쟁점농지의 분할거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부

[사건번호] 조심2024광0526 (2024.04.03) [세 목] 양도 [결정유형] 기각 [제 목] 쟁점농지의 분할거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부 [결정요지] 단기간 내에 1필지 중 일부를 동일 양수인에게 양도하였고 이에 대해 조세회피 외 다른 특별한 사정이 없는 것으로 보여 일괄양도로 보기에 충분 [관련법령] ｢조세특례제한법」제69조 [참조결정] [따른결정] [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 전라남도 순천시 해룡면 OOO 임야 11,362㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 소유한 자로, 2019.10.31. 이 중 5,000㎡(이하 “쟁점토지지분①”이라 한다)를 AAA 주식회사(이하 “AAA-주”라 한다)에 OOO원에 양도하고 2020.2.29. 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 제133조에 따라 양도소득세 감면한도(1억원)를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 2020.11.16. 쟁점토지 잔여지분 중 5,000㎡(이하 “쟁점토지지분②”라 한다)를 동일한 매수인에게 OOO원에 양도한 후 2021.2.28. 양도소득세 감면한도(1억원)를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 국세청장(감사담당관실)은 2023.2.6.부터 2023.2.24.까지 양도시기 조정을 통한 조세회피 실태에 대한 특정감사를 실시하여 청구인이 8년 자경감면 한도 및 누진세율 적용을 회피하기 위하여 동일 지번을 두 개의 거래로 귀속을 달리하여 양도함으로써 양도시기를 조절한 것으로 보아 처분청에 청구인의 양도소득세를 경정하도록 감사처분하였다.
• 다. 처분청은 2023.11.8. 쟁점토지의 양도를 하나의 거래로 보아 조세특례제한법제69조 및 같은 법 제133조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표1> 양도소득세 신고ㆍ경정 내역(2020년 귀속) ㅇㅇㅇ
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지지분①과 쟁점토지지분②의 매매계약은 별개로 이루어진 것으로 경제적 합리성이 있다. 청구인은 2011.12.16. 쟁점토지 매수인인 주식회사 BBB(현 AAA-주)의 사실상 대표이사 aaa과 사이에 쟁점토지를 채권자 OOO에게 담보로 제공하고 aaa이 OOO으로부터 대출금을 차입하되 청구인이 요청할 경우 청구인이 요구한 금액의 범위 내에서 aaa이 청구인에게 금원을 지급하기로 하는 내용의 ‘토지 담보제공 협약서’를 작성하였다. 위 협약 체결 이후 청구인은 aaa으로부터 여러 차례에 걸쳐 금전을 차용하였고, 2019년 9월경 aaa으로부터 대출금의 변제를 요구받자 청구인은 쟁점토지를 처분하여 이를 변제하고자 하였다. 그러나 쟁점토지가 임야이고 경사가 심해 매수희망자가 없어 매도가 어려웠고 청구인은 이러한 사정을 잘 알고 있는 aaa에게 쟁점토지지분①을 매수하여 줄 것을 요청하였다. 쟁점토지지분①의 매매대금 OOO원 중 OOO원은 기존 차용금의 지급에 갈음하였고, 나머지 OOO원은 2019.9.30. OOO원, 2019.10.11. OOO원, 2019.10.21. OOO원, 2019.11.13. OOO원을 각 수령하였다. 그 후로부터 1년이 경과한 2020년 10월경 aaa은 청구인에게 쟁점토지에 대한 근저당권부 채무액 OOO원을 변제하고 근저당권 설정등기를 말소하고자 한다고 이야기 하였고, 청구인은 청구인의 aaa에 대한 차용금의 지급에 갈음하여 쟁점토지지분②에 대한 소유권을 aaa에게 양도하기로 하였다. 청구인과 aaa은 쟁점토지지분① 양도 당시 쟁점토지지분②에 대한 양도를 전혀 예상하고 있지 않았다. 쟁점토지지분① 양도 이후 aaa과의 금전대차 관계가 해소되지 않았고 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기도 말소되지 아니하여 이러한 문제를 해결하기 위하여 부득이하게 쟁점토지지분①을 양도하고 1년이 경과한 시점에서 쟁점토지지분②까지 양도하게 된 것이다. 실질적 계약당사자인 청구인과 aaa은 각자가 처한 사정을 고려하여 경제적 합리성을 기준으로 쟁점토지지분①과 쟁점토지지분②의 양도계약을 체결한 것임에도, 이를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 매수인인 AAA-주의 대표이사 aaa은 청구인의 배우자 bbb의 언니 ccc의 배우자로 청구인과 동서지간이고, 청구인은 두 과세기간에 거쳐 청구인의 특수관계인이 운영하는 부동산개발법인인 AAA-주에 1필지(총 1,312㎡)인 쟁점토지의 지분을 5,000㎡씩 두 번에 나누어 양도한 것이다. 쟁점토지를 매수한 AAA-주의 대표이사 aaa은 쟁점토지에 대한 두 차례의 매매계약을 체결하기 전인 2018.11.23. 이미 쟁점토지에 채권최고액을 OOO원으로 하는 근저당권 설정등기를 마치고 광주농업협동조합으로부터 대출을 받고 있었다. aaa은 해당 근저당권부 채무를 설정하기 이전인 2011.12.16.부터 쟁점토지를 담보로 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기를 경료하였고, 2017.12.22. 추가로 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기를 경료하였다가 2018.11.23. 이를 모두 말소하고 다시 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기를 마친 것으로 확인된다. 청구인은 aaa에 대한 채무를 변제할 목적 또는 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기를 말소할 목적으로 두 차례에 나누어 쟁점토지의 양도계약을 체결하였다고 주장하나, 청구인의 aaa에 대한 구체적 채무내역 또는 정산내역 등이 확인되지 않고 aaa은 쟁점토지에 대한 양도계약 체결 전 이미 쟁점토지를 담보로 근저당권을 설정하고 대출을 실행한 것으로 확인되며, 하나의 계약으로 가능한 매매거래를 굳이 두 개의 매매계약으로 과세기간을 달리하여 거래할 특별한 사유를 발견하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지 양도거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도를 하나의 거래로 보아조세특례제한법제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1988.10.6. 쟁점토지 1,132㎡를 취득하여 소유하다가 2019.10.31. 쟁점토지지분①을 AAA-주에 OOO원에 양도하고, 2020.11.16. 쟁점토지지분②을 동일한 매수인에게 OOO원에 양도한 후 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 제133조에 따라 양도소득세 감면한도(1억원)를 각 적용하여 2019년 및 2020년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. (가) 법인 등기부등본에 의하면 쟁점토지를 매수한 AAA-주 의 최초 상호는 CCC 주식회사였고, 2016.10.13. 주식회사 BBB로 변경하였다가 2019.11.27. 다시 AAA-주로 변경한 것으로 확인된다. (나) AAA-주의 설립시부터 2019.11.27.까지 대표이사는 ccc이었다가 그 이후 aaa으로 변경된 것으로 확인되는데, 가족관계등록부 등에 의하면 ccc은 청구인의 배우자 bbb의 언니이고, aaa은 ccc의 배우자로 확인된다.

