[요지]
① 행정안전부에서 회신한 것으로 지방세법령 해석을 새롭게 변경한 운영예규가 아닌 점에서 소급과세금지원칙을 규정하는 지방세기본법제20조 제3항의 적용대상으로 볼 수 없는 점 등에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨.② 가산세 감면의 정당한 사유로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점오피스텔이 지방세특례제한법제41조 제7항의 적용대상임을 확인하고, 쟁점가산세까지 포함하여 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 것에는 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[참조결정] 조심2021지2609 / 조심2020지1603 / 조심2022지0220
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 취득세 등은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다. (가)지방세기본법제18조는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 대법원은 조세법률관계에 있어서 신의성실원칙이 적용되기 위한 요건으로, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해 표명을 하여야 하고, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자에게 이익이 침해되는 결과가 초래될 것을 제시하고 있다(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결 등). 이 건의 경우 ① 청구법인이 쟁점오피스텔을 취득했을 때마다 처분청은 “취득세 감면결정 내용 및 의무사항 안내문”을 발송하여지방세특례제한법제41조 1항에 근거한 학교법인 감면에 대한 의무사항 및 추징규정을 안내했고, ② 청구법인은 쟁점오피스텔 등 다수 부동산을 교수연구실로 사용할 목적으로 취득하여 취득세 감면 신청을 하였고 처분청은 십수년간을 학교법인 감면으로 처리하고 그에 따른 의무사항을 안내하였기에 청구법인의 신뢰에는 귀책사유가 없으며, ③ 청구법인은 쟁점오피스텔 등 다수 부동산을 처음 취득했던 2012년부터 현재까지 처분청의 공적인 견해를 신뢰하고 학교법인 감면으로 취득세 면제를 적용받아 왔음에도, ④ 처분청은 갑자기 쟁점오피스텔을 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이 아니라 의료업과 관련된 부수시설로 보아야 한다고 판단하여 5년 이내의 취득세를 추징하여 청구법인에게 불이익이 되는 처분을 하였다. 이 건 취득세 등은 “지방세특례제도과-OOO”(이하 “쟁점질의회신”이라 한다)에서 쟁점오피스텔과 같은 교수연구실 등을지방세특례제한법제41조 제1항에 따른 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다고 한 것에 근거한 것으로 보인다. 그렇다면 비록 쟁점질의회신의 과세논리가 정당하더라도 그것이 생성되기 이전인 2018∼2021년에 이루어진 이 건 행위에 대해서는 신의성실원칙에 따라 과세하지 아니하여야 한다. 이러한 관행은 의료기관이 임상시험용역을 계속 면세로 신고해 왔고, 과세관청도 정기조사나 사후 검증과정에서 한 번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 점을 고려해 유권해석일 이후부터 과세하는 것으로 결정한 다른 사례에서도 확인된다(기획재정부 부가-341, 2014.5.13.). (나)지방세기본법제20조 제3항은 “지방세법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 처분청은 쟁점질의회신이 과세기관이 지방세를 운영하면서 질의를 올린 내용에 대하여 행정안전부에서 회신한 것으로서, 새로운 해석이 아닌 질의회신에 불과하다는 의견이다. 그러나 쟁점질의회신이 행정 내부에서는 질의회신일지 몰라도 납세자 입장에서는 해당 회신으로 인하여 공적인 견해에 반하는 처분이 발생하여 납세자의 경제적 이익이 침해되는 결과를 초래하는 점에서지방세기본법제20조 제3항에서 규정하는 새로운 해석으로 보아야 한다. 지방세기본법 기본통칙20-1【세법해석의 기준】에 의하면,지방세기본법제20조 제3항에서 “이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후”라 함은, 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다고 규정하고 있고, 20-2【새로운 세법해석의 적용시점】에는 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 규정하고 있다. 지방세 행정은 국세 행정과 달리 지방세 과세요건 발생 시 해당 건마다 관할 지방자치단체에 물어보고 지도를 받아 지방세를 신고·납부하여 왔다. 청구법인 또한 쟁점오피스텔 등 다수 부동산을 처음 취득했던 2012년부터 처분청에 물어보고 학교법인 취득세 감면 신청을 하였고 처분청은 이를 승인하고 해당 안내문을 보내주고 사후관리를 하였는바, 약 10년간을 이러한 행정처분의 선례가 반복되었고 이는 청구법인에게 비과세 관행으로 받아들여졌다. 그럼에도 갑작스런 쟁점질의회신의 신설로 인하여 이 건 취득세 등을 부과하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 새로운 해석에 해당한다고 판단된다. 따라서 쟁점질의회신으로 인한 새로운 해석이 도출된 이후의 납세의무 성립분부터 이를 적용하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점질의회신 생성 이전인 2018∼2021년에 이루어진 이 건 행위에 대해서는 소급과세금지원칙에 따라 과세할 수 없다고 보아야 한다.
