쟁점건물의 취득에 대해 구「지방세특례제한법」부칙 제17조 제1항에 따라 최소납부세제의 적용을 배제할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2023지0407 / 조심2022지0131

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 인천광역시 미추홀구 OOO 일대 주택재개발정비사업을 목적으로 설립된 후, 2010.1.8. 사업시행계획 인가를, 2017.11.13. 관리처분계획 인가를, 2023.2.24. 준공인가를 받아 OOO 2,054세대 및 상가를 취득하였다.
• 나. 청구인은 2023.4.21. 처분청에 위 건축물 중 일반분양분 공동주택 1,346세대에 대하여는 구 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세특례제한법”이라 한다) 제74조 제1항 본문에 따른 “사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지”에 대한 취득세 면제 및 제177조의2 제1항에 따른 지방세 감면 특례의 제한(이하 “최소납부세제”라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을, 상가 2개호수 근린생활시설(이하 위 일반분양분 공동주택 1,346세대와 합하여 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여는 위 각 규정을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
• 다. 청구인은 2023.5.9. 처분청에 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 “개정지방세특례제한법”이라 한다)의 부칙 제17조 제1항에 따라 쟁점건축물의 취득에 대한 최소납부세제의 적용이 배제되어야 한다고 주장하며 앞서 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.7.7. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 개정지방세특례제한법제74조 제3항은 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하면서, 그 부칙 제17조 제1항에서 “2020년 1월 1일 전에 도시개발법제17조에 따른 실시계획인가를 받거나 도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다”고 규정하고 있다. 처분청은 청구인이 쟁점건축물을 2020.1.1. 이후 취득(사용승인) 하였으므로 최소납부세제의 적용대상이라고 보았으나, 똑같이 2020.1.1. 이전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 공동주택 등에 대하여 이를 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 것과 2020.1.1. 이전 사용승인을 받은 것으로 나누어 합리적 이유 없이 차별하는 것은 조세형평에 어긋나므로, 2020.1.1. 이전에 사업시행계획 인가를 받은 쟁점건축물에 대하여도 그 취득세 전액을 면제하여야 한다. 한편 종전 규정을 적용한다는 경과규정이 없음에도 불구하고 헌법상 조세평등의 원칙에 따라 구법을 적용하여 최소납부세제의 적용을 배제해야 한다는 대법원의 판결(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)과 주택재개발사업에 따라 신축한 공동주택 등의 착공시기가 최소납부세제 시행 이전인 경우 일반적 경과규정에 따라 최소납부세제는 배제되어야 한다는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.) 등을 볼 때, 쟁점건축물에 대하여는 최소납부세액을 부과하지 않는 것이 타당하다. 나아가 청구인으로서는 최소납부세제를 규정한 지방세특례제한법제177조의2 규정이 계속하여 개정(배제 기간의 연장, 중단, 단축)됨에 따라 향후 쟁점건축물에 대해 최소납부세제가 적용될 것이라고 예측할 수 없었는바, 이와 같은 청구인의 사정을 고려할 때 처분청이 기 납부한 취득세 등의 환급을 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 개정지방세특례제한법제74조 제3항은 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 시행으로 취득하는 체비지에 대해서는 취득세의 100분 75를 경감한다고 규정하고 있으나, 그 부칙에서 2020.1.1. 이전에 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 법령에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있다. 청구인은 2020.1.1. 이전에 사업시행계획 인가를 받았으나, 2020.1.1. 이후 쟁점건축물을 취득하였으므로, 위 부칙 규정에 따라 구지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세의 면제 및 177조의2 제1항 제2호에 따른 최소납부세제 적용 대상에 해당한다. 한편 청구인이 사례로 들고 있는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.)은 공동주택 등의 원인행위(착공) 당시 시행 중인 지방세특례제한법에 따라 최소납부세제를 적용하여야 한다는 취지의 결정으로, 쟁점건축물의 취득에 대한 개정 지방세특례제한법의 부칙 제17조 제1항 및 구지방세특례제한법제74조 제1항의 적용이 문제되는 이 사건 심판청구와는 그 사실관계 및 쟁점이 다르다 할 것이므로 처분청이 청구인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점건물의 취득에 대해 구지방세특례제한법부칙 제17조 제1항에 따라 최소납부세제의 적용을 배제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 인천광역시 미추홀구 OOO번지 일대 주택재개발정비사업을 목적으로 설립된 후 2010.1.8. 사업시행계획 인가를 받았고, 2023.2.24. 쟁점건축물에 대한 준공인가를 받아 이를 취득하였다. (나) 도시개발사업의 사업시행자가 해당 사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대한 취득세 감면을 규정한 지방세특례제한법제74조 및 최소납부세제에 관한 제177조의2 개정 내역을 요약하면 아래와 같다. ＜표＞ 지방세특례제한법제74조 및 제177조의2 개정내역 시행일 조항 개정내용 2015.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조의2(신설)

