청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[참조결정] 조심2022지1234

[주 문] 서울특별시 강북구청장이 2023.7.3. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.7.27. 서울특별시 강북구 OOO 외 1필지 토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고, 쟁점부동산을지방세특례제한법제31조 제1항에 따라 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택(309세대, 이하 “이 건 공동주택”이라 한다)을 건축하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았으나, 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니하여, 2022.9.6. 기 감면받은 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2년 이내 착공하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서, 2023.5.11. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.7.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.20. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조에서 공공지원민간임대주택의 의무임대기간은 8년으로 규정하였으나, 2020.8.18. 개정된 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조에서 의무임대기간을 10년으로 규정하면서, 부칙 제6조에서 임대의무기간 연장은 이 법 시행 이후 등록하는 민간임대주택부터 적용한다고 규정하였다. 청구법인은 2020.8.10.민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 시행일 전 임대사업자로 등록하였고, 2020.11.12. 서울특별시로부터 사업계획승인을 받고, 2020.12.15. 물건지를 특정하여 임대사업자등록을 변경하였다. 이 건 공동주택의 임대의무기간을 몇 년으로 보느냐에 따라 청구법인에 대한 서울특별시의 금융 지원기간이 다르게 되는데, 서울특별시 주택공급과는 개정된민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호에 따라 이 건 공동주택의 임대의무기간을 10년으로 본 반면 금융정책과는 종전과 같이 8년으로 보아, 두 부서의 의견이 첨예하게 대립함에 따라 청구법인은 국민신문고에 이에 대한 질의를 하여 2021.2.3. 국토교통부로부터 이 건 공동주택의 임대의무기간을 10년으로 보아야 한다는 답변(국토교통부 2AA-2102-017 2233)을 받았다. 한편, 서울특별시장은 2021.2.4. 청구법인에게 이 건 공동주택(청년주택)의 임대의무기간을 8년으로 보아 대출기간을 11년으로 하는 금융지원사업 추천 대상자 심의 결과(조건부 선정동의)를 통보(주택정책과-2380)하였다가 2021.3.31. 그 임대의무기간을 10년으로 보아 대출기간을 13년으로 연장하였다(주택정책과-6089). 청구법인은 서울특별시로부터 금융지원사업 추천대상자로 선정되어야만 이 건 공동주택의 신축을 위한 자금대출, 시공사 선정 및 공사도급계약을 체결할 수 있었는데, 서울특별시 관련 부서간의 이견으로 2021.2.4.에서야 1차 추천 대상(대출기간 11년) 통보를 받은 후 서울특별시장과 역세권 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약서를 체결하였고, 그 후 2021.3.31. 변경 통보(대출기간 13년)를 받았으므로 청구법인으로서는 서울특별시장의 대출 추천(신축자금)이 있기 전까지는 이 건 공동주택의 신축사업을 진행할 수 없었다 할 것이므로 이 건 부동산을 취득한 2020.7.27.부터 대출기간이 확정된 2021.3.31.까지는 쟁점부동산을 해당 용도로 사용할 수 없는 기간으로 여기에는 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 그렇다면, 2021.3.31. 서울특별시장이 대출 추천이 확정되기 전까지는 이 건 공동주택의 신축공사를 할 수 없었다고 보아야 하므로 이 건 부동산의 취득일(2020.7.27.)