(2) 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다. 설령 이 건 취득세 등을 정당하다고 보더라도, 쟁점가산세는 취소되어야 한다. 이 건의 경우 청구법인과 처분청 모두 쟁점오피스텔에 대하여 학교법인 면세로 해석하여 법에 규정된 대로 취득세 감면 신청서를 제출하였고 처분청은 이를 승인하여 감면 결정을 통해 취득세 면제를 적용받은 점에서 청구법인은 세법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 임의로 위반한 것으로 볼 수 없다. 즉 쟁점질의회신이 생성된 시점에 비로소 청구법인과 처분청은 쟁점오피스텔의 취득이지방세특례제한법제41조 제1항에 해당하지 않음을 알게 되었는바, 이는 납세자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 할 것이다.
(1) 이 건 취득세 등은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배되지 아니한다. 조세법률관계에서 신의성실원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 ‘특별한 사정’이 있을 경우에 한하여 적용된다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 참조). 또한 신의성실원칙은 납세자의 신뢰보호에 그 법리의 핵심적 요소가 있으므로 이의 적용요건 중 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어 담당자의 조직상 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1996.11.23. 선고 95누13746 판결). 한편 신고납세방식의 조세는 납세자가 법에 정한 방식에 의하여 과세표준과 세액을 신고하면 그 내용대로 확정되는 것에 불과하므로, 납세자 스스로 취득세를 신고하는 과정에서 감면신청서를 제출함에 따라 처분청이 취득세 납부서 등을 교부하였다는 사정만으로는 과세관청이 취득세 면제요건을 확인하였다고 보기는 어렵다. 이는 과세관청에서 대법원 판결에 근거하여 납세자에 대해 이미 감면결정한 취득세를 다시 부과하였다 하더라도 그것이 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 본 유권해석에도 확인된다(감심 2002-61, 2002.4.16.). 그리고 소급과세금지원칙을 규정하고 있는지방세기본법제20조 제3항은 지방세법 해석을 기존과 달리 해석할 경우에 적용하는 규정인바, 쟁점질의회신은 과세관청이 지방세를 운영하면서 질의를 올린 내용에 대하여 행정안전부에서 회신한 것으로 지방세법 해석을 새롭게 변경한 운영예규가 아니므로 동 규정의 적용대상에 해당하지 아니한다고 할 것이다.
(2) 쟁점가산세는 정당하다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 의거 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의와 과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2003.5.16. 선고 2001두1772 판결 등), 이 건 취득세 신고·납부 등에 대한 책임은 근본적으로 납세자인 청구법인에게 있다 하겠으므로 청구법인에게 그 이행을 기대하기 어려운 정당한 이유가 있었다고 인정하기 어렵다(조심 2021지2609, 2022.10.6.) 또한 사실관계 오인으로 취득세 등을 감면했다가 이후에 부과한 처분은 관계 규정을 잘못 적용해 위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 것으로, 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 할 수 없다고 할 것이다(행심 2005-255, 2005.9.26.). 앞에서 살펴본 바와 같이 쟁점질의회신은 운영예규가 변경된 사례가 아닌 질의회신에 불과한 점에서도 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 이유가 있다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 취득세 등이 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
② 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
(1) 지방세특례제한법 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. (각 호 생략)
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.
(2) 지방세기본법 제18조(신의ㆍ성실) 납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다. 제20조(해석의 기준 등) ③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다. 제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 지방자치단체의 장은 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지나 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직권 또는 납세자의 신청으로 그 기한을 연장할 수 있다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.
