물류단지 내의 토지를 취득하지 않고 물류사업용 건축물만을 신축한 경우 취득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2022.7.12. 인천광역시 연수구 OOO 건축물 26,562.94㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득(신축)하고, 쟁점건축물을지방세특례제한법제71조 제2항에 따른 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 물류시설용 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세의 100분 50을 감면받았다.
• 나. 처분청은 쟁점건축물이 소재한 지역이지방세특례제한법제71조 제1항에서 규정하는물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 “물류시설법 ”이라 한다) 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당하지 아니한 것으로 보아, 2023.1.16. 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 2023.3.13. 이의신청을 거쳐 2023.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법제71조 제1항에서물류시설법제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세를 경감하도록 규정하고 있고, 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률(이하 “경제자유구역법 ”이라 한다) 제7조의2 제5호에서 경제자유구역으로 지정되면물류시설법에 따른 물류단지로 지정된 것으로 본다고 규정하고 있고, 제11조 제1항 제32호에서 실시계획이 승인되면물류시설법에 따른 실시계획이 승인된 것으로 본다고 규정하고 있다. 지방세특례제한법 시행령제33조 제2항의 토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다는 것의 토지 취득일 전을 토지 취득을 전제로 한 것으로 해석하려면 토지를 언제까지 취득하여야 한다는 단서규정이나, 토지 취득을 하지 아니하면 추징하겠다는 추징규정이 존재하여야 하나, 이러한 규정이 존재하지 아니하여 토지 취득일 전을 토지를 취득하지 않은 상태로 보아야 하므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 가산세의 경우지방세기본법제3조 및지방세법제20조, 제21조에 따라 과소신고 및 무신고가산세 대상이 아니므로 과소신고가산세를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제71조에서 말하는 “물류단지”는물류시설법제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지로서 국토교통부장관이나 시도지사가 지정하도록 규정하고 있어,경제자유구역법에 따라 물류단지로 지정된 것으로 의제하는 것만으로지방세특례제한법제71조에 규정한 일반물류단지로서 감면대상이라 볼 수 없다. 지방세특례제한법 시행령제33조 제2항에서 규정한 바와 같이 물류단지개발사업 시행자로부터 토지를 취득하지 아니하고 토지를 임차하여 물류시설용 건축물을 신축한 쟁점건축물을 그 사업에 직접 사용하더라도지방세특례제한법제71조 제2항에 규정한 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다. 청구법인은 쟁점건축물을 취득할 당시 감면대상이 아닌 물건을 감면신청한 것으로,지방세법제20조 제1항의 ‘신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우’에 해당하여 과소신고가산세 부과처분은 정당하다.

3. 조사내용

• 가. 쟁점 물류단지 내의 토지를 취득하지 않고 물류사업용 건축물만을 신축한 경우 취득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 등

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2021.3.18. 인천광역시 연수구 OOO을 본점으로 하고, 창고시설의 건설, 창고사업, 포장사업, 통관중개업 및 국제물류주선업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구인법은 2021.6.18. 국가(해양수산부)가 소유하고 있는 인천광역시 연수구 OOO 토지 75,100㎡에 대하여 인천항만공사와 임대차계약[목적: 수출입 화물처리를 위한 복합물류 및 제조시설, 임대차기간: 2021.5.21.부터 30년간(10년 단위로 최대 20년의 범위 내에서 연장 가능)]을 체결하였다. (다) 청구법인은 2021.5.27. 임차한 토지에 건축허가를 받아 2021.10.13. 건축공사에 착공하였고, 2022.7.12. 쟁점건축물을 취득(신축)하였으며, 쟁점건축물을지방세특례제한법제71조 제2항에 규정하는 물류시설용 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세의 100분의 50을 감면받았다. (다) 쟁점건축물에 대한 취득신고 및 지방세 감면 신청서에 의하면, 청구법인(직원 aaa)은 2022.7.22. 쟁점건축물을 물류사업용 부동산으로 보아 취득세 감면을 신청한 것으로 나타난다. (라) 쟁점건축물의 부속토지는 2020년 7월경 공유수면매립이 완료되었고, 국가(해양수산부)가 2021.3.11. 소유권보존등기를 경료하였으며, 심판청구일 현재 국가(해양수산부)소유로서 민간에 매각하거나 매각될 예정인지 확인되지 않으며,수도권정비계획법에 따른 성장관리권역,항만법에 의한 항만구역, 신항 1-1단계 1종 항만배후단지로 지정되어 있다. (마) 산업통상자원부고시 제2015-17호(2015.1.12.)의 인천경제자유구역 송도국제도시[신항물류단지(A), (B)] 개발계획 변경 및 지형도면 고시문에 의하면, 신항물류단지(A), (B)의 개발사업시행자를 해양수산부, 인천항만공사로 기재되어 있고, 쟁점건축물은 신항물류단지(B)에 위치하고 있으며, 신항물류단지(B) 중 1-1단계 1구역(66만㎡)은 2020년 7월 매립준공된 것으로 나타난다. (바) 행정안전부는 물류단지 감면과 관련하여 2020.1.15.지방세특례제한법및 같은 법 시행령을 개정하였는데 개정 내용을 다음과 같이 밝히고 있다(2020년도 시행 지방세특례제한법 적용요령). 개정내용

