쟁점지분의 이전이 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 청구인이 쟁점사업장의 공동사업자로서 연대납세의무가 있는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주 문] ㅇㅇ세무서장이 2024.6.20. 청구인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분(연대납세의무)은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.4.27. a과 함께 아래 <표1>과 같이 경상북도 ㅇㅇ군 OOO 토지 및 건물 등 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 지분 각 50%를 취득하여, 공동으로 임대사업자등록(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 하였고, 이후 a은 2016.7.14. b에게 쟁점부동산 관련 자신의 지분(이하 “쟁점지분”이라 한다)을 이전하였다. <표1> 쟁점부동산 명세 (단위: ㎡)

○○○

• 나. ㅇㅇ지방국세청장은 2024.1.18.부터 2024.4.2.까지 b에 대한 자금출처조사를 실시한 결과, b의 동생인 c이 b의 명의로 쟁점지분을 취득한 사실을 확인하였고, 쟁점지분이 2019.8.26. 의료법인 A(이하 “쟁점재단”이라 한다)에 증여된 것에 대해서는 그 실질이 d에게 양도된 것임에도 관련 부가가치세(건물 양도분 공급가액 합계 OOO원)를 신고하지 아니한 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 쟁점사업장의 공동사업자 중 1명을 b에서 c으로 정정하는 한편, 청구인을 c의 연대납세의무자로 지정하고 2024.6.20. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2019.5.31. 쟁점사업장의 공동사업자에서 빠졌다. 청구인은 a과 2016.3.28. 쟁점부동산의 각 1/2 지분에 대해 공매 낙찰(등기원인: 매매) 받아 2016.4.27. 소유권이전등기를 마치고, 매매대금을 마련하기 위해 총 매매대금 OOO원에 대하여 공동사업자등록을 하여 B으로부터 대출을 받은 사실이 있다. 이후 a은 공동사업자인 청구인의 동의 없이 2016.7.8. b에게 사업권 및 쟁점지분을 양도하였는바, 2016.7.19. a에서 b으로 사업자 명의를 변경할 당시 청구인의 서명 날인이 없고, 청구인은 2016.7.22. a으로부터 통지서(내용증명)를 받기 전까지 명의 변경을 전혀 알지 못하였으며, 이 과정에서 a과 b 사이에 매매대금이 지급된 바 없고, 이후 쟁점재단에 증여하는 과정에서도 모두 a이 일을 처리하여 청구인이 관여한 바는 전혀 없다. 한편, 청구인은 쟁점부동산으로 인한 수익이 없고, 이자부담만 가중되어 본인의 지분을 2019.5.31. d에게 이전하였고, 건물분 매도에 대해서는 부가가치세를 신고하여 납부한 사실이 있는바, 이로써 청구인은 2019.5.31. 이후로부터 쟁점사업장의 공동사업자에서 제외된 사실이 있다.

(2) 이 건 처분은 과세대상이 명확하지 아니한 위법한 처분이다. 청구인의 처분청에 대한 정보공개청구에 따른 과세 근거를 보면, 부가가치세 무신고 부분에 대한 과세처분의 이유를 “d가 a에게 근저당말소 대가로 OOO원을 지급하여 부동산 사용수익이 가능하게 되었으므로 OOO원을 지급한 날을 공급시기로 하여, 임대업에 공하던 부동산을 d에게 공급한 것으로 보아(실질 소유자인 c이 d로부터 OOO원을 받아 a에 차용금을 상환한 것으로 봄) 실질 임대사업자인 c이 건물분 OOO원을 무신고한 것으로 판단됨(공동사업자인 청구인은 본인 지분 매매에 대하여 실거래가액으로 부가가치세 신고)”으로 밝히고 있는바, 실질적 소유자인 c이 쟁점지분을 d에게 공급한 것을 부가가치세 과세대상으로 특정한 것으로 보인다. 그러나, c의 실질 소유 여부와 무관하게, 쟁점지분의 명의자인 b으로부터 쟁점재단으로 2019.8.26. 증여된 것으로 등기부등본상 나타날 뿐으로, d에게 공급된 사실이 전혀 없는바, 과세의 대상이 존재하지 않는다 할 것이다. 더욱이, 쟁점지분을 취득한 것은 d가 아니라 쟁점재단이 증여받은 것으로, 이는 부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 제1항 제20호에 해당하여 면세대상인바, b(c)과 쟁점재단의 거래행위에서 부가가치세는 발생하지 않는다.

