[요지] 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴봄. 법령의 제한이나 처분청의 귀책사유(건축허가 지연 등) 등의 외부적인 장애사유가 확인되지 않고 있는 점 등에 비추어, 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유를 인정하기 어렵다고 하겠음. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴봄. 청구법인은 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과한 날에 새로이 납세의무가 성립하였으므로 그 날부터 60일 이내에 해당 취득세 등을 신고·납부하였어야 하나 이를 이행하지 않은 점 등에 비추어, 이 건 토지의 취득세 등에 대해 무신고가산세율(20%) 적용대상으로 보는 것이 타당하다 할 것임. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 쟁점농어촌특별세를 산출하는데 법령을 위반한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 화성도시공사와 이 건 토지 매매계약을 체결하면서 지반․암반조사 등 입지여건을 직접 조사․확인하는 조건으로 특약(제3조)을 체결하였고, 이에 따라 2020.8.6.~2020.8.10.까지 9회에 걸쳐 직접 지반․암반조사를 하였으나 별다른 이상이 없어 2020년 9월부터 설계계약을 의뢰하고 바로 착공할 예정이었으나, 예기치 않은 코로나19 확산과 위 기간 동안의 지반․암반조사에서도 확인되지 않은 암반이 발견되어 부득이하게 공사기간이 1년 6개월 이상 지연되었다. 청구법인은 유예기간이 임박해서 착공을 한 것이 아니라 사전에 지반․암반조사를 통해 착공에 장애요소가 있는 지를 확인하기 위하여 상당한 주의를 기울였음에도 결국에는 착공 중 땅속 깊은 곳에 있는 암반을 발견하게 된 것으로 이에 대한 귀책사유가 전적으로 청구법인에게 있다고 보는 것은 부당하므로 청구법인의 이러한 건축 노력(설계계약, 9회에 걸친 지반․암반조사 등)에 대해 이 건 토지 취득일부터 3년 이내에 해당 건축물을 신축하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.
(2) 설령, 이 건 토지 취득 후 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유를 인정받지 못한다 하더라도, 청구법인은 이 건 토지를 취득하면서 이미 취득세(감면)신고를 하였고 이에 대해 처분청은 지방세감면결정통지를 한 사실이 있음에도 처분청은 이와 같은 사실관계를 부인하고 과소신고가산세율(10%)이 아닌 무신고가산세율(20%)을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.
(3) 또한,농어촌특별세법제5조 제1항에서지방세특례제한법에 따른 취득세 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과하도록 규정하고 있으므로 이 건 토지의 취득에 대하여지방세특례제한법상 취득세 감면대상에서 제외되는 경우에는 감면세액을 과세표준으로 하는 쟁점농어촌특별세 납세의무는 자동 소멸되는 것이 타당함에도 처분청은 이 건 토지에 대하여 감면적용 대상은 부인하면서 오히려 쟁점농어촌특별세에 무신고와 납부불성실가산세까지 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지에 대한 취득세 감면규정을 적용함에 있어 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 해당 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조)이다. 이 건 토지 매매계약서에 의하면, 청구법인은 입지여건(지반․암반조사 등)을 미리 직접 확인한 후 이를 수인하는 조건으로 계약이 체결되었는바, 청구법인은 이 건 토지 취득 후 2년이 경과한 2020년 8월에 이르러서야 지반․암반조사 의뢰와 건축설계 의뢰를 진행하였으므로 청구법인이 이 건 토지 취득 전에 지반․암반조사 및 현장 확인 등을 통해 충분한 주의를 기울였다면, 장애요인을 해소하였을 것으로 보이고, 설령 지반․암반조사로도 사전에 확인하기 어려웠다 하였다 하더라도 이는 청구법인 내부사정에 불과하다 하겠으므로 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 이 건 토지 취득일(최종 연부취득일 2018.8.31.)부터 3년이 경과할 때까지 건축물 사용승인을 받지 못하였는바, 이 건 토지 취득 후 3년이 경과한 2021.9.1.부터 취득세 등의 추징 사유가 발생하였음에도 이로부터 60일이 경과할 때까지 해당 취득세 등을 신고․납부하지 않았으므로 처분청이 무신고가산세율(20%)을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.
