① 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 없는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분한 당부 ② 쟁점토지를 산업용 건축물 용도에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 ③ 쟁점납부지연가산세 산정 기산일 적용이 적법한지 여부

[참조결정] 조심2016지0942 / 조심2019지3577 / 조심2019지2222

[주 문] 충청북도 보은군수가 2023.8.21. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 충청북도 보은군 OOO 공장용지 10,968.1㎡에 대한 취득세를 추징대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. AAA 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 충청북도 보은군 OOO산업단지 내에 소재한 아래 ＜표1＞의 부동산을 분양을 원인으로 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목, 충청북도 도세 감면조례(2016.5.24. 충청북도조례 제3920호로 개정된 것) 제12조 및 충청북도 도세 감면조례(2017.5.18. 충청북도조례 제4028호로 개정된 것) 제11조에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받았다. ＜표1＞ 쟁점부동산 취득 내역 ◯◯◯
• 나. 청구법인은 2017.11.16. 피합병법인을 흡수합병함에 따라, 쟁점①·②·③토지를 취득한 후, 2017.12.27. 쟁점①·②·③토지의 시가표준액을 과세표준으로 하고, 지방세법 제15조 제1항 제3호의 법인의 합병으로 인한 세율특례를 적용하여 산출한 세액을 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제57조의2 제1항의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산으로 하여 면제받았고, 2018.1.3. 쟁점①·②·③토지를 청구법인 명의로 소유권이전등기하였다.
• 다. 청구법인은 2018.11.15. 충청북도 보은군 OOO 공장용지 10,968.1㎡(이하 “쟁점④토지”라고 하고, 쟁점①·②·③토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양을 원인으로 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법제78조 제4항 제2호 가목 및 충청북도 도세 감면 조례 제11조에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받았다.
• 라. 이후, 처분청은 쟁점토지 지상의 공장용 건축물이 2022.2.14. 사용승인을 받은 사실을 확인하고, 피합병법인 및 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호의 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.8.21. 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(신고불성실가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원이 포함된 금액으로, 이하 납부지연가산세를 “쟁점가산세”라 한다)을 부과·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 조세심판원은 산업단지내의 토지를 취득하고, 유예기간인 3년 이내에 공사에 착공한 후, 그 건축물을 산업용으로 사용하였다면, 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다고 결정한바 있다(조심 2016지0942, 2016.12.22., 같은 뜻임). 청구법인은 2016.12.29. 쟁점①·②토지를 취득한 후 건축허가를 받고 착공예정이었으나, 처분청에서 보은일반산업단지에 미분양된 쟁점③토지의 매입을 요청하여 이에 대한 검토와 합병 추진 등으로 일시 보류하게 되었다. 이후 쟁점③토지를 취득한바, 처분청에서 쟁점④토지까지의 매입을 지속적으로 요청하여, 2018.11.15. 쟁점④토지까지 추가로 취득하게 되었다. 쟁점토지를 3회에 걸쳐 취득하며, 청구법인은 정상적인 노력을 다하였으나, 자재를 공급하는 공장의 코로나 감염과 한파에 따른 공사중단으로 공사가 다소 지연되어 2022.2.14. 지상건축물에 대한 사용승인을 받았다. 특히, 쟁점토지는 부지의 고저차, 지반의 지내력 부족등으로 인한 절성토 공사와 관련하여 건축설계 단계에서 시간소요가 많았고 이에 따라 비용도 추가로 발생하였으며, 처분청 관내 양질토 부족으로 인해 많은 비용을 들어 타지역 토사의 반입 또한 지금까지 추진하고 있는 상황으로, 현재 많은 손실을 감수하며 투자를 진행하고 있다. 또한 기존 천안공장의 매각을 추진하면서, 천안공장의 등록을 취소하는 등 일련의 과정을 ＜별지2＞와 같이 꾸준히 진행해 온바, 청구법인이 3년의 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다. 한편, 쟁점④토지는 2018.11.5. 청구법인이 취득한후 3년 이내 공장용 건축물의 건축공사를 착공하여 2022.2.14. 사용승인 받았고, 현재까지 산업용 건축물의 부속토지인 공장용지로 직접 사용하고 있으므로, 이는 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

