[요지] 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년이 지난 2021.7.12.에야 착공계를 제출하였고, 이 건 심리일 현재(2024.8.13.) 산업용 건축물의 사용승인을 받지 못한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 감면 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 할 것임.
[요지] 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년이 지난 2021.7.12.에야 착공계를 제출하였고, 이 건 심리일 현재(2024.8.13.) 산업용 건축물의 사용승인을 받지 못한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 감면 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 전제사실의 정리 청구법인과 같이 일반산업단지 내에서 공장을 신설하거나 업종변경을 하는 경우에는산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 반드시 “토지 사용권 취득→시장 승인(입주계약 및 변경계약)→착공→공사→준공 및 사용”과 같은 절차를 거쳐야 한다. 특히 공장 신설 및 업종변경에 있어서는 반드시 사전에 시장 승인(입주계약 및 변경계약)이 있어야 하는데, 이를 어길 경우 3년 이하의 징역 또는 3천만 원 이하의 벌금에 처해지는 강행규정인 점에서 동 절차는 필요 불가결하다. 청구법인은 쟁점1토지에 대한 소유권을 취득하기도 전인 2016.2.22. 입주계약을 체결하였고, 쟁점2토지를 취득한 후에는 쟁점1토지와 통합하여 승인받는 입주계약을 2020.11.20. 체결하였으며, 산업단지 기본계획 변경을 거쳐 식품제조업을 추가하는 업종변경계약을 2021.7.16. 체결하였다. 또한, 입주계약 최초 체결해지→통합 체결→해지→변경 체결의 과정을 거치는 동안 처분청 지역경제팀과 세정과에 3번이나 착공기한 연장승인을 신청하여 모두 수리된 바 있다.
(2) 쟁점의 정리 (가) 외부적 사유의 존재 이 건에서 청구법인에게 정당한 사유가 존재하는지 여부를 가리기 위해서는 ‘법령에 의한 제한, 금지’ 등 외부적 사유가 있는지를 가려야 할 것이다. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의해 청구법인은 시장 승인(변경계약)을 반드시 받아야 하고, 쟁점토지에 대한 최종 변경계약은 2021.7.16.에야 체결되어 비로소 착공이 가능하게 되었으니, 동법 규정 및 처분청의 변경 승인은 법령에 의한 제한으로서 명백한 외부적 사유라 할 것이다. (나) 신뢰보호 원칙 위반 처분청은 쟁점토지 지상에 건설된 공장에 대해 최초 승인–통합 승인–변경 승인 등 3번의 행정처분을 단행하였고 이에 따른 3차례의 착공 기한 연장 승인의 확인적 행정처분 역시 행하였다. 이에 따라 형성된 청구법인의 정당한 신뢰가 존재함에도, 이를 도외시하고 이 건 취득세 등을 부과한 행위는 신뢰보호원칙의 위반이 문제된다고 할 것이다. 쟁점1토지에 대해 청구법인은 소유권을 취득하기 이전에 이미 입주계약을 체결하였고, 처분청의 권유에 따라 쟁점2토지를 매입한 후 두 토지의 통합입주계약 역시 적기에 체결하였으며, 변경계약 또한 처분청에게 문의하여 그 지시에 따라 산업단지 기본계획 변경 이후 체결하였다. 나아가 이에 대한 확인행위로서 매 계약 체결 전후에 착공기한연장 신청을 명확히 실행하였다. 따라서 처분청은 정당하게 형성된 청구법인의 신뢰를 무참히 저버렸다 할 것이다. (다) 합리성 원칙 위반 최종 변경계약이 2021.7.16. 체결되었으므로 그 이후에야 청구법인은 공장 건설에 착공할 수 있게 되었는데, 공장의 준공이 소유권 취득 후 3년의 유예기간 이내인 2021.5.24. 이전에 이루어지지 않았다는 이유의 처분이 과연 합리성을 갖추고 있는가가 문제된다. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률은 “입주계약 체결 후 3년 이내 건설에 착수하지 않는 경우 계약을 해지할 수 있다”고 규정하고 있고,지방세특례제한법은 “취득일부터 3년 경과 시까지 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있다. 토지소유권 취득과 동시에 입주계약을 체결하고, 즉시 건설에 착공하여 3년 이내에 준공을 받아 사용에 돌입하는 이상적인 상황이라면 두 법이 충돌하는 경우는 거의 없을 것이다. 그러나, 이 건과 같이 최초계약-통합계약-변경계약 등 처분청이 단행한 행정처분이 3차례나 발생한 경우에지방세제한특례법을 기계적으로 적용한다면, 착공도 하기 전에 유예기간이 만료하는 기현상이 벌어지게 되어 합리성을 상실하게 될 것이다.
