겸용주택의 전체 양도가액이 9억원을 초과하는 경우에도 구 소득령§160①1에 의하여 양도소득세가 일정 부분 감면되고, 그 감면 범위에 주택외 부분의 양도소득도 포함될 수 있는 점, 구 소득령§160①1에 따라 ‘고가주택’의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법§114⑦에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 구 소득령§154③이 적용된다고 봄이 타당해 보이는 점(대법원 2016.1.28. 선고 2015두37235 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] OO 세무서장이 2023.4.12. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 대구광역시 수성구 만촌동 OOO 지상 3층 다가구주택 및 근린생활시설 겸용건물 전부를 주택으로 보아 취득가액과 양도차익을 산정하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
(1) 대법원 2016.1.28. 선고 2015두37235 판결에서는 ‘구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따라 고가주택의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법 제114조 제7항 에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 이 적용된다고 봄이 타당하고, 따라서 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따라 양도차익을 계산하면서 환산취득가액에 따르는 경우 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 본문에 의하여 그 전체를 주택으로 보아 개별주택가격을 적용하여 계산하여야 한다’고 판시하였다. 위 소득세법 시행령 제154조 제3항 에서 규정하기를 ‘소득세법제89조 제1항 제3호’라고 하였고, 소득세법 제89조 제1항 제3호 본문 중 고가주택은 제외한다’고 하지 않았기 때문에 대법관의 일치된 의견으로 결국 1세대 1주택 고가 겸용주택의 주택면적이 상가면적보다 크다면 소득세법 시행령 제154조 제3항 을 적용하여 전부를 주택으로 보아 양도차익을 산정하여야 한다고 판결한 것이다. 해당 판결은 과거 세무업계에서 관행적으로 주택과 상가를 구분하여 취득가액을 산정한 것과 달라 세무전문 신문에 사설이 실리고 양도소득세 교재에 앞 다투어 실리는 등 파장을 일으켰는데, 처분청은 위 대법원 판례에서 ‘고가 겸용주택과 관련하여 전부 주택으로 보아 개별주택가격으로 환산취득가액을 산정하라’고 한 것을 받아들이지 않고, 주택은 개별주택가격으로, 상가는 건물기준시가로 계산하여 과거 관행대로 추가 과세처분한 것이다.
(2) 처분청의 의견은 위 대법원 판결이 파기한 원심 판결(서울고등법원 2015.1.15. 선고 2014누51939)만에 근거한 것으로서, 이는 대법원에서 최종적으로 납세자의 주장을 받아들여 개별주택가격으로 환산취득가액을 산정하도록 결론을 내린 것에 반하고, 행정비용 및 납세협력비용 낭비만 초래하는 것이다. 처분청은 위 대법원 판결의 사실관계는 ‘원래 건축물 대장상 모두 주택으로 기재되어 있었고 개별주택가격도 건물 전체를 주택으로 보아 일괄 고시되었으며 재산세도 건물 전체를 주택으로 보아 부과하여 온 경우’로서, 주택부분만 개별주택가격이 공시된 쟁점건물과는 사실관계가 다르다는 의견이나, 지방자치단체에서 겸용주택 전체를 주택으로 보아 고시하는 것에 따라 고가 겸용주택과 관련된 세법이 달리 적용되어야 할 아무런 이유가 없고, 위 대법원 판결의 원심에서도 이와 관련된 언급은 전혀 없었다. 소득세법은 전국에 있는 모든 고가 겸용주택에 대하여 지방자치단체의 재산세 부과방법과는 별개로 조세법률주의 및 실질주의에 입각하여 일관성 있게 적용되어야 할 것이다.
(3) 처분청은 대법원 판례에도 불구하고 구체적인 법령에 근거하지 않고 오래 전에 생산된 예규(서면4팀-1493, 2008년)와 실무에서 적용되어 온 사례 및 파기된 고등법원 판결(서울고법 2015.1.15. 선고 2014누51939)만에 의존하여 과세한 것이므로 취소되어야 된다.
(3) 한편, 소득세법 시행령 제156조 제1항 은 주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우 ‘고가주택’으로 규정하면서, 제2항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 같은 법 시행령 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택외 부분에 해당하는 실거래가액을 포함하도록 규정하고 있는데, 이는 고가주택에 해당하는지 여부를 판단하는 기준의 의미이지, 쟁점부동산과 같은 고가겸용주택에 대하여도 주택외 부분을 당연히 주택으로 간주하라는 의미는 아니다.
