[참조결정] 조심2023지4193 / 조심2008지0321
[주 문] 경상남도 함안군수가 2023.6.22. 청구법인에게 한 ＜별지1＞ 기재와 같은 등록면허세 등 부과처분은 가산세를 취소하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2005.11.2. 경상남도 창원시 OOO에서 비동력식 수공구 제조업을 주업종으로 하여 설립된 법인으로, 창원지방법원 OOO 회생 사건에서 2018.10.31. 회생절차개시 결정을 받고, 2019.4.22. 회생계획인가 결정을 받았으며, 이에 따라 신주(1주당 액면가 OOO원) OOO주 및 OOO주를 발행(이하 “이 건 신주발행”이라 한다)하였으며, 2019.5.21.자로 이 건 신주발행에 따른 등기(이하 “이 건 등기”라 한다)가 이루어졌다.
- 나. 처분청은 2023.6.22. 이 건 등기를 등록면허세 과세대상으로 보아 청구법인에게 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지(상세내역은 ＜별지1＞ 기재)하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 등록면허세 등 부과처분은 다음과 같이 위법한 처분이므로 취소되어야 한다. (가) 개정된 지방세법제26조 제2항에 따른 부칙 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 적용례, 이하 “이 건 부칙”이라 한다)에 따라 등록면허세는 비과세되어야 한다.
1. 2023.12.29. 법률 제19860호로 지방세법이 개정되면서 신설된 이 건 부칙은 “제26조 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 “채무자회생법”이라 한다)에 따라 법원이 촉탁하여 등기 또는 등록을 하였으나 이 법 시행 당시 같은 법에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우에도 적용한다”고 규정하고 있다.
2. 청구법인의 경우 2023.12.31. 기말 기준으로 미변제 채권액이 여전히 존재하고, 채권변제가 실제로 진행 중에 있으므로 위 부칙의 적용 대상이라고 할 것이다.
3. 다만, 청구법인의 경우 회생계획에 따라 AAA합자회사(이하 “AAA”라 한다)로부터 신주발행 및 채권을 발행하는 방법으로 자금(OOO원)을 조달하여 회생채권자에 대한 채무를 모두 변제하였고, 현재 AAA에 대한 채무를 변제중이다. 그러나 이는 회생계획에 따라 회생채권자에 대한 채무를 변제하는 것과 다르지 않다 할 것이므로, 청구법인은 여전히 회생계획을 수행 중인 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. (나) 채무자회생법은 타법에 우선하는 특별법적 지위를 지니므로 회생절차 진행에 따른 유상증자 시 법원 촉탁으로 인한 등기에 대해서는 지방세법제26조 제2항 제1호 단서 규정(이하 “이 건 단서규정”이라 한다)에도 불구하고 비과세가 적용되어야 한다.
1. 2015.12.29. 지방세법 개정으로 이 건 단서규정이 추가되기 전까지, 1976.12.31. 지방세법에서 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대하여 등록면허세를 비과세하는 규정이 신설되어 약 40년간 유지되어 왔음에도 불구하고, 채무자회생법 제25조 및 “채무자회생법에 따른 법인등기 사무처리지침”(이하 “이 건 등기지침”이라 한다) 제8조에서는 2005.3.31. 법원의 촉탁으로 인한 유상증자 관련 등기에 대하여 비과세 규정을 신설하였으며 현재까지도 해당 규정이 유지되고 있다.
2. 이처럼 기존 지방세법에 이미 비과세 조항이 있음에도 불구하고 2005년에 채무자회생법에 별도로 등록면허세 비과세 규정을 신설한 것은 회생절차가 재정적 어려움으로 인하여 파탄에 직면해 있는 채무자에 대하여 이해관계인의 법률관계를 조정하여 사업의 효율적인 회생을 도모하기 위한 제도이므로 회생과정에서 과도한 조세채무가 발생하게 되면 채무자의 성공적인 회생에 장애요소로 작용하는 것임을 고려하여, 회생법인의 경우 타법에 우선하여 채무자회생법을 적용하도록 하는 데에 그 목적이 있다.
