조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 영위하는 업종이「지방세특례제한법」제58조의2 제2항의 지식산업센터에 대한 취득세 감면대상에 해당되는지 여부

사건번호 조심 2023지5652 선고일 2024-03-05 조세심판원

[요지] 쟁점부동산 취득 이후 쟁점소프트웨어 이외 다른 소프트웨어를 실제로 개발·공급하였다는 증빙은 제출되지 아니한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.7.25. 서울특별시 영등포구 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 분양을 원인으로 하여 취득하고,지방세특례제한법제58조의2 제2항에 따라 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 적용(50%)하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 2023.8.17. 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인이 2017년부터 영위한 “소프트웨어 개발 및 공급업”은지방세특례제한법제58조의2 제2항의 지식산업센터에 대한 취득세 감면업종에 해당함에도, 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다.

(1) 청구법인의 주 업종은 물류 시스템 솔루션을 제공하는 “소프트웨어 개발 및 공급업”으로,지방세특례제한법제58조의2에 따른 취득세 감면업종에 해당한다. 청구법인은 2009년 창업 이후 자동차 중기부품 도소매업을 영위해 오다가, 2016.12.29. 자동차 중기부품 유통사업부 전체를 매각함으로써 이와 관련된 사업을 종료하였다. 일반적으로 자동차 부품 관리업체가 관리하는 자동차 부품의 가짓수는 약 11,536개로, 인력을 통해서는 재고 관리가 불가능하고 물류 솔루션을 통해야만 관리가 가능한데, 이러한 자동차 부품 관리업체에는 웹 기반을 기반으로 한 부품 가짓수의 실시간 업데이트가 가능한 물류 솔루션이 반드시 필요하다 청구법인은 위와 같은 자동차 부품 관리업체들의 부품 및 물류 관리의 어려움을 해결하기 위해, 2017년 12월 OOO㈜와 “OOOAPS WEB SOLUTION 도입 및 ERP 추가개발 프로젝트 계약”을, ㈜A과 “OOOAPS 통합정보시스템 구축 및 AWS 운영서비스 계약”(이하 “쟁점소프트웨어”라 한다)을 각각 체결함으로써, 국내외로부터 수입자동차 부품을 소싱하고 물류 솔루션에서 품명, 수량, 제조 등을 전산관리하는 물류 솔루션 업체로 제2의 창업을 하였다. 나아가 2021년에는 웹기반 물류 솔루션 확장 투자 및 고객관리 콜센터까지 운영하였다. 즉 청구법인은 자동차 부품 및 물류를 전산프로그램화하였고, 이를 통해 자동차 부품 관리업체들을 상대로 “부품관리시스템 사용권 계약”을 체결하며 물류 솔루션을 공급하였다. 따라서 2017년 이후부터 청구법인의 주 업종은 “정보통신업 중 시스템 응용 소프트웨어 개발 및 공급업(722000)”으로 보아야 하므로,지방세특례제한법제58조의2에 따른 취득세 감면업종에 해당한다고 할 것이다.

(2) 청구법인의 “상품(무역) 중개업”에 따른 매입·매출은 물류 시스템 솔루션 운영으로 인한 부수적인 것에 불과하다. 일반기업회계기준 16장 실무지침19에 의하면, 청구법인의 상품(무역) 중개업은 주된 위험과 책임을 부담하지 않는 부수적 사업으로서, 해당 매입·매출은 총액법이 아닌 순액법에 따라 OOO원으로 인식되어야 한다. 실제로 2023년 1월∼3월 기간 동안, 청구법인의 상품(무역) 중개업에 따른 매입은 OOO원이고, 매출은 OOO원으로, 매입·매출 간 차이가 거의 없는 것으로 확인된다. 그럼에도 손익계산서상 상품매출 및 매출원가를 인식한 이유는 은행 대출문제로 인하여 부득이하게 총액법으로 상품매출과 매출원가를 인식한 것에 기인한다. 일반기업회계기준에 따르는 경우, 2023년 3월 말 기준 청구법인의 소프트웨어 개발 및 공급업 매출은 솔루션 수수료 OOO원임에 반해, 상품(무역) 중개업 매출은 OOO원이다(순액법). 따라서 청구법인의 주 업종은조세특례제한법 시행령제2조 제3항에 따라 사업수입금액이 큰 소프트웨어 개발 및 공급업으로 보아야 한다.