(2) 쟁점토지는 산업용 건축물 용도에 직접 사용한 것으로 보아야 한다. 지방세특례제한법 시행규칙제6조에서 공장의 범위를 지방세법 시행규칙 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서, 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 200제곱미터 이상인 것으로 한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)을 포함한다고 규정하면서, 사무실 등 각종 부대시설만 있는 경우 공장의 범위에서 제외한다고 별도로 규정하고 있지는 않다. 청구법인은 피합병법인이 2017.9.14. 처분청으로부터 건축허가를 받아 설치한 가설건축물(용도: 사무실 등 28.8㎡)을 공장용 사무실 등으로 활용하기 위해, 2019.1.30. 에스원 CCTV 및 KT 인터넷 전화를 설치하였으며, 2019.5.15. 에스원 CCTV 및 방송장비를 추가 설치한 다음 2019년 5월부터는 천안공장의 기계수선 중장비 등을 쟁점토지가 소재한 보은공장으로 이전하고, 일부 직원들이 보은공장에 상주하면서 천안공장에서 제작 및 각 공사현장에서 사용후 회수된 PPS PIPE 등을 보은공장에 보관하면서, 훼손된 PPS PIPE 등을 수선 및 보수하여 반출하는 등 쟁점토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하는 한편, 공장입지기준면적에 적정하게 건축허가를 받아 건축공사를 진행하여 사용승인을 받았다. 청구법인은 건설기계장비 제작, 임대, 판매, 보관 및 수리를 전문으로 하는 회사로서, 청구법인에서 제작되는 제품의 조립 및 완성단계 장비의 규격은 가로 3M, 세로 15M, 높이 1.5M에서부터, 가로 13M, 세로 3M, 높이7M 등 대형장비에 속하며, 중량 또는 1Ton∼45Ton까지 형성되어 있으며, 해당 장비를 동시에 200여대까지 공장 및 부대시설과 공장용지에서 보관 및 조립, 수리의 업무가 진행되는 바, 모든 제품의 생산자체가 공장내에서 제작되거나 조립이 될 수 없기 때문에 공장건축물과 모든 공장용지를 생산제조시설로 활용하고 있다고 보아야 한다.

(3) 쟁점납부지연가산세 산정의 기산일이 착오적용되었다. 처분청은 이 건 취득세 등을 부과하면서 납부지연가산세를 아래의 ＜표2＞과 같이 산출하였는데, 쟁점①·②·③토지의 경우 납부지연가산세 기산일을 청구법인의 취득일이 아닌 피합병법인의 취득일로부터 3년이 되는 날을 추징사유 발생일로 보아 쟁점납부지연가산세를 과다하게 산출하였다. 피합병법인은 쟁점①·②·③토지의 취득일부터 1년 이내에 합병을 원인으로 해산하면서, 청구법인에게 합병을 원인으로 소유권을 이전한 바, 피합병법인은 그 취득일부터 3년이 되는 때까지 쟁점토지를 보유한 사실이 없으므로, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 규정한 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우”에 해당하지 않고, 합병으로 인한 소유권이전의 경우 같은 조 제5항 제2호에서 규정한 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에도 해당하지 않으므로(조심 2019지3577, 2020.3.12., 같은 뜻임), 피합병법인에게는 지방세특례제한법 제78조 제5항에서 규정한 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다. 따라서, 쟁점①·②·③토지에 대한 추징사유 발생일은 청구법인이 쟁점토지를 소유한 기간에 한정해야 함에도 처분청은 아래의 ＜표2＞와 같이 납부지연가산세를 계산한바, 아래의 ＜표3＞과 같이 청구법인이 합병을 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기한 2018.1.3.로부터 60일 이내인 2021.5.2.을 쟁점납부지연가산세 기산일로 적용하여야 한다. ＜표2＞ 처분청의 쟁점토지에 대한 쟁점납부지연가산세 산출내역 (단위: 원) ◯◯◯ ＜표3＞ 청구법인의 쟁점토지에 대한 쟁점납부지연가산세 주장내용 ◯◯◯ 그러므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법‧부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 취득당시 예측하지 못한 쟁점토지의 고저차, 지반의 지내력 부족등으로 인해, 지금도 성토작업을 통한 평탄화 작업이 이루어지지 못하는 등의 문제가 발생하였고, 보은군내에 잉여 양질토가 부족하여 많은 비용을 들여 타지역의 토사를 반입하는 계획을 수립하고 손실을 감수한 투자를 진행해 오고 있음을 근거로 정당한 사유에 해당다고 주장하고 있으나, 청구법인이 심판청구서 첨부서류로 제출한 서류에 의하면, 피합병법인이 쟁점①·②토지를 매입한 후 2017.5.11. 지질조사를 시행하여 용지에 대한 문제점을 인지하고 공장건물의 재배치 및 공장건물의 기초보강 방안 협의 설계를 진행하여 2017.9.14. 건축허가 승인을 받은 사실이 확인되는데, 이를 통해 지질에 따른 성토에 대한 문제는 건축허가 전에 인지된 사항이며 건물의 위치변경도 건축허가 당시의 필지안에서 변경된 사항으로 청구법인의 이러한 절차는 건물을 신축하는 일련의 과정으로 이러한 사유가 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유라고 판단되지 않으며, 이러한 이유만으로는 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다했다고 볼 수 없다고 판단된다. 또한, 쟁점①·②·③토지의 취득일은 청구법인과 피합병법인간에 작성한 합병계약서 제10조에서 청구법인이 피합병법인의 모든 종류의 자산 및 부채 등 일체의 권리의무를 승계하도록 되어 있어, 피합병법인의 직접 사용의무 또한 청구법인에게 승계된다고 봄이 타당하므로, 쟁점토지의 취득일은 피합병법인의 취득일을 청구법인의 취득일로 보아야 한다(조심 2019지2222, 2020.2.27., 같은 뜻임).