부터 2021.3.31.까지(8개월)는 쟁점부동산의 유예기간 산입에서 제외하여야 할 것이고, 청구법인은 쟁점부동산의 취득일(2020.7.27.)부터 2년 2개월 만인 2022.9.30. 이 건 공동주택의 신축공사를 착공하였는바, 청구법인은 쟁점부동산의 유예기간 내에 이 건 공동주택의 신축공사를 착공한 것으로 보아야 한다. 한편,민간임대주택에 관한 특별법(2018.7.17., 법률 제15356호로 개정된 것) 제28조의2 규정이 신설됨에 따라, 청구법인이 수행하는 ‘공공지원 민간임대주택’의 경우에도 감리를 지정하게 되었는데 해당 감리자 지정기준은 처분청(주택과)이 감리지정권자가 되어 감리자 모집공고를 한 후, 신청한 감리자 중 적격심사를 거쳐 감리자를 지정하고, 지정된 감리자를 ‘감리자, 사업주체, 한국건설기술관리협회, 대한건축사협회, 한국건설기술인협회’에 서면 또는 전자문서 등의 방법으로 통보함으로써 종료된다. 청구법인은 2022.2.16. “1차 건축ㆍ전기감리자 지정 요청”을 처분청 주택과에 송부하고, 2〜3차 감리자 지정 요청을 하였으나, 처분청 주택과에서는 “담당자의 부재로 2022.5.23. 이후 공고의뢰가 가능하다”고 회신하여, 청구법인은 2022.7.13.이 돼서야 건축감리자 지정 완료 공문을 수신하였고, 2022.7.21. 지정된 감리자의 서명을 날인을 받아 착공신고를 할 수 있게 되었다. 이와 같이, 감리자 지정절차에 약 5개월이 소요되었는데, 이는 청구법인이 추진하고 있는 동대문구 OOO, 노원구 OOO 청년주택의 경우 동일한 절차가 약 2개월 정도 소요되었던 것에 비하면 3개월이 더 지체된 것이다. 청구법인으로서는 법령규정 상 감리자가 지정되지 아니하면 착공을 할 수 없으므로 처분청의 감리자 지정절차 지체로 인한 착공 지연을 감리자 지정 권한이 없는 청구법인에게 귀책사유를 돌릴 수 없다. 따라서, 청구법인은 의무임대기간 결정과 관련된 서울특별시 행정업무의 지연 및 처분청의 감리자 지정 절차 지연으로 2년 이내 착공 허가를 받지 못한바, 착공이 늦어진 정당한 사유가 존재하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 서울특별시 내부 이견으로 추천대상자 선정을 위한 심의가 지연되었는지에 대해 청구법인의 주장 외에 이를 확인할 만한 객관적인 증빙자료를 확인할 수 없을 뿐만 아니라, 청구법인이 서울특별시 주택정책과에 발송하였다고 하며 제출한 공문의 내용을 보면, “2021년 제1차 역세권 청년주택 금융지원사업 추천 대상자로 선정되었고, 이에 따른 대출실행일은 2021년 7월 31일까지였으나 아래와 같은 불가피한 사유로 인하여 대출실행을 하지 못하였습니다. … 민특법 개정으로 의무임대기간을 정함에 있어 상당한 기간이 소요되어 사업비 대출과 그 제반 사항을 협의함에 있어 상당한 제약을 발생시켰습니다. … 임대기간 결정 후 공사 원재료비의 대폭상승으로 당시 오를 대로 오른 건설 도급단가로는 사업추진이 도저히 불가능하였습니다. … 위와 같은 사유로 대출실행일을 경과하였으니 이차보전 실행일 연장을 요청드립니다.”라고 기재된 사실이 확인된다. 실질적으로 청구법인의 착공이 지연된 사유는 행정관청의 사용 금지나 제한, 법령상 제한 등 외부적 사유가 아니라 사업비 대출과 관련된 제약, 원재료비의 대폭 상승 등으로 인한 내부적인 경영상 판단 등으로 확인되고, 이러한 재산 취득자의 자금 사정이나 수익 상의 문제 등은 착공이 늦어진 정당한 사유로 인정할 수 없다. 또한, 청구법인은 처분청(주택과)이 감리자 지정 절차를 지체한 것이 착공이 늦어진 정당한 사유라고 주장하나, 청구법인은 2021년 3월 협약 체결 이후 약 7개월이 지난 2021.10.22. 시공사를 선정하고, 이후 약 4개월이 지난 후인 2022.2.16.이 돼서야 처분청에 감리자 지정 요청을 하였는데, 처분청이 요구한 자료를 보완하여 재차 건축ㆍ전기감리자 지정 요청을 하는데 2개월이 소요되어 최종 지정 완료까지 5개월이 소요되었다. 이와 같이 자료 보완 기간을 제외하면 청구법인이 이전 사업에서 경험한 감리자 지정 통상 소요기간인 2개월보다 1개월 정도만 지체된 것이고, 청구법인이 경험한 감리자 지정 통상 소요기간 안에 감리자 지정이 완료될 것이라는 합리적인 기대를 할 수 있는 근거가 없으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정된 것) 제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①공공주택특별법에 따른 공공주택사업자 및민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 항에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다. 2.