손실보상금은 특정의료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것으로 이에 대응하는 개별손금을 특정하지 못하면 공통손금으로 안분계산하여야 함
손실보상금은 특정의료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것으로 이에 대응하는 개별손금을 특정하지 못하면 공통손금으로 안분계산하여야 함
[주 문] aa세무서장이 2024.1.11. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 수령한 코로나19 손실보상금에 대응되는 공통손금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 구분경리하고 있고, 쟁점손실보상금은 기획재정부 법인제세과-343(2022.8.29.)에 따라 수익사업에 해당하지 않아 과세표준에서 제외되므로 쟁점손실보상금을 수익사업과 비수익사업의 공통되는 익금으로 볼 수 없고, 쟁점손실보상금에 대응하는 개별손금이 존재하지 않아 수익사업과 비수익사업의 매출액을 기준으로 안분계산하는 대상이 아니므로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 적용할 수 없다.
(2) 쟁점손실보상금을 공통익금으로 보아 관련된 쟁점의료비용을 안분계산하더라도 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 인한 쟁점손실보상금은 병원의 주된 의료행위와 직접적인 관련성이 없는 의료 외 수익으로써 동일한 업종으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점손실보상금을 의료행위와 동일한 업종으로 보아 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 를 적용한 이 건 처분은 취소되어야 한다. (가) 보건복지부가 지급한 쟁점손실보상금 내역에는 의료행위인 진료 및 치료비를 제외한 금액을 지급하고 있어 의료행위에 대한 대가가 포함되지 아니하므로, 의료사업과 관련이 없는 금액으로 봄이 타당하고, 동일한 업종으로도 볼 수 없다. 청구법인은 2022사업연도 코로나 환자에 대한 진료비 및 치료비에 대하여 본인부담금 OOO원, 공단부담금 OOO원 합계 OOO원이 발생하였고, 이 금액을 수익사업의 수입금액으로 신고하였다. (나) 청구법인은 의료법을 기반으로 설립 및 운영되고 있으나, 쟁점손실보상금은 감염병예방법에 의하여 운영되고 있으므로 같은 업종으로 볼 수 없다. 청구인이 수령한 쟁점손실보상금은 기회비용으로 이에 대한 대응하는 비용이 발생할 수 없으므로, 병원의 주된 의료활동과 직접적인 관련성이 없어 수익사업인 의료행위에 해당하지 아니한다. 즉, 청구법인은 국가로부터 쟁점손실보상금과 직접비용보상금을 수령한 것이고, 이 중 직접비용은 시설철거, 폐기물처리 등이며, 쟁점손실보상금은 기회비용으로 대응 경비가 없다. (다) 처분청은 쟁점손실보상금이 음압병동 운영으로 인해 감소된 일반환자에 대한 매출액 상당액을 보전하는 성격의 금원으로 청구인이 쟁점손실보상금을 수령함으로써 의료업의 매출감소분이 회복하였는바, 정책적으로 비수익사업이나 그 실질은 수익사업(의료업)에서 발생하는 수입이라는 의견이다. 그러나 쟁점손실보상금은 ⅰ) 청구법인의 수익사업인 의료행위와 요양병원의 운영과는 전혀 다른 업종인 점, ⅱ) 쟁점손실보상금의 지급기준이 청구인의 의료행위(진료 및 치료)에 대한 대가를 제외하고 보상금을 지급한 점, ⅲ) 청구법인이 코로나19 환자에 대한 진료비 및 치료비 OOO원을 수익사업 수입금액으로 신고한 점, ⅳ) 쟁점손실보상금에 대한 대응 비용이 없으므로 코로나19 관련하여 발생한 쟁점손실보상금 회계처리 방안 질의회신(보건복지과 의료기관 정책과-OOO, 2021.2.5.)에 따라 의료외수익으로 보는 점, ⅴ) 기획재정부 법인제세과-OOO(2022.8.29.)에 따르면, 쟁점손실보상금은 수익사업에 해당하지 아니한다는 것은 기업회계기준에 따라 대응되는 비용이 없고, 사업과 연관성이 없는 것으로 보이는 점 등으로 보아, 쟁점손실보상금은 수익사업과 동일한 업종으로 볼 수 없으므로 이 건 법인세 처분은 취소되어야 한다.
