쟁점토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하거나 또는 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아 취득세 등의 추징을 배제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 예배, 교육 등을 목적으로 설립된 대한예수교 장로회 소속 교회로, 2020.1.19. 그 대표자인 aaa로부터 서울 강서구 OOO 대 1,006㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여받았다.
• 나. 청구인은 2020.3.10. 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 마치는 한편, 해당 토지가 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 같은 날 처분청에 지방세특례제한법제50조 제1항 본문에 따른 취득세 등의 면제를 신청하였다.
• 다. 처분청은 2023.7.17. 청구인에게 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법제50조 제1항 단서 제2호에 따른 취득세 등 추징사유가 발생하였다고 판단하고 기 감면된 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 마친 뒤 즉시 교회, 총회신학교 및 총회를 쟁점토지 지상에 있던 건물로 이주시켜 철거 직전까지 해당 건물을 교회 고유의 목적으로 사용하도록 하였다. 해당 건물은 건축주인 청구외 bbb의 명의로 가압류등기를 위한 소유권보존등기 촉탁이 이루어진 후 다수의 점유자들이 유치권을 행사하며 퇴거를 거부하고 있던 건물로서, 청구인은 위와 같이 교회 고유의 목적으로 사용하였던 호실 외 나머지 호실에 관해 청구외 bbb와 위 점유자들을 상대로 건물의 철거 및 인도를 구하는 소송 등을 제기한 후 강제집행을 통해 어렵게 위 건물의 철거 및 인도 절차를 완료하였다. 청구인은 이처럼 장기간의 송사를 거쳐 해당 건물을 철거한 후 쟁점토지 지상에 교회의 고유목적에 따른 건물을 건축한 바, 청구인이 어찌할 수 없었던 불가항력으로 위 건물의 철거 및 쟁점토지의 교회 고유 목적대로의 사용이 지연된 것에 대해 처분청에서 지방세특례제한법제50조 제1항 단서 제2호의 취득세 등 추징사유가 발생했다고 판단한 것은 법령을 그대로 문리해석 하는 우를 범한 부적법한 처분에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제50조 제1항은 본문에 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해 취득세를 면제한다고 규정하면서, 단서에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우 해당 부분에 대해 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 이때 “직접 사용”이란 동법 제2조 제1항 제8호에 따라 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미하는데, 청구인은 쟁점토지의 취득 당시 그 지상에 있는 건물을 철거하고 교회를 신축하여 위 토지를 종교 목적으로 사용하겠다는 사용계획서를 제출하였음에도 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 기존의 건물을 그대로 둘 뿐 해당 토지를 교회의 목적이나 용도에 맞게 사용하지 않았으므로 이를 “직접 사용”하였다고 볼 수 없다. 또한 해당 건물은 청구인이 아닌 청구외 bbb가 소유하는 건물이므로 설령 청구인이 그곳에서 일부 종교활동을 하였다고 하더라도 지방세특례제한법에 따른 “직접 사용”에 해당할 수 없다. 청구인의 대표자 aaa이 청구외 ㈜AAA과 체결한 쟁점토지에 관한 매매계약 특약에도 기재되어 있듯 위 건물은 건축법상 사용승인도 받지 않은 무허가건물인 바, 이를 종교시설로 사용하는 것은 법적 규제를 위반하여 사용하는 것으로서 언제든지 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적인 사용이므로 지방세특례제한법제50조에 따라 “종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용”하는 경우에 해당하지 않는다. 한편 지방세특례제한법제50조 제1항 단서 제2호에서 규정하는 “정당한 사유”에는 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적 사유로 인해 부득이 사용할 수 없는 내부적 사유가 포함된다. 다만 부동산을 취득할 당시 이미 유예기간 내 이를 직접 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득한 후에 당해 토지에 건축공사를 재개하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 그 외부적 사유 등은 정당한 사유가 될 수 없다. 청구인은 기존 건물 점유자들의 유치권 행사 등으로 쟁점토지를 유예기간 내 종교목적에 사용하지 못한 불가항력적이고 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 기존건물의 유치권 문제를 해결하지 못하면 건물을 신축하여 종교사업에 사용할 수 없다는 장애사유를 알거나 충분히 알 수 있었던 것으로 확인되므로 위 규정에 따른 “정당한 사유”가 있었다고 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하거나 또는 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아 취득세 등의 추징을 배제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인의 대표자인 청구외 aaa은 2018.6.19. 청구외 ㈜AAA으로부터 쟁점토지를 매수하는 계약을 체결하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. ＜표1＞ 쟁점토지 매매계약서 내역 쟁점토지에 대하여 매도인을 갑, 매수인을 을로 칭하여 아래와 같이 부동산 매매계약을 체결한다. 제1조 [매매대금]: OOO원 제14조 [특약사항]

① 매매목적물 부동산등기부상 재산세, 종합부동산세 체납을 원인으로 서울특별시 OOO, OOO세무서, OOO세무서를 권리자로 하여 압류등기가 경료되어 있으나 갑은 을의 매매대금으로 이를 납부할 예정이며, 이를 포함하여 매매목적물 상의 법률적 제한사항(소송, 압류, 경매, 보전처분, 제한물권, 법정지상권, 유치권자, 점유자, 임대차 등) 중 갑의 법률상 납부의무 등으로 인하여 발생한 제한사항과 관련하여 을은 그 제한상태로 본 계약상 의무를 이행하여야 하고, 을은 갑이 제한사항을 해소할 때까지 이를 수인하여야 한다.