(3) 처분청은 2019.5.31. 근저당권이 말소되었기 때문에 d가 쟁점부동산에 대하여 사용수익이 가능하였다는 의견이나, 근저당권 말소와 부동산의 사용수익은 어떠한 연관성도 없다. 부동산 임대업을 위하여 필요한 것은 소유권의 이전이나 전대차등 목적물을 임대할 수 있는 권한을 가지거나 직․간접적인 사용수익을 위해 점유가 필요한 것인데, 근저당권의 말소가 이와 어떤 관련이 있는지 상식적으로 이해할 수가 없다.

(4) 청구인은 2019.5.31. 쟁점사업장의 공동사업자에서 빠져 나와 제1기 과세기간인 2019.6.30.까지의 거래대상에 대한 공동사업자로서의 책임을 질 뿐인바, 쟁점지분이 무상증여된 것이 아니라 유상양도된 것이고, 그 거래행위가 부가가치세 부과대상이라 하더라도, 쟁점지분의 소유권 이전 시점은 등기부상의 소유권 이전 시점인 2019.8.30.임이 분명하고, 제3자에 대한 대항력도 이때 발생하는 것이 명백하여 2019년 제2기를 공급시기로 보고 과세를 하는 것이 타당하므로, 청구인은 공동사업자의 책임을 지지 아니한다. 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2016.7.14. a이 청구인의 동의 없이 쟁점지분을 b에게 양도하며 a과 b 간 금전거래가 없었고, 쟁점지분이 쟁점재단에 증여되는 과정에서 a이 모든 일을 처리하였으며, 청구인은 관여하지 않았던 점 등을 근거로 쟁점지분의 실제 소유자는 c이 아닌 a이라고 주장한다. 그러나, a, c, b 간 작성한 합의서 및 사업양수도계약서는 a이 c에게 양도대금 및 OOO 대출 변경 없이 쟁점부동산 소유권을 이전한 것에 대한 채권·채무를 분명히 하기 위한 계약으로 조사결과 확인되었고, 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 위반 혐의와 관련하여서도 c이 쟁점부동산의 실소유자로서 b의 명의로 명의신탁한 것으로 보아 과징금이 부과되었으며, 청구인과 명의수탁자 b 명의로 작성된 이행합의서의 내용 등을 종합하면, 청구인과 c을 공동사업자로 판단함이 타당하다.

(2) 청구인은 2019.8.30. 쟁점지분을 증여받은 곳은 쟁점재단이므로 이는 부가가치세법 제26조 제1항 제20호 에 따라 공익법인에 무상으로 공급한 면세거래에 해당하고, 설사 동 증여가 부가가치세 과세대상이라 하더라도 처분청이 쟁점지분의 공급시기로 판단한 2019.6.11.은 근저당 말소일(채무자 d, 채권자 a)에 불과하여 쟁점부동산의 소유권 이전 또는 사용수익일과 무관하므로, 쟁점지분의 공급시기는 2019년 제2기이고, 청구인은 2019년 제1기에 쟁점부동산을 양도하여 공동사업자에서 탈퇴하였으므로 청구인에 대한 연대납세의무는 부당하다고 주장한다. 그러나, 쟁점지분은 쟁점재단에 무상으로 증여된 것이 아니라 d에게 유상양도된 거래로서, 청구주장대로 청구인의 지분과 쟁점지분의 공급시기가 다르고 쟁점지분이 무상 증여된 거래라면, 청구인이 2019.5.30. d에게 지분을 매각하며 청구인과 c이 공동으로 상환하여야 할 쟁점부동산에 대한 OOO 근저당설정액 OOO원 전액이 말소될 사유가 없고, d는 쟁점지분에 대한 양도대가로 2019.6.11. 근저당 채무(채권자 a) OOO원을 지급한 후 쟁점부동산을 쟁점재단에 출연한 것으로 진술하고 있는데, c이 a에게 지급해야 할 근저당 채무를 d가 지급할 이유도 없다.

(3) 위와 같이 쟁점부동산 관련 쟁점지분은 무상으로 증여된 바 없어, 부가가치세법 제26조 제1항 제20호 에서 규정한 면세거래에 해당하지 아니하고, 공급시기 또한 2019년 제1기이므로 처분청이 c과 청구인을 연대납세의무자로 지정하여 2019년 제1기 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점지분의 이전이 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 청구인이 쟁점사업장의 공동사업자로서 연대납세의무가 있는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제25조(연대납세의무) ① 공유물, 공동사업 또는 그 공동사업에 속하는 재산과 관계되는 국세 및 강제징수비는 공유자 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다.