(3) 처분청은 실제 손익계산서의 재료비를 제외한 인건비, 관리비 등의 쟁점의료비용(OOO원)을 2022사업연도 전체의 공통손금으로 보았으나, 청구법인의 쟁점기간(2022.2.24.⁓2022.5.18.)동안 발생한 쟁점의료비용을 공통손금으로 하는 것이 타당하다. 코로나19 전담 병상 에 근무하는 근무일지에는 의사 및 간호사 등의 근무내역이 확인되고, 격리시설에 근무한 내과의사 4명 및 당시 근무한 간호사등이 근무일지에 의하여 확인되므로 근무기간에 해당하는 근무자의 급여만을 공통손금으로 보아야 한다. 그외 코로나19 전담 병상 운영과 무관하게 의료업무를 수행하는 의사나 간호사의 인건비는 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다. <감염병관리수당 지급 신청서에 의한 종사직원 근무 현황> 구분 2월 3월 4월 5월 평균 인원수 근무 일수 합계 평균 인원수 근무 일수 합계 평균 인원수 근무 일수 합계 평균 인원수 근무 일수 합계 의사 2 5 2 43 4 53 3 24 간호사, 조무 7 27 9 194 12 233 10 132 의료기사 1 3 3 29 4 22 4 12 기타 2 4 4 25 4 22 4 15 (가) 코로나19 관리시설의 병상운영과 전혀 관련 없는 사무직급여, 약사급여, 기능·노무·계약직급여, 복리후생지원금, 퇴직연금적립액, 사회보험료, 지급수수료, 교육훈련비, 광고선전비, 접대비, 회의행사비, 용역비, 비품비, 의료사회사업비, 대손상각, 치매지원사업비는 개별손금으로 하여야 한다. (나) 코로나19 감염병 관리시설의 설치·운영비용을 국가로부터 지원받아서 지출하였던 관련 시설, 장비의 감가상각비는 국가보조금상각액과 상계하는 것으로 이미 회계처리 되었고, 건물의 감가상각비는 명확한 사용처를 구분할 수 없으므로 공통손금으로 하여 안분계산하더라도, 건물외 감가상각비 중 의료장비, 의료기구, 차량운반구, 공기구비품, 의료비품, 금융리스자산(의료장비)의 감가상각비에는 코로나19 병상 운영을 위하여 구입한 별도의 장비의 감가상각비가 포함되어 있지 아니하므로 해당 감가상각비 역시 수익사업의 개별손금에 해당한다. (다) 이외 공통으로 사용하였을 가능성이 있는 여비교통비, 통신비, 전기수도료, 연료비, 소모품비, 피복침구비, 도서인쇄비, 제세공과금, 수선유지비, 차량유지비, 보험료는 명확한 사용처를 구분할 수 없으므로 공통손금으로 하여 안분계산함이 타당하고, 공통손금이라 할 지라도 전기수도료, 연료비 등 구분이 가능한 건은 구분하여야 한다. (라) 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업(소아과, 산부인과, 정형외과 등 및 지점인 요양병원)에 대응되는 개별손금 부분을 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 불합리하고, 코로나19 병상 운영과 무관한 기간동안 발생한 비용을 공통손금으로 볼 수 없다. 청구법인의 경우 코로나19 전담 병동 의료진이 구분 가능하고, 코로나19 전담 병동을 전담한 의료진을 제외한 일반환자 진료를 수행한 의료진 등의 인건비, 코로나19 병상 운영과 무관하게 발생한 비용과 일반환자가 감소함에도 불구하고 발생하는 전반적인 병원 운영 및 관리에 따라 수반되는 비용인 지급수수료, 광고선전비, 접대비, 용역비 등은 구분계산의 대상이 되는 공통손금의 범위에서 제외되는 것이 타당하므로 개별비용의 발생 원천을 고려하여 수익사업의 개별손금임이 명백한 비용 또는 쟁점손실보상금과 전혀 관련이 없는 비용은 공통손금에서 제외되어야 한다.