(4) 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 은 겸용건물 등에 있어 비과세 대상과 과세대상을 구분하기 위함이고 양도차익을 계산하는 규정은 아니다. 오히려 쟁점부동산은 토지(증여)와 건물의 보유기간이 다르고, 토지와 건물을 일괄양도한 경우 소득세법 시행령 제160조 제1항 후단의 규정에 의거 양도가액의 안분계산은 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 준용하여 각 자산별·용도별로 계산하고 쟁점부동산과 같이 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 환산취득가액도 위 관련 규정들이 정하는 바에 따라 별도의 기준시가를 기준으로 산정하는 것이 원칙이다.
(5) 상기와 같이 겸용주택 중에서 주택면적이 주택외면적 보다 클 경우 주택외부분도 주택으로 보도록 규정되어 있지만 이는 비과세 규정을 적용할 수 있다는 의미이지 양도차익 계산 근거 규정은 아니다. 더구나, 쟁점부동산과 같이 건물의 전체 연면적은 463.39㎡인데 공시된 개별주택가격의 주택 연면적은 256.21㎡에 불과한바, 개별주택가격의 산정면적에는 상가분 건물과 그 부수토지 면적은 제외되어 있음에도 쟁점건물 전체를 개별주택가격만으로 안분하여 환산취득가액 계산함은 법률적 근거가 없다고 판단된다.
(6) 그리고, 쟁점부동산의 양도 당시 토지 개별공시지가는 개별주택 최초고시일 대비 372%, 토지 취득일 대비 577%임에 반하여 개별주택가격 OOO원은 최초고시 대비 138%에 불과한바, 개별주택가격은 토지 개별공시지가의 상승률을 반영하지 못하므로 개별주택가격만으로 양도차익 산정시 겸용건물이라는 사정을 반영하지 못하므로 불합리하다.
(7) 따라서, 고가주택의 양도차익은 각각 주택과 주택외 부분으로 구분하여 양도차익을 산정하되, 주택 부분 면적이 더 크다면 소득세법 시행령 제160조 에서 규정된 주택과 주택외 전체 양도차익에 대하여 9억원 초과분만 과세되도록 계산하는 것이 합리적이라 할 것이다.
(8) 청구인은 이 사건 처분이 위법하다는 근거로 대법원 2015두37235의 판결문을 들어 겸용주택 전체를 주택으로 보아 개별주택가격으로 전체 양도차익을 산정하여야 한다고 주장하고 있으나, 위 대법원 2015두37235 판결에서의 양도건물은 개별주택가격 산정시 1층 상가 면적도 주택에 포함하여 지자체에서 일괄고시하였고, 재산세도 주택으로 보아 부과하여 왔음에 반하여 쟁점건물은 개별주택가격 산정시 상가분을 제외한 주택부분 면적 및 그 부수토지에 대하여 개별주택가격을 고시하였기에 사실관계가 다르다.
(10) 청구인은 구체적인 법령에 근거하지 않고 오래전 생산된 예규로 적용한다고 주장하나, 판례 이후에도 예규 및 통칙이 삭제되거나 변경된 적이 없고 겸용주택의 상가부분에 개별주택가격을 적용한다는 소득세법 규정은 어디에도 없다.
(1) 청구인은 2016.4.27. 대구광역시 수성구 만촌동 OOO 대 255.4㎡(쟁점토지)와 지상 2층 건물(소매점 및 주택) 224.68㎡를 부친A으로부터 증여받은 후 건물을 멸실하고, 쟁점토지에 쟁점건물을 신축하여 2017.3.27. 소유권보존등기를 한 후 2021.6.24. ㈜B과 쟁점부동산의 매매대금을 토지가액과 건물가액의 구분 없이 이 사건 일괄양도가액으로 정하여 양도하였다.
(2) 쟁점건물의 건축물대장 현황은 다음 <표1>과 같은바, 사용승인일은 2017.2.10.이고, 쟁점상가건물의 면적은 188.10㎡, 쟁점주택건물의 면적은 275.29㎡으로 나타난다. <표1> 쟁점건물 건축물대장의 주요 내용
(3) 청구인은 2017.7.24.∼2021.8.30. 쟁점상가건물을 음식점 운영 사업자들에게 임대하거나 청구인 스스로 2020.6.20. 쟁점상가건물에서 구제의류 소매업 사업자등록(상호 OOO)을 하여 운영하다가 2021.7.19. 폐업신고 하였다.
(4) 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 신고 및 경정 내역은 다음과 같이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점주택건물의 면적이 쟁점상가건물의 면적보다 크므로 쟁점부동산 전부를 주택으로 보아 아래 <표2>와 같이 쟁점부동산의 ① 양도가액은 이 사건 일괄양도가액을 쟁점부동산 소재지의 기준시가로 안분하고, ② 취득가액은 쟁점토지에 대하여 증여가액(보충적평가액)을, 쟁점건물에 대하여 주택과 상가 구분 없이 환산취득가액을 각각 적용하여 양도차익을 산정한 후 2021.9.28. 양도소득세 과세표준 및 세액을 신고하였다. <표2> 양도소득 과세표준 신고 및 납부 계산서 (나) OO지방국세청장은 쟁점부동산 양도에 대한 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 양도차익을 주택·상가건물·상가부수토지의 기준시가로 구분하여 계산하여야 하나 청구인이 개별주택가격만으로 안분계산하였다고 보아 다음과 같이 쟁점부동산의 양도차익을 산정하였다.