3. 특히 청구법인과 같이 채무자회생법에 의한 회생절차개시결정이 있은 때에는 회사사업의 경영과 재산의 관리처분권은 관리인에 전속하고, 이 건 등기지침 제3조 제1항에 따라 당사자의 등기 신청은 수리될 수 없으며, 법원의 촉탁에 의해서만 등기 신청이 가능한 것과 같이 회생 중인 법인의 여러 활동은 법원에 의해 관리되고 구속되는 것이므로, 채무자회생법 제25조 제4항 및 이 건 등기지침 제8조에 법원의 촉탁 등기에 대하여 등록면허세를 비과세한다고 명시적으로 규정되어 있다면 회생법인은 이 건 단서규정에도 불구하고 채무자회생법을 우선적으로 적용하여 등록면허세를 비과세함이 타당하다. (다) 이 건 단서규정의 시행시기인 2016.1.1. 이후에도 채무자회생법 및 이 건 등기지침에서는 여전히 등록면허세를 비과세로 규정하였고, 법원 및 등기소에서도 이를 비과세로 처리하고 있으므로 비과세 관행이 유지되고 있다고 봄이 타당하다.
1. 이 건과 관련한 촉탁 등기절차를 살펴보면, 2015.12.29. 지방세법이 개정되면서 지방세법이 비과세 적용을 배제할 것이라고 이 건 단서규정을 추가하였음에도 불구하고 법원에서 촉탁 등기 시 등록면허세 비과세 대상으로 신청서를 작성하고 등기소는 이를 그대로 수리하였고, 지방세법 시행령 제49조의2 및 제50조에 따라 등기소에서는 등록면허세 납부 영수필 통지서를 확인하여야 하고 등록면허세가 납부되지 않았거나 부족액을 발견한 경우에는 납세지 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 해당 내용을 통보해야 하나, 법원과 등기소는 모두 등록면허세 비과세로 보아 납세지 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 등록면허세가 미납 또는 부족액을 통보한 사실이 확인되지 아니한다.
2. 또한 지방세기본법 제20조 제3항은 지방세기본법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고, 대법원은 일단 성립한 비과세관행이 더 이상 유효하지 아니하다고 하기 위해서는 종전의 비과세관행을 시정하여 앞으로 당해 과세물건에 대하여 과세하겠다는 과세관청의 확정적인 의사가 표시되어야 하며, 공적 견해의 표명으로서 그로 인하여 납세자가 더 이상 종전의 비과세관행을 신뢰하는 것이 무리라고 여겨질 정도에 이르러야 하는 것(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35602 판결)이라고 판시한 바 있다.
3. 이 건의 경우 2015.12.29. 지방세법이 개정되기 전까지 약 40여 년간 등록면허세 비과세 규정이 유지되어 왔고, 등록면허세 비과세와 관련하여 2009년 행정안전부에서 비과세 대상을 한정하지 아니한다고 한 해석(지방세운영과-2900, 2009.7.20., 지방세운영과-3093, 2009.8.3., 지방세운영과-3638, 2009.9.8. 등) 이래로 반대되는 해석이 없었던 점, 법원에서 촉탁등기시 등록면허세를 비과세 대상으로 하여 신청서를 작성하고 등기소는 이를 그대로 수리하여 온 점, 지방세법 개정 후 얼마 지나지 아니하여 진행된 소송에서 회생절차 진행 시 유상증자에 따른 촉탁 등기에 대해 이 건 단서규정에 따라 등록면허세 과세대상이라고 판단(춘천지방법원 2017.3.31. 선고 2016구합51526 판결)하였음에도 불구하고 처분청을 포함한 과세관청에서는 6년여가 지난 2023년 8월 전까지 등록면허세를 부과하지 아니하였던 점 등을 종합하여 볼 때, 법원의 촉탁으로 유상증자 관련 등기에 대하여 비과세관행이 유지되고 있다고 봄이 타당하다.