(1) 쟁점손실보상금은 영업 제한에 따른 의료수익 손실에 대한 보전 성격의 보상으로 이와 관련된 비용은 공통손금에 해당한다. 처분청은 재료비와 직접비용보상금을 제외한 쟁점의료비용을 공통손금으로 보아 이에 따라 안분계산한 금액(쟁점금액)을 손금불산입한 처분은 정당하다. (가) 쟁점손실보상금은 감염병 관리기관으로 지정되어 음압병동 운영으로 인해 감소된 일반환자에 대한 매출액 상당액을 보전하는 성격으로, 청구인이 쟁점손실보상금을 수령함으로써 의료업의 매출감소분이 회복 되었으나 정책적으로는 비수익사업으로 분류한 것이므로 실질은 수익사업인 의료업에서 발생한 수입 으로 보는 것이 타당하다. <쟁점손실보상금 구성>
○○○ (나) 기획재정부 유권해석에 따르면, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 감염병예방법에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급 받은 손실보상금 (쟁점손실보상금)을 원천으로 지출한 비용은 손금불산입 하여야 하고(기획재정부 법인세제과-282, 2023.5.8.), 비영리법인의 수익사업과 비수익사업이 있는 경우 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분계산하여야 한다(기획재정부 법인세제과-586, 2023.10.12.)고 해석하였다. (다) 코로나19 손실보상금은 청구법인이 감염병 전담병원으로 지정되어 발생하는 손실에 대하여 지급한 보상금으로 직접비용과 기회비용으로 구분되는데, 직접비용분은 의료기관의 감염병 관리시설 설치 및 운영에 대한 보상이므로 개별손금에 해당하고, 기회비용분(쟁점손실보상금)은 감염병 진료 등으로 시설·장비·인력 등을 원래 목적대로 사용하지 못하여 발생하는 비용에 대한 보상으로 공통손금에 해당한다.
(2) 쟁점손실보상금은 청구법인의 의료비용 중 재료비와 직접비용보상금을 제외한 쟁점의료비용(공통손금)을 대상으로 안분계산하여야 한다. < 공통손금의 개념 >
○○○ (가) 청구법인의 손익계산서상 비용은 의료수익사업과 관련된 의료비용과 의료외비용으로 구성되고, 쟁점손실보상금은 의료수익 손실에 대한 보전 성격이므로 의료수익 성격에 해당 되며, 의료비용 중 약품비 및 진료재료비를 제외한 금액으로 보상되었다. 즉, 약품비 진료재료비는 수익사업의 개별손금에 해당하고, 의료수익의 대응 비용인 의료비용에서 개별손금인 약품비 및 진료재료비와 직접비용보상금을 제외한 나머지 의료비용은 공통손금에 해당된다. (나) 기획재정부는 다음과 같이 3차에 걸쳐 청구법인의 쟁점손실보상금의 익금·손금산입 등에 관한 유권해석을 하였다.
○○○ (다) 비영리법인의 수익사업과 비수익사업이 함께 있는 경우, 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고, 공통손금(쟁점의료비용)은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것인바, 처분청이 쟁점의료비용을 수입금액에 비례에 따라 안분계산하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
① (주위적 청구) 쟁점의료비용을 청구법인의 의료수익(수익사업)과 쟁점손실보상금(비수익사업)의 공통손금으로 보아 안분계산하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분의 당부
② (예비적 청구) 쟁점의료비용 중 코로나19 전담병상 운영과 무관한 비용은 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.