민간임대주택에 관한 특별법또는공공주택 특별법에 따라 8년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항을 적용할 때민간임대주택에 관한 특별법제43조 제1항 또는공공주택특별법제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우 2.민간임대주택에 관한 특별법제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제28조(지구계획 승인 등) ④ 지정권자는 제1항에 따라 지구계획을 승인한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관보 또는 공보에 고시하고, 관계 서류의 사본을 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 송부하여야 하며, 이를 송부받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 이를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제28조의2(촉진지구 조성사업에 관한 공사의 감리) ① 제28조 제4항에 따라 지구계획 서류의 사본을 송부 받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 건설기술 진흥법에 따른 건설기술용역업자 또는 건축사법에 따른 건축사를 촉진지구 조성사업의 공사에 대한 감리를 하는 자로 지정하고 지도ㆍ감독하여야 한다. 다만, 시행자가 제23조 제1항 제2호에 해당하는 자인 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 촉진지구 조성사업을 주택법 제15조에 따른 주택건설사업계획 승인대상 공사 또는 건축법에 따른 감리대상인 공사와 함께 시행하는 경우에는 주택법 등 관련 법령에서 정하는 바에 따른다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다. ＜부칙＞(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다. 제6조(임대의무기간 연장 등에 대한 특례) ① 제2조 제4호 및 제5호의 개정규정에 따른 임대의무기간의 연장 및 제43조 제4항 제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 등록하는 민간임대주택부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2020.3.24. 주택건설사업 및 매매업, 부동산개발업 등을 목적사업으로 하고 서울특별시 중랑구 OOO을 사업장으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2020.7.27. 쟁점부동산을 취득하고, 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 임대사업자가 임대할 목적 공동주택을 건축하는 경우로 취득세 등을 감면받았다. (다) 청구법인은 2020.7.14. 주택건설사업자로 등록하였고, 2020.8.10.민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자로 등록하였으며, 2020.12.15. 임대물건을 특정하여 민간임대주택으로 등록하였다. (라) 서울특별시장은 2021.2.4. 청구법인을 역세권 청년주택 금융지원 사업 추천대상자로 결정하고, 서울특별시의 금융(이자)지원기간을 11년(임대의무기간 8년+3년)으로, 그 대출 실행일을 2021.7.31.까지로 하여 청구법인에게 통보하였다. (마) 서울특별시장은 2021.3.31. 국토교통부의 질의회신(이 건 공동주택의 임대의무기간은 10년이라는 취지)에 따라 금융지원기간을 13년으로 변경(연장)하였다. (바) 청구법인은 2021년 3월 아래와 같이 서울특별시장과 강북구 수유동 역세권 청년주택 사업에 관한 협약(이하 “이 건 협약”이라 한다)을 체결하였다. 역세권 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약서

