는 임대업 사업자등록을 하고, a은 청구인등으로부터 쟁점부동산을 임차하여 B병원을 영위하면서 임대차계약에 따른 임차료 및 세금계산서를 정상적으로 수수하였다. (나) 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 영위하는 청구인등이 면세사업인 의료업을 영위한 C병원에게 쟁점부동산을 양도한 것은 사업의 포괄적 양수도에 해당하지 않는다.

1. 청구인등은 커피숍을 포함한 쟁점부동산 건물 전체를 임대하는 임대사업자이고 그 연면적 95%를 면세사업인 의료업에 사용하는 C병원에게 양도하였다 하더라도, 이는 별개의 다른 업종을 영위하는 사업자이므로, 사업의 포괄적 양수도에 해당하지 않는다.

2. 청구인등은 쟁점부동산 건물 전체를 B병원에게 임대한 것일뿐 이를 면세사업에 전용한 것이 아니다.

(2) 부가가치세 과세대상인 부동산임대업을 공동영위하는 청구인등 중 a이 자신 소유의 쟁점지분을 면세사업인 B병원에게 임대하다가 양도하였더라도 이는 부가가치세 과세대상에 해당하므로 청구주장을 받아들일 수 없다. (가) 청구인등(부동산임대업)과 B병원(의료업)은 서로 업종이 다르다. (나) 청구인등은 a의 쟁점지분을 포함한 임대료를 B병원으로부터 수취하고 매출세금계산서를 정상적으로 발급하였다. (다) 청구인등이 A이라는 부동산임대업을 영위한 2017년 2기부터 2018년 1기까지의 부가가치세 신고내용을 보면, 쟁점부동산(쟁점지분 포함) 임대와 관련한 비품 취득, 건물 수선 등에 따라 매입세금계산서를 수취하고 그 매입세액을 공제받았다. (라) 청구인등의 종합소득세 신고내용을 보면, 쟁점부동산(쟁점지분 포함)은 B병원이 아니라 청구인등의 고정자산으로 계상되었다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 쟁점거래가 사업의 포괄적 양수도에 해당하는지 여부

② 쟁점부동산 중 쟁점지분은 면세사업(병원)과 관련한 것으로 부가가치세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조 제9항제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

(4) 민법 제191조(혼동으로 인한 물권의 소멸) ① 동일한 물건에 대한 소유권과 다른 물권이 동일한 사람에게 귀속한 때에는 다른 물권은 소멸한다. 그러나 그 물권이 제삼자의 권리의 목적이 된 때에는 소멸하지 아니한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인등은 2017. 6.30. 쟁점부동산을 공동으로 취득(지분 각 1/2씩)한 후 부동산임대업을 영위하다가 2018.5.2. 이를 C병원에게 양도하였고, 쟁점부동산의 규모는 지하 1층, 지상 8층의 연면적 4,963.44㎡로 확인된다. (나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인등은 의료업을 영위하던 전소유자로부터 면세사업장인 쟁점부동산을 취득하였는바, 이는 면세사업장인 쟁점부동산의 양수도로서 세금계산서 발급대상이 아니므로 부가가치세를 부담하지 않았고, 부가가치세 매입세액도 공제받지 아니한 것으로 나타난다. (다) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인등은 매월 B병원으로부터 임대료 OOO원(공급가액)을 수취한 후 B병원에게 매출세금계산서를 발급하였고, 과세기간별 부가가치세 신고 시 위 임대료를 매출과세표준으로, 쟁점부동산(a 지분 포함)과 관련한 비품 등 매입액을 매입과세표준으로 각각 작성하였으며, 청구인등의 쟁점부동산에 대한 임대현황은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점부동산의 임대현황 (단위: 백만원) 상호 대표자 업종 전세보증금 (월세) 개업일 (폐업일) 비고 B병원 a 의료업 0 (25) 2017.8.4. (2018.12.31.) 카페 등 b 카페 100 (0) 2017.9.27. (2021.1.21.) OOO (라) 국세청 전산자료 등에 의하면, C병원은 청구인등으로부터 쟁점부동산을 양수한 후 의료업을 직접 영위하고 있고, 2층 카페는 계속하여 임대하고 있는 것으로 나타난다. (마) C병원의 원천세 신고서에 의하면, C병원이 B병원으로부터 승계받은 직원은 총 45명 중 15명(승계비율 약 33.3 %)인 것으로 나타난다. (바) 청구인등의 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인등은 2017년 및 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점부동산의 임대수입금액과 그의 부채(장기 차입금 OOO원) 및 이자비용 등에 대하여 복식부기로 기장하였고, 각 지분(2분의 1)에 따라 분배한 소득금액과 다른 소득을 각각 합산·신고한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다.