(2) 쟁점토지 양도계약과 관련하여 4건의 매매계약서가 제출되었다. (가) 양도소득세 신고서에 첨부된 매매계약서는 다음과 같다.

1. 부동산매매계약서(2019.10.31.)의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

2. 부동산매매계약서(2020.11.16.)의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (나) 청구인이 제출한 매매계약서는 다음과 같다.

1. 토지 매매계약서(2019.9.30.)의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

2. 토지 매매계약서(2020.11.16.)의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

(3) 청구인은 2011.12.16. 쟁점토지 매수인인 주식회사 BBB(현 AAA-주)의 사실상 대표이사 aaa과 사이에 쟁점토지를 채권자 OOO에게 담보로 제공하여 근저당권설정등기를 경료하고, aaa이 OOO으로부터 대출금을 차입하되 청구인이 요청할 경우 청구인이 요구한 금액의 범위 내에서 청구인에게 금원을 지급하기로 하는 내용의 토지 담보제공 협약을 체결하였다고 주장하며 다음과 같은 내용의 ‘토지 담보제공 협약서’를 제출하였다. ㅇㅇㅇ

(4) 청구인은 쟁점토지지분① 매매대금 OOO원 중 OOO원은 aaa에 대한 기존 차용금의 지급에 갈음하였고, 나머지 OOO원은 <표2> 기재와 같이 지급받았다고 소명하였다. <표2> 쟁점토지지분① 매매대금 지급내역(청구인 소명내역) ㅇㅇㅇ

(5) 청구인이 제출한 금융증빙에 의하면, 청구인은 2019.9.30.부터 2020.3.3. 사이에 aaa으로부터 <표3> 기재와 같이 총 OOO원을 지급받은 것으로 확인된다. <표3> 쟁점토지 매매대금 지급내역(금융증빙) ㅇㅇㅇ

(6) 청구인은 쟁점토지지분②의 매매대금을 OOO원이라고 소명하였으나 실제로 매매대금이 지급되지는 아니하였고, 처분청 감사보고서에 의하면 청구인은 2014.1.22.부터 2017.7.6.까지 aaa으로부터 총 OOO원을 차용하였는데 그에 대한 이자를 OOO원으로 계산하여 매매대금 OOO원을 상계처리하는 방법으로 쟁점토지지분②의 매매대금을 지급하였다고 소명하였으나, 청구인의 aaa에 대한 채무의 정산내역 및 이자계산 근거 등은 제출되지 아니하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 국세기본법 제14조 제2항 은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 규정하고 있다. 위 규정이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 등 참조). 또한 국세기본법 제14조 제3항 은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있는바, 국세기본법에서 이와 같이 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 등 참조). 청구인은 실질적 계약당사자인 청구인과 aaa은 각자가 처한 사정을 고려하여 경제적 합리성을 기준으로 쟁점토지지분①과 쟁점토지지분②의 양도계약을 체결한 것임에도, 이를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 두 과세기간에 거쳐 청구인의 특수관계인이 운영하는 부동산개발법인인 AAA-주에 1필지(총 1,312㎡)인 쟁점토지의 지분을 5,000㎡씩 두 번에 나누어 양도하였는데, 해당 매매계약서 등 심리자료에 의하면 청구인이 2회에 걸쳐 쟁점토지를 거래할 합리적인 이유가 나타나지 아니하는 점, 청구인은 aaa에 대한 채무를 변제할 목적 또는 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기를 말소할 목적으로 두 차례에 나누어 쟁점토지의 양도계약을 체결하였다고 주장하나, 청구인의 aaa에 대한 구체적 채무내역 또는 정산내역 등이 확인되지 않고 aaa은 쟁점토지에 대한 양도계약 체결 전 이미 쟁점토지를 담보로 근저당권을 설정하고 대출을 실행한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 당초 두 과세기간에 걸쳐 양도 신고된 쟁점토지를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (4) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액