[요지] 청구법인이 이를 입증하기 위하여 제출한 증빙만으로 쟁점토지에 착공사실을 확인할 수 없고, 제출된 공사현장사진은 처분청이 확인한 2019년 10월 및 2020년 12월 로드뷰 사진과 달라 이를 공사현장사진으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
[요지] 청구법인이 이를 입증하기 위하여 제출한 증빙만으로 쟁점토지에 착공사실을 확인할 수 없고, 제출된 공사현장사진은 처분청이 확인한 2019년 10월 및 2020년 12월 로드뷰 사진과 달라 이를 공사현장사진으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고 시 세법에서 정하는 바에 따라 쟁점토지 양도소득을 포함하여 적법하게 신고하였음에도 처분청이 이를 무시한 채 감사지적에 따라 이 건 법인세를 부과한 처분은 조세법률주의 및 조세공평의 원칙에 반하여 위법하다.
(2) 쟁점토지는 사업용 토지에 해당한다.
(3) 청구법인의 법인세 신고내용에 문제가 있었다면 수정신고를 요구하는 등의 방법으로 스스로 정정할 기회를 부여할 수 있었음에도 신고일로부터 3년여가 지난 시점에 이 건 법인세 부과처분을 하는 것은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.
(1) 법인세법 제55조의2는 내국법인이 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물 등을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고 있으므로, 비사업용 토지를 양도한 경우 토지 등 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 추가로 납부하여야 하나 청구법인은 토지 등 양도소득을 신고ㆍ납부하지 아니하였다. 청구법인은 ＜표2＞ 기재와 같이 유형자산 처분이익(OOO원)에 따른 각 사업연도 소득에 대한 법인세만 신고ㆍ납부하였을 뿐, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 누락하였는바 청구법인이 2020사업연도 법인세를 적법하게 신고ㆍ납부하였다는 청구주장은 사실과 다르다. ＜표2＞ 쟁점토지 양도소득 계산 내역
(2) 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다. 법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 비사업용 토지를 양도한 내국법인은 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 추가로 납부하도록 규정하고 있다. 비사업용 토지란 법인세법 제55조의2 제2항에 규정되어 있는 각 호의 토지를 말하는데, 농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인이 소유하는 논, 밭, 임업을 주된 사업으로 하지 않는 법인이 소유하는 임야 등 해당 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 없는 토지를 비사업용 토지라 한다. 청구법인은 부동산업을 영위하는 법인으로, 부동산법인의 경우 주로 법인세법 시행규칙 제46조의2에 따라 보유기간 동안의 비사업용 토지 여부를 판단하는데, 쟁점토지가 사업용 토지에 해당하기 위해서는 같은 조 제1항 제5호에서 규정하는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지(취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간), 또는 제9호에서 규정하는 건축물이 멸실, 철거되거나 무너진 토지(멸실, 철거된 날로부터 2년)에 해당하여야 한다. 쟁점①토지의 경우, 청구법인이 이를 소유한 기간은 2019.10.1.부터 2020.1.31.까지로 2년 미만(4개월)에 해당하는데, 해당기간 중 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 동안 비사업용 토지에 해당하는 경우 비사업용 토지로 본다. 청구법인은 쟁점①토지를 취득한 후 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 것으로 보아야 한다고 주장하는 것으로 보이나, 청구법인이 이를 입증하기 위하여 제출한 증빙은 근린생활시설 설계를 위한 세금계산서와 A로부터 발급받은 세금계산서가 전부로, 그 외 청구법인이 해당 기간 착공하였는지 여부를 입증할 수 있는 자료가 제출되지 아니하였으므로 이를 사업용 토지로 인정할 수 없다. 한편, 청구법인은 2020.1.31. 쟁점①토지를 양도하였는데 그 지상 주택의 멸실등기는 2020.2.5. 이루어진 것으로 확인되는바, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 및 같은 항 제9호에서 규정하는 사업용 토지의 요건을 충족하지 못하였다. 