4. 즉, 현재까지 특별법인 채무자회생법에서 법원 촉탁에 따른 등록세를 비과세로 규정하고 있는 점, 이 건 단서규정에도 불구하고 회생법인에 대해 등록면허세 부과를 시작한 2023년 8월까지 처분청은 종전 비과세관행에 대해 별도의 공적 견해를 표명하지 아니한 점 및 기타 제반 상황을 고려할 때, 법원의 촉탁으로 유상증자와 관련한 등기를 완료한 청구법인에게는 특별법인 채무자회생법과 종전의 비과세 관행에 따라 등록면허세를 비과세함이 타당하다.
(2) 설령 등록면허세 부과가 적법하다 할지라도, 청구법인에게는 등록면허세를 신고·납부할 수 없었던 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과는 부당하다. (가) 이 건 등기지침 제3조는 회생절차와 관련하여 법원의 등기 촉탁이 있는 때에는 관할등기소의 등기관은 이를 수리하여 그에 따른 등기를 하여야 하고, 당사자가 이러한 등기를 신청한 경우에는 이를 수리하여서는 아니된다고 규정되어 있으며, 지방세법 시행령 제49조의2는 촉탁등기의 경우 납세자가 등기절차에 관여하여 등록면허세를 신고할 수 없으므로 국가기관등이 납세자에게 등록면허세를 납부하도록 하여 납부영수증을 촉탁서에 첨부하여 등록관서에 송부하여야 한다고 규정되어 있는바, 납세의무자는 등록면허세 신고 절차에 관여할 수 없다. (나) 이 건의 경우 청구법인은 2018.3.5. 서울회생법원으로부터 회생절차 개시결정을 받고, 2018.4.20. 인가받은 회생계획안에 따라 법원사무관에 의해 촉탁등기 신청서가 작성되었으며, 법원사무관은 등록면허세 비과세 대상이라는 점을 포함하여 등기소에 제출하였고, 등기소에서 그대로 수리되어 2018.5.8. 등기가 완료되었으며 이 과정에서 납세자에게 등록면허세를 납부하도록 안내한 바도 없을 뿐더러, 등록관서에서도 등록면허세 부족분등이 있는 경우 지방세법 시행령 제50조에 따라 시장·군수·구청장에게 관련 자료를 통보하도록 하고 있음에도 불구하고 이 등기에 대한 등록면허세를 비과세로 보아 등록면허세 부족분 등을 시장·군수·구청장에게 통보한 사실이 없다. (다) 또한, 2023.8.17. 법무부와 행정안전부가 발표한 채무자회생법 및 지방세법 일부개정안 입법예고에서는 회생절차시 등록면허세 과세 여부에 관한 채무자회생법 및 지방세법 사이의 충돌을 바로 잡기 위하여 현재 채무자회생법에 규정되어 있는 등록면허세 비과세 규정을 삭제하는 대신 지방세법에 회생절차에 따른 증자등기에 대한 등록면허세 비과세 규정을 두도록 한다고 밝히고 있다. (라) 이처럼 회생절차 시 등록면허세 비과세와 관련된 두 법이 상충된 규정을 두고 있어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 상황에서, 청구법인이 관여할 수도 없는 법원의 촉탁 등기 과정에서 법원이 청구법인에게 사전에 등록면허세를 납부에 대해 통보하지도 아니하였음이 확인되는 이상, 청구법인에게 등록면허세 신고납부 이행을 기대하는 것은 무리라 할 것이므로(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결, 조심 2008지321, 2008.9.25.), 청구법인이 신고납부 의무를 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것인바 가산세를 부과한 처분은 위법하다.
(1) 이 건 등록면허세 등 부과처분은 다음과 같은 사정을 고려하면 적법한 부과처분에 해당한다. (가) 청구법인은 이 건 부칙의 적용대상으로 볼 수 없다.
1. 청구법인의 회생계획에 따르면 청구법인은 아래와 같이 회생계획 인가일 이후 30일 이내에 회생채권자들에 대한 채무를 모두 변제하는 것으로 되어 있다. 즉 회생계획은 위 채무를 변제하는 것으로 모두 종결된다. ＜청구법인 회생계획안 내용 중 발췌＞ 제3장 회생담보권 및 회생채권에 대한 권리변경과 변제방법 제1절 총칙
1. 용어의 정의 (중략)
2. 변제기일
(1) 이 회생계획에 별도의 정함이 있는 경우를 제외하고는 본 회생계획안에 대한 인가일 이후 30일 이내로서 관리인이 법원의 허가를 얻어 정한 날을 말합니다.