(3) 이 건 취득세 부과는 기 감면 받았던 취득세 등과 농어촌특별세를 함께 추징한 것으로 기존에 신고․납부한 농어촌특별세(감면분 취득세를 과세표준으로 한 세액)는 이미 기 납부세액으로 반영되어 그 차액에 대해서만 부과한 것으로 쟁점농어촌특별세를 기 납부세액으로 공제하지 않았다는 청구주장은 인정할 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 토지 취득일부터 유예기간인 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
② 이 건 토지의 취득에 대하여 이미 취득세를 신고하였음에도 과소신고가산세율(10%)이 아닌 무신고가산세율(20%)을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
③ 쟁점농어촌특별세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청 사업장 연계조회시스템에 의하면, 청구법인(사업자번호 OOO)의 주업종은 제조업이고 업태는 고무제품을 영위하는 법인인 것으로 나타난다. (나) 매매계약서에 의하면, 청구법인(매수인)은 2015년 8월 OOOㆍOOO(매도인)와 이 건 토지를 OOO원(계약금 및 1~2차 중도금 각 OOO원, 3~4차 중도금 각 OOO원, 잔금 OOO원)에 매매하는 계약을 체결하면서, 이 건 토지의 조성상태, 현황 및 설계(형상, 고저, 암반, 법면상태, 기타 토지이용 장애사항 등), 사업지구 내외의 입지여건을 직접 확인한 후 이를 수인하는 조건으로 매매계약을 체결(특약사항 제3조)한 것으로 나타난다. (다) 이 건 토지 매매계약서(변경계약)에 의하면, 청구법인(매수인)과 OOOㆍOOO(매도인)은 2016.7.28. 다음과 같이 변경계약을 체결하였다. ＜용지매매 변경계약＞ ㅇㅇㅇ (라) 산업단지입주확인서(2016년 8월)에 의하면, 청구법인은 공장용 건축물 9,000㎡(제조시설 4,000㎡, 부대시설 5,000㎡)를 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득한 것으로 나타난다. (마) 지반조사보고서(2020년 8월)에 의하면, 주식회사 A은 2020.8.6.~2020.8.10.까지 이 건 토지의 지반조사(9회)를 실시한 것으로 나타난다. (바) 건축물 표준설계 계약서에 의하면, 청구법인(도급자)과 세인건축사무소(수급자)는 2020년 9월 이 건 토지상에 연면적 12,200㎡의 건축물을 신축하는 설계계약(계약금 OOO원)을 체결한 것으로 나타난다. (사) 건축허가서ㆍ착공신고필증에 의하면, 청구법인은 2021.3.18. 건축허가 신청을 하여 2021.4.22. 처분청으로부터 건축허가(건축과-28598, 2021-건축과-신축허가)를 받고, 2021.5.10.부터 착공신고를 하여 2021.5.17. 착공신고필증(2021-건축과-신축허가-348)을 교부받은 것으로 나타난다. (아) 항공사진(사진첨부는 생략)에 의하면, 이 건 토지는 2016년 8월~2022년 6월 이전까지는 나대지 상태인 것으로, 2022년 6월 이후 부터는 건축물이 건축 중인 것으로 나타난다. (자) 처분청 현지확인(2023.5.3.)에 의하면, 청구법인은 이 건 토지상에 산업용 건축물 등의 건축허가(2021.4.22.), 착공신고(2021.5.17.) 등의 사실은 확인하였으나, 이때까지 사용승인된 사실은 확인되지 않고 있다고 기재되어 있다. (차) 취득세 신고서에 의하면, 청구법인은 2017.3.8.~2018.9.7.까지 이 건 토지를 연부로 취득하면서 그 취득세 등을 다음과 같이 신고ㆍ납부(계약금 및 1차 중도금분 기한 후 신고ㆍ납부)하였다. ＜이 건 토지 취득세 등 신고납부 현황＞ ㅇㅇㅇ (카) 처분청은 2023.7.17. 청구법인에게 이 건 취득세를 다음과 같이 부과ㆍ고지하였다. ＜ 이 건 취득세 부과내역＞ ㅇㅇㅇ (타) 위 사실관계를 종합하면, 청구법인은 이 건 토지를 연부로 취득한 후, 지반조사, 설계계약, 건축허가 등을 거쳐 2021.5.10.부터 착공을 하였으나, 이 건 토지의 마지막 연부취득일부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물 등을 신축하지는 못하였다. ＜이 건 토지상에서 건축경과＞ ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건 토지 취득 후 지반조사를 9회나 실시하는 등 이상이 없음을 확인한 후 건축허가 등을 거쳐 착공할 예정이었으나 코로나19 상황과 이후 지하층의 암반발견으로 공사가 1년 6개월이나 연기되는 등 사전에 충분한 주의를 기울였음에도 예기치 못한 사정발생으로 이 건 토지 취득 후 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다. (나)지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. 한편, 위 규정 부칙 제25조에서 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017.12.31.까지 종전의 법률을 적용한다고 규정하고 있다. (다) 위 규정의 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유란 행정관청이나 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 사용할 수 없는 내부적인 사유도 포함하는 것으로 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 토지의 취득목적에 비추어 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 당해 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)하여야 한다. (라) 이 건의 경우, 청구법인은 이 건 토지 취득일(마지막 연부취득일인 2018.8.31.)부터 약 2년이 경과하여 설계계약을, 2년 8개월이 경과하여 건축허가를 받고 이후 공사착공을 하여 무려 5년이 경과한 2023.5.3. 