[요지] 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제액의 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려움.
[요지] 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제액의 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려움.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014.1.1. 이전인 2012년에 발생한 연구ㆍ인력개발비 등 쟁점법인세공제액에 대하여 해당 2017사업연도의 법인세 신고시 세액공제를 신청하여 법인세로 쟁점법인세공제액을 공제 받았으나, 해당 사업연도 법인지방소득세 신고시에는 동 세액공제를 적용하지 아니하였다. (나) 청구법인은 2017사업연도에 공제가 가능한 쟁점법인세공제액의 10%를 위 해당연도 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 이유로 경정청구를 하였다. (다) 법령의 개정연혁 등을 보면, 법인지방소득세는 과거에는 조특법상 이월세액공제 등이 적용된 후에 계산된 법인세 납부세액의 10%로 산출되다가 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 2014년도부터 과세표준을 법인세법제13조에 따라 계산한 금액으로 하되(지방세법제103조의19), 세액공제나 감면은 지방세특례제한법으로 정하도록 하였고(지방세법제103조의22), 2014.1.1. 개정된 지방세특례제한법은 개인지방소득세에 대한 이월세액공제나 감면을 적용하는 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전 신청한 쟁점법인세공제액의 이월공제를 적용하여야 한다고 주장하나, (나) 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데 2014.1.1. 개정 전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것 뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제액의 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려운 점, (다) 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 보기 어렵고(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결 등 참조). 당해 연구비 등의 법인세 이월공제에 관한조세특례한법(2014.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제144조 제1항과 종전의 지방세법령의 규정들은 지방소득세 법인세분에 관하여 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다고 판결(대법원 2023.11.30. 선고, 2020두41696 판결, 같은 뜻임)한 점 등에 비추어, 청구주장을 인용하기는 어렵다 할 것이다. (라) 따라서, 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 쟁점법인세공제액을 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. (표 생략) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.