[요지] 쟁점손실보상금은 선별진료소 운영에 따라 수익사업인 의료업에서 발생하는 기회비용을 보전하기 위하여 지급되는 손실보상금의 성격이 존재하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용을 공통손금으로 보아 안분계산한 금액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다
[요지] 쟁점손실보상금은 선별진료소 운영에 따라 수익사업인 의료업에서 발생하는 기회비용을 보전하기 위하여 지급되는 손실보상금의 성격이 존재하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용을 공통손금으로 보아 안분계산한 금액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다
[참조결정] 조심2024전2610
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 대법원은 시내버스 여객운송업을 영위하는 법인이 광고사업을 겸영하면서 버스구입비 등을 지출한 경우, 해당 비용이 ① 여객운송업을 위해 필수적으로 소요되는 비용으로서, ② 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하는 것이고, ③ 광고물의 부착에 따라 추가적으로 소요되는 것도 아니므로, 여객운송업의 매입이라고 판시(대법원 2013.12.26. 선고 2013두17336 판결)하였는데, 해당 기준에 따르면 쟁점비용은 수익사업인 의료업의 개별손금에 해당한다. (가) 쟁점비용은 청구법인이 의료비용 중 약품비, 의료소모품비, 진료재료비를 제외한 것으로 사실상 청구법인이 수익사업인 의료업을 운영하기 위한 비용에 해당하는데, 이는 의료업을 영위하기 위하여 필수적으로 소요되는 것이다. (나) 쟁점비용은 청구법인이 선별진료소를 운영하지 않았어도 당연히 지출되었을 비용이다. (다) 청구법인은 선별진료소를 운영하기 위하여 추가로 의료인력을 고용한 것도 아니고, 통상적인 운영 비용보다 더 많은 비용을 지출하지도 않았으며, 더 많은 비용을 투입한다고 해도 손실보상금을 더 수령하지 않는다.
(2) 청구법인은 병상 손실보상금이 아니라 선별진료소 손실보상금을 수령한 것으로, 쟁점비용과 쟁점손실보상금은 관련이 없다. (가) 코로나19 환자 치료의료기관의 경우에는 환자를 병상에 입원시키고 투약 등 치료행위를 하게 되나, 선별진료소에서는 코로나19 의심환자에 대한 검사만이 수행된다. (나) 청구법인은 병원 부지 내 컨테이너를 설치하여 선별진료소를 운영하였으나, 코로나19 환자 치료의료기관은 병원 내부에 있는 모든 시설(음압병상 등)을 활용하여 환자를 치료하게 되므로, 코로나19 환자 치료의료기관의 의료비용의 경우에만 쟁점손실보상금과 연관성을 인정할 여지가 있다. 이에 따라 코로나19 환자 치료의료기관은 병상 손실보상금이 지급되었으나, 선별진료소는 단순히 일반환자 감소에 따른 진료비 손실에 따른 보상금만이 지급되었다. (다) 조세심판원 선결정(조심 2024전2610, 2024.6.26.)의 경우, 코로나19 전담병원이 병상과 관련된 손실보상금을 수령한 경우와 관련된 것으로 선별진료소를 운영한 청구법인과 동일하다고 볼 수 없다.
(3) 공통손금 여부는 계정과목별로 판단하여야 하는바, 쟁점비용 중 선별진료소에 투입된 의료인건비 일부만이 공통손금에 해당할 여지가 있다. ＜표1＞ 선별진료소 관련성 여부 항목 사유 의료인건비 의사들은 대부분의 근로시간을 수익사업인 의료업에 투입 여비교통비 선별진료소 업무와 관련하여 출장한 사실 없음 수도료 컨테이너 안에서 수도 사용한 내역 없음 연료비 난로 설치 사실 없음 임차료 선별진료소를 위하여 시설을 임차한 사실 없음 도서인쇄비 코로나 대응 등을 위한 책자 발간 사실 없음 의료분쟁비용 선별진료소 운영 관련 소송 사실 없음
(4) 처분청 의견에 대한 항변내용은 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점손실보상금이 의료비용을 고려하여 산정되었다는 의견이나, 쟁점손실보상금은 청구법인이 실제로 지출한 비용이 아니라 청구법인이 건강보험공단으로부터 수령하는 진료비의 감소액을 기초로 산정된 것이고, 청구법인이 실제로 지출한 액수와는 무관하다. (나) 비용의 귀속은 해당 비용이 직접적으로 수익에 기여하였는지 여부를 기준으로 하므로, 막연한 인과관계만으로 쟁점비용에 감염병 관리시설의 설치․운영비용이 포함되어 있다고 단정할 수 없다.