쟁점②토지의 경우도 이를 취득한 후 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 세금계산서 기재내역에 의하면 쟁점②토지의 근린생활시설 설계에 관한 내용은 포함되어 있지 않고, A에 지급한 OOO원의 공급가액이 쟁점②토지 지상 건축물 건설을 위한 공사대금이었다고 주장하나 그 구체적 품목 기재내역에 의하면 쟁점토지 전체에 대한 공사대금으로 보이며, 추가로 제출된 공사견적서에 의하더라도 가설울타리 설치 및 굴삭기와 덤프트럭을 빌린 내역이 전부로, 통상적인 건설공사의 시작단계라 할 수 있는 터파기, 보강토 등 토지의 기초공사 내역을 전혀 확인할 수 없다. 한편 추가로 제출된 공사견적서는 그 작성일자가 2020.9.1.로 세금계산서 발행일자는 2020.9.17.로 공사대금지급일자는 2020.9.24.로, 확인되는데, 쟁점②토지는 2020.9.15. 이미 양도계약서가 작성되었고 2020.10.15. 소유권이전등기가 마쳐졌다. 처분청이 쟁점②토지에 대한 양도계약을 체결하는 시점에 그에 대한 건설공사를 진행하였다는 사실을 신뢰하기 어렵다고 지적하자, 청구법인은 해당 공사는 실제 2019년 11월 진행하였고 단지 대금지급이 늦어져 세금계산서 발급을 늦게 하였으며 그에 따라 견적서도 늦게 작성되었다고 주장하며 쟁점②토지에 대한 공사사진을 제출하였다. 그러나 로드뷰를 통해 확인하여 본 결과 쟁점②토지는 항상 콘크리트로 덮인 주차장이었던 것으로 확인되는바, 청구법인이 제출한 사진을 신뢰하기 어렵다. 따라서 쟁점②토지는 건설을 위한 실제 착공이 있었던 것으로 인정하기 어려우므로, 이를 비사업용 토지로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.
(3) 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없다. 과세관청은 당초 조사ㆍ결정 시 잘못 신고된 부분을 파악하지 못하였다고 하더라도 부과제척 기간 내에 세무조사를 할 수 있고, 그에 따라 과세표준을 결정할 수 있는 것(서울행정법원 2014.12.16. 선고 2014구합7770 판결 참조)이고, 과세관청의 과세표준 미달 결정에 대한 감사지적 사항으로 이후에 가산하여 경정결정하였다고 하여 이를 조세법률주의와 평등의 원칙에 위배되는 것으로 볼 수 없다. 더욱이 신고누락을 곧바로 발견하여 과세표준과 세액을 조사하여 결정하지 아니하고 3년이 지난 이후에야 처분을 하였다고 하더라도 위와 같은 사정만으로는 과세관청 자신이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시된 것이라 할 수 없으므로 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분으로 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부
② 이 건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는 위법한 처분에 해당하는지 여부
(1) 청구법인은 쟁점①토지 및 그 지상주택을 2019.10.1. OOO원에 취득하였다가 2020.1.31. OOO원에 양도하였고, 쟁점②토지를 2020.2.14.에 OOO원에 취득하였다가 2020.10.15. OOO원에 양도하였으며, 2020사업연도 법인세 신고 시 유형자산 처분이익에 따른 각 사업연도 소득에 대한 법인세만 신고․납부하였을 뿐, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 누락하였다.
(2) 청구법인은 쟁점토지가 사업용 토지에 해당한다고 주장하며, 매입세금계산서, A에 대한 공사대금 지급내역, 공사 견적서, 설계도, 쟁점②토지 공사현장사진 등을 제출하였다. (가) 청구법인은 쟁점토지가 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에 해당한다고 주장하며 ＜표3＞ 기재와 같이 매입세금계산서를 제출하였다. ＜표3＞ 세금계산서 내역 (나) 청구법인은 2020.9.24. 주식회사 A에 공사대금 OOO원을 지급한 것으로 확인된다. (다) 주식회사 A이 청구법인에게 보낸 공사 견적서에 의하면 견적일은 2020.9.1. 공사명은 부대공사, 견적금액은 OOO원으로 확인되고, 구체적 품목란에 ① 가설 울타리 설치, ② 굴삭기 12대, ③ 덤프트럭 24대로 기재되어 있으며 쟁점②토지 사진이 첨부되어 있다. (라) 설계도에 의하면 청구법인은 쟁점②토지 지상에 지하 1층, 지상 12층 규모의 근린생활시설을 신축하는 내용의 설계도를 작성하였던 것으로 확인된다. (마) 처분청이 쟁점②토지에 대한 양도계약을 체결하는 시점(2020년 10월)에 그에 대한 건설공사를 진행하였다는 사실을 신뢰하기 어렵다고 지적하자, 청구법인은 해당 공사는 실제 2019년 11월 진행하였고 단지 대금지급이 늦어져 세금계산서 발급(2020.9.17.)을 늦게 하였으며 그에 따라 견적서도 늦게 작성(2020.9.1.)되었다고 주장하며 쟁점②토지에 대한 공사사진(2019.11.28.)을 제출하였다. 처분청이 로드뷰를 통해 확인한 쟁점②토지의 2019년 10월 사진은 콘크리트로 덮인 주차장이었던 것으로 확인된다.