(3) 청구법인이 제공하는 쟁점소프트웨어의 솔루션 프로그램은 주문형이 아닌 범용성 소프트웨어로,산업집적활성화 및 공장시설 설립에 관한 시행령제6조 제3항 제2호에서 규정하는 소프트웨어 개발 및 공급업에 해당한다. 청구법인은 쟁점소프트웨어의 설계 및 개발을 주도하였고, ㈜A은 청구법인의 설계 하에 시스템을 구축하였다. 통계청 산업분류표의 해설서에는 “소프트웨어 개발 및 공급업이란 컴퓨터의 시스템 소프트에어, 응용 소프트웨어 및 게임용 소프트웨어 등 ‘범용성’ 소프트웨어를 개발 및 공급하는 산업활동을 말한다.”라고 기재되어 있다. 현재 청구법인은 물류 시스템 솔루션을 ㈜OOOAPS 승용 등 관계회사에 제공하고 있으나, 이는 특정 업체만을 위한 프로그램이 아니라, 자동차 부품을 구입하는 일반 고객들도 위 솔루션 소프트웨어에 접근하여 이용하고 있다. 이러한 점에서 청구법인은 ‘범용성’ 소프트웨어를 제공한다고 볼 수 있으므로, 통계청 산업분류표에 따른 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하고 있다고 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 먼저 ‘쟁점소프트웨어’는 자동차 부품 등의 물류관리(판매, 재고 등)와 고객관리(구매, 반품 등) 등을 효율적으로 수행하기 위한 소프트웨어로, 청구법인이 아닌 ㈜A이 개발하여 공급한 점에서 청구법인이지방세특례제한법제58조의2 제2항에 따른 감면업종인 소프트웨어 개발 및 공급업 영위의 직접적인 근거로 보기 어렵다. 또한 쟁점소프트웨어 구축 이후에도 청구법인은 ㈜A에 운영유지보수비용을 지급하여야 하는 것으로 나타나고, 쟁점부동산 취득(2019.7.25.) 후 그 취득일부터 1년 이내 ㈜A이 개발·공급한 쟁점소프트웨어 이외 다른 소프트웨어를 청구법인이 직접 개발·공급한 사실은 없는 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 주 사업으로 상품(무역) 중개업을 영위한 것으로 판단되므로,지방세특례제한법제58조의2 제2항에 따른 감면업종인 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하였다고 볼 수 없다. 청구법인의 2020∼2022년 계정별원장(상품매출)에서 확인되는 주거래처는 자동차 부품 제조·판매업 등을 영위하는 ㈜B과 ㈜C으로 각각 청구법인의 임원이 대표이사로 있는 법인들로, 해당 거래처에서 발생한 매출내역은 상품(무역) 중개업에 의한 상품매출 및 수수료가 대부분을 차지하고 있다. 또한 2022년 부가가치세 신고서에 의하면, 자동차 부품 관련 도·소매업에서 매출세액이 확인되고, 2023년 5월경 작성된 수입신고필증에서도 수입자가 청구법인, 납세의무자는 ㈜B과 ㈜C으로 기재되어 있는바, 이는 수입대행계약을 통해 위 거래처 대신 청구법인이 수입하는 것으로 보인다. 나아가 청구법인은 일반기업회계처리기준상 상품(무역) 중개업은 매입·매출을 상계하는 순액법을 기준으로 하고 있어, 관련 서류상 나타나는 매출액은 매입액과 상계 시 차이가 ‘OOO’이므로 수익이 없다고 주장하나, 이는 오히려 청구법인이 상품(무역) 중개업을 영위한다는 사실에 신빙성을 더욱 부여한다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 영위하는 업종이지방세특례제한법제58조의2 제2항의 지식산업센터에 대한 취득세 감면대상에 해당되는지 여부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16407호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ②산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

  • 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  • 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설 2.벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조(산업단지의 입주자격) ③ 법 제2조 제18호에서 “정보통신산업”이란 정보의 수집ㆍ가공ㆍ저장ㆍ검색ㆍ송신ㆍ수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기ㆍ기술ㆍ역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