○○○ (나) 보건복지장관은 감염병예방법에 따라 청구법인에게 코로나19 전담병원 등으로 지정되어 발생하는 손실에 대한 보상금을 지급하였는데, 이러한 코로나19 손실보상금은 의료기관이 감염병 관리시설의 설치 및 운영으로 발생하는 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 등 직접 소요된 비용(직접비용)과 미사용 병상손실, 일반환자 감소손실 등 해당시설․장비 등을 본 목적으로 사용하지 못한 비용(기회비용)으로 구분되고 있다(아래 <표2> 참고). <표2> 코로나19 손실보상금 정산내역 (단위: 원)
○○○ (다) 청구법인은 2023년 3월 쟁점손실보상금을 수익사업의 수입금액에서 제외하고, 직접비용보상금에 대응하는 OOO원을 손금불산입하여 2022사업연도 법인세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점손실보상금 중 공통손금인 쟁점의료비용을 안분계산한 쟁점금액(OOO원)을 손금불산입하여 2022사업연도 법인세 OOO원을 부과처분 하였다. <표3> 청구법인 신고내역 및 처분청 경정내역 (단위: 원)
○○○ * 쟁점금액 산정내역: 총수입금액(수익+비수익) 중 비수익사업이 차지하는 비율(4.24%) (라) 청구법인이 제출한 공통손금 내역 및 산정 근거는 아래 <표4> 와 같다. <표4> 공통손금 산정내역 (단위: 원)
○○○ <공통손금 산정근거> (단위: 원)
○○○ (마) 기획재정부는 의료법인이 지급 받은 손실보상금과 관련하여 3차에 걸쳐 유권해석을 하였다. (1차) 법인세제과-343, 2022.8.29. 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 코로나19 관련 전담병원 등으로 지정되어 발생한 손실 등을 보상하기 위한 손실보상금은 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 않음 (2차) 법인세제과-282, 2023.5.8. 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함 (3차) 법인세제과-586, 2023.10.12. 비영리법인의 수익사업과 비수익사업이 있는 경우 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것임 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점손실보상금을 청구법인이 운영하는 수익사업(의료수입)과 동일한 업종의 수입금액으로 볼 수 없으므로 쟁점의료비용을 청구법인의 의료수익사업과 쟁점손실보상금(비수익사업)의 공통손금으로 보아 안분계산하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 은 비영리법인이 법 제113조 제1항에 의해 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금을 구분계산함에 있어서, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산(제2호)하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 개별 손금액에 비례하여 안분계산(제3호)하도록 정하고 있다. 청구법인은 의료업을 운영하면서 감염병예방법에 따른 감염병관리기관으로 지정되었고, 쟁점손실보상금은 의료수익사업에서 발생한 기회비용을 보전하기 위하여 지급된 손실보상금으로서 수익사업(의료수입)과 다른 업종을 운영함에 따른 수입으로 보기 어려운 점, 미사용 병상 손실보상금의 산정 산식 중 1일당 병상단가는 급여진료비(건강보험이 적용되는 진료비)·비급여진료비·진료비 산출연도의 연평균 신고 병상수·연평균 영업일수·종별 환산지수 증가율을 반영하여 산정되었고, 의료기관의 인건비·관리비 등이 포함된 전체적인 의료비용이 고려되어 지급된 것이므로 청구법인이 지출한 손금이 쟁점손실보상금 금액과 무관하다고 보기도 어려운 점, 기획재정부 역시 이와 동일한 취지에서 코로나19 손실보상금 관련 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것이라고 해석(기획재정부 법인세제과-586, 2023.10.12.)한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점손실보상금이 특정 진료 분야가 아닌 의료법인의 전체 의료수익 손실을 보전하는 성격이므로, 손익계산서상 의료비용 전체에서 수익사업의 개별손금인 약품비 및 진료재료비를 제외한 금액을 공통손금으로 보아야 한다는 의견이나, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 및 제7항은 비영리법인의 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분하는 경우 공통되는 익금과 손금을 일정 기준에 따라 구분계산하도록 규정하면서 그 구분계산의 대상이 되는 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 정하였고, 이는 기업회계기준에서의 수익·비용 대응 원칙에도 부합한다고 할 수 있다. 쟁점손실보상금의 대부분을 차지하는 병상손실보상금은 코로나19 환자 치료로 인해 사용하지 못한 병상에 대한 손실을 보전하는 미사용 병상 손실금과 코로나19 환자 치료에 사용한 병상에 대한 손실을 보전하는 사용 병상 손실금, 일반환자 감소손실금, 회복 기간 손실금으로 구성되는바, 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업에 대응되는 개별손금을 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 부당해 보이는 점, 코로나19 병상에 투입된 의료진 등을 제외한 일반 환자 치료만을 전담한 의료진 등의 인건비, 코로나19 병상 운영과 무관하게 발생한 비용과 일반환자가 감소함에도 불구하고 발생하는 전반적인 병원 운영 및 관리에 따라 수반되는 비용인 관리운영비, 감가상각비 등은 구분계산의 대상이 되는 공통필요경비의 범위에서 제외되는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 청구법인이 제시한 개별손금(의료비용) 항목이 코로나19 병상 운영과 무관한 것인지 여부가 구체적으로 입증되지 않았으므로, 처분청은 청구법인의 손익계산서상 의료비용 중 수익사업의 개별손금임이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용을 재조사하여 이를 공통손금의 범위에서 제외하고, 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2024부4625, 2024.12.30., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
aa세무서장이 2024.1.11. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 수령한 코로나19 손실보상금에 대응되는 공통손금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.