(3) 처분청은 2023.3.10. 청구법인에게 이에 대한 해명 안내자료를 송부하였으며 청구법인으로부터 증빙자료를 송부받아 과세하지 아니하고 종결하였다가 서울지방국세청장의 감사지적에 따라 다시 청구법인에게 해명자료 제출요청을 하였으나 청구법인은 새로운 자료를 제출하지 아니하였고, 기존에 제출한 과세자료를 재검토한 결과 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보았다는 의견이다. (가) 청구법인은 쟁점①토지 취득 시 그 지상 주택을 함께 취득하였고, 해당 주택은 청구법인이 이를 양도(2020.1.31.)한 이후인 2020.2.5. 멸실등기가 이루어진 것으로 확인된다. (나) 쟁점토지에 대하여 건축신고, 착공신고 등이 이루어지지 아니하였고, 부지 조성공사(보강토, 옹벽공, 경계석, 상하수도) 및 굴착공사나 터파기공사 등이 시행된 사실도 확인되지 않는다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고 시 세법에서 정하는 바에 따라 쟁점토지 양도소득을 포함하여 적법하게 신고하였다거나, 쟁점토지는 사업용 토지에 해당하므로 이 건 법인세 부과처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고시 유형자산 처분이익(OOO원)에 따른 각 사업연도 소득에 대한 법인세만 신고․납부하였을 뿐, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 누락한 것으로 확인되는 점, 쟁점①토지의 경우 청구법인은 2020.1.31. 쟁점①토지를 양도하였는데 그 지상 주택의 멸실등기는 2020.2.5. 이루어진 것으로 확인되는바, 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호 및 같은 항 제9호에서 규정하는 사업용 토지의 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 주장하는 것으로 보이나, 청구법인이 이를 입증하기 위하여 제출한 증빙[매입세금계산서(가설울타리 및 설계), A에 대한 공사대금 지급내역(2020.9.24.), 공사 견적서(2020.9.1.), 설계도(쟁점②토지) 및 쟁점②토지 공사현장사진]만으로 쟁점토지에의 착공사실을 확인할 수 없고, 제출된 공사현장사진은 처분청이 확인한 2019년 10월 및 2020년 12월 쟁점②토지 로드뷰 사진과 달라 이를 쟁점②토지의 공사현장사진으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 법인세 신고내용에 문제가 있었다면 수정신고를 요구하는 등의 방법으로 스스로 정정할 기회를 부여할 수 있었음에도 신고일로부터 3년여가 지난 시점에 이 건 법인세 부과처분을 하는 것은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다고 주장하나, 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 참조)인바, 처분청이 쟁점토지의 양도거래에 대하여 당초 법인세를 부과하지 아니하였다 하더라도 이 건 처분은 서울지방국세청장의 대구지방국세청장에 대한 업무감사 결과 처분지시에 따라 처분청이 세법적용의 판단착오를 바로잡은 것에 불과하므로 이를 신의성실의 원칙에 위반한 위법한 처분으로 보기는 어려운 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법 제15조[신의] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제26조2[국세의 부과제척기간] ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.
(2) 법인세법 제55조의2[토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
(3) 법인세법 시행령 제92조의3[비사업용 토지의 기간기준] 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간