○ ‘물류사업’ 및 ‘물류시설용 부동산’의 정의 등을 입법취지와 기존 해석 등을 고려해 새로 정하고 불명확한 조문 체계 등을 정비 구 분 개정 전 개정 후 물류사업 별도로 규정하지 않음 물류정책기본법 제2조 제1항 제2호에 따른 물류사업으로 규정 감면대상 부동산 물류사업용 부동산 물류단지시설 설치 목적 토지·건물 물류시설용 부동산 일반물류단지시설 목적 토지·건물 ▹최초로 취득하는 토지 ▹시행자로부터 취득하는 토지 ▹최초 취득 후 5년 이내 취득 토지 ▹최초 취득 후 5년 이내 취득 건물(기존 건물 취득하는 경우 제외) ※ 토지 취득일 전에 토지사용을 허락받아 건물을 미리 신축한 경우도 감면대상 ▹토지 취득 후 5년이내 그 토지상에 신·증축하는 건물 ※ 토지 취득일 전에 토지사용을 허락받아 건물을 미리 신·증축한 경우도 감면대상 대규모점포 감면대상 감면배제

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건축물을지방세특례제한법제71조 제2항에 따라 취득세를 감면하여야 하고, 과소신고가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나,지방세특례제한법제71조 제2항 및 같은 법 시행령 제33조 제2항에 의하면, 물류시설용 부동산에 대한 취득세 감면대상은 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물을 의미하는바, 청구법인은 쟁점건축물의 부속토지를 국가로부터 임차하여 해당 토지 위에 쟁점건축물을 신축하였으므로 취득세 감면대상으로 보기 어려운 점, 만일, 물류단지 내 토지를 취득하지 않은 상태에서 신축한 물류시설용 건축물도지방세특례제한법 시행령제33조에서 규정하고 있는 취득세 감면대상으로 해석하는 경우 물류단지 내 토지를 취득하지 않은 상태에서 물류시설용 건축물을 신축하면 기한에 관계 없이 취득세를 계속 감면받게 되는 반면, 물류단지 내 토지를 취득하여 그 지상에 신축하는 물류시설용 건축물은 그 토지의 최초 취득일부터 5년 동안 취득한 경우에만 취득세를 감면받게 되어 물류단지 내 취득세 감면 대상자간에 조세불형평이 발생하는 점, 행정안전부도 물류단지 감면과 관련하여 2020.1.15.지방세특례제한법 및 같은 법 시행령을 개정하면서 개정전의 감면대상 부동산을 ① 최초로 취득하는 토지, ② 최초 취득한 후 5년 이내 취득토지, ③ 최초 취득한 후 5년 이내 취득건물로 구분하고 있고, 2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정된지방세특례제한법 시행령제33조는 물류시설용 부동산을 사업시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일로부터 5년 이내에 해당 토지에 신‧증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)로 규정함으로써 감면대상에 토지의 취득이 전제되는 것을 보다 명확히 한 것으로 보이는 점, 나아가 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 특히 조세 경감 등 특례 규정은 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에 부합하는 점 등에 비추어 청구법인과 같이 물류단지 안의 토지를 취득하지 않은 상태에서 물류시설용 건축물을 신축(취득)하는 경우 해당 건축물은 그 사업에 직접 사용한다고 하더라도지방세특례제한법제71조 제2항 및 같은 법 시행령 제33조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 감면대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다. 아울러, 취득세와 같은 신고·납부방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 산정하여 신고·납부하는 세목이므로 과세관청 등이 납세의무자에게 신고ㆍ납부에 대한 안내를 하지 아니하였다 하여 그것이 해당 과세처분에 영향을 미친다거나 과세관청의 귀책으로 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 신고·납부하는 과정에서 청구법인 스스로 취득세 감면대상으로 기재한 신고서 등을 처분청에 제출한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련법령

(1) 지방세특례제한법 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ①물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

② 물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업(이하 이 항에서 "물류사업"이라 한다)을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산(이하 이 항에서 "물류시설용 부동산"이라 한다)에 대해서는 2022년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2022년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산에 대해서는 그 물류시설용 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 제33조(물류사업의 범위 등) ① 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류사업”이란물류정책기본법제2조 제1항 제2호에 따른 물류사업을 말한다.

② 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(유통산업발전법제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다.

(3) 물류정책기본법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “물류사업”이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.

• 가. 자동차ㆍ철도차량ㆍ선박ㆍ항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업
• 나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업
• 다. 화물운송의 주선(周旋), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업
• 라. 가목부터 다목까지의 물류사업을 종합적ㆍ복합적으로 영위하는 종합물류서비스업

(4) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. “물류단지”란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말한다. 6의2. “도시첨단물류단지”란 도시 내 물류를 지원하고 물류ㆍ유통산업 및 물류ㆍ유통과 관련된 산업의 육성과 개발을 촉진하려는 목적으로 도시첨단물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치하기 위하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역에 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단의 토지 및 시설을 말한다. 6의3. “일반물류단지”란 물류단지 중 도시첨단물류단지를 제외한 것을 말한다.

7. “일반물류단지시설”이란 화물의 운송ㆍ집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ가공ㆍ조립ㆍ통관ㆍ보관ㆍ판매ㆍ정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다. 제22조(일반물류단지의 지정) ① 일반물류단지는 다음 각 호의 구분에 따른 자가 지정한다.

1. 국가정책사업으로 물류단지를 개발하거나 물류단지 개발사업의 대상지역이 2개 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관

2. 제1호 외의 경우: 시ㆍ도지사

(5) 경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법 제7조의2(경제자유구역 지정의 효과) 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정ㆍ결정ㆍ수립ㆍ확정ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다. 5.물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제22조에 따른 물류단지의 지정 제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인) ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다. 제11조(인가ㆍ허가 등의 의제) ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 “허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가 등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다. 32.물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인

(6) 지방세기본법 제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.