(1) 쟁점손실보상금은 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 감염병 예방 및 관리에 관한 법률제70조에 따라 감염병 관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치․운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급된 보상금으로, 병원의 인건비, 관리비(인건비, 의료장비 감가상각비, 통신․전력비, 의료분쟁 등 포함) 등 전체적인 의료비용을 고려하여 산정․지급되었다.
(2) 청구법인은 감염병 관리시설의 설치․운영 비용을 수익사업과 대응하여 인식하고 있으며, 구분경리하고 있지 아니하고 있는바, 의료비용에는 동일 업종인 기존 종합병원 운영과 관련된 비용과 손실보상금 지급의 전제가 되는 감염병 관리시설의 설치․운영 비용이 모두 포함되어 있다고 볼 수 있으므로, 쟁점비용은 공통손금에 해당한다.
3. 심리 및 판단
(1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.
(3) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】① 보건복지부장관, 시·도지사 및 시장·군수·구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의·의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.
1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실
2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실
② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시․도지사 또는 시장․군수․구청장에게 청구하여야 한다.
③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.
④ 제1항에 따른 보상의 대상·범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(4) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】 ① 법 제70조 제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다. 【별표2의2】치료 및 격리의 방법 및 절차 등(제23조 관련)
1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실
(1) 코로나19 손실보상금은 코로나19 환자 치료의료기관, 선별진료소 운영기관 및 생활치료센터 협력기관 등에게 지급되는 것으로, 감염병관리 시설의 설치 및 운영으로 발생하는 직접비용에 대한 보상과 감염병 진료 등으로 시설․장비․인력 등을 원래 목적대로 사용하지 못하여 발생하는 기회비용에 대한 보상 등으로 구성된다.
(2) 선별진료소를 운영하는 경우, 손실보상금의 구성 및 산정 방식 등은 아래와 같다. (가) (직접비용) 선별진료소 운영에 직접 소요되는 음압텐트 등 장비․설비 구입/대여비용, 기타 소모품 구입비 등에 대한 보상이다. (나) (기회비용) 선별진료소 운영기간 동안 외래․입원 진료비 손실분의 일부에 대한 보상으로, 진료비 감소액 산정 시 요양급여 심사결정액(업무량, 진료비용, 위험도 등을 고려하여 산정) 등이 반영된다. ＜세부 산식(출처: 6차 개산금 지급 관련 안내문)＞
(3) 청구법인에 따르면, 청구법인은 병원 부지 내 컨테이너 2개 동을 설치하여 공간을 확보하였고, 의사(응급의학과) 1인과 간호사 1～2인 등으로 근무조를 편성하여 선별진료소를 운영한 것으로 나타난다.
(4) 쟁점비용은 아래 ＜표3＞과 같이 구성되어 있다. ＜표3＞ 쟁점비용 구성 (단위: 백만원)
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점비용이 선별진료소 운영과 무관하게 발생한 것이므로, 수익사업인 의료업의 개별손금에 해당한다고 주장한다. 그러나, 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률제70조 및 같은 법 시행령 제28조에 감염병관리기관에게 지급되는 손실보상금은 감염병관리시설의 설치․운영으로 인하여 발생하는 직접비용과 시설․장비․인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하여 발생하는 비용을 합하여 지급된다고 규정되어 있는바, 쟁점손실보상금은 선별진료소 운영에 따라 수익사업인 의료업에서 발생하는 기회비용을 보전하기 위하여 지급되는 손실보상금의 성격이 존재하는 점, 쟁점손실보상금은 건강보험수가를 토대로 산정한 진료비에서 청구법인의 실제 진료비를 차감하는 방식으로 계산되므로, 청구법인이 지출한 손금이 쟁점손실보상금의 금액과 무관하다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용을 공통손금으로 보아 안분계산한 금액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.