청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)에 사업장을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2021.5.25. 경상남도 양산시 OOO토지 618.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고지방세특례제한법제14조 제3항에서 규정하는 A이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 100분의 85를 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)을 경과한 2023.6.16. 청구법인의 본점을 준공하자, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2023.8.17. 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 기존 본점건물이 노후화되고 구도심에 위치해 있어 조합원의 이용에 상당한 불편함이 있었고, 사업의 확장 등을 위해 본점 종합건물을 새로 신축할 목적으로 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하였다. 쟁점토지에 당초 계획한 청구법인의 본점을 유예기간(1년)이 지난 2023.6.16.에 준공하였으나, 여기에는 정당한 사유가 있다. A의 특성상 B로부터 고정자산 승인 취득부터 건축설계 검토까지 필요한 제반절차를 진행하는 데에 상당한 시간이 소요된다. 청구법인이 건축하려는 건축물은 대규모(지하 1층〜지상 5층)로 공사기간만 하더라도 1년을 초과하여야 하고, 쟁점토지의 연약지반 및 민원발생으로 인해 건축 기초 공법을 변경하는 등 설계변경을 검토할 기간이 필요하였다. 러시아·우크라이나 전쟁 및 레미콘 노동조합의 파업 등으로 원자재 수급이 불안정하여 공사기간이 연장되었고, 코로나-19로 인해 건축공사 승인 및 결의 등을 위한 회의소집을 적기에 진행할 수 없었던 정당한 사유가 있다. 또한, 청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(1년) 이내인 2022.3.11. 착공하여 건축공사가 진행중이던 쟁점토지에 대하여 처분청은 2022년 재산세를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 보아 재산세를 면제하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 내부 규정에 따라 B의 고정자산 취득 승인, 공사 공개입찰 등을 필수적으로 거쳐 공사를 진행하여야 한다는 것과 지하 1층〜지상 5층의 건축물을 건축하는 데에 건축기간이 1년 이상 소요될 것을 미리 예측할 수 있었고, 연약지반으로 인한 지하기초공법의 설계변경은 법인 내부적인 사정에 불과하며, 코로나-19로 인해 건축공사의 승인·결의 등을 위한 이사회소집을 적기에 진행할 수 없었던 것을 정당한 사유로 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 약 10개월의 기간이 지난 후 건축공사에 착공하였고, 쟁점토지상에 건축물을 건축하는데 법령에 의한 금지나 제한 등의 외부적인 사유나 행정관청의 귀책사유 등에 관한 주장은 없으므로 쟁점토지를 취득하여 유예기간을 넘긴 것은 청구법인의 귀책사유에 의한 것으로 볼 수밖에 없다. 청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(1년) 이내인 2022.3.11. 건축공사에 착공하여지방세특례제한법 시행령제123조에서 규정하는 직접 사용의 범위에 해당하여 재산세를 면제하였으나 취득세는 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)에 사업장을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조(A 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③A법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 취득세: 200만원 이하
• 나. 재산세: 50만원 이하(지방세법제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다) 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지에 청구법인의 본점을 건축하고자 쟁점토지를 유상으로 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고지방세특례제한법제14조 제3항에서 규정하는 A이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 100분의 85를 감면받았다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)을 경과한 2023.6.16. 청구법인의 본점을 준공하자, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2023.8.17. 기 감면한 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 아래와 같이 주장하고 있다.

1. 청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하고, 2021.7.2. 건축 설계용역 입찰공고 및 낙찰의 과정을 진행하였다.

2. 청구법인은 2021.10.21. B에 ‘청구법인 본점 신축 기본설계도서 검토 요청’을 하였고, 2021.10.29. B로부터 검토결과를 회신 받았다.

3. 청구법인은 2021.11.4. 쟁점토지에 연면적 1,961.74㎡의 건축물을 건축하는 건축허가를 처분청에 신청하였고, 처분청은 2021.11.19. 이를 허가하였다.

4. 청구법인은 2022.1.12. A 내부규정에 따라 신축공사를 위한 입찰공고를 하였고, 2022.2.17. 공사도급계약을 체결하였으며, 2022.3.11. 처분청에 착공신고서를 제출하였다.

5. 청구법인이 제출한 청구법인 본점의 신축공사 감독일지에 의하면, 청구법인은 2022.4.8.〜2022.4.25. 파일 소음관계로 공사를 일시 중지하고, 쟁점토지의 지반이 연약함에 따라 지하기초공법을 변경할 것인지를 검토하는 과정을 거쳤다.

6. 청구법인은 2022.4.28. 청구법인 이사회(2022년도 제4차) 의결을 거쳐 쟁점토지의 지하기초공법을 당초 PHC공법에서 SCF공법으로 변경하였다.

7. 청구법인은 이사회(2022년도 제4차)의 의결에 따라, 2022.7.12. B에 ‘청구법인 본점 신축공사 설계변경 검토요청’을 하였고, 2022.7.28. B로부터 설계변경 승인을 받았다.

8. 청구법인은 2023.1.25. 청구법인 이사회(2023년도 제1차) 의결을 거쳐, 청구법인의 본점 준공예정일을 당초 2023.2.13.에서 2023.5.15.로 변경하였다.

9. 청구법인은 2023.6.16. 쟁점토지에 청구법인의 본점(연면적 1,961.74㎡, 지하 1층〜지상 5층)을 준공하고 심판청구일 현재까지 청구법인의 본점으로 사용하고 있다. (라) 처분청은 청구법인이 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(1년) 이내인 2022.3.11. 건축공사에 착공하여, 2022년도 재산세 과세기준일 현재 쟁점토지를 건축공사가 진행중인 토지로 보아 재산세를 면제하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)에 사업장을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나,지방세특례제한법제14조 제3항 및 같은 법 제178조 제1항에서A법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 유예기간(1년) 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여 할 것인바, 청구법인은 내부 규정에 따라 B의 고정자산 취득 승인 및 공사 공개입찰 등을 필수적으로 거쳐 공사를 진행하여야 한다는 것과 지하 1층〜지상 5층의 건축물을 건축하는데 건축기간이 1년 이상 소요될 것을 미리 예측할 수 있었고, 연약지반으로 인한 지하기초공법의 설계변경은 청구법인의 내부적인 사정에 불과하며, 코로나-19로 인해 건축공사의 승인·결의 등을 위한 이사회소집을 적기에 진행할 수 없었던 것을 정당한 사유로 볼 수 없는 점, 청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(1년) 이내인 2022.3.11. 건축공사에 착공하여지방세특례제한법 시행령제123조에서 규정하는 직접 사용의 범위에 해당하여 재산세를 면제받았으나 이 규정을 취득세 과세여부에 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.