이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017사업연도 법인지방소득세를 법정기한 내에 신고하면서 2013사업연도에 발생한 생산성향상투자세액(이월세액)을 공제하지 아니하고 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)을 처분청들에게 각각 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2023.4.29. 처분청들에게 2017년도 법인세를 신고하면서 2013사업연도에 이월된 생산성향상투자세액 OOO원을 공제하였으므로 이 건 지방소득세에서도 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 이월공제세액으로 보아 차감하여야 한다는 취지로 ＜별지1＞과 같이 이 건 지방소득세 경정청구를 하였으나, 처분청들은 이를 각각 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.15. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2014.1.1. 법률 제12153호에 의해 지방세법이 개정되기 전조세특례제한법이 정한 세액공제요건을 충족하여 공제대상으로 확정되어 세액공제를 신청하였으나 최저한세의 적용 등으로 공제시기가 다음 사업연도 이후로 이월되었고,지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것, 이하 “개정 후 법률”이라 하고, 2014.1.1. 개정 전 법률을 이하 “종전 법률”이라 한다)이 개정되지 않았다면 세액공제를 신청한 사업연도 이후 5년 이내에 법인지방소득세 신고시 세액공제로 인한 효과가 반영되었을 것이다. 청구법인은 세액공제(생산성향상시설 투자 등) 대상이 되는 비용을 지출한 2013 사업연도 당시 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하여 산출된다는 종전 법률을 신뢰하였고,조세특례제한법제144조에 따라 투자세액공제의 혜택이 지출한 사업연도가 아니더라도 이월된 세액공제의 효과를 누릴 수 있고 투자세액공제의 효력이 당연히 법인세액에 부가적으로 과세되는 법인지방소득세에도 미친다는 사실을 신뢰하였다. 청구법인이 지출한 생산성향상시설 투자 등은 모두 국가경쟁력 확보, 고용창출의 달성 등 공익에 기여하는 비용에 해당하고, 청구법인은 생산성향상시설 투자 등을 지출할 당시 법인지방소득세를 감면받을 것을 신뢰하였으므로 개정후법률 부칙 제15조의 경과규정을 적용하여 법인지방소득세 감면의 효력을 계속하여 유지시켜주는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 법인지방소득세에 관하여 이 건 세액공제 및 이월공제 효과가 발생한 것은 개정 전지방세법에서 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 하는 산정방식을 채택하였기 때문에 발생한 반사적 이익에 불과할 뿐(대전고등법원 2020.5.27. 선고 2019누1679 판결 외 다수, 같은 뜻임), 이를 넘어 법인지방소득세가조세특례제한법에 정한 세액공제 및 감면 규정의 직접 적용을 받음으로써 조세를 감면받았다고 보기 어려우므로, 쟁점세액공제가 개정 후 법률 부칙 제15조에서 정한 ‘감면하였거나 감면하여야 할 지방세’에 해당한다고 볼 수는 없다. 또한 법인지방소득세에 관한 세액공제 및 이월공제 규정은 종전 법률이 아닌조세특례제한법에 각각 규정되어 있어 이를 개정 후 법률 부칙 제15조에서 정한 ‘종전의 규정’에 해당한다고 보기 어렵고,지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호에 의해 개정된 것)에서도 이에 대하여 별도로 정한바 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전지방세법의 적용을 전제로 하여조세특례제한법상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017사업연도에 OOO원을 이월 공제하여 법인세를 신고·납부하였으므로 이 건 지방소득세에서도 쟁점세액을 공제하여야 한다고 주장한다. (나) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 지방소득세의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 이 건 지방소득세 경정청구 내역 (단위: 원) OOO ＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제91조[신고납부] ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. (단서 생략) 제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법 인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,조세특례제한법제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

(3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제2조[일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제3조[지방세 특례의 제한] ① 이 법,지방세법및조세특례제한법에 따르지 아니하고는지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다. 제174조[세액공제액의 이월공제] ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조 제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(조세특례제한법제126조의6을 적용하는 경우에는소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.

(5) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제24조[생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제] ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제132조[최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 16[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액 제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.