② 매매목적물 지상에 제3자 소유의 집합건물(건축법상 사용승인 받지 않음, 가압류등기를 위한 소유권보존등기 촉탁, 대지권 미등기, 지상4층/지하2층, 연면적: 2,900.95㎡)이 소재하는 바, 을은 이에 대한 충분한 사전조사와 검토를 거쳐 자신의 책임과 비용으로 대상 건물에 대한 지상권 존부·설정, 명도, 인도, 철거, 사용 수익의 제한, 권리자와의 분쟁 등 이와 관련된 일체의 문제를 해결하여야 하며, 동 사항과 관련하여 매매계약의 해제, 매매대금의 감액, 반환 등을 갑에게 요구할 수 없으니 을은 이를 충분히 참작하여 매매계약을 체결하는 것이다. 층별 용도 면적(㎡) 비고 4 근린생활시설 266.73 2008.12.17. 가압류등기의 촉탁으로 건축주인 bbb 명의로 소유권보존등기가 이루어짐 3 근린생활시설 541.21 2 근린생활시설 603.85 1 근린생활시설 599.51 지하1 근린생활시설 773.45 지하2 근린생활시설 116.20

③ 본 공매를 위한 감정평가(현장조사) 시 유치권(토지에 대한 유치권 ㈜BBB, 건물에 대한 유치권 ㈜CCC 등)을 주장하는 게시물이 있는 것으로 확인되었고, 매매목적물의 경우 ㈜BBB 신청의 ‘OOO’ 유치권에 기한 경매가 진행된 사실이 있으나 신탁법 제22조에 따른 매각불허가 결정되어 취소된바, 실제 유치권 성립여부는 확인되지 않음에 따라 을은 현장조사 등을 통하여 을의 책임과 비용으로 일체의 문제(유치권 성립여부·내용, 임대차 관계, 명도, 경매, 사용 수익의 제한, 권리자와의 분쟁 등)를 해결하여야 하며 갑은 이에 대하여 일체의 책임을지지 않으니, 을은 현장방문, 점유자 탐문 등 철저한 현장조사를 통해 충분한 사전 검토를 거친 후 매매계약을 체결하는 것이다. (나) 청구외 aaa은 2018.6.28. 청구외 bbb를 상대로 쟁점토지의 인도 및 그 지상의 건물 철거를 구하는 소송을 제기하였고, 2019.11.22. 그 청구를 인용하는 판결이 확정되었다. (다) 청구인은 2020.1.19. 청구외 aaa로부터 쟁점토지를 증여받고, 2020.3.10. 쟁점토지에 관해 위 증여를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다. (라) 청구인은 쟁점토지를 취득한 이후 2022년까지 쟁점토지 지상의 건물을 점유하고 있던 다수의 점유자들을 상대로 건물에서의 퇴거와 쟁점토지의 인도를 구하는 소송을 제기하여 승소판결을 받고, 이에 따른 부동산퇴거단행가처분 결정 등을 받은 것으로 확인된다. (마) 청구인은 2022.12.20. 처분청에 위 건물의 해체공사 완료신고서를 제출하고, 2023.4.6. 쟁점토지에 교회를 건축하는 착공신고서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제50조 제1항은 본문에 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서, 단서 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 또한 동법 제2조 제1항 제8호는 부동산의 “직접 사용”에 대해 그 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 규정하고 있다. 청구인은 쟁점토지 취득 직후 그 지상의 건물 중 일부를 교회로 사용하였으므로 지방세특례제한법제50조 제1항에 따른 “직접 사용’이 있었고, 설령 “직접 사용”이 인정되지 않는다고 하더라도 해당 건물 점유자들의 유치권 행사로 인한 소송 등 청구인이 어찌할 수 없었던 사정으로 쟁점토지의 직접 사용이 지연된 것이므로 동 규정 단서 제2호의 “정당한 사유”가 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2조 제1항 제8호에 따라 “종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산”에 해당하기 위해서는 청구인이 쟁점토지를 그 소유자로서 종교행위의 목적이나 용도에 맞게 사용하였어야 하는 점, 쟁점토지 지상의 타인 소유 근린생활시설을 용도변경 없이 종교행위에 사용한 것은 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적인 사용에 불과하여 위 각 규정에 따른 종교행위 목적의 직접 사용으로 볼 수 없는 점 등을 고려하였을 때, 청구인이 위 토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 없다. 나아가 청구인의 대표자인 청구 외 aaa은 ㈜AAA으로부터 쟁점토지를 매수할 당시 그 매매계약서에 ‘위 근린생활시설의 점유자들이 유치권을 주장하고 있고 그에 따라 쟁점토지의 사용·수익이 제한될 수 있다는 점을 수인한다’는 취지의 특약사항을 기재한 바, aaa로부터 쟁점토지를 증여받은 청구인 역시 그와 같은 장애사유를 쟁점토지 취득 당시부터 알았거나 충분히 알 수 있었을 것으로 판단된다. 이처럼 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이며, 그 해소를 위하여 노력하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정을 입증하지 못한 이상, 그 사유는 쟁점토지를 종교행위 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다. 따라서 처분청이 지방세특례제한법제50조 제1항 단서 제2호에 따라 청구법인에게 면제된 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우