(3) 지방세기본법 시행령 제6조(기한의 연장사유 등) 법 제26조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 납세자가 재해 등을 입거나 도난당한 경우
2. 납세자 또는 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우
3. 권한 있는 기관에 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부 등”이라 한다)이 압수되거나 영치된 경우
4. 납세자가 사업에 현저한 손실을 입거나 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우로 한정한다)
5. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 정보처리장치나 시스템을 정상적으로 가동시킬 수 없는 경우 가.지방회계법제38조에 따른 지방자치단체의 금고(이하 “지방자치단체의 금고”라 한다)가 운영하는 정보처리장치 나.지방회계법 시행령제49조 1항 및 제2항에 따라 지방자치단체 금고업무의 일부를 대행하는 금융회사 등(이하 “지방세수납대행기관”이라 한다)이 운영하는 정보처리장치 다.지방회계법 시행령제62조에 따른 세입금통합수납처리시스템
6. 지방자치단체의 금고 또는 지방세수납대행기관의 휴무, 그 밖에 부득이한 사유로 정상적인 신고 또는 납부가 곤란하다고 행정안전부장관이 인정하는 경우 7.세무사법제2조 3호에 따라 납세자의 장부 작성을 대행하는 세무사(같은 법 제16조의4에 따라 등록한 세무법인을 포함한다) 또는 같은 법 제20조의2 제1항에 따라 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사(공인회계사법 제24조에 따라 등록한 회계법인을 포함한다)가 재해 등을 입거나 해당 납세자의 장부(장부 작성에 필요한 자료를 포함한다)를 도난당한 경우(지방소득세에 관하여 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지를 하거나 납부하는 경우로 한정한다)
8. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012년부터 쟁점오피스텔 외 다수 부동산을 취득(매매)한 후, 그 취득가액을 과세표준으로 하여지방세특례제한법제41조 제1항에 따라 학교가 해당 사업을 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제 받았다. (나) 처분청은 청구법인의 취득세 신고에 대하여 취득세 감면결정 및 의무사항 및 추징규정 등의 내용을 서면으로 통지하였다. (다) 행전안전부는 2022.4.6. 다음과 같은 내용의 쟁점질의회신을 생성하였다. 지방세특례-756(2022.04.06.) [제목] 의과대학 부속병원 내 전공의 숙소 등이 학교 감면 포함 여부 [요약]지방세특례제한법제41조 제7항의 감면 대상으로 규정하는 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산의 범위는 의료법에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산에 적용되어야 할 것인바, 병원의 운영과 관련하여 ‘교수연구실, 전공의 숙소, 연구실험실, 의국 등’은 의사가 환자 치료와 진료를 위한 의료업과 관련된 부수시설로 보아야 할 것이므로지방세특례제한법제41조 제1항 및 제2항에 따른 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다 판단됨 (라) 처분청은 쟁점오피스텔을 학교 용도가 아닌 청구법인이 운영하는 OOO의 부속시설로 보아지방세특례제한법제41조 제7항을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과하였다. ＜표＞ 이 건 취득세 등 부과내역 (단위: 원) ◯◯◯
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법제41조 제1항에서초ㆍ중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법또는기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제하되, 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 등에는 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 다만,지방세특례제한법제41조 제7항은 같은 조 제1항에도 불구하고고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을 경감하도록 규정하고 있다. (나) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 처분청의 공적 견해 표명을 신뢰한 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 것은 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 조세법률관계에 있어서 신의성실원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 ‘특별한 사정’이 있을 경우에 한해 적용되는 예외적인 법원칙인바(조심 2020지1603, 2022.10.20., 같은 뜻임), 쟁점오피스텔이지방세특례제한법제41조 제7항에 따른 의과대학이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산임에는 다툼이 없고, 이와 달리 보아야 할 특별한 사정이 인정되지 아니하는 점, 나아가 신고납세방식의 취득세에 있어 납세의무자인 청구법인이 취득세 감면신청서를 제출함에 따라 처분청이 “취득세 감면결정 내용 및 의무사항 안내문” 등을 발송하였다는 사정만으로 처분청에서 학교법인 취득세 감면과 관련하여 다시 과세하지 않겠다는 공적 견해 표명을 하였다고 보기도 어려운 점 등에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 한편 청구법인은 비과세관행이 존재하던 이 건 사실관계에서 쟁점질의회신을 근거로 이 건 취득세 등을 부과하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하기 전까지 쟁점오피스텔에 대하여 청구법인의 감면신청에 따라 취득세를 면제하였다 하더라도 이러한 사정만으로 비과세 관행을 인정하기 어려운 점, 쟁점질의회신은 과세관청이 지방세를 운영하면서 질의를 한내용에 대하여 행정안전부에서 회신한 것으로 지방세법령 해석을 새롭게 변경한 운영예규가 아닌 점에서 소급과세금지원칙을 규정하는지방세기본법제20조 제3항의 적용대상으로 볼 수 없는 점 등에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은지방세기본법제57조 제1항에서 규정하는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 취득세와 같은 신고‧납부방식의 조세는 납세의무자 스스로 과세표준과 세액을 직접 산출하여 신고‧납부하는 조세로서, 그 신고‧납부에 대한 책임은 원칙적으로 납세자에게 있다 할 것인바(조심 2022지220, 2022.4.28., 같은 뜻임), 쟁점오피스텔과 같은 의료업과 관련된 부수시설을 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다는 점과 관련하여, 세법해석상 견해의 대립 등으로 인하여 청구법인에게 취득세 납세의무의 이행을 기대하기 불가능하였다고 보이지 아니하는 점, 당초 처분청에서 취득세 등을 감면했다가 이후 부과한 이 건 취득세 등은 관계 규정을 잘못 적용하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 것으로, 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점오피스텔이지방세특례제한법제41조 제7항의 적용대상임을 확인하고, 쟁점가산세까지 포함하여 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 것에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.