(2) 부인의 소가 승소 확정된 후 회생계획안 배분율에 의하여 환가 즉시 지급합니다.
2. 즉 청구법인은 회생계획에 따라 회생채권을 모두 변제함으로써 회생계획이 종결되었다 할 것이고, 위 변제자금을 확보하기 위하여 유람코로부터 OOO원을 조달하였고 현재 이를 변제하고 있다 하더라도, 이는 회생계획에 따른 변제가 아닌 별개의 채무를 변제하고 있는 것에 불과하다 할 것이다.
3. 따라서 2024.1.1. 당시 회생채권을 모두 변제하여 회생계획이 종결된 청구법인의 경우에는 이 건 부칙 적용대상이 아니라 할 것이므로, 이 건 부칙에 따라 등록면허세 등 부과처분을 취소해달라는 청구주장은 받아들일 수 없다. (나) 지방세법과 채무자회생법에서 회생기업의 출자전환 시 등록면허세 과세여부가 충돌하고 있으나, 하급심 판례에서는 이에 대하여 지방세법 제26조 제1항 제1호에 따라 판단하여야 한다고 하면서, 지방세특례제한법 제3조 제1항은 지방세특례제한법, 지방세기본법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있으므로 채무자회생법 제25조 제4항이 등록면허세 면제의 근거가 될 수 없다고 판단한 바 있다(춘천지방법원 2017.3.31. 선고 2016구합51526 판결, 같은 뜻임). 또한, 청구법인은 회생계획인가결정에 따라 청구법인의 채무를 자사주로 출자전환함으로써 법인등기부등본상 자본금이 증가한 등기행위 사실이 존재하므로 이를 지방세법상 과세대상으로 삼는 것이 등록면허세 본질에 어긋난다고 할 수 없다(춘천지방법원 2017.3.31. 선고 2016구합51526 판결, 같은 뜻임). (다) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고‧납부 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 무지‧착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결, 같은 뜻임). 청구법인의 경우 무지에 따른 미신고는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 부칙에 따라 청구법인에게도 2023.12.29. 개정된 지방세법제26조 제2항 제1호가 적용되므로, 청구법인에게는 등록면허세 납세의무가 존재하지 않는다는 청구주장의 당부
② 채무자회생법에 따라 회생과정에서 신주를 발행하는 경우에는 등록면허세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부
③ 비과세관행이 존재한다는 청구주장의 당부
④ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 등: ＜별지2＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 창원지방법원 OOO 사건의 2019.4.22. 회생계획인가 결정에 따라 이 건 신주발행 및 이 건 등기를 하였으나, 이 건 등기에 따른 등록면허세 등을 신고·납부하지 아니하였고, 이에 따라 처분청은 2023.6.22. 청구법인에게 이 건 등록면허세 등을 부과·고지하였다. (나) 창원지방법원 OOO 사건과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인의 법인등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2018.10.31. 회생절차개시결정을 받고, 2019.4.22. 회생계획인가 결정을 받았으며, 2019.6.3. 회생절차가 종결된 것으로 나타난다.
2. 창원지방법원이 인가한 청구법인의 회생계획에 따르면, “원금 및 개시전이자의 17.5%를 인가일로부터 30일 이내 법원의 허가를 득하여 변제하고, 나머지 82.5%는 제7장 제3절 ‘출자전환에 따른 신주 발행’에서 정하는 바에 따라 출자전환합니다”라고 기재되어 있다.
3. 청구법인이 제출한 회생채권 상환확인증에 의하면 2019.5.22. 회생채권을 모두 변제한 것으로 나타난다.
4. 이 건 등기는 청구법인의 기업회생절차에서 법원 촉탁에 의해 이루어진 등기로 확인된다. (다) 청구법인은 회생계획이 여전히 진행 중인 것으로 보아야 한다고 주장하며, 다음과 같은 증빙을 제시하였다.