(3) 이 건 취득세 등의 위법·부당성 처분청은산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 시장 승인(변경계약)이라는 외부적 요인을 도외시하여 정당한 사유를 검토하지 않았으며, 3차례에 걸친 변경 승인 및 이에 대한 확인행위를 고려하지 않아 신뢰보호의 원칙을 위반하였고, 지방세제한특례법을 기계적으로 적용하여 합리성을 결하였으므로, 이 건 취득세 등은 위법·부당하다. 청구법인은 쟁점1토지에 대하여 매매계약 체결 후 6개월 뒤인 2016.2.22. 공장건설승인을 득하였으나, 연부취득인 해당 토지는 대금완납 이전에 소유권을 취득할 수 없고 건설에 착수할 수도 없었으므로, 처분청에 착공기한을 2020.5.10.까지 연장할 것을 신청하고 승인받았다(1차 연장). 청구법인은 2020년 1월 초 코로나19의 영향으로 사업의 매출 감소는 제쳐 두고라도, 공장 건설을 위한 회의가 전혀 불가능하게 되어, 재차 처분청에 착공기한을 2021.3.31. 연장할 것을 신청하였고 승인받았다(2차 연장). 이후 청구법인은 쟁점1토지와 쟁점2토지에 하나의 공장을 건설하기 위해 2020.11.16. 입주계약 변경 신청서를 제출하여 2020.11.20. 승인을 받고, 2021.1.26. 청구법인은 착공기한을 2021.9.30.까지 연장할 것을 신청하고 다시 승인받았다(3차 연장). 결국 청구법인은 2021.7.16.이 되어서야 입주계약 변경확인서를 발급받아 법적요건을 갖추게 되었고, 산업단지관리 기본계획에 대한 변경신청이 접수된 상황 및 입주계약이 체결되어야만 공장건설이 가능했던 법적 외부적 제한이 있었다고 보아야 한다. 따라서 청구법인에게는 취득일부터 3년 내 해당용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로, 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
3. 심리 및 판단
1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
2. 경감 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011.5.11. 화장품원료 제조업, 생물공학제품, 식품원료 및 첨가물 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 본점 소재지는 경기도 오산시 OOO이다. (나) 청구법인은 2015.5.26. 한국토지주택공사 경기지역본부장과 쟁점1토지의 매매계약을 체결한 후, 2015.5.26.부터 2018.5.25.까지 이를 연부로 취득하였고, 2018.5.11. 처분청과 쟁점2토지의 매매계약을 체결한 후, 2018.5.23. 이를 취득하였다. (다) 청구법인은 아래 ＜표＞와 같이 3차례에 걸쳐 산업용공장 착공기한 연장신청을 처분청에 하였고, 처분청은 이를 승인하였다. ＜표＞ 청구법인의 착공기한 연장신청 및 처분청 승인내역 ◯◯◯ (라) 공장건축착공 연장요청에 대한 처분청 회신에 따르면, 기한 내에 착공이 이루어지지 않을 경우 상기 법령에 따른 입주계약이 취소될 수 있으며, 본 착공지연에 따른 재산세 및 취득세 등과 관련한 과태료 및 징수 사항 발생 시 이를 준수하여 이행하시기 바란다고 기재되어 있다. (마) OOO산업단지 관리기본계획 변경고시가 2021.6.15.자 경기도보에 게재되었고, 처분청은 2021.7.16. 식료품제조업이 추가되고 쟁점1토지와 쟁점2토지를 통합하여 하나의 공장을 건설하는 것이 가능하다는 내용이 기재된 입주계약 변경확인서를 발급하였다. (바) 청구법인은 2021.7.12. 처분청에 착공계를 제출하여 공사를 진행하였고, 2024년 9월경 준공 예정인 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법제78조 제4항 및 제5항에서 사업시행자 외의 자가 산업단지 내에 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 지방세를 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징하도록 규정하고 있고, 같은 조 제8항에서는 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 일정 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 위 감면규정을 적용함에 있어서는 정당한 사유가 없는 한 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 ‘직접 사용’하는 것으로 봄이 상당하다 할 것이고(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조), 여기서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조). (나) 청구법인의 경우, 쟁점1토지의 연부취득 완료일은 2018.5.24.로 감면 유예기간의 종료일은 3년 후인 2021.5.24.이 되므로 청구법인이 소유권을 취득할 수 없어 공사에 착수할 수 없었다는 주장은 받아들이기 어려운 점, 코로나19는 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 6개월이 지난 2020년 2월경 발생하였을 뿐만 아니라, 이로 인한 기업매출감소 및 경영악화 등의 사정은 청구법인의 내부적 사정일 뿐, 이를 법령상 제한 등에 준하는 외부적 강제사유로 볼 수 없는 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년이 지난 2021.7.12.에야 착공계를 제출하였고, 이 건 심리일 현재(2024.8.13.) 산업용 건축물의 사용승인을 받지 못한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 감면 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 데에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.