(2) 쟁점토지는 산업용 건축물 용도에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다. 청구법인의 가설건축물은 건축면적 28.8㎡의 공사용 현장사무소로, 이는 산업용 건축물 용도와는 무관하다. 또한, 토지의 직접 사용에 대하여는 특별한 사정이 없는 한 신축건축물에 대한 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하고(대법원 2015.5.2. 선고 2014두43752 판결, 같은 뜻임), 제조시설이 없는 사무실 용도의 가설건축물을 설치하였다고 하여 공장 내 모든 부지를 생산 제조시설로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 쟁점납부지연가산세 산정의 기산일 적용은 적법하다. 처분청은 피합병법인이 쟁점①·②·③ 토지를 취득한 후, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 규정한 “정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”에 해당한다고 보아, 이 건 취득세 등을 부과처분한 것으로, 청구법인이 지방세기본법 제41조에 따라 소멸된 피합병법인의 납세의무를 승계한 것으로 보아, 청구법인에게 명의로 과세한 것이고, 조세심판원에서도 피합병법인이 취득한 물건으로 유예기간 중에 피합병법인이 합병으로 해산한 경우에 대하여 존속법인인 청구법인에 과세한 것이 타당하다고 결정한 바 있다.(조심 2019지2222, 2020.2.27., 같은 뜻임) 따라서, 청구법인이 쟁점토지에 대하여 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있거나 직접 사용 하였다고 보기 어렵고, 납부지연가산세 등은 지방세관계법에 따라 적정하게 산출되었으므로, 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 없는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분한 당부

