법원은 청구법인이 용역공급의 계약해지 등이 아니라 애초부터 공급한 용역이 없다(상표권 사용료가 아닌 분담금 성격)는 취지로 판시한바, 해당 부가가치세 매출세액은 잘못 신고된 과세기간에서 차감함이 타당함
법원은 청구법인이 용역공급의 계약해지 등이 아니라 애초부터 공급한 용역이 없다(상표권 사용료가 아닌 분담금 성격)는 취지로 판시한바, 해당 부가가치세 매출세액은 잘못 신고된 과세기간에서 차감함이 타당함
[주 문] OO 세무서장이 2023.7.13. 청구법인에게 한 2010년 제1기〜2017년 제2기 과세기간의 부가가치세 합계 OOO원에 관한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 쟁점판결에 따라 종전 거래는 세금계산서 발급대상이 아닌 것으로 확정되었으므로, 부가가치세법 시행령제70조 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다) 제8호에 따라 ‘당초 세금계산서상 작성일’을 수정세금계산서의 작성일로 보는 것이 타당하다. (가) 쟁점판결에 따라 종전에 발급된 세금계산서의 발급이 무효임이 확정되었으므로, 이 건은 ‘변동사유 발생일’을 작성일로 하는 쟁점규정 제2호 및 제3호에 해당하지 않는다. 청구법인이 2007.5.1. 쟁점법인들과 체결한 상표사용계약은 쟁점판결에 따라 전략경영본부의 업무 종료시점(2010년 2월경) 이후에는 상표 사용의 용역거래 자체가 존재하지 않았던 것으로 확정되었으므로, 청구법인은 당초 세금계산서 발급분에 대해 부가가치세 납세의무가 성립할 수 없다. 즉 이 건은 계약이 해제된 것이 아니므로, 계약의 해제만을 요건으로 제한적으로 명시하고 있는 쟁점규정 제2호는 이 건에 적용되지 아니한다. 또한 유효한 용역의 공급이 있었음을 전제로 공급가액의 변동이 발생하는 경우를 상정하고 있는 쟁점규정 제3호도 이 건에 적용될 수 없다. (나) 처음부터 용역의 공급이 없었던 이 건의 경우에 당초 신고․납부시기가 아닌 처분청 의견과 같이 판결 확정일을 기준으로 세금을 환급하게 되면, 납세의무자로서는 이자상당액(환급가산금)에 손해를 보게 되는 것이어서 처분청의 의견은 그 내용이 합리적이지 않을뿐더러 납세의무자에게 손해를 감수하게 하는 것이어서 타당하지 아니하다. (다) 처분청 의견과 같이 청구인이 쟁점회사들에게 공급한 용역이 “전략경영본부를 통한 경영용역”이라 하더라도 유권해석에 따르면 이는 부가가치세 과세거래가 아니므로, 청구법인이 종전에 잘못 발행한 세금계산서를 바로잡기 위해서는 쟁점규정 제8호에 따라 수정세금계산서가 발급되어야 한다. (라) 이 건처럼 용역의 공급이 처음부터 부존재하는 경우 쟁점규정 제8호에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당한다. 계약의 ‘해제’는 유효하게 성립한 계약을 소급적으로 소멸시키는 것을 말하며, ‘해지’는 유효하게 성립한 계약을 장래를 향하여 소멸시키는 것을 의미하는 반면, 법률행위가 성립요건은 갖추었으나 효력요건을 갖추지 못하여 계약이 성립되지 못하고 법률상 효력이 발생하지 않은 경우(무효)는 계약이 처음부터 유효하게 성립하지 못하였다는 점에서 해제․해지와 차이가 있고, 그러한 경우에는 쟁점규정 제8호의 “면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우”라고 보는 것이 거래의 실질 및 세금계산서 제도의 목적과 기능에 부합한다. (마) 처분청은 이 건 처분 후에 청구법인이 2023년 제1기 과세기간에 부가가치세 본세를 일시에 환급받은 점을 지적하나, 청구법인이 작성일을 2023.5.18.로 하여 수정세금계산서를 발급하고, 이를 2023년 제1기 부가가치세 확정 신고 시 반영한 것은 처분청이 이 건 경정청구를 거부함으로 인해 용역의 공급이 없이 종전에 납부하였던 부가가치세를 환급받기 위한 부득이한 조치였으며, 이는 이 건 처분의 적법성 판단과 무관하다.
