[요지]
① 지방세법제26조 제2항 제1호와채무자회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항은 모두 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대한 과세 여부를 규정하고 있으므로채무자회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항이지방세법제26조 제2항 제1호에 대한 특별법에 해당된다고 보기는 어려운 점(서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누362 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 등기에 대한 등록면허세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.② 납세자가 양 법률 규정 모두를 사전에 인지하고 등록면허세 등을 신고·납부하는 것을 기대하는 것이 무리가 있다고 할 것임(조심 2023지3724, 2023.11.30., 참조).
[참조결정] 조심2023지3724 / 조심2023지3794
[주 문] 경기도 수원시장(권선구청장)이 2023.6.9. 청구법인에게 한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 그 등록면허세 등에서 가산세 OOO원을 제외하는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
① (주위적 청구) 회생계획에 따라 출자전환으로 신주발행한 자본증가 등기에 대해 이 건 등록면허세 등을 부과한 처분의 당부
② (예비적 청구) 쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항일부증명서(법인)에 따르면, 청구법인은 2016.10.19. 법원으로부터 회생개시결정을 받은 후 2017.4.18. 회생계획인가결정을 받았고, 2017.6.2. 회생절차종결결정 되었으며, 회생계획에 따른 신주발행 및 자본금감소에 대한 등기내역은 다음과 같다. 발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수 자본금의 액 변경연월일 등기연월일 발행주식의 총수 3,520,000주 우선주식 1,000,000주 상환전환비우선주식 2,000,000주 금 OOO원 2011.6.30.등기 발행주식의 총수 37,335,265주 보통주식 34,335,265주 우선주식 1,000,000주 상환전환비우선주식 2,000,000주 금 OOO원 2017.4.19. 서울회생법원 회생계획 신주발행 2017.5.11. 등기 발행주식의 총수 7,200,000주 보통주식 7,200,000주 우선주식 0주 상환전환비우선주식 0주 금 OOO원 2017.4.21. 서울회생법원 회생계획 신주발행 2017.5.11. 등기 (나) 청구법인은 2017.4.26. 서울회생법원(제14부)에 2017.4.18. 인가받은 회생계획에 근거하여 회생(담보)채권금액 전부에 대하여 출자전환한 후 구주주 주식과 합하여 무상소각하는 주주의 권리변동 및 신주발행 허가를 신청하였고, 서울회생법원은 2017.4.27. 위 신청을 허가하였으며, 그 무렵 청구법인은 회생(담보)채권에 대한 변제를 완료하였다. (다) 행정안전부는 2015.12.31. ‘법원촉탁으로 인한 등록면허세 비과세 대상’을 규정하는 지방세법제26조 제1항 제2호를 아래와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 법원촉탁에 따른 비과세는 신속한 정리절차의 수행을 지원하기 위해 정리절차 관련 등록면허세를 비과세하고자 한 것임에도, 정리절차가 아닌 자본증자등기, 회사의 합병등기와 같은 실질적 재산권변동 등기까지 비과세하는 것은 취지에 불부합함에 따라, 회사정리에 관한 법원촉탁에 따른 비과세 대상을 회사정리절차에 관한 것으로만 한정토록 관련규정을 개정한 것이라고 밝히고 있다. 개 정 전 개 정 후 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.
1. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록 제26조(비과세) ② ＜좌 동＞
------------------. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다. ＜2015.12.31. 지방세법상 등록면허세 개정사항＞
(2) 지방세기본법제2조 제1항 제4호에서 “지방세관계법”이란 지방세징수법,지방세법,지방세특례제한법,조세특례제한법및제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제3조에서 지방세에 관하여 지방세관계법에 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 법 제4조에서 지방자치단체는 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 지방세의 과세권을 갖는다고 규정하고 있다. 또한,지방세기본법제38조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제19조 제1항 제1호에서 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날부터 7년이 되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고,지방세법제30조 제1항에서 등록(등기)을 하려는 자는 그 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액을 등록(등기)을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 지방세법제24조 제1호에서 등록을 하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제2항 제1호에서 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대하여는 등록면허세를 비과세 하되, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기에 대하여는 등록면허세 비과세 대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 한편,채무자 회생 및 파산에 관한 법률제23조 제1항 본문 및 제4호에서 법인인 채무자에 대하여 신주 발행 등의 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제25조 제1항에서 등기소는 제23조의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 회생계획에 따라 출자전환으로 신주발행한 자본증가 등기에 대해 이 건 등록면허세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 법인회생 절차 과정에서 증자 또는 출자전환에 따른 등록면허세 과세와 관련하여 법률간 충돌이 있는 경우 그 등록면허세의 과세 여부는지방세법제26조 제1항 제1호에 따라 판단하여야 하고,채무자 회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항은 등록면허세의 면제 또는 비과세의 근거가 될 수 없다고 보는 것이지방세기본법제3조 및 제4조의 입법 목적에 부합한다고 할 것인 점, 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대하여 등록면허세(구 등록세)를 비과세하는 규정은 1976.12.31.지방세법에 도입된 이래 계속하여지방세법에 따라 규율되어 왔으므로채무자 회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항은지방세법에서 정한 등록면허세 비과세 조항을 주의적으로 규정한 것으로 보이는 점, 지방세법제26조 제2항 제1호와채무자 회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항은 모두 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대한 과세 여부를 규정하고 있으므로채무자 회생 및 파산에 관한 법률제25조 제4항이지방세법제26조 제2항 제1호에 대한 특별법에 해당된다고 보기는 어려운 점(서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누362 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 등기에 대한 등록면허세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2023지3794, 2023.11.30., 참조). 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점가산세를 포함하여 이 건 등록면허세 등을 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다 할 것인바(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결, 같은 뜻임), 이 건 등기와 관련하여지방세법과채무자회생 및 파산에 관한 법률에서 등록면허세 과세여부를 서로 달리 정하고 있어 청구법인의 입장에서는채무자회생 및 파산에 관한 법률에 따라 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하지 않은 것이라고 할 것이고, 동일한 등기행위에 대해 개별 법률에서 과세여부를 서로 달리 정하고 있는 이상 납세자가 양 법률 규정 모두를 사전에 인지하고 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하는 것을 기대하는 것이 무리가 있다고 할 것이다(조심 2023지3724, 2023.11.30., 참조). 따라서, 청구법인이 이 건 등록면허세를 신고ㆍ납부하지 않은데 에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 쟁점가산세를 포함하여 이 건 등록면허세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 (2018.12.14. 법률 제16039호로 일부개정) 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우: 7년 제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 지방세법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 지방세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 "기한후신고서"라 한다)를 제출할 수 있다.
② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.
③ 제1항에 따라 기한후신고서를 제출받은 지방자치단체의 장은 지방세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다. 제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제55(납부불성실 가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다. (2)지방세기본법 시행령(2022.6.7. 법률 제32655호로 일부개정) 제19조(부과 제척기간의 기산일) ① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우: 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다.
(3) 지방세법 (2018.12.31. 법률 제16194호로 일부개정) 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다
1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.
1. 등록을 하는 자 제25조(납세지) ① 등기 또는 등록에 대한 등록면허세의 납세지는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
6. 법인 등기: 등기에 관련되는 본점ㆍ지점 또는 주사무소ㆍ분사무소 등의 소재지 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기ㆍ등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.
1. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.
6. 법인 등기
1. 생략
2. 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4 제30조(신고 및 납부) ① 등록을 하려는 자는 제27조에 따른 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 제32조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록면허세 납세의무자가 제30조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제27조 및 제28조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
(4) 지방세법 시행령 (2019.4.2. 대통령령 제29677호로 일부개정) 제48조(신고 및 납부기한 등) ① 법 제30조 제1항에서 “등록을 하기 전까지”란 등기 또는 등록 신청서를 등기ㆍ등록관서에 접수하는 날까지를 말한다. 다만, 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권 및 상표권의 등록에 대한 등록면허세의 경우에는 특허법, 실용신안법, 디자인보호법 및 상표법에 따른 특허료ㆍ등록료 및 수수료의 납부기한까지를 말한다. 제49조(등록면허세 납부 확인 등) ① 납세자는 등기 또는 등록하려는 때에는 등기 또는 등록 신청서에 등록면허세 영수필 통지서(등기ㆍ등록관서의 시ㆍ군ㆍ구 통보용) 1부와 등록면허세 영수필 확인서 1부를 첨부하여야 한다. 다만, 전자정부법 제36조 제1항에 따라 행정기관 간에 등록면허세 납부사실을 전자적으로 확인할 수 있는 경우에는 그러하지 아니하다 제49조의2(촉탁등기에 따른 등록면허세 납부영수증서의 처리) ① 국가기관 또는 지방자치단체는 등기ㆍ가등기 또는 등록ㆍ가등록을 등기ㆍ등록관서에 촉탁하려는 경우에는 등록면허세를 납부하여야 할 납세자에게 제48조 제5항에 따른 등록면허세 영수필 통지서(등기ㆍ등록관서의 시ㆍ군ㆍ구 통보용) 1부와 등록면허세 영수필 확인서 1부를 제출하게 하고, 촉탁서에 이를 첨부하여 등기ㆍ등록관서에 송부하여야 한다. 다만, 전자정부법 제36조 제1항에 따라 행정기관 간에 등록면허세 납부사실을 전자적으로 확인할 수 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
(5) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 일부개정) 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다. (6)채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2018.6.13. 법률 제15158호로 일부개정) 제23조(법인에 관한 등기의 촉탁) ① 법인인 채무자에 대하여 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.
4. 제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우 제25조(등기소의 직무 및 등록세 면제) ① 등기소는 제23조 또는 제24조의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다.
② ③생략
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 제206조(주식회사 또는 유한회사의 신주발행) ① 주식회사인 채무자가 회생채권자ㆍ회생담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하지 아니하고 신주를 발행하는 때에는 회생계획에 다음 각호의 사항을 정하여야 한다.
1. 신주의 종류와 수
2. 신주의 배정에 관한 사항
3. 신주의 발행으로 인하여 증가하게 되는 자본과 준비금의 액
4. 신주의 발행으로 감소하게 되는 부채액
② 주식회사인 채무자가 회생채권자ㆍ회생담보권자 또는 주주로 하여금 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하고 신주를 발행하는 때에는 회생계획에 다음 각호의 사항을 정하여야 한다.
1. 제1항 제1호 및 제3호의 사항
2. 납입금액 그 밖에 신주의 배정에 관한 사항과 신주의 납입기일
3. 새로 현물출자를 하는 자가 있는 때에는 그 자, 출자의 목적인 재산, 그 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수 제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례) ① 제206조 제2항ㆍ제3항의 규정에 의하여 회생계획에서 채무자가 신주를 발행할 것을 정한 때에는 회생계획에 의하여 신주를 발행할 수 있다.