○ 제74조에 따른 감면 시 최소납부세제 적용 배제 2016.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조2 제1항 제2호

○ 제74조에 따른 감면 시에도 최소납부세제 적용

• 다만, 제74조 제1항·제2항은 2020.1.1.부터 적용하도록 함 (부칙 제5조 제3호) 2020.1.15. 제74조 제1항(개정) 제74조 제3항(신설)

○ 도시개발사업의 사업시행자가 취득하는 체비지 및 보류지 관련 취득세 감면 내용을 제74조 제1항에서 제3항으로 이관하고, 취득세를 면제에서 75% 감면으로 하향 조정함

○ 다만, 2020.1.1. 이전에 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 종전의 제74조 제1항을 적용하여 취득세를 면제함(부칙 제17조 제1항)

• 제74조 제1항에 대해 최소납부세제 시행 제177조2 제1항 제2호(개정 없음)

○ 종전과 동일하게 제74조에 따른 취득세 감면 시에도 최소납부세제 적용하도록 규정 2022.1.1. 제177조2 제1항 제2호 (개정)

○ 제74조 제1항에 따른 감면 시 최소납부세제 적용 배제

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 개정 지방세특례제한법제74조 제3항은 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하면서, 그 부칙 제17조 제1항에서 “2020년 1월 1일 전에 도시개발법제17조에 따른 실시계획인가를 받거나 도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다”고 규정하고 있다. 또한, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된지방세특례제한법제177조의2 제1항 및 같은 법 부칙 제5조 제3호를 종합하면, 동법 제74조 제1항에 따라 취득세를 면제받는 경우 2020.1.1.부터 최소납부세제를 적용하는 것으로 규정하고 있다. 청구인은 2020.1.1. 이전 사업시행계획 인가를 받고, 2020.1.1. 이후인 2023.2.24.에 쟁점건축물을 취득하였으므로 개정 지방세특례제한법의 부칙 제17조 제1항이 정한 바와 같이 구지방세특례제한법제74조 제1항이 적용되고, 해당 구법 규정에 따라 그 취득세가 면제되는 이상 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된지방세특례제한법제177조의2 제1항 및 같은 법 부칙 제5조 제3호에 따라 최소납부세제 역시 적용된다고 보아야 한다. 개정 지방세특례제한법의 부칙에서 청구인의 쟁점건축물 취득과 같은 재개발사업시행자의 체비지 또는 보류지 취득에 대해 최소납부세액을 부과하지 않는다거나 그 적용을 유예한다고 규정하지 않은 점, 취득세는 취득 당시의 사실상 현황과 법령에 따라 부과하는 것이므로 신축 건축물의 착공시기가 비슷하다 하더라도 취득시기가 다르다면 서로 다른 법령을 적용할 수 있는 것이고 이를 합리적 이유가 없는 차별이라고 할 수 없는 점, 지방세특례제한법제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된지방세특례제한법에 따라 예정된 것으로 청구법인은 쟁점건축물의 취득에 대한 최소납부세제의 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점, 나아가지방세특례제한법제177조의2 규정이 2016.1.1. 최초 시행된 이후 여러 차례 개정되며 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나, 이는 입법자의 고유 권한으로 납세자가 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어 쟁점건축물의 취득은 최소납부세제 적용대상이라 할 것이므로, 같은 취지에서 이루어진 처분청의 경정거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①도시개발법에 따른 도시개발사업과도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①도시개발법제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과도시 및 주거환경정비법제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조 제1항, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(3) 지방세특례제한법 부칙(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제5조[지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례] 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

3. 제74조 제1항ㆍ제2항: 2020년 1월 1일

4. 제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2016년 1월 1일

(4) 지방세특례제한법 부칙(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제17조[도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치] ① 2020년 1월 1일 전에도시개발법제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다.