○○○ (사) 청구법인은 2021.10.5. 서울특별시장이 이 건 공동주택의 임대의무기간을 결정하는데 상당한 시일을 소요하였고, 이로 인해 금융기관과 신축자금의 대출기간을 설정하는데 제약이 있었으며, 금융지원기간이 13년으로 결정된 후에도 급격한 원재료비 상승 등으로 시공사를 선정할 수 없어 서울특별시장이 정한 대출기한(2021.7.31.)까지 자금을 대출받지 못하였다는 사유로 대출기한의 연장(1차)을 신청하였다. (아) 청구법인은 2022.2.16. 처분청(주택과)에 1차 건축ㆍ감리자 지정요청을 하였고, 처분청이 자료보완을 요청함에 따라 2022.2.28. 감리비 산출자료 및 공정표를 송부(1차송부)하였다. (자) 청구법인은 2022.3.2. 감리자 모집공고문 초안 및 감리비 산출자료 및 공정표를 송부(2차송부)하였고, 2022.4.19. 건축ㆍ전기감리자 지정요청을 하였다. (차) 청구법인이 2022.4.21. 처분청(주택과)에 재차 건축ㆍ전기 감리자 지정요청하자, 처분청은 공고문은 사업시행자가 작성해주길 요청하면서 담당자의 부재로 2022.5.23 이후 공고의뢰가 가능하다고 회신하였다. (카) 청구법인은 2022.5.23. 처분청에 재차 건축ㆍ전기감리자 지정 요청하였다. (타) 처분청은 2022.6.28. 청구법인에 전기공사비 구성표 및 예정공정표 추가 요청하였고, 청구법인은 요청 당일 처분청에 관련 자료를 송부하였고, 처분청은 2022.6.28. 청구법인에 전기감리자 지정통보하고, 2022.7.13. 건축감리자 지정 통보하였다. (파) 청구법인은 2022.7.21. 지정된 감리의 서명을 날인받아 착공신고를 하였고, 처분청은 2022.9.30. 청구법인에게 착공신고필증을 교부하였다. (하) 청구법인은 서울특별시청 내 주택 정책부서와 주택금융지원부서 간 금융지원기간에 대한 이견으로 쟁점부동산의 취득일(2020.7.27.)부터 8개월이 경과한 2021.3.31.에서야 금융지원기간이 13년으로 최종 결정되었고, 처분청의 감리자 지정절차에 약 5개월이 소요되어 약 1년 1개월 동안은 이 건 공동주택을 신축할 수 없는 정당한 사유가 있고 주장한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2020.7.27. 쟁점부동산을 취득한 후 약 2년 2개월이 경과한 2022.9.30. 이 건 공동주택의 신축공사를 착공하였으나, 역세권 청년주택인 이 건 공동주택을 신축하기 위해서는 그 이전에 서울특별시장과 이 건 협약을 체결하여야 하는데, 이 건 협약 제7조 제1항에서 이 건 공동주택의 임대의무기간을 10년으로 규정한 것을 보면 이 건 협약을 체결하기 전에 그 임대의무기간이 확정되어야만 이 건 계약을 체결할 수 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 2020.7.27. 쟁점부동산을 취득한 후인 2020.8.18.민간임대주택에 관한 특별법이 개정되어 민간임대주택의 임대의무기간이 8년에서 10년으로 연장되었고,민간임대주택에 관한 특별법개정 된 후 이 건 공동주택에 대한 임대의무기간의 적용과 관련하여 서울특별시 관련 부서간의 이견으로 인해 쟁점부동산의 취득일부터 약 8개월이 지난 2021.3.31.에서야 이 건 협약을 체결할 수 있었던 것으로 보이며, 그 기간이 소요된 것은 제때 임대의무기간을 확정하지 못한 행정관청(서울특별시)의 귀책으로 볼 수 있고 이와 같은 사유는 외부적인 사유로 보이는 점, 이 건 협약을 체결(2021.3.31.)한 후 이 건 공동주택의 신축공사를 착공할 때(2022.9.30.)까지 소요된 약 1년 6개월은 청구법인의 내부사정으로 인해 소요된 기간으로 본다고 하더라도 위와 같은 외부적 사유가 없었다면 청구법인은 쟁점부동산의 취득일로부터 유예기간 내에 이 건 공동주택을 착공할 수 있었다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 2022.2.16. 1차로 건축ㆍ전기 감리자 지정을 처분청에 요청하였고, 처분청이 감리자를 지정하는 과정에서 약 5개월이 소요되었는데 이 기간은 행정처리 절차에 소요된 기간으로 이 건 공동주택을 신축할 수 없는 정당한 사유로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(2년) 내에 이 건 공동주택의 신축공사에 착공하지 못한 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.