청구법인이 영위하는 업종이 「지방세법」 제13조 제2항 단서에서 규정하는 대도시 중과 제외 업종에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2021지2726

[주 문] 서울특별시 서초구청장이 2023.1.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.5.12. 의약품, 의약외품 개발, 제조 및 판매 등을 주요 목적사업으로 하여 설립된 법인(설립 당시 본점 소재지는 경기도 성남시 OOO호 외 3개호)으로, 2021.12.29. 서울특별시 서초구 OOO 토지 및 위 지상 건축물(토지 512.4㎡, 건물 2,152.56㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2022.4.15. 쟁점부동산으로 본점을 이전함에 따라 쟁점부동산의 취득이 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) 제2항 제1호에 의한 취득세 중과세율 적용 대상에 포함되는 것으로 보아 2023.1.10. 청구법인에게 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.20. 이의신청을 거쳐 2023.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 혈관내피기능장애가 핵심적인 병인으로 작용하는 망막혈관질환에 대한 치료제를 개발하기 위하여 CU06-1004라고 명명된 치료후보물질을 집중적으로 연구하는 업체이다. 기존 망막혈관질환 치료제의 90%를 차지하는 ANTI-VEGF 주사제는 눈에 직접 주사하는 형태이나, CU06-1004는 먹는 형태의 약제로서 큰 기대를 받고 있다. 청구법인은 CU06-1004의 혁신성을 인정받아 2021.7.22. 코스닥에 특례상장하였고, 2021.10.27. 프랑스 제약회사인 AAA OOO원 규모의 기술수출계약을 체결한 바 있다.

(2) 지방세법 제13조 제2항에서 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 중과 대상에서 제외하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제26조에서 대통령령으로 정하는 업종의 범위에 산업발전법에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술 산업을 포함하고 있으며, 첨단기술 및 제품의 범위(산업통상자원부 고시 제2020-40호)에서는 첨단기술의 범위를 규정하고 있다. 청구법인의 경우 CU06-1004에 대하여 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술․제품 확인서를 발급받았고, 청구법인의 현재까지 유일한 수입원은 CU06-1004과 관련하여 프랑스 OOO와 체결한 기술이전계약으로, 청구법인의 주력사업은 CU06-1004임을 알 수 있다. 처분청은 이의신청 단계에서 CU06-1004 외의 다른 후보물질들인 CU01, CU03, CU04, CU05 등의 신약 개발을 다른 업종을 영위하는 것으로 보아 이의신청을 기각하였는데, 지방세법 제13조는 취득세 중과 배제 대상을 대통령령으로 정하는 ‘업종’이라고 명시하고 있고, 청구법인이 도․소매업 등 다른 업종을 영위하는 것이 아닌 한 첨단기술을 보유하고 관련 사업을 영위하고 있다면 취득세 중과 배제 대상으로 보는 것이 타당하다. 청구법인이 연구하는 CU01, CU03, CU04, CU05 등의 파이프라인은 회사가 연구하고 있는 물질이 가지는 기저와 작용에 따라 분류한 분류코드일 뿐, 업종에 따른 분류가 아니고, 청구법인은 창사이래 지금까지 의약품 개발업종만을 영위하고 있다. 따라서 이 건 처분은 위법하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 대도시 내로 본점을 이전하였으나지방세법 제13조 제2항 본문 단서규정 및 시행령 제26조 제1항 제5호의 규정에 따른 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술을 영위하는 것으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세는 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하는 것이므로 지방세법 제13조 제2항에서 중과 예외 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우는 일반세율을 적용하고 같은 법 시행령 제26조 제1항에서는 취득세 중과세가 제외되는 업종 중 하나로 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업이라고만 규정하고 있어 이를 중과세 사유 발생 당시 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술제품 확인서 등을 발급받아 확인하는 경우로만 한정할 수는 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2021지2726 2021.12.27. 결정 참조). 청구법인의 경우 2021.12.29. 쟁점부동산을 취득하고 2022.4.15. 경기도에서 쟁점부동산으로 본점을 이전하여 지방세법령상 법인의 대도시 내 전입에 따른 취득세 중과세 대상이 됨에 따라 산업통상자원부장관이 발행한 2022.12.20.자 첨단기술․제품 확인서를 제출하였고, 해당 확인서에서 첨단기술로 확인된 “혈관내피기능장애 치료제(CU06-1004)”기술이 청구법인이 전자공시시스템에 공시한 사업보고서 등에서 2017년부터 연구되고 있던 것으로 확인되고 있어 청구법인은 쟁점부동산으로 본점을 이전할 당시 이미 취득세 중과 예외 업종을 영위하고 있는 것으로 보인다. 다만, 해당 “혈관내피기능 치료제(CU06-1004)”외에 CU01, CU02, CU03, CU04, CU05 등의 신약 개발 연구가 함께 진행되는 것으로 보이는데 이것이 “혈관내피기능 치료제(CU06-1004)”와 마찬가지로 중과 예외 업종인 첨단기술산업에 해당하는지 여부는 확인할 수 없어, 청구법인은 쟁점부동산을 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 것에 해당한다 할 것이어서, 쟁점부동산에 대하여 중과세 배제 규정이 적용되어야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 영위하는 업종이 지방세법 제13조 제2항 단서에서 규정하는 대도시 중과 제외 업종에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자등록증에 따르면 청구법인의 쟁점부동산 취득 당시(2021.12.29.) 업태는 서비스, 종목은 의약품 개발로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2021.12.29. 쟁점부동산을 취득하면서, 취득부동산 사용계획서를 제출하였고, 위 계획서에는 부동산 이용 목적이 본점 사용으로 기재되어 있으며, 청구법인은 2022.4.15. 경기도 성남시에서 쟁점부동산으로 본점을 이전하였다. (다) 청구법인은 혈관내피기능장애 치료제에 대하여 2022.12.20. 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술․제품 확인서를 발급받았다. (라) 청구법인이 전자공시시스템에 공시한 사업보고서에 따르면, 2022년말 현재 청구법인이 진행중인 연구개발 현황 및 각 파이프라인별 개발 진행단계는 아래와 같다.

