농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2022지1610

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.2.10., 2020.3.31. 충청남도 당진시 OOO 임야 등 12필지 토지 9,972㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법 제14조 제3항의 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 취득세 등의 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2023.8.9. 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 경감한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2019.2.8. 지역혁신모델 구축사업 대상자로 선정되어 2020.2.10., 2020.3.31. 쟁점토지를 매입하였고, 2020.4.17. 신평면지역혁신추진단회의, 2020.7.23. 이사회를 개최하여 상오지구(잡곡가공센터,저온저장시설,전통장류체험센터)와 금천지구(지역혁신동,금융점포동,경제사업동)로 사업 추진하기로 내부 결의하였다. 청구법인은 2020.9.21. 농협중앙회에 사전기술검토를 의뢰하고 2020.9.24. 건축설계 및 도시계획시설에 관한 내부계약절차를 진행하여 2020.10.23. 용역업체를 선정하였으나, 용역업체와 농협중앙회 OOO 컨설팅부에서 지하층에 OOO 배치가 되는 부분에 대해 부정적인 의견을 제시하여 전면 재검토를 하기에 이르렀다. 청구법인은 2020.11.9. 건물구조 배치 협의 후 2020.12.23. 건축추진위원회를 개최하여 1개의 건축물로 건축하되 지역혁신모델구축사업 관련 대상 사업은 별도층으로 분리하여 설계를 하는 것으로 의견이 일치되어 쟁점토지 취득일로부터 약 1년이 경과한 시기에 기본설계를 수립하게 되었고, 2022년 6월경 건축인허가를 받은 상태에서 설계변경절차를 진행함에 따라 관련 절차가 부득이하게 지연되었으며, 처분청에 민원접수(설계변경 포함) 등이 진행되어 2023.6.12. 보완사항 이행을 진행한 후 2023.8.2.에 이르러서야 건축허가 승인을 득하였다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 그 취득일부터 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 위의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 1년 8개월이 지난 2021.12.17. 건축허가를 신청하여 2022.6.7. 건축허가승인을 받았으나, 2023.8.2. 설계변경에 따라 건축허가승인을 다시 받아 2023년 12월 현재 쟁점토지는 취득일부터 3년 8개월이 지나도록 공사 착공도 하지 않은 상태로 남아있으며, 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 것에 관한 법령상의 금지나 사실상의 제한 등의 외부적인 사유나 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘기게 된 내부적인 사유 등 인정할 수 있는 증거자료도 확인되지 아니하여 공사진행을 위한 사전준비작업 및 절차가 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다. 한편 청구법인은 쟁점토지 중 농지에 대하여 도시계획시설결정 후 2022.4.18. 소유권 이전등기를 하여 1년 내에 목적사업에 사용할 수 없는 상태라고 주장하나, 청구법인은 농지에 대한 소유권 이전등기가 이루어지기 전인 2021.12.17. 전 소유주로부터 토지사용승낙서를 제출받아 건축허가를 신청한 것으로 확인되므로 소유권 이전등기가 지연된 것을 1년 내에 목적사업에 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기부등본을 살펴보면, 청구법인은 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금, 자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적, 사회적, 문화적 지위를 향상시킴을 목적으로 하여 1972.7.14. 충청남도 당진시 OOO에 설립된 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 부동산 매매계약서, 계정별원장, 취득세 신고서 등을 살펴보면, 청구법인은 2020.2.10., 2020.3.31. 쟁점토지(아래 ＜표1＞ 기재)를 매매로 취득한 후, 2020.2.11., 2020.3.31. 지방세특례제한법 제14조 제3항에 따라 처분청에 쟁점토지에 대한 취득세 등의 면제를 신청한 것으로 나타난다. ＜표1＞ 쟁점토지의 취득세 신고내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 쟁점토지 지상의 건축물 신축공사가 지속적으로 진행되었다고 주장하면서 그 증빙으로 공사일정(아래 ＜표2＞ 기재)과 이사회의록 등을 제출하였다. ＜표2＞ 청구법인이 제출한 공사 일정 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 2021.12.17. 건축허가를 신청하여 2022.6.7. 건축허가(신축) 신청이 완료(당진시 허가과-23076호)되었고, 2023.8.2. 건축허가 승인되었다. (마) 처분청이 제출한 쟁점토지의 현장사진은 아래와 같고, 청구법인은 심리일 현재(2024.10.22.)까지 착공이 이루어지지 않은 것으로 답변하였다. ＜쟁점토지의 현장사진(2023.5.8. 기준) - 처분청 제출＞ ㅇㅇㅇ

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것) 제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 1년 내에 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에 의한 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 농업협동조합법에 따라 설립된 조합에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 조합이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(조심 2022지1610, 2023.11.20., 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전부터 이 건 건축물을 건축하는 과정에서 사업성 검토 및 설계용역, 중앙회의 심의, 이사회 개최 및 인․허가 절차 등의 과정에서 일부 지연이 있었다 하더라도 상당한 시간이 걸릴 것을 사전에 충분히 예상할 수 있었던 것으로 보이고, 이러한 장애사유는 법령에 의한 금지·제한이나 처분청의 귀책사유 등의 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사유로 보이므로 이를 정당한 사유로 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 4년 10개월이 경과한 심리일 현재까지 착공하지 아니하는 등 쟁점토지를 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 처분청이 기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ① 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

② 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회, 엽연초생산협동조합중앙회가 회원의 교육ㆍ지도ㆍ지원 사업과 공동이용시설사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

1. 삭제 ＜2014. 12. 31.＞

2. 삭제 ＜2014. 12. 31.＞

③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

④ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합, 산림조합법에 따라 설립된 산림조합 및 엽연초생산협동조합에 대하여는 2014년 12월 31일까지 주민세 재산분 및 종업원분의 100분의 50을 경감한다.

⑤ 제3항 및 제4항에서 정하는 각 조합들의 중앙회에 대해서는 해당 감면 규정을 적용하지 아니한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우