청구법인이 취득한 쟁점부동산에 대하여 ‘최소납부세제’를 적용해야 하는지 여부

[참조결정] 조심2023지0407 / 조심2022지0131

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 일원에서 도시 및 주거환경정비법에 따른 OOO주택재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)의 사업시행자로서 처분청으로부터 2016.9.12. 사업시행인가를, 2018.2.26. 관리처분계획인가를 받았고, 2020.12.30. 위 지상에 신축한 아파트OOO 및 상가 OOO호(이하 아파트와 함께 “이 건 부동산”라 한다)에 대한 준공인가 전 사용허가 승인을 받아 취득하였으며, 2023.7.13. 준공인가를 받았다.
• 나. 청구법인은 이 건 아파트 중 보류지 등으로 취득한 OOO호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 “개정후 지특법”이라 한다) 부칙 제17조 제1항(이하 “이 건 부칙”이라 한다)의 경과규정에 따라 지방세특례제한법(2020.1.5. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 지특법”이라 한다) 제74조 제1항에 따른 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업의 시행으로 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대한 감면(100%) 및 개정후 지특법 제177조의2의 최소납부세제(15%)를 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2021.2.23. 처분청에 신고‧납부하였다.
• 다. 그 후, 청구법인은 쟁점부동산의 취득이 이 건 부칙규정의 경과조치에 따라 개정전 지특법 제74조 제1항이 적용되므로 최소납부세제 적용대상이 아닌 면제대상에 해당한다는 취지로 2023.6.1. 이 건 취득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.6.30. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 쟁점부동산 취득에는 최소납부세제를 적용하지 않는 것이 타당하다.

(1) 이 건 부칙규정에서 “2020.1.1. 전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다”고 규정하여 해당 부동산(체비지 또는 보류지)에 대하여는 취득세를 면제하고 있다.

(2) 처분청은 쟁점부동산을 2020.1.1. 이후 취득(사용승인)하였으므로 최소납부세제의 적용대상이라고 보았으나, 2020.1.1. 이전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 것은 동일함에도 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 공동주택과 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택을 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 조세형평에도 어긋나므로 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 쟁점부동산에 대하여도 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택과 같이 그 취득세 전액을 면제하여야 한다.

(3) 종전 규정을 적용한다는 경과규정이 없음에도 불구하고 헌법상 조세 평등의 원칙에 따라 구법을 적용하여 최소납부세제의 적용을 배제해야 한다는 대법원의 판결(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)과 주택재개발사업에 따라 신축한 건축물의 착공시기가 최소납부세제 시행 이전인 경우 일반적 경과규정에 따라 최소납부세제는 배제되어야 한다는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.) 등을 볼 때, 쟁점부동산에 대하여는 최소납부세액을 부과하지 않는 것이 타당하다.

(4) 뿐만 아니라, 최소납부세제를 규정한 지방세특례제한법 제177조의2 규정이 계속하여 개정(배제 기간의 연장, 중단, 단축)됨에 따라 향후 쟁점부동산에 대해 최소납부세제가 적용될 것이라고 예측할 수 없었는바, 이와 같은 청구법인의 사정을 고려할 때 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인의 쟁점부동산 취득에는 지방세특례제한법 규정 그대로 최소납부세제가 적용되어야 한다.

(1) 이 건 부칙규정에서는 2020.1.1. 이전에 사업시행계획인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 법령에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 청구법인의 쟁점부동산 취득에는 개정전지특법이 적용되는 것이나, 최소납부세액을 부과하지 않는다거나 적용의 유예를 규정한 사실이 없으므로 쟁점부동산의 취득에 대하여는 당연히 최소납부세제도 동시에 적용되어야 한다.

(2) 청구법인이 사례로 들고 있는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.)은 해당 공동주택의 원인행위(착공) 당시 시행 중인 지방세특례제한법령에 따라 최소납부세제를 적용하여야 한다는 것으로 이 건 부칙규정을 적용하여 취득세를 면제한 이 건과는 그 사실관계가 다르다.

(3) 또한, 최소납부세제 규정은 2014.12.31. 지방재정 강화를 위해 지방세특례제한법령에 따라 취득세를 면제하는 경우 100분의 15에 해당하는 세액을 과세하는 것으로 그 취지가 수익자가 최소한의 비용을 지불하여 조세부담의 형평성을 증진하기 위함인 것으로 확인되는바, 쟁점부동산의 취득에 대하여 최소납부세제 적용을 배제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 취득한 쟁점부동산에 대하여 ‘최소납부세제’를 적용해야 하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO 일원에서 진행된도시 및 주거환경정비법에 따른 ‘OOO주택재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)의 사업시행자인 것으로 나타난다. (나) 처분청은 2016.9.12. 이 건 재개발사업의 사업시행인가 고시를, 2018.2.26. 관리 처분계획인가 고시를, 2020.12.30. 위 지상에 신축된 이 건 아파트의 준공인가 전 사용허가 승인을, 2023.7.13. 준공인가를 한 것으로 확인된다. (다) 지방세특례제한법제74조 및 제177조의2 개정 관련 사항을 요약하면 아래 ＜표＞와 같다. 시행일 조항 개정내용 2015.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조의2(신설)