2. 소프트웨어 개발 및 공급업 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

(4) 한국표준산업분류(통계청 고시 제2017-13호) J 정보통신업: 대분류 명칭을 정보통신업으로 변경하였으며, 온라인ㆍ모바일 게임 소프트웨어 개발 및 공급업을 유선 온라인 게임과 모바일 게임 소프트웨어 개발 및 공급업으로 세분하였고, 무선통신업과 위성통신업은 통합하였다. 582 소프트웨어 개발 및 공급업컴퓨터용의 시스템 소프트웨어, 응용 소프트웨어 및 게임용 소프트웨어 등 범용성 소프트웨어를 개발 및 공급하는 산업활동을 말한다. 컴퓨터 이외의 기기나 시스템에 내장하는 임베디드용의 소프트웨어를 개발․공급하거나 가상현실(VR, AR)용 소프트웨어를 개발 및 공급하는 산업활동도 포함한다. <제 외> 주문형 소프트웨어 개발(62010)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2009.4.15. 서울특별시 영등포구 OOO에 본점을 두고 설립되었는데, 당시 목적사업은 자동차 및 중기부품 수출입업, 자동차 및 중기부품 제조판매업, 통신판매업이었고, 2012.7.11. 목적사업으로 중고차 수출입업, 중고차 매매업, 부동산 임대업, 소프트웨어 개발업, 자동차부품 제조업을, 2020.9.2. 자동차 부품 제조업을 각각 추가하였다. (나) 청구법인은 2019.7.25. 쟁점부동산을 OOO원에 취득(분양)한 후,지방세특례제한법제58조의2 제2항 제1호에 따른 사업시설용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 경우로 감면 적용(50%)하여 취득세 등을 신고·납부하고, 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다. (다) 청구법인은 2019.8.24. 쟁점부동산으로 본점을 이전하였다. (라) 처분청은 2023년 지식산업센터 지방세 감면 현황 조사계획에 따라 청구법인에게 관련 자료 제출을 요청하였는데, 청구법인에서 쟁점부동산을 사업시설용(소프트웨어 개발 및 공급업)으로 사용하였다는 근거로 제출한 자료 및 처분청에서 이를 반박하기 위하여 제출한 자료 등은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2016.12.29. ㈜B과 ㈜C과 각각 “상품 양도·양수 및 업무 협약 계약”을 체결하여 “청구법인의 자동차 부품 사업에 대한 포괄적인 양도·양수에 해당하지 않는 범위 내 자동차 부품의 상품 등을 ㈜B, ㈜C에 양도”하기로 합의하였다.

2. 청구법인은 2021.7.9. ㈜A과 다음과 같이 쟁점소프트웨어 구축 및 비용부담 계약을 체결하였다. 프로젝트 계약서 청구법인(이하 ‘갑’)과 ㈜A(이하 ‘을’)은 통합정보시스템 구축 프로젝트(이하 ‘프로젝트’)와 관련하여 다음과 같이 본 계약을 체결한다. 제1조(계약의 목적) (생략) 제2조(업무의 범위) 본 계약에서 ‘을’이 제공할 업무의 범위는 아래 각 호와 같으며, 구체적인 “프로젝트” 수행범위는 첨부2. 구축 범위에 따른다.

1. ERP 구축 서비스 내용

2. AWS 이용 서비스 내용 제7조(대금지불방법) 1. (생략) 청구항목 계약금액 청구일자 지급조건 통합정보시스템 구축 용역료 착수금(30%) OOO원 계약 월 청구 후 30일 이내 현금 중도금(30%) OOO원 중간보고 후 잔금(40%) OOO원 검수 후 합계 OOO원

• AWS 사용 및 운영유지보수 비용 OOO원 2021년 7월~ 통합정보시스템 운영유지보수 비용 OOO원 2022년 3월~ 제9조(계약기간)

1. 본 계약의 구축기간은 2021. 7. 12. ~ 2022. 2. 28.까지로 한다.

2. SAP License MA 금액은 SAP License 구매일부터 매년 청구하고 2년간 기본 약정기간이며, 당사자 일방의 다른 의사표시가 없으면 1년 단위로 자동 연장된다.

3. AWS 사용료는 구매일부터 매월 청구하고 1년간 기본 약정기간이며, 당사자 일방의 다른 의사표시가 없으면 1년 단위로 자동 연장된다.

2021. 7. 9.