(2) 쟁점판결에 따라 당초에 용역의 공급이 부존재한 것으로 확인된 경우라 하더라도 종전에 세금계산서를 발행할 당시에는 정당한 세금계산서였고, 그에 대하여 과세관청의 세무조사에서도 가산세 부과대상이라고 판정된 바 없으므로, 가산세를 고려하면 초과환급하였다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다. (가) 종전에 발행한 세금계산서는 정당한 것이다. 청구법인은 부가가치세법에 따라 정당하게 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고 후 판결로 인해 근거가 된 거래 또는 행위가 다른 것으로 확정되어 후발적 경정청구 및 수정세금계산서를 발급한 것으로, 과세관청 또한 이 건이 수정세금계산서 발급대상인 것으로 인정(다만, 그 발급사유가 청구법인은 쟁점규정 제8호에, 처분청은 쟁점규정 제3호에 해당한다는 견해차이가 있었을 뿐이다)하여 2023년 제1기 부가가치세를 환급하였다. (나) 과세관청은 청구법인에 대한 세무조사에서 종전 세금계산서나 수정세금계산서 등의 발행에 대하여 가산세 부과대상으로 판정하지 아니하였다. 청구법인은 2015.7.17. 쟁점판결의 1심 법원에서 패소하였는데, 그후광주지방국세청장은 2017.8.22.〜2017.10.20. 기간 동안 청구법인의 2012〜2015사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여 이 건과 관련한 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급 등의 적정성을 검토하였으나, 청구법인에게 가산세를 부과하지 아니하였다. 또한 쟁점판결이 생산(2023.5.18.)된 시점이 포함된 2023.3.2.〜2023.6.9. 기간 동안 실시된 중부지방국세청장의 2018〜2022사업연도 법인통합조사에서도 해당 조사청은 쟁점판결이 생산된 사실을 알고 청구법인의 2007년 제2기〜2017년 제2기 과세기간의 세금계산서 발급에 대한 적정성을 검토하였으나, 청구법인에게 가산세 부과처분을 별도로 하지 않았다.
(1) 쟁점판결로 인해 상표사용계약상 용역거래의 성격 및 종료시점 등이 확정된바, 쟁점규정 제3호에 따라 ‘변동사유 발생일’인 판결확정일(2023.5.18.)을 수정세금계산서의 공급시기(환급시기)로 보는 것이 타당하므로, 이 건 처분은 적법하다. (가) 쟁점판결에 따라 용역의 성격, 범위, 종료시점 및 금액 등이 확정되었으므로, 그 ‘변동사유 발생일’(판결확정일)을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급하는 것이 타당하다. 쟁점판결의 항소심 판결서(서울고등법원 2018.2.8. 선고 2015나2046032 판결)에 따르면, 상표사용계약은 명목상 체결된 것에 불과하고, 그 실질은 전략경영본부의 운영비용 분담약정이므로, 분담금을 지급할 의무가 있다고 보아 법원은 상표사용계약 체결일부터 전략경영본부의 경영관리 업무 종료일(2010년 2월경)까지의 기간에 대한 쟁점법인들의 미지급분담금과 지연손해금 지급의무를 인정하였고, 상고심인 쟁점판결에서도 동일하게 판단하였다. (나) 또한 법원은 용역의 공급가액에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우 그 공급시기는 그 소송의 결과에 따라 결정된 시점으로 보고 있고(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결 등 참조), 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에는 판결이 확정된 때 그 권리가 확정된다(대법원 2023.12.28. 선고 2023두54143 판결 등 참조)고 판단하고 있다. 따라서 계약관계에 있어 계약상 권리의 확정 여부에 대한 다툼이 발생하여 소송으로 나아간 경우 권리의 확정을 결정하는 확실한 근거는 법원의 확정판결이라 할 것이다. (다) 청구법인이 주장하는 쟁점규정 제8호는 면세 또는 세금계산서의 발급의무가 면제되는 거래에 관한 것이므로, 이 건에 적용되지 아니한다. 세금계산서의 발급의무가 면제되는 경우는 엄격하게 해석되어야 하는데, ‘면세 등 발급대상이 아닌 거래’라 함은 적어도 재화나 용역의 공급이 있었음을 전제로 면세에 해당하거나 부가가치세법제33조 제1항에 따라 세금계산서 발급의무가 면제되는 경우 등만을 의미한다(인천지방법원 2017.12.22. 선고 2017구합538 판결). 이 건의 경우 면세나 부가가치세법제33조 제1항에 따라 세금계산서 발급의무가 면제되는 거래와 관련된 것이 아니므로, 쟁점규정 제8호는 이 건에 적용될 수 없다. (라) 또한 청구법인은 용역의 공급이 처음부터 부존재한 경우 쟁점규정 제8호의 발급사유에 해당한다고 주장한다. 그러나, 법원(서울고등법원 2019.1.24. 선고 2018노605 판결 및 그에 대한 대법원 2019도2290 상고기각 판결) 은 “쟁점규정은 수정세금계산서를 발급 할 수 있는 사유에 관하여 각 호에서 규정하고 있고, ‘계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우(제2호)’, ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우(제3호)’ ‘필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(제5호)’등과 같이 그 발급 사유 자체가 재화나 용역의 공급없이 발급하는 경우를 전제로 하고 있다” 라고 판시하여, 위 제3호의 경우에도 용역의 공급 없이 수정 세금계산서가 발급될 수 있다고 해석하고 있다. (마) 한편 청구법인은 당초에 발행한 세금계산서가 무효라고 주장하나, 청구법인과 쟁점회사들은 상호 간에 계약에 대한 다툼이 발생하여 소송으로 나아가게 된 것으로, 그러한 경우에 종전에 체결한 계약이 당연히 무효가 되는 것은 아니다. (바) 본안과 별개로, 청구법인은 경정청구거부통지서를 수령한 이후 ‘판결확정일’을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급하여 2023년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고에 반영함으로써 결과적으로 이 건 심판청구에서 환급을 요구한 본세 상당액을 전액 환급받았다.