○○○ (마) 2021～2022년 기간 중 파이프라인별로 발생한 경상연구개발비 내역은 아래와 같다.

○○○ (바) 청구법인의 IR(Investor Relation, 투자자 대상 기업 홍보) 자료 및 홈페이지 자료에 따르면, CU01～CU05의 개요는 아래와 같고, 일부 신약은 저분자 화합물 치료제로서 당뇨 치료나 항암 목적으로 개발되고 있는 것으로 보인다. ＜CU01 개요＞

○○○ ＜CU03 개요＞

○○○ ＜CU02, CU04, CU05 개요＞

○○○ (사) 식품의약품안전처에서 2023년 4월 발행한 미국 의약품 규제 동향 브리프 자료에 따르면, 최초신약(First-in-class drug)의 의미는 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제13조 제2항 단서에서 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우 중과세율 적용 대상에서 배제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제5호에서 지방세법 제13조 제2항 단서의 대통령령으로 정하는 업종의 범위에 산업발전법에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업을 포함하고 있으며, 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 제품의 범위(산업통상자원부 고시 제2020-40호)에서 의약바이오 분야(대분류) - 저분자의약품(중분류) - 신개념(first in class 및 미충족의료수요) 치료제(소분류) - 표적 타겟발굴 및 검증기술을 첨단 기술의 범위에 포함하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 연구하는 CU01, CU02, CU03, CU04, CU05 등이 중과 예외 업종인 첨단기술산업에 해당하는지 여부는 확인할 수 없으므로 쟁점부동산을 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 것으로 보아야 한다는 의견이다. 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 원칙적으로 허용되지 아니하므로 위의 조항에서 “첨단기술산업”이란 산업통상자원부장관이 고시하는 ‘첨단기술 및 제품의 범위’를 포함하는 업종이면 족하다고 보는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2021지2726, 2021.12.27., 같은 뜻임). 이 건의 경우 청구법인이 신개념 치료제를 개발하는 의약품 개발업을 영위한다면 첨단기술산업에 해당한다고 보아야 할 것이고, 제출된 자료에 따르면 청구법인이 연구․개발중인 CU01, CU02, CU03, CU04, CU05 등 치료제의 개발 역시 신개념 치료제의 개발에 해당하여 첨단기술에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 주력으로 연구하면서 전체 경상연구개발비의 약 60%를 투입하고 있는 CU06-1004의 경우 2022.12.20. 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술․제품 확인서를 발급받은 점 등에 비추어 청구법인이 영위하는 업종은 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업으로서 대도시 중과 제외 업종에 해당한다고 보는 것이 타당하고, 이에 따라 쟁점부동산은 취득세 중과세율 적용대상으로 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

• 가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

(2) 지방세법 시행령 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 산업발전법에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 별표 1의2 제2호 마목에 따른 첨단업종

(3) 산업발전법 제5조(첨단기술 및 첨단제품의 선정) ① 산업통상자원부장관은 중ㆍ장기 산업발전전망에 따라 산업구조의 고도화를 촉진하기 위하여 첨단기술 및 첨단제품의 범위를 정하여 고시하여야 한다.

(4) 첨단기술 및 제품의 범위(산업통상자원부 고시 제2020-40호) 제3조(첨단기술 및 제품의 범위) 첨단기술 및 제품의 범위는 별표 1과 같다. [별표1] 첨단기술 및 제품의 범위 분야명칭: 3. 바이오 분야 대분류 중분류 소분류 첨단기술 및 제품 선정년도 순번 의약바이오 (Red BT) 저분자의약품 신개념(first in class 및 미충족의료수요) 치료제 표적 타겟발굴 및 검증기술 10년 1 바이오의약품 단백질치료제 단백질-(단백질/기능성분자) 융합기술 15년 2 항체치료제 다중특이성 항체제작기술 15년 3 ADCC/CDC 증진기술 15년 4 백신치료제 프리미엄치료백신개발기술 19년 5 유전자치료제 치료유전자 발굴 및 최적화기술 10년 6 핵산치료제기술 10년 7 RNAi 기반 유전자 치료제 19년 8 고효율 표적화 전달체 편집 및 제작 기술 19년 9 마이크로바이옴치료제 인체 장내 미생물 동정/생산 및 치료 기술 19년 10 재생 의약품 기능강화세포치료제 및 바이오생산 실용화 플랫폼 첨단 생체 내/외 세포분화 조절 및 분석기술 19년 11 치료용 세포 품질 표준화 및 생체모사 질환모델링 기술 19년 12 줄기세포 대량생산 기술 19년 13 면역세포치료제 개발기술 19년 14 바이오인공조직/장기치료제 생체적합 재료 및 3D 바이오 프린팅 소재 생산 기술 19년 15 3D 생체조직(오가노이드) 활용 및 바이오인공장기 제작기술 19년 16 의약 기반기술 약효 및 안전성 평가기술 바이오마커 활용 독성평가 기술 15년 17 약물전달시스템 (DDS)기술 난용성 약물 성상개선 및 제어기술 10년 18 빅데이터-인공지능 기반 신약 실용화기술 빅데이터-AI기반 신약 플랫폼 및 평가 기술 19년 19