② 쟁점토지를 산업용 건축물 용도에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

③ 쟁점납부지연가산세 산정 기산일 적용이 적법한지 여부

• 나. 관련 법령: ＜별지1＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기사항전부증명서에 따르면, 피합병법인은 1990.9.13. 충청남도 천안군 OOO을 본점으로 하고, 건설기계장비 제조업, 각 항의 장비 보수 유지 및 관리업 등을 목적사업으로 하여 1990.9.13.에 설립되었고, 2017.11.16. 청구법인에게 흡수합병되어 2017.11.20. 해산된 사실이 나타난다. (나) 청구법인은 2004.4.27. 주식회사 BBB이라는 상호로 서울특별시 서초구 OOO을 본점으로 하고, 부동산개발, 운영 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2017.11.16. 피합병법인을 합병하며 상호를 주식회사 BBB으로 변경하고 건설장비 운영업, 건설 및 토목공사용 기계장비 임대업, 기계장비 제조업 등을 목적사업에 추가한 사실과, 2017.11.17. 충청남도 천안시 OOO로 본점을 이전하였다가, 2022.8.22. 본점을 현재 소재지인 충청북도 보은군 OOO으로 이전한 사실이 나타난다. (다) 영동세무서장이 2022.9.20. 발행한 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 2004.4.20. 개업하였고, 사업장소재지는 충청북도 보은군 OOO이며, 업태는 부동산, 제조업, 도소매, 서비스 등이고, 종목은 부동산개발, 컨설팅, 건설기계장비제작, 상품중개업, 건설장비 임대업, 건설기계수리, 매니지먼트인 사실과 해당 사업자등록증이 주소정정을 이유로 재발급된 사실이 나타난다. (라) 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점①·②토지는 2016.12.29. 매매를 원인으로 피합병법인 명의로 소유권이전등기 되었다가, 2018.1.3. 합병을 원인으로 청구법인 명의로 다시 소유권이전등기된 사실, 쟁점③토지는 2017.10.26. 피합병법인 명의로 소유권이전등기되었다가 2018.1.3. 합병을 원인으로 청구법인 명의로 다시 소유권이전등기된 사실 및 쟁점④토지는 2018.11.15. 매매를 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기된 사실이 나타난다. (마) 청구법인이 제출한 청구법인과 피합병법인간 2017.9.25. 체결한 합병계약서 주요내용은 아래의 ＜표4＞과 같고, 다음의 내용이 기재되어 있다. ＜표4＞ 합병계약서 주요 내용 ◯◯◯ (바) 처분청 문서(처분청 OOO)에 의하면, 피합병법인이 2017.8.21. 쟁점①·②토지 지상에 연면적 6,279.19㎡ 규모의 공장용 건축물 3개동에 대한 건축허가를 신청한 사실 및 이에 관한 일괄처리 사항으로 건축면적 28.8㎡ 규모의 경량철골구조의 가설건축물 2개동(각 14.4㎡)에 대한 공사용 가설건축물 축조신고를 한 사실 및 해당 건축허가가 2017.9.14. 처리된 사실이 나타난다. (사) 처분청 문서(처분청 지역개발과-OOO)에 의하면, 기존 건축허가 사항이 청구법인을 건축주로 하여, 쟁점①·②·③·④토지 지상에 건축 연면적 6,279.19㎡ 규모의 공장용 건축물 3개동에 대한 건축허가로 변경된 사실이 나타나고, 건축물대장 총괄표제부에 의하면, 해당 공장용 건축물은 2018.12.13. 착공되어, 2022.2.14. 사용승인된 사실이 나타난다. (아) 청구법인이 제출한 문서(충청남도 천안시 허가과-OOO)에 의하면, 충청남도 천안시 OOO에 소재하던 청구법인의 종전 천안공장의 공장등록이 청구법인의 요청으로 2022.8.26. 취소된 사실이 나타난다. (자) 청구법인은 이외에도 종전 천안공장의 매매를 위해 현수막을 부착한 사진 및 현수막 구입 관련 영수증, 천안공장에 대한 매매계약서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 산업단지등에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제2호 가목에서 경감내용을 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임), 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것이다(대법원 2015.2.12. 선고, 2014두43752 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인은 처분청의 요청으로 쟁점토지를 3회에 걸쳐 취득하였고, 부지의 고저차 및 지반의 지내력 부족등으로 인한 절성토 공사, 자재공급공장의 코로나 감염 한파에 따른 공사중단 등으로 지상건축물의 사용승인이 지연된 것일뿐, 청구법인은 정상적인 노력을 다하였으므로, 청구법인이 3년의 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나, 청구법인(피합병법인)은 2016.12.19. 쟁점①‧②토지를 2017.10.26. 쟁점③토지를 취득한 후, 그로부터 약 4～5년이 경과한 2022.2.14. 위 토지상에 건축물을 신축하여 사용승인을 받은 점 청구법인이 주장하는 부지내 고저차 및 지반의 지내력 부족 등의 사유는 토지를 취득할 당시부터 알 수 있었거나, 설사 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 알 수 있었던 사항인 것으로 보이는 점, 청구법인 또한 쟁점①‧②토지를 취득한 직후인 2017년 5월부터 이를 인지하고 지질조사를 시행하였으나, 지질조사 후 토목공사에 착수한 2018년 12월까지 유예기간의 거의 절반을 사용하였고, 청구법인은 실제 토목공사에는 1년 3개월, 건축공사에는 9개월이 소요되어, 청구법인이 쟁점①·②·③토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유에 해당하는 지 여부가 불분명한 점, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간내 사용하지 못한 외부적인 사유는 특별히 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점①·②·③토지를 유예기간내에 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 쟁점①·②·③토지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 그러나, 청구법인은 2018.11.15. 쟁점④토지를 취득하고, 2018.12.13. 공장용 건축물의 신축공사를 착공하였고, 유예기간인 3년에서 3개월을 지연한 3년 3개월만에 공장용 건축물이 사용승인된 바, 쟁점④토지를 취득한 이후부터는 코로나, 기후 등으로 인한 공사중단 시기(5개월)를 제외하면 청구법인이 토목공사, 건축공사 등을 꾸준히 진행한 것으로 보이는 점, 처분청으로부터 신축된 건축물의 사용승인을 받아 공장용 건축물 등으로 심판청구일 현재까지 사용하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점④토지를 취득한 후 건축물을 신축하여 공장으로 사용하기 위한 진지한 노력을 다하여, 쟁점④토지의 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보이므로, 처분청이 쟁점④토지를 포함하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2016지942, 2016.12.22., 같은 뜻임).

