2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 종전 규정을 적용하여 2017사업연도 법인지방소득세 산출시 「조세특례제한법」에 따른 쟁점이월세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2021지0986

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.4.13. 지방세법제109조의13에 따라 법인세법제13조에 의한 법인세 과세표준을 법인지방소득세 과세표준으로 하여 산출한 2017사업연도 법인지방소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2013년 이전에 연구·인력개발비로 지출하였으나 그 당시 법인세 세액공제를 받지 못하였다가 조세특례제한법제10조 및 제144조 제1항에 따라 청구법인의 2017사업연도 법인세에서 공제받은 연구·인력개발비 관련 이월세액(이하 “쟁점이월세액”이라 한다)에 대해서는 법인지방소득세 산정 시 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 부칙 제15조의 일반적 경과규정(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 구지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제8장 규정들(이하 “종전 규정”이라 한다)을 적용하여야 하므로, 쟁점이월세액의 10%에 해당하는 법인지방소득세액을 차감하여야 한다는 취지로, 2023.4.21. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.6.13. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 법인세에서는 이월세액공제를 받더라도, 법인지방소득세의 경우에는 이월세액공제를 받지 못하도록 개정되었는데, 지방세법이 납세자에게 불리하게 개정됨에 따라 법인세와 달리 이월세액공제를 받지 못하게 된 경우에는 쟁점부칙에 따라 종전 규정을 적용하여 지방소득세에서도 이월세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것이다. 이와 관련한 제1심 행정판결(서울행정법원 2019.11.19. 선고 2018구합87279 판결 등)에서도 쟁점부칙에 따라 종전 규정을 적용하여, 2014년 이후 법인지방소득세에서 법인세 이월세액과 관련된 세액을 공제함이 타당하다고 판시하였으므로, 청구법인의 경우에도 2017사업연도에 공제받은 쟁점이월세액의 10% 해당하는 부분은 종전과 같이 법인지방소득세에서 공제하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 종전 규정은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 ‘납부하여야 할 법인세액’으로 규정하고 있었으나, 현행 지방세법은 법인지방소득세로 전환되면서 그 과세표준을 ‘법인세 과세표준’으로 규정하면서, 다만 쟁점부칙에서 일반적 경과규정을 두면서 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 따라서, 지방세법 개정 이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 쟁점부칙에 따라 위 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것이다. 그런데, 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있다(대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결 등 다수). 청구법인이 조세특례제한법제10조에 의해 법인세를 공제받고, 일부 공제세액이 이월되어 그 이후의 법인세 납부세액을 산정하면서 이를 공제받은 결과, ‘법인세액’을 과세표준으로 하는 종전 규정에 따라 사실상 법인세분 지방소득세에서 이월공제를 받은 효과가 있었다 하더라도, 조세특례제한법제10조에서 법인세 세액공제를 받던 자가 향후 특정기간 내에는 지방소득세를 공제받을 수 있다는 취지로 규정하고 있지 아니하고, 종전 규정 또한 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용을 규정하지는 않았으므로, 2014.1.1. 지방세법의 개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 경우에 쟁점부칙이 적용된다고 보기 어렵다. 결국, 청구법인의 경우 개정된 지방세법에 따라 법인지방소득세를 산정함이 타당하므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 종전 규정을 적용하여 2017사업연도 법인지방소득세 산출시 조세특례제한법에 따른 쟁점이월세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2013사업연도 이전에 조세특례제한법제10조에 따른 세액공제 대상인 연구·인력개발비 등을 지출하였으나, 전부 공제받지 못한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법제10조 및 제144조 제1항에 따라 이월된 연구·인력개발비 등을 포함하여 OOO원을 세액공제 받은 것으로 나타난다. (다) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (라) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 지방세법 개정 이전에 발생한 쟁점이월세액에 대하여 쟁점부칙에 따라 종전 규정을 적용하여 2014년도 이후 법인지방소득세 계산 시에도 이월세액공제가 인정되어야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전지방세법상 지방소득세 법인세분의 산정방식이 ‘법인세액’을 지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 납세자가 법인세 이월공제를 받는 경우 법인세액이 감소되어 지방소득세에서도 세액감소 효과가 나타난 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과할 뿐 납세자에게 이월공제 적용해주기 위한 규정으로 볼 수 없는 점, 쟁점부칙은 지방세법령에 명시적으로 비과세 내지 감면대상으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제를 비과세 내지 감면대상으로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 쟁점부칙의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2021지986, 2021.12.23. 외 다수, 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구법인의 쟁점이월세액에 대하여 쟁점부칙 및 종전 규정의 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

(2) 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[조세특례제한법 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

• 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것
• 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.

1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액 2.조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(4) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12154호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.

(5) 지방세법 부칙(법률 12153호, 2014.1.1.) 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.