1. 청구법인과 AAA 사이에 2019년 4월에 체결된 조건부 투자계약서에 따르면 청구법인은 AAA에게 신주(OOO만원 1주당 OOO원, 총 발행주식 수는 OOO주) 및 회사채(OOO원, 2년 만기, 표면금리 8%)를 발행하고 OOO원을 조달하기로 계약을 체결한 것으로 나타난다.
2. 청구법인의 AAA 사채 거래처 원장 기재 내용에 따르면, 2023.12.31. 현재 청구법인의 AAA에 대한 사채 잔액은 OOO원으로 나타난다.
3. 청구법인의 AAA 사채 미지급비용 거래처 원장 기재 내용에 따르면, 2023.12.31. 현재 청구법인의 미지급이자는 OOO원으로 나타난다.
4. 청구법인은 현재까지 AAA에게 발행한 회사채 이자를 현재도 변제 중이라고 주장하며, 2020년경 AAA에게 이자 OOO원을 지급한 내역을 증빙으로 제시하였다.
(2) 기업회생절차에서 이루어지는 법원촉탁등기에 대한 등록면허세 과세 여부와 관련된지방세법의 개정 경과내역 등은 다음과 같다. (가) 1976.12.31. 법률 제2945호로 개정된지방세법은 제126조 제3호에서 “등기기관의 직권등기”를 등록세 비과세대상으로 처음 규정하였다(다만, 법령의 규정에 의하여 등기기관이 등기신청 또는 촉탁에 의한 등기를 하기 위하여 하는 그 전제가 되는 등기는 과세대상). (나) 이후 2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된지방세법은 제26조 제1항 제2호 단서에서 ‘촉탁등기 중 증자, 출자전환 등에 따른 등기’에 대하여 등록면허세 과세대상으로 변경하였는데, 행정안전부는 그 개정이유에 대하여 “법원촉탁에 따른 비과세는 신속한 정리절차의 수행을 지원하기 위해 정리절차 관련 등록면허세를 비과세하고자 한 것임에도, 정리절차가 아닌 자본증자등기, 회사의 합병등기와 같은 실질적 재산권변동 등기까지 비과세하는 것은 취지에 맞지 아니함에 따라, 회사정리에 관한 법원촉탁에 따른 비과세 대상을 회사정리절차에 관한 것으로만 한정토록 관련규정을 개정한 것”이라고 밝히고 있다. ＜표1＞ 2015.12.29.자 지방세법상 등록면허세 개정사항 개 정 전 개 정 후 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.
1. 회사의 정리 또는 특별정산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록 제26조(비과세) ② ＜좌 동＞
------------------. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다. (다) 2023.12.29. 법률 제19860호로 개정된지방세법은 회생절차 등에서 증자·출자전환 관련 등기에 대한 등록면허세를 다시 비과세로 규정하면서(시행시기: 2024.1.1.), 기업회생을 통한 경제 활성화 지원을 위해 부칙 제3조를 통해 회생절차·간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획·간이회생계획을 수행 중인 경우에도 비과세규정을 소급하여 적용할 수 있도록 하였다. ＜표2＞ 2023.12.29.자지방세법상 등록면허세 개정사항 개 정 전 개 정 후 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.