(2) 청구주장대로 종전에 용역의 공급 없이 세금계산서가 발급되었다면 가산세 부과대상이고, 가산세를 고려한다면 이미 2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 과다하게 환급한 결과가 되므로, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다. 청구법인은 이 건의 매출세금계산서가 처음부터 용역의 공급 없이 발급된 것이라고 주장하는데, 그렇다면 청구법인과 쟁점회사들은 상표사용계약 당시부터 전략경영본부 운영비용의 분담을 위해 상료사용계약의 형식만을 갖춘 것에 불과하며, 그러한 경우 청구법인이 당초에 발급한 세금계산서는 실물거래 없이 발급한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 조세탈루의 목적이 없었다고 하더라도, 재화나 용역의 공급없이 사실과 달리 세금계산서를 발급하면 부가가치세법제60조 제3항에 따라 공급가액의 2%(1,287,360천원)에 상당하는 가산세 부과대상에 해당한다. 그런 경우 종전 과세기간을 기준으로 실제로 지급되었어야 할 금액은 OOO원(본세 OOO원-가산세 OOO원+환급가산금 OOO원)인데, 이미 2023년 제1기 과세기간에 대하여 그 금액보다 많은 OOO원이 환급되었다.
(1) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 제52조【국세환급가산금】① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.
② 제51조 제8항에 따라 국세에 충당하는 경우 국세환급가산금은 지급결정을 한 날까지 가산한다. (2) 국세기본법 시행령 제43조의3【국세환급가산금】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.
1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 국세 납부일.(단서 생략)
(3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일(과세기간 종료 후 25일이 되는 날이 국세기본법 제5조 제1항 각 호에 해당하는 날인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(陰)의 표시를 하여 작성하고 발급
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(괄호 생략): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급(각 목 생략)
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(괄호 생략): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급
8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 이 건과 관련한 진행경과는 아래 <표1>과 같다. <표1> 진행경과 시기 내용 2007년 [청구법인] 지주회사로 전환, A과 함께 지주회사의 지위를 갖게 됨 2007년 5월 [청구법인] 상표권자로서 OOO의 계열사들과 그룹상표의 사용에 대한 상표사용계약서(매출액의 0.1〜0.2%) 체결 2010년 3월 이후 [청구법인] 쟁점회사들에게 매출세금계산서 계속 발급 [쟁점회사들] 청구법인의 사용료 지급청구에 불응(미지급) 2013년 9월 〜2023년 5월 [청구법인] 쟁점회사들에게 상표사용료 청구의 소 제기, 대법원으로부터 최종 패소판결을 받음 2023.6.30. [청구법인] 작성일을 당초 세금계산서 발행일로 한 수정세금계산서 발급 후 2010년 제1기〜2017년 제2기 과세기간 부가가치세 경정청구 ⇨ 처분청의 이 건 거부처분 2023년 7월 [청구법인] 수정세금계산서 작성일을 ‘판결확정일(2023.5.18.)’ 로 하여 발급한 후 2023년 제1기 과세기간의 부가가치세 확정신고에 반영하여 부가가치세 매출세액 상당액을 전액 환급받음 (나) 청구법인이 2010년 4월〜2017년 12월의 기간 중에 쟁점회사들에게 과다발급하였다고 주장하는 세금계산서의 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점회사들에 대한 이 건 관련 세금계산서 발급 현황 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 법인세와 관련하여, 당초 매출세금계산서가 발급된 2010〜2017사업연도의 수입금액을 감액하여 법인세 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 경정청구를 받아들여 종전 사업연도의 법인세를 환급한 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 2007.5.1. 