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 피합병법인이 2017.9.14. 처분청으로부터 건축허가를 받아 설치한 가설건축물을 공장용 사무실 등으로 활용하였고, 2019년 5월부터는 천안공장의 기계수선 중장비 등을 쟁점토지가 소재한 보은공장으로 이전하고, 일부 직원들이 보은공장에 상주하면서 지상 공장용 건축물의 사용승인 이전에도, 쟁점토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하였다고 주장한다. 그러나, 청구법인은 쟁점토지 지상 가설건축물을 축조신고하며, 그 항목을 공사용 가설건축물 축조신고라고 표기한 점, 청구법인이 가설건축물을 공장용사무실로 사용하기 위하여 설치했다고 주장하는 CCTV, 인터넷전화 등은 반드시 공장용 사무실을 위한 것이라고 판단하기 어렵고, 건축공사 현장의 경우에도 보안 등을 위해 해당 설비가 필요할 수 있는 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년이 경과된 후에 공장용 건축물 등을 신축하였고, 쟁점토지상에 산업용 건축물이 신축되기 전에는 쟁점토지를 산업용 건축물의 용도로 사용하는 것이 현실적으로 불가능한 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 이내에 산업용 건축물 등의 용도로 사용한 것으로 보기는 어려우므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구법인은 피합병법인의 해산당시에 피합병법인의 감면 유예기간이 경과하지 않아 추징사유가 발생하지 않았으므로, 쟁점납부지연가산세는 청구법인이 보유한 기간에 대해서 계산되어야 한다고 주장한다. 그러나, 합병의 경우 지방세기본법제41조에 따라 합병후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 지게 되고, 상법제235조에서도 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 규정하고 있으므로, 합병후 존속법인인 청구법인이 피합병법인에게 이미 발생한 감면 유예기간 준수의무에 대한 법률상의 지위 또한 승계된다고 보는 것이 타당한 점(조심 2019지2222, 2020.2.27. 같은 뜻임), 따라서 청구법인이 정당한 사유 없이 피합병법인이 쟁점①·②·③ 토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우에는 청구법인이 감면된 취득세를 추가 납부할 의무를 부담한다고 보아야 하고(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결, 같은 뜻임), 이 경우 추징사유 발생일은 피합병법인이 쟁점①·②·③토지를 취득한 날부터 3년이 경과한 날이 되며, 신고납부기한은 추징사유 발생일부터 60일 이내인 점 등에 비추어, 처분청이 피합병법인이 쟁점①·②·③토지를 취득한 날부터 3년이 경과한 날을 기준으로 신고납부기한을 적용하고, 그 신고납부기한의 다음날을 납부지연가산세 기산일로 보아 쟁점①·②·③토지에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호‧제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 지방세법 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 지방세법 제13조제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 지방세법 제13조제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액

(3) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(4) 충청북도 도세 감면조례(2016.5.24. 충청북도조례 제3920호로 개정된 것) 제12조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항 전단에서 “조례로 정하는 율”이란 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조제1항·제2항‧제3항제1호 및 제4항제2호가목: 100분의 25

2. 법 제78조제4항제2호나목: 100분의 15

(5) 충청북도 도세 감면조례(2017.5.18. 충청북도조례 제4028호로 개정된 것) 제11조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항 전단에서 “조례로 정하는 율”이란 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조제4항제2호가목: 100분의 25

2. 법 제78조제4항제2호나목: 100분의 15

(6) 지방세기본법 제41조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 경우에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다.

(7) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 제13조제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득ㆍ이전에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하거나 등록[등재(登載)를 포함한다. 이하 같다]하려는 경우에는 등기 또는 등록 신청서를 등기ㆍ등록관서에 접수하는 날까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 한다.

(8) 상법 제235조(합병의 효과) 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.