1. 회사의 정리 또는 특별정산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다. 제26조(비과세) ② ＜좌 동＞ 1.채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제6조 제3항, 제25조 제1항부터 제3항까지, 제26조 제1항, 같은 조 제3항, 제27조, 제76조 제4항, 제362조 제3항, 제578조의5 제3항, 제578조의8제3항 및 제578조의9 제3항 ＜부칙＞ 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 적용례) 제26조 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 법원이 촉탁하여 등기 또는 등록을 하였으나 이 법 시행 당시 같은 법에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우에도 적용한다. (라) 그러나, 위 (다) 2023.12.29.자지방세법개정 비과세규정 및 부칙에 따른 적용과정에서 실제 법원촉탁등기였으나 당시 채무자회생법에 그 근거가 없어 비과세 소급적용이 제한되는 문제가 발생하자, 입법자는 타법(채무자회생법) 개정 형식으로지방세법부칙을 다시 개정하였다. ＜표3＞ 2024.2.13.자 채무자회생법 개정에 따른 지방세법 개정사항 개 정 전 개 정 후 ＜부칙＞ 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 적용례) 제26조 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 법원이 촉탁하여 등기 또는 등록을 하였으나 이 법 시행 당시 같은 법에 따라 회생절차·간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획·간이회생계획을 수행중인 경우에도 적용한다. ＜부칙＞ 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 특례) 제26조 제2항 제1호의 개정규정 시행 당시채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우와 같은 개정규정 시행 이후 회생절차, 간이회생절차, 파산절차, 개인회생절차가 신청된 사건의 경우에는채무자 회생 및 파산에 관한 법률등에 따라 법원, 법원사무관등이 촉탁하여 이루어진 등기 또는 등록은 제26조 제2항 제1호의 개정규정에 따른 등기 또는 등록으로 본다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 현재 회생채권을 변제하기 위하여 AAA에게 발행한 채권을 변제 중이므로, 청구법인은 여전히 회생계획이 진행되고 있는 법인으로 보아야 하는바, 청구법인은 이 건 등기에도 불구하고 이 건 부칙에 따라 2023.12.29. 개정된 지방세법제26조 제2항 제1호가 적용되므로 등록면허세 납세의무가 없다고 주장한다. 그러나, 이 건 부칙은 문언상 2024.1.1. 현재 채무자회생법에 따라 회생절차·간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획·간이회생계획을 수행 중인 경우에 한하여 적용된다고 봄이 타당한 점, 청구법인의 회생계획에 따르면 청구법인은 회생계획 인가일로부터 30일 이내 법원의 허가를 득하여 회생채권자들에게 채무를 변제하도록 하면서, 그 변제자금을 AAA로부터 조달하도록 하는 내용을 담고 있을 뿐, AAA에 대한 채무변제 방법, 기간, 절차 등에 관하여는 아무런 내용을 담고 있지 아니한 점, 따라서, 청구법인이 AAA로부터 자금을 조달하여 회생채권자들에 대한 채무를 회생계획 인가결정을 받은 2019.4.22.로부터 30일이 경과한 2019.5.22.까지 모두 변제한 이상 청구법인의 회생절차는 모두 종결되었다 할 것이고, 청구법인은 2024.1.1. 현재 채무자회생법에 따라 회생절차·간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획·간이회생계획을 수행 중인 경우에 해당한다고 보기 어렵다 할 것인 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부칙 규정의 요건을 충족하지 못하여 등록면허세 비과세대상으로 보기 어려우므로, 이 부분 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 지방세법에 대한 특별법인 채무자회생법에 따라 등록면허세 납세의무가 존재하지 않는다고 주장한다. 그러나, 지방세특례제한법제3조 제1항은 이 법, 지방세기본법, 지방세법 등에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있으므로, 채무자회생법은 지방세인 등록면허세의 면제 근거가 될 수 없다고 봄이 타당한 점, 따라서 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대한 등록면허세 비과세는 지방세관계법에 따라 규율되어야 할 것인데, 이 건 단서규정은 증자에 따른 등기 또는 등록에 대해서는 등록면허세를 과세하도록 규정하고 있는 점, 위에서 살펴 본 바와 같이 청구법인에게는 이 건 부칙이 적용된다고 보기 어려운 점 등에 비추어보면, 처분청이 이 건 단서규정에 근거하여 한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다(조심 2023지4193, 2023.12.14. 같은 뜻임). (다) 다음으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 법원 촉탁에 따른 등록면허세에 관한 비과세관행이 성립하였으므로, 이 건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나, 비과세관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결, 같은 뜻임), 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결, 같은 뜻임). 그러나, 청구법인이 제출한 자료에 의하면 그동안 과세관청이 법원의 촉탁등기에 관하여 지금까지 등록면허세를 과세하지 아니한 사실은 확인된다고 할 것이나, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있었다는 사실까지 확인된다고 보기 어렵고, 이러한 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되었다고 보기는 더더욱 어렵다고 할 것인바, 이 부분 청구주장도 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (라) 마지막으로, 쟁점④에 관하여 살피건대, 처분청은 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로, 법원의 촉탁으로 인한 등기라는 사정만으로 달리 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다는 의견이다. 그러나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결, 같은 뜻임). 이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 지방세법과 채무자회생법에서 등록면허세 과세여부를 서로 달리 정하고 있어 청구법인의 입장에서는 채무자회생법에 따라 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하지 않은 것이라고 할 것이고, 동일한 등기행위에 대해 개별 법률에서 과세여부를 서로 달리 정하고 있는 이상 납세자가 양 법률 규정 모두를 사전에 인지한 후 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하는 것을 기대하는 것이 무리가 있다고 할 것이다. 따라서, 이 부분 청구주장은 이유가 있다 할 것이므로, 처분청이 이 건 처분을 하면서 가산세까지 부과한 부분은 위법한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 등록면허세 등 부과 내역
○○○ ＜별지2＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것) 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.