□ 갑: 청구법인 대표이사 OOO (직인) / □ 을: ㈜A 대표이사 OOO (직인) 3) ㈜A은 동 계약 내용에 따라, 2022.3.4. 청구법인에 쟁점소프트웨어 구축 검수확인서를 제출하였고, 2022.3.22. 쟁점소프트웨어 구축사업의 완료를 보고하였다. 4) 청구법인은 2022.6.30. ㈜B, ㈜C에 쟁점소프트웨어의 사용권을 주고, 그에 대한 수수료를 지급받는 ‘부품관리시스템 사용권 계약’을 체결하였다. 5) 청구법인의 2020∼2022년 계정별원장(상품매출)을 보면, 주 거래처는 청구법인의 사내이사 OOO이 대표이사로 있는 ㈜C과 청구법인의 감사 OOO가 대표이사로 있는 ㈜B으로 확인된다. 6) 청구법인의 2023년 3월말 기준 계정별 원장(상품매출)은 아래 <표1>과 같은데, 2023년 3월 이전에는 ‘순액법’으로 회계처리를 하지 않은 것으로 확인된다. <표1> 청구법인의 상품매출계정 원장(2023.1.1.∼3.31.) (단위: 원) 거래처 적요란 잔액 ㈜C BL OOO 물류시스템 OOO 파주 OOO 소계 OOO ㈜B BL OOO 물류시스템 OOO 소계 OOO 기업회계기준순액매출 OOO 합계 OOO 7) 청구법인이 제출한 2022년 부가가치세 신고서를 보면, 해당 신고기간 도·소매업, 자동차 부품 판매업으로 대부분의 매출·매입이 이루어진 것으로 나타난다. <표2> 청구법인의 2022년 부가가치세 신고서상 과세표준 명세 (단위: 원) 구분 과세표준 명세 1.1.∼3.31. 업태 종목 금액 도매 자동차부품 OOO 4.1.∼6.30. △도매 도매 △자동차부품 자동차부품 OOO OOO 수입금액제외 수출 OOO 7.1.∼9.30. 도매 및 소매업 기타 자동차신품 부품 및 내장품 판매업 OOO 10.1.∼12.31. 도매 및 소매업 기타 자동차신품 부품 및 내장품 판매업 OOO 수입금액제외 수출 OOO 8) 청구법인이 제출한 수입신고필증(2022년 12월, 2023년 5월 신고분)에는 수입자는 ‘청구법인’, 납세의무자는 ‘㈜B, ㈜C’, 거래품명은 ‘자동차 관련 부품’으로 기재되어 있다. 9) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후(2019.7.25.) 사업자등록증을 비교하면, 도소매·부동산·서비스업에서 정보통신업·도소매업으로 업종을 변경된 것으로 확인된다. <표3> 청구법인의 사업자등록증 변경 내역 2020.9.16. 발급분 2023.6.2. 발급분

□ 업태/종목 - 도소매/자동차및중기부품, - 부동산/임대 - 서비스/소프트웨어개발

□ 업태/종목 - 정보통신업/소프트웨어 개발 - 도소매/상품(무역)중개업 10) 청구법인의 조직도상에는 경영관리팀, 전산관리팀, 대행관리팀이 있는데, 청구법인은 전산관리팀에서 쟁점소프트웨어의 설계 및 운영을 담당하고 있다고 주장하고 있다. OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법제58조의2 제2항에서 “산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있다. 한편,산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호에서는 “제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖의 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설을 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설”로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제36조의4 제1항제1호 및 제6조 제3항 제2호에서 위 대통령령으로 위임한 사업 중 하나로 “소프트웨어 개발 및 공급업”을 열거하고 있으며,한국표준산업분류는 소프트웨어 개발 및 공급업에 대하여 “컴퓨터용의 시스템 소프트웨어, 응용 소프트웨어 및 게임용 소프트웨어 등 범용성 소프트웨어를 개발 및 공급하는 산업활동”으로 정의하면서, 주문형 소프트웨어 개발은 제외하고 있다. (나) 청구법인은 자동차 부품 관리업체에 물류 시스템 솔루션을 제공하는 쟁점소프트웨어를 개발·공급하고 있음에도 비감면업종인 상품(무역) 중개업을 영위한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점소프트웨어는 청구법인이 아닌 ㈜A에서 개발하여 청구법인의 관계 회사에 공급하고 이에 대한 솔루션 수수료를 청구법인이 지급받는 사업구조로 이루어진 것으로 확인되는 점, 자체 개발이 아닌 제3자가 개발한 소프트웨어의 제공을 통한 수익 창출을 지식산업센터 감면업종으로 인정하는 것은지방세특례제한법제58조의2의 입법 취지나 조세법규의 엄격해석원칙에 부합한다고 보기 어려운 점, 나아가 청구주장과 같이 지식산업센터 감면업종인 소프트웨어 개발 및 공급업을 청구법인이 영위하였다고 보기 위해서는 그 사업의 형태와 실제 매출현황 등이 해당 업종에 의한 것임이 인정되어야 할 것인바, 청구법인의 계정별원장 및 부가가치세 신고서 등에 따르면, 청구법인의 주거래처는 관계회사인 ㈜B과 ㈜C으로, 자동차 부품 관련 도·소매업에 의한 상품매출 및 수수료가 그 매출의 대부분을 차지하고 있는 것으로 나타나는 점, 이와 달리 쟁점부동산 취득 이후 쟁점소프트웨어 이외 다른 소프트웨어를 실제로 개발·공급하였다는 증빙은 제출되지 아니한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)