1. 쟁점부동산의 각 자산별 양도가액은, 이 사건 일괄양도가액을 아래 <표3>과 같이 쟁점주택건물(부수토지 포함), 쟁점상가건물 및 상가토지로 구분하여 양도 당시의 기준시가(개별주택가격, 상가건물 기준시가, 상가부수토지 개별공시지가)로 안분하여 산정하였다. <표3> 양도시 기준시가 계산 및 일괄 양도가액 안분 내역
2. 취득가액은 ① 쟁점토지에 대하여 증여가액(보충적평가액)으로, ② 쟁점건물에 대하여 실거래취득가액이 확인되지 않아 환산취득가액으로 산정하면서 아래 <표4>와 같이 쟁점주택건물과 쟁점상가건물의 환산취득가액을 구분하여 산정한 후 합산하였다. <표4> 쟁점건물 환산취득가액 계산 내역
3. 처분청이 산정한 쟁점부동산의 양도차익 등의 내역은 아래 <표5>와 같이 나타난다. <표5> 쟁점부동산 양도차익 등 내역
(5) 쟁점주택건물(부수토지 포함)의 개별주택가격과 쟁점토지의 개별공시지가는 각각 아래 <표6> 및 <표7>과 같은바, 쟁점부동산 양도당시 주택(부수토지 포함)에 대한 개별주택가격은 2021.4.30. 고시된 OOO원이고, 산정면적에는 상가분 건물과 그 부수토지 면적은 제외되어 있다. <표6> 쟁점주택건물(부수토지 포함)의 개별주택가격 <표7> 쟁점토지의 개별공시지가
(6) 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되어 쟁점부동산의 양도 이후인 2022.1.1.부터 시행되는 소득세법 시행령제154조 제3항에서는 고가주택에 대한 양도차익 계산시 겸용주택의 경우 주택외의 부분은 주택으로 보지 않도록 개정되었다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 주택 부분의 연면적이 주택외 부분의 연면적보다 클 때 전체를 주택으로 보도록 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 은 겸용주택의 비과세 대상여부를 판단할 때에만 적용될 뿐 양도차익 계산 근거규정은 아니므로 양도차익 계산은 건물별로 구분하여 산정하여야 한다는 의견이나, 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택뿐만 아니라 그 중 비과세 범위에서 제외되는 ‘고가주택’에 관하여도 규정하고 있으므로, 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 은 그 문언으로 볼 때 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우에만 적용된다고 해석하여야 할 것이 아닌 점, 구 소득세법 시행령제156조 제2항 또한 ‘고가주택’ 여부를 판정할 때 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분에 해당하는 실지거래가액을 포함하도록 규정하고 있고, 이에 따라 주택의 연면적이 주택외 부분의 연면적보다 넓은 겸용주택은 주택과 주택외 부분을 포함한 전체의 양도 당시의 실지거래가액이 9억원을 초과하지 아니할 경우 주택뿐만 아니라 주택외 부분의 양도소득도 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 정한 비과세 대상이 되는 점, 위와 같은 겸용주택의 전체 양도가액이 9억원을 초과하는 경우에도 구 소득세법 시행령제160조 제1항 제1호에 의하여 양도소득세가 일정 부분 감면되고, 그 감면 범위에 주택외 부분의 양도소득도 포함될 수 있는 점 등에 비추어 구 소득세법 시행령제160조 제1항 제1호에 따라 ‘고가주택’의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법 제114조 제7항 에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령제154조 제3항이 적용된다고 봄이 타당하다고 보이고(대법원 2016.1.28. 선고 2015두37235 판결, 같은 뜻임), 한편 처분청은 청구인이 드는 대법원 판결의 사안은 건물 전체에 개별주택가격이 공시되고 그에 따라 재산세가 부과된 경우이므로 이 사안과 사실관계가 다르다는 의견이나, 겸용주택이 전체로서 주택인지 여부는 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 에 따라 주택의 면적과 주택 이외의 면적으로 구분할 것이지 개별주택가격의 공시 또는 재산세의 부과 내역으로 판단할 사항은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 데에는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제89조【비과세양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제99조【기준시가의 산정】① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 32420호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.
④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.
③ 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 – 9억원 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제 법 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제 × 양도가액 – 9억원 양도가액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다. 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 32419호로 개정되기 전의 것) 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.