현재까지 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 사실이 처분청 현장방문에서 나타나는 등 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 건축물을 신축하여 직접 사용하지 못하였는바, 이러한 건축지연 행위의 대부분이 주로 청구법인의 내부적인 사정으로 보이는 반면, 법령의 제한이나 처분청의 귀책사유(건축허가 지연 등) 등의 외부적인 장애사유가 확인되지 않고 있는 점, 지반조사와 코로나19로 공사지연이 있었다는 주장에 대해서도, 지반조사의 경우 이 건 토지 매매계약서에 사전에 미리 암반 등 입지환경을 조사한 후 매매계약을 체결하도록 주의사항이 기재된 점, 코로나19 상황만으로는 정당한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어, 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유를 인정하기 어렵다고 하겠다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건 토지를 연부로 취득하면서 각 연부시기 마다 해당 취득세 등을 신고․납부하였음에도 처분청이 이 건 취득세를 부과하면서 과소신고가산세율(10%)이 아닌 무신고가산세율(20%)을 적용한 것은 부당하다고 주장한다. (나)지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있으며, 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 개정된 것) 제53조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있다. (다) 이 건의 경우,지방세특례제한법제78조 제5항에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도대로 직접 사용(신축)하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 이 건 토지 취득일(마지막 연부취득일인 2018.8.31.)부터 3년이 경과한 날에 새로이 납세의무가 성립하였으므로 그 날부터 60일 이내에 해당 취득세 등을 신고․납부하였어야 하나 이를 이행하지 않은 점 등에 비추어, 이 건 토지의 취득세 등에 대해 무신고가산세율(20%) 적용대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.
(4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점농어촌특별세 부과처분이 부당하다고 주장한다. (가)농어촌특별세법제5조 제1항에서 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서지방세특례제한법등에 따라 감면을 받는 취득세 등의 감면세액에 대해서는 100분 20을, 그 제6호에서 지방세법등에 따라 산출한 취득세에 대해서는 100분의 10을 각각 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우, 처분청이 이 건 토지의 취득세 감면을 배제한 부과분에 해당하는 세액에서 청구법인이 각 연부취득시마다 기 신고․납부한 이 건 토지의 감면분(2017년까지는 면제, 2018년은 75% 감면)에 해당하는 세액(취득세 감면액의 20%에 해당하는 세액)과 부과분(2018년도 취득세 25% 부과분의 10%에 해당하는 세액)에 해당하는 세액을 차감 또는 충당하여 이 건 취득세에 부가되는 쟁점농어촌특별세를 부과하였고, 이러한 쟁점농어촌특별세를 산출하는데 법령을 위반한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다.
(5) 따라서, 처분청이지방세특례제한법제78조 제5항에 따라 이 건 취득세(농어촌특별세 포함)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
2. 감면 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 부 칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.
(2) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다
1. 대상 지역
2. 경감 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(3) 경기도 도세 감면 조례(2017.5.4. 조례 제5583호로 개정된 것) 제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감
(4) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우
(5) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 개정된 것) 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
(6) 농어촌특별세법(2019.1.1. 법률 제16100호로 개정되기 이전의 것) 제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 제8조(부과ㆍ징수) ② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고ㆍ납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.
3. 제3조 제1호의 납세의무자 중 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자와 제3조 제5호에 따른 납세의무자에 대하여는 시장ㆍ군수 및 자치구의 구청장(이하 “시장ㆍ군수”라 한다)이 해당 본세의 부과ㆍ징수의 예에 따라 부과ㆍ징수한다. 제12조(환급) 농어촌특별세의 과오납금 등(감면을 받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금을 포함한다)에 대한 환급은 본세의 환급의 예에 따른다.