(2) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 (3) 부가가치세법 시행령 제47조(공익단체의 범위) ① 법 제26조 제1항 제20호에서 "대통령령으로 정하는 공익단체"란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체를 말한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. (단서 생략)

4. 의료법에 따른 의료법인이 운영하는 사업

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 과세자료 설명자료의 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 처분청이 제출한 과세자료 설명자료의 내용

○○○

(2) 쟁점부동산 관련 등기부등본을 보면, 2016.3.28. 매매를 등기원인으로 2016.4.27. 청구인과 a 명의로 소유권이 이전된 것으로 나타나고, 2016.7.8. 매매를 등기원인으로 2016.7.14. 쟁점지분이 b에게 이전된 것으로 나타나며, 청구인의 지분이 2019.5.31. 매매를 등기원인으로 2019.5.31. d에게 소유권 이전된 것으로 나타나고(<별지1> 참조), 2019.8.26. 증여를 등기원인으로 2019.8.30. 공유자전원지분전부가 쟁점재단에 이전된 것으로 나타난다. 또한, 2016.4.27. 채권최고액 OOO원, 채무자 a, 근저당권자 B으로 근저당이 설정되었다가 2019.5.31. 해지되었고, 2019.5.31. 채권최고액 OOO원, 채무자 d, 근저당권자 a으로 근저당이 설정되었다가 2019.6.11. 해지된 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 전산자료에 의하면, 쟁점사업장은 청구인 및 a을 공동사업자로 하여 2016.4.27. 개업되었고, 2016.7.19. 공동사업자 중 a이 b으로 변경되었으며, 2019.8.26. 폐업된 것으로 나타나는 한편, 2024.6.13. 직권으로 2016.7.19.로 소급하여 공동사업자 중 b이 c으로 변경된 것으로 나타난다.

(4) ㅇㅇ군수가 2024.6.28. 처분청에 회신한 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 위반 처리결과 공문을 보면, c에게 과징금이 부과 완료된 것으로 나타난다.

(5) d가 쟁점지분의 양도대가로 2019.6.11. 근저당채무(채권자 a) OOO원을 지급한 후 쟁점부동산을 쟁점재단에 출연하였다고 진술하였다며 처분청이 제출한 자료는 아래 <표3>과 같다. <표3> 처분청이 제출한 d의 진술서(2024.5.7.) 내용

○○○

(6) 청구인이 2019.5.31. d와 작성하였다며 제출한 부동산 매매계약서(<별지2> 참조)의 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구인이 제출한 부동산 매매계약서의 내용

○○○

(7) 청구인은 상기 계약서에 따라 d가 청구인의 C의 대출금 OOO원을 2019.5.31. 대신 변제하였고, 나머지 금액 OOO원은 청구인의 D OOO 계좌로 2019.5.31. 입금한 사실이 있다고 주장하며, 대출금완제확인서(<별지3> 참조) 및 예금거래내역서(<별지4> 참조)를 각각 그 증빙으로 제출하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점지분의 이전이 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 청구인이 쟁점사업장의 공동사업자로서 연대납세의무가 있는 것으로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세하였는데, 쟁점사업장의 공동사업자 중 1명인 c이 최근 제기한 심판청구에서 우리 원은 쟁점지분이 증여된 것이 아니라 실질은 양도된 것으로서 쟁점부동산 중 건물양도분은 부가가가치세 과세대상 거래에 해당하는 것으로 판단하여 (조심 OOO, 2024.12.17.), 쟁점지분이 쟁점재단에 증여되어 부가가치세법상 면세대상이라는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다. 다만, c의 쟁점지분 양도일이 2019.6.11.로 확인되는 반면, 청구인이 제출한 자료(청구인이 d와 작성한 부동산 매매계약서 및 대출금완제확인서, 예금거래내역서, 쟁점부동산 관련 등기사항전부증명서 등)의 내용을 보면, 청구인은 실질적으로 2019.5.31. 쟁점부동산 관련 자신의 지분을 d에게 이전한 것으로 보이는바, 그렇다면 임대업에 공하던 쟁점부동산을 이전한 2019.5.31. 청구인은 실질적으로 쟁점사업장의 공동사업자의 지위에서 탈퇴한 것으로, 결국 청구인에게는 연대납세의무가 없는 것으로 보이므로, 청구인을 c의 연대납세의무자로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 등기사항전부증명서

○○○ <별지2> 부동산 매매계약서

○○○ <별지3> 대출금완제확인서

○○○ <별지4> 예금거래내역서

○○○