[요지]
① 불채택결정이 납세자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 것이 아니고, 그 결정기한 또한 예시규정의 성격을 가진 것으로 보이므로, 이를 준수하지 아니하였다는 것을 이유로 이 건 취득세 등을 취소할 수는 없는 것으로 판단됨② 일단 착공이 이루어지면 그 이후부터는 시공사가 도급계약에 따라 시공하여 사용승인까지 받는 것이라서 착공 이후부터는 청구법인이 직접 사용을 위한 별다른 노력이 필요하지 아니하므로 자금 사정에 따른 공사지연 등 특별한 사정이 없는 이상 청구법인은 유예기간 내에 착공함으로써 직접 사용을 위한 노력을 다하였다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2014지0925 / 조심2023지1637
[주 문] 경상남도 통영시장이 2023.8.17. 청구법인에 한 취득세 등 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 기존 자재창고의 철거와 분산된 업무시설(사무실, 마트, 창고)로 인한 조합원의 불편해소를 위해 사무실, 마트, 자재창고가 함께하는‘OOO’를 신축할 목적으로 2019.12.26. 쟁점토지를 취득하였다. 종합청사 신축을 위해서는 쟁점토지와 ‘경상남도 통영시 OOO’(이하 ‘추가매입 토지’라 한다)를 포함하여 총 4필지가 필요했는데, 추가매입 토지 중 ‘OOO’의 경우 도로에 인접한 토지로서 처분청의 도로확장계획에 따른 도로구역 편입여부가 불확실하였고, 도로구역에 편입될 경우 토지의 매도인이 당초 매매금액의 3배 이상으로 매매할 것을 요구하여 협상이 원만히 이루어지지 않았다. 그런데 처분청이 2020.6.23. ‘OOO’를 도로구역에서 해제함에 따라 청구법인은 2020.7.15. 이를 취득할 수 있었다. 쟁점토지를 당초 취득목적대로 직접 사용하기 위해서는 ‘OOO’를 반드시 취득하여야 했고, 이를 위해 매도인과의 협상 등의 노력을 다하였으나, 쟁점토지보다는 그 취득이 늦어질 수밖에 없었다. 또한 농업협동조합법인의 내부규정에 따라 990㎡ 이상의 건축물의 건축에 대해서는 농업협동조합중앙회로부터 설계검토에 대한 사전 검토·승인을 받아야해서 그 의사결정 과정에 통상의 경우보다 장기간이 소요될 수밖에 없다. 더욱이 청구법인의 ‘종합청사’처럼 건축규모가 큰 경우에는 토지를 매입하고, 착공 전 관할관청의 허가·승인부터 실제 준공까지 1년 이내에 완료하는 것은 현실적으로 불가능하다. 이러한 점을 종합하면, 쟁점토지를 취득하고 감면 유예기간을 넘기게 된 것에 대해서는 정당한 사유가 인정되는 것이 합리적이다. (2)지방세기본법제88조 제4항에 따르면 ‘과세전적부심사청구를 받은 지방자치단체의 장은 그 결과를 청구 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 알려야하고, 대통령령으로 정하는 사유가 있으면 30일의 범위에서 1회에 한정하여 심사기간을 연장할 수 있다.’라고 규정하고 있으나, 청구법인은 그 청구일부터 73일이 경과한 2023.8.17. 경상남도지사로부터 결정통지를 받았다. 따라서 이는 지방세법에 따른 절차상의 하자에 해당하므로 이에 터잡이 이루어진 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
(1) 청구법인의 경우, 이 사건 토지를 취득할 당시부터, 이 사건 토지와 쟁점토지를 모두 취득하여 OOO를 건축할 계획이었음이 확인되는 점, 쟁점토지의 취득 지연은 청구법인과 전 소유자간의 개인적인 사정에 해당하는 것으로 볼 수밖에 없는 점, 법인 내부적인 행정절차인 농협중앙회의 고정자산 취득 승인, 공사 공개입찰 등으로 유예기간을 넘긴 경우까지 정당한 사유에 의한 것이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 토지를 취득하고 그 유예기간을 넘긴 것은 정당한 사유에 의한 것이므로 감면된 취득세를 추징하고자 하는 것이 부당하다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다.
(2) 조세심판원은 과세전적부심사는 과세처분 이전에 사전적으로 납세자에게 의견진술 내지 반증을 할 수 있는 기회를 부여하는 것으로 그 불채택결정이 납세자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 것은 아니므로, 결정기한을 준수하지 아니하였다는 이유로 과세처분을 취소할 수는 없는 것인바(조심 2014지0925, 2015.3.31., 같은 뜻임), 그 통지의 지연이 청구법인의 권리·의무를 침해하였다거나 과세전적부심사 결정에 영향을 미칠 사안은 아니므로, 이를 사유로 하여 과세처분을 취소하는 것은 무리가 있다.