쟁점회사들과 체결한 상표사용계약서의 주요내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 쟁점판결 및 그 하급심 판결의 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (바) 부가가치세법 시행령이 2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되면서 현행 규정과 비슷한 체계를 갖추게 되었는데, 그에 대하여 기획재정부가 발간한 ‘2011 간추린 개정세법’에는 아래와 같이 기재되어 있다. ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 이 건이 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제3호의 사유에 해당하고, 그 수정세금계산서의 작성일로서 증감 사유가 발생한 날은 쟁점판결의 확정일이라는 의견이고, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제3호에서 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급’으로 규정하고 있다. 위 규정에서 세금계산서 수정발급의 원인이 되는 ‘계약의 해지 등’이라고 함은 계약의 해지나 그에 준하는 사유를 의미한다 할 것이고, 그 뒤에 따르는 ‘공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생’이라는 문구는 앞의 원인으로 인하여 공급가액의 변동이 발생하는 결과를 상정한 것이라 할 것이다. 그런데, 법원도 쟁점판결에서 청구법인과 쟁점회사들이 체결한 상표사용계약이 외관상으로는 계열사들이 청구법인 소유의 상표를 사용한 대가로 그 사용료를 지급하는 형태를 띠고 있으나, 실질적으로는 그룹 전략경영본부의 운영비용 분담을 위한 것이라고 그 계약의 실질을 평가하면서, 전략경영본부의 그룹 경영관리 업무가 2010년 2월경 종료되었으므로, 그 시점 이후에는 쟁점회사들에게 (상표사용료 명목의) 분담금의 지급의무가 없다고 판단하였다. 이러한 분담금 지급의무의 해소 사유는 청구법인과 쟁점회사들이 서로 다른 계열회사로 분리됨으로써 분담금 수수의 전제가 되었던 그룹 경영관리업무의 중단으로 인한 것일 뿐, 상표사용료 계약의 해지나 그에 준한 것으로 인하여 발생한 것이라고 보기는 어려우므로, 청구법인에게 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제3호에서 규정한 ‘계약의 해지 등’의 사유가 발생하였다고 보기 어렵다. 또한, 쟁점판결에서 전략경영본부의 그룹 경영관리 업무가 종료된 시점 이후에는 쟁점회사들에게 분담금의 지급의무가 없다고 보았으므로, 용역의 공급이 있는 것을 전제로 공급가액의 변동이 있었다고 보기도 어렵다. 따라서 쟁점판결로 인하여 청구법인에게 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제3호에 따른 수정세금계산서의 발급사유가 발생하였다고 보기는 어렵다. (나) 한편, 처분청은 용역의 공급이 없다면 종전에 청구법인이 발급한 세금계산서는 가산세 부과대상이고, 가산세를 고려하면 이미 초과환급되었다는 의견도 제시하나, 가산세는 본세와 별도로 납세의무가 성립하는 별개의 세목으로서 본세와는 독립한 불복대상이 되고(대법원 2013.6.28. 선고 2013두932 판결, 같은 뜻임), 아직 부과하지 아니한 가산세를 부가가치세 본세의 경정청구 거부처분에 대한 적법한 거부사유로 인정하기는 어려우므로, 위와 같은 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다. (다) 다시 이 건 부가가치세 본세가 어느 과세기간에 환급되어야 하는지에 대하여 보건대, 위에서 살펴 보았듯이 쟁점판결에서 법원은 상표사용료 계약은 전략경영본부의 운영비 분담을 목적으로 상호 체결한 것인바, 전략경영본부의 그룹 경영관리 업무가 종료된 2010년 2월경 후에는 쟁점회사들에게 그 운영비 분담을 목적으로 한 금전의 지급의무가 없다고 평가하였는데, 이는 결국 청구법인이 쟁점회사들에게 상표사용과 관련한 용역을 쟁점회사들에게 공급한 것이 없다는 것을 의미한다 할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 상표사용료 명목으로 세금계산서를 발행한 당초 과세기간으로 돌아가 과다납부한 세액을 경정하는 것이 국세기본법제45조의 취지에 부합한다고 보이므로, 이와 다른 전제에서 처분청이 한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.