1. 등록을 하는 자 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기‧등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.
1. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.
6. 법인 등기
- 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인
1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만 2천 5백 원 미만인 때에는 11만 2천 5백 원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)
2. 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4 제30조(신고 및 납부) ① 등록을 하려는 자는 제27조에 따른 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 제32조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록면허세 납세의무자가 제30조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제27조 및 제28조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
(2) 지방세법(2024.2.13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것) 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기·등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다. 1.채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제6조 제3항, 제25조 제1항부터 제3항까지, 제26조 제1항, 같은 조 제3항, 제27조, 제76조 제4항, 제362조 제3항, 제578조의5 제3항, 제578조의8 제3항 및 제578조의9 제3항에 따른 등기 또는 등록
(3) 지방세법 부칙 ＜법률 제19860호, 2023.12.29.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2024년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조의3 및 제22조의2의 개정규정은 2024년 4월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 적용례) 제26조 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 법원이 촉탁하여 등기 또는 등록을 하였으나 이 법 시행 당시 같은 법에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우에도 적용한다.
(4) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024.2.13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것) 제23조(법인에 관한 등기의 촉탁) ① 법인인 채무자에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.
4. 제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우 제25조(등기소의 직무 및 등록세 면제) ① 등기소는 제23조 또는 제24조의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
(5) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024.2.13. 법률 제20264호로 개정된 것) 제23조(법인에 관한 등기의 촉탁) ① 법인인 채무자에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.
4. 제265조 및 제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우 제25조(등기소의 직무 및 등록세 면제) ① 등기소는 제23조 또는 제24조의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다.
④ 삭제 ＜2024.2.13.＞
(6) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 부칙 ＜법률 제20264호, 2024.2.13.＞ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. ＜단서 생략＞ 제2조 생략 제3조(다른 법률의 개정) 지방세법 일부를 다음과 같이 개정한다. 법률 제19860호 지방세법 일부개정법률 부칙 제3조를 다음과 같이 한다. 제3조(법원의 촉탁에 따른 등록면허세 비과세에 관한 특례) 제26조 제2항 제1호의 개정규정 시행 당시 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우와 같은 개정규정 시행 이후 회생절차, 간이회생절차, 파산절차, 개인회생절차가 신청된 사건의 경우에는 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 등에 따라 법원, 법원사무관등이 촉탁하여 이루어진 등기 또는 등록은 제26조 제2항 제1호의 개정규정에 따른 등기 또는 등록으로 본다.
(7) 채무자회생법 시행규칙(2024.3.28. 대법원규칙 제3139호로 개정되기 전의 것) 제9조(법인에 관한 등기의 촉탁) ① 법 제23조 제1항 제4호에서 규정하는 사항 이외에도 회생계획의 수행이나 법의 규정에 의하여 회생절차의 종료 전에 법인인 채무자나 신회사에 관하여 등기할 사항이 생긴 때에는 법원사무관등은 직권으로 지체없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.