3. 심리 및 판단
① 경상남도지사가 과세전적부심사 결정의 통지기한을 준수하지 못한 상태에서 이루어진 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지를 그 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 1970.9.9. 조합원의 농업생산성을 높이고, 조합원이 생산한 농산물의 판매확대 및 유통원활화를 목적으로 설립되었다. (나) 청구법인은 2019.9.26. 이사회를 개최하여 ‘OOO(자재창고, 마트 포함)’ 건축을 위해 쟁점토지 및 추가매입 토지를 매입하여 해당 토지에 종합청사를 건축하기로 의결한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점토지와 인접하고 있는 추가매입 토지를 취득하기 위하여 2020.2.28. A과 매매계약을 체결하였는데, 그 특약 사항에는 “도로구역에 편입될 경우 본 계약은 무효로 한다”고 되어 있다. (라) 청구법인이 2020.5.22. 농협중앙회로부터 받은 공문(OOO 이전 승인)에는 OOO의 종합청사 이전 예정지를 쟁점토지 및 추가매입 토지로 승인한 것으로 되어 있다. (마) 처분청(도로과)은 2020.6.23. 지방도 1021호선(산양∼세포간) 도로구역에 ‘OOO’을 제외하기로 결정하였고, 청구법인은 2020.7.15. 추가매입 토지에 대한 잔금을 지급하였다. (바) 청구법인은 2019.11.28. 쟁점토지를 부속토지로 하여 건축 허가를 받았으나, 2020.9.29. 쟁점토지에 추가매입 토지를 추가한 5,748㎡를 부속토지로 하고 건축물의 연면적을 1,180.72㎡로 하여 건축허가를 변경한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 농업협동조합의 내부규정에 따라 2020.8.19. ‘OOO’ 신축공사를 위한 입찰공고를 하였고, 2020.9.21. 공사도급계약을 체결하였으며, 2020.10.20. 처분청에 착공신고서를 제출하였고, 2021.7.23. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (아) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면, 사용승인까지의 주요 일정은 아래 ＜표＞와 같다. ＜대수선의 주요 일정＞ 일자 내용 비고 2019.11.28. 처분청, 건축허가 2020.3.3. 청구법인, 농협중앙회에 기본설계도서 검토 요청 2020.3.26. 농협중앙회, 청구법인에게 기본설계도서 검토결과 회신 2020.5.26. 청구법인, 농협중앙회에 실시설계도서 검토 요청 2020.6.30. 농협중앙회, 청구법인에게 실시설계도서 검토결과 회신 2020.8.19. 청구법인, 신축공사 입찰공고 2020.9.21. 청구법인, 공사도급계약 체결 A(주) 외 2 계약금액 OOO원 착공예정일 2020.10.12. 준공예정일 2021.6.12. 2020.9.29. 처분청, 건축허가 변경 통지 대지위치: 쟁점토지에서 쟁점토지 및 추가매입 토지로 변경 건축규모: 460㎡에서 4,850㎡로 변경 2020.10.20. 건축공사 착공 2021.7.23. 사용승인
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 과세전적부심사 결정의 통지기한을 준수하지 못한 점을 들어 이 건 취득세 등의 부과처분을 취소해야 한다고 주장한다. 그러나 과세전적부심사는 과세처분 이전에 사전적으로 납세자에게 의견진술 내지는 반증을 할 수 있는 기회를 부여하는 것으로 그 불채택결정이 납세자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 것이 아니고, 그 결정기한 또한 예시규정의 성격을 가진 것으로 보이므로, 이를 준수하지 아니하였다는 것을 이유로 이 건 취득세 등을 취소할 수는 없는 것으로 판단된다(조심 2014지925, 2015.3.31., 같은 뜻임). 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 1년이 경과할 때가지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 없다는 의견이다. 그러나 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되는 점(대법원 2013.9.12. 선고 2012두20311 판결, 같은 뜻임), 청구법인의 경우, 추가매입 토지가 도로에 인접해 있어서 처분청의 도로확장계획에 따른 도로구역 편입여부가 불확실하였고, 추가매입 토지가 2020.6.23. 도로구역에서 제외됨에 따라 이에 대한 잔금을 지급하고, 2020.9.29. 건축허가를 변경한 점, 청구법인은 쟁점토지 취득하고 건축허가 및 공사도급계약 등을 거쳐 유예기간 내인 2020.10.20. 착공에 이른 점, 일단 착공이 이루어지면 그 이후부터는 시공사가 도급계약에 따라 시공하여 사용승인까지 받는 것이라서 착공 이후부터는 청구법인이 직접 사용을 위한 별다른 노력이 필요하지 아니하므로 자금 사정에 따른 공사지연 등 특별한 사정이 없는 이상 청구법인은 유예기간 내에 착공함으로써 직접 사용을 위한 노력을 다하였다고 보는 것이 타당한 점(조심 2023지1637, 2024.1.15. 결정, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제88조(과세전적부심사) ④ 과세전적부심사청구를 받은 지방자치단체의 장은 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회의 심사를 거쳐 제5항에 따른 결정을 하고 그 결과를 청구받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 알려야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 사유가 있으면 30일의 범위에서 1회에 한정하여 심사기간을 연장할 수 있다.
⑨ 과세전적부심사의 청구절차 및 심사방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 지방세기본법 시행령 제58조(과세전적부심사) ⑥ 법 제88조 제4항 후단에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 다른 기관에 법령해석을 요청하는 경우
2. 풍수해, 화재, 천재지변 등으로 법 제147조에 따른 지방세심의위원회를 소집할 수 없는 경우
3. 청구인의 요청이 있거나 관련 자료의 조사 등을 위하여 필요한 경우로서 법 제147조에 따른 지방세심의위원회에서 심사기간의 연장을 결정하는 경우
4. 법 제93조의2제2항에 따른 대리인의 선정 등을 위해 필요한 경우
(3) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우