(나) 청구인이 제시한 쟁점부동산 양도 관련 매매계약서 및 약정서 등을 보면, 계약일은 2018.4.20., 전체 매매대금은 총 OOO원(쟁점부동산 OOO원, 영업권 OOO원), 매도인란에는 ‘청구인등’ 등의 내용으로 각각 기재되어 있다. <쟁점부동산에 대한 매매계약서상 주요내용>

○ 부동산의 표시(총 OOO원)

• 쟁점부동산 OOO원

• 비품, CT, 병상유지, 진료환자, 진료기록부 인계 등 영업권: OOO원

○ 계약내용 제3조(제한물권 등의 소멸) ① 매도인은 위의 부동산에 설정된 저당권, 지상권, 임차권 등 소유권의 행사를 제한하는 사유가 있거나, 제세공과 기타 부담금의 미납금이 있을 때에는 계약금 수수일까지 그 권리의 하자 및 부담 등을 제거하여 완전한 소유권을 매수인에게 이전한다. 또한 등기사항에 나타나지 않은 임차 및 약품 도매상과의 정리문제, 퇴직금 등 미정산에 따른 우발채무와 기타 우발리스크 및 양도전 진료의 사후관리 문제 등, 제반사항은 소유권 이전 후에도 매도인이 그 책임을 진다.

② CT를 활용할 수 있도록 병상유지에 대한 동의서는 매도자가 책임지고 받아주기로 한다.(다만, 매점 임대차 계약 및 시설유지보수 업체는 승계한다) 계약일: 2018.4.20. 매도인: 청구인등, 매수인: C병원 <약정서상 주요내용(2018.4.26. 작성)> C병원은 B병원의 인공신장실용 차량, CT, 내시경, 정수기 외 기타리스를 2018.6.1.부터 승계한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 임대업은 그 실체가 없는 등 쟁점거래는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄적 양수도에 해당한다고 주장하나,부가가치세법제10조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조는 사업을 양도하는 것으로서 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 여기서 말하는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 ‘사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다’고 할 것이므로, 그 사업은 인적ㆍ물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하는 점(대법원 2007.11.29. 선고 2005두17294 판결 등 참조), 청구인은 쟁점부동산 임대업으로 공동사업자등록을 한 후, a(B병원)에게 쟁점부동산 지분을 임대하고, 매월 임대료를 수취하여 세금계산서 발급 및 임대수입금액에 대한 부가가치세 신고를 하였으며, 청구인등은 종합소득세 신고 시 각 지분(2분의 1씩)에 따라 분배받은 부동산임대소득과 타 소득을 합산하여 각각 신고한 점, 종합소득세 신고 시 쟁점부동산은 B병원의 자산이 아닌 임대사업장인 A의 자산으로 계상되어 있는 점, 청구인등은 쟁점부동산에 과세사업인 임대업을 영위하였고, 양수인은 과세․면세사업인 C병원과 커피숍 관련 사업을 영위하였기에 쟁점부동산에 대한 사업의 동질성이 그대로 유지되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점지분의 양도가 면세사업(병원)과 관련한 것으로 부가가치세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 청구인등은 a의 쟁점지분에 해당하는 임대료를 포함한 임대료를 B병원으로부터 수취하고 매출세금계산서를 정상적으로 발급한 점, 처분청이 제시한 자료 등에 의하면 청구인등이 A이라는 부동산임대업을 영위한 2017년 제2기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세 신고내용상 쟁점부동산(쟁점지분 포함) 임대와 관련한 비품 취득, 건물 수선 등에 따라 매입세금계산서를 수취하고 그 매입세액을 공제받은 점, 청구인등의 종합소득세 신고내용을 보면, 쟁점부동산(쟁점지분 포함)은 B병원이 아니라 청구인등이 영위한 부동산임대업의 사업용 고정자산으로 계상되어 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)