○ 제74조 최소납부세제 적용 제외 2016.1.1. 제74조 제1항

○ 2019.12.31.까지 취득세 면제 제177조의2 제1항 제2호

○ 제74조 최소납부세제 적용대상에 포함

• 다만, 74조 제1항·제2항은 2020.1.1.부터 적용하도록 함 (부칙 제5조 제3호) 2020.1.15. 제74조 제1항(개정) 제74조 제3항(신설)

○도시개발사업시행자가 취득하는 체비지를 제74조 제1항에서 같은 조 제3항으로 이관하고 취득세를 면제에서 75%감면으로 하향조정하며, 주택재개발사업시행자에 대한 감면을 삭제함

○ 다만, 2020.1.1. 이전에 정비사업계획을 인가받은 사업시행자가 체비지(공동주택)를 취득하는 경우 종전 규정(제74조 제1항)을 적용하여 취득세를 면제(부칙 제17조 제1항)

• 제74조 제1항에 대해 최소납부세제 시행 2022.1.1. 제177조의2 제1항 제2호 (개정)

○ 최소납부세제 제외 대상에 제74조 제1항을 신설

• 제74조 제1항의 조합원 등 환지처분 대상자에 대한 취득세 면제 시 최소납부세액을 부과하지 아니함 ＜표＞ 지방세특례제한법 개정 관련 사항 요약

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2020.1.1. 이전에도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 것은 동일함에도 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 부동산과 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 부동산을 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 부당하므로, 청구법인의 쟁점부동산 취득의 경우에도 최소납부세제 적용을 배제하여야 한다고 주장한다. 그러나, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된지방세특례제한법제74조 제1항과 같은 법 부칙 제5조 제3호에서도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업의 사업시행자가 2020.1.1.부터 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 면제하되 그에 따른 최소납부세제를 적용한다고 규정하고 있는 점, 이 건 부칙규정은 2020.1.1. 전에 도시 및 주거환경정비법제50조에 따라 사업시행계획인가를 받은 자는 종전감면규정에 따라 감면이 적용된다고 규정하고 있을 뿐 최소납부세제의 적용을 배제한다고 규정하고 있지 아니하므로, 2022.4.28. 쟁점부동산을 취득한 청구법인은 종전감면규정에 따라 취득세를 면제 받음과 동시에 지방세특례제한법제177조의2에 따라 최소납부세액을 부담하여야 할 것인 점, 지방세특례제한법제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된지방세특례제한법에 따라 예정된 것으로 청구법인은 쟁점부동산에 대한 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득은 취득 당시 시행중인 지방세특례제한법제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제 적용대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.1.1. 법률 제13637호로 개정된 것) 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 취득세: 200만원 이하
• 나. 재산세: 50만원 이하(지방세법 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2제2항, 제57조의3제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2제1항제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면 부 칙 제5조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례) 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

3. 제74조 제1항ㆍ제2항: 2020년 1월 1일

4. 제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2016년 1월 1일

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법에 따른 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업(같은 법 제2조 제2호 나목 중 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경개선을 하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)과 주거환경개선사업(같은 법 제2조 제2호 가목 중 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

2. 재개발사업의 시행자가 같은 법 제74조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(3) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과 도시 및 주거환경정비법제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 재개발사업의 시행에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 취득세를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 해당하는 부동산이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우 및 제3호에 따라 대통령령으로 정하는 일시적 2주택자에 해당하여 취득세를 경감받은 사람이 그 취득일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 1가구 1주택이 되지 아니한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 재개발사업의 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

2. 재개발사업의 시행자가 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

3. 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업의 정비구역지정 고시일 현재 부동산의 소유자가 재개발사업의 시행으로 주택(같은 법에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산을 포함한다)을 취득함으로써 대통령령으로 정하는 1가구 1주택이 되는 경우(취득 당시 대통령령으로 정하는 일시적으로 2주택이 되는 경우를 포함한다)에는 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 취득세를 경감한다.

• 가. 전용면적 60제곱미터 이하의 주택을 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75를 경감한다.
• 나. 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하의 주택을 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조 제1항, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면 부 칙 제17조(도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치) ① 2020년 1월 1일 전에도시개발법제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나도시 및 주거환경정비법제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다.

(4) 도시 및 주거환경정비법 제79조(관리처분계획에 따른 처분 등) ① 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 따라 처분 또는 관리하여야 한다.

② 사업시행자는 정비사업의 시행으로 건설된 건축물을 제74조에 따라 인가받은 관리처분계획에 따라 토지등소유자에게 공급하여야 한다.

④ 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획으로 정하는 목적을 위하여 그 잔여분을 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 또는 토지등소유자 이외의 자에게 분양할 수 있다. 이 경우 분양공고와 분양신청절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 사업시행자는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따른 공급대상자에게 주택을 공급하고 남은 주택을 제2항부터 제6항까지의 규정에 따른 공급대상자 외의 자에게 공급할 수 있다. 제87조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ③ 제79조 제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.