청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.1.19. OOO산업단지 내 서울특별시 강서구 OOO산업시설용지 1,061㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 2018.4.2. 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 서울특별시 시세감면 조례(2017.5.18. 서울특별시조례 제6468호로 일부 개정된 것) 제14조에 따라 사업시행자 외의 자가 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청에 감면(75%)을 신청하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2023.4.11., 2023.4.24. 쟁점토지에 대하여 기 경감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 A 주식회사(이하 “시공사”라 한다)의 공사연장, 코로나바이러스감염증-19사태라는 특수한 상황, 한국전력의 인입공사 일정 지연, 천재‧지변(집중호우) 등 외부적 환경에 의해 부득이하게 쟁점토지 지상의 OOO센터 및 부설연구소용 건축물(이하 “이 건 건물”이라 한다)에 대한 사용승인이 지연된 것으로, 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다. 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2019.5.30. 이 건 건물에 대한 건축허가를 받은 후 2019.7.12. 시공사와 이 건 건물의 착공일을 2019.7.15., 준공예정일을 2020.9.30.로 하여 신축공사계약을 체결하였고, 청구법인이 시공사와 체결한 이 건 건물의 신축공사에 대한 전체 공정표에 따르면, 2020년 9월 완공 일정으로 공정률 및 투입금액을 산정하였으나 시공사의 요청에 의해 일정이 연기되면서 이에 따른 계약변경이 5차까지 발생하였다. 2019년 12월 코로나19 대유행시기와 맞물려 시공사 직원들의 의무격리, 한전 본전기 인입공사 지연 등을 야기하였고, 2020년 집중호우는 평년 장마기간 대비 20일 이상 긴 기간 지속되는 등 천재‧지변으로 인해 이 건 건물의 공사 일정은 불가피하게 지연될 수 밖에 없었고, 이 건 건물에 대한 신축공사기간의 연장에 대한 원인이 청구법인에 있었다면 공사계약금액이 증가하였을 것이나, 준공예정일이 연장되었음에도 공사계약금액이 동일하다는 것은 그 귀책사유가 청구법인이 아닌 시공사 및 외부에 있다는 것을 방증하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 정당한 사유란 그 취득한 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용ㆍ금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 나아가 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 시공사의 귀책으로 인한 공사기간 지연, 한국전력의 인입공사 일정 지연, 코로나바이러스감염증-19 사태라는 특수한 상황이나 천재‧지변(집중호우) 등은 청구법인만의 특수한 사정이 아니고 OOO산업단지 내 토지를 분양받아 산업용 건축물을 신축하는 기업들에게 적용되는 일반적인 상황에 해당하고, 이를 정당한 사유로 볼 경우 동일한 상황 속에서도 정상적인 노력을 다해 유예기간 내 건축물 준공을 완료하여 사용승인을 받은 다른 성실한 납세자들과의 형평성에도 맞지 않으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기부등본을 살펴보면, 청구법인은 2006.2.20. 항암치료제, 항바이러스 치료제 및 그 합성물의 개발업, 의료장비 개발, 제조 및 판매 등을 영위하기 위하여 서울특별시 송파구 OOO을 본점 주소지로 하여 설립된 후, 2021.10.18. 서울특별시 강서구 OOO으로 본점을 이전한 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에서 쟁점토지는 2021.5.10. 서울주택도시공사 명의로 소유권보존등기된 이후 변동된 내역이 없는 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점토지에 대한 분양대금을 OOO원, 잔금지급일을 2018.1.19.로 하여 분양계약을 체결하였고, 2018.1.19. 분양계약서상의 잔금을 지급하였다. (라) 청구법인은 이 건 건물에 대한 착공일은 2019.7.15., 준공예정일은 2020.9.30., 계약금액은 OOO원으로 하여 2019.7.12. 민간건설공사 표준도급계약을 체결하였고, 이후 공사변경계약(5차)을 체결하여 계약금액을 OOO원, 준공예정일을 2021.8.31.로 변경하였다. (마) 청구법인이 제출한 시공사의 주간공정회의록(2020.12.23.)을 살펴보면, “코로나로 인해 한전 본전기 인입 지연, 2021.2.28. 준공예정”으로 기재되어 있고, 시공사가 작성한 이 건 건물의 준공 지연에 대한 내용확인서를 제출하였다. (바) 청구법인은 2019.5.30. 이 건 건물에 대한 건축허가서를 받아 2019.8.22. 착공신고를 완료한 후 2021.7.22. 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

(2) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고,서울특별시 시세감면조례(2017.5.18. 서울특별시조례 제6468호로 일부 개정된 것) 제14조에서 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다고 규정하면서 그 제1호에서 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률을 100분의 25로 규정하고 있다. 또한 지방세특례제한법 제78조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하였고, 설령 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였더라도 이에 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 청구법인이 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 하려면 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로는 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 할 것으로서, 산업단지 내의 토지를 취득한 후 이를 유예기간 이내에 산업용 건축물을 신축한 것만으로 그 부속토지를 그 용도에 맞게 사용하는 것으로 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지의 취득일(2018.1.19.)부터 약 3년 6개월이 경과한 2021.7.22.에 이 건 건물에 대한 사용승인을 받은 것으로 확인되어 유예기간 내에 쟁점토지를 감면유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 점, 청구법인이 정당한 사유로 주장하는 코로나바이러스감염증-19 사태, 기상악화로 인한 시공사의 준공 지연은 법령상 제한 등에 준하는 부득이한 사유로 보기는 어렵고, 이 외 해당 건축물을 신축하는 과정에서 행정관청의 사용금지·제한 등의 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 나.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 다.산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행규칙(2017.7.26. 행정안전부령 제1호로 개정된 것) 제6조(산업단지 등 입주 공장의 범위) 법 제78조 제7항 및 영 제38조 단서에 따른 공장의 범위는 지방세법 시행규칙 별표2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)을 포함한다.

(3) 서울특별시 시세감면조례(2017.5.18. 서울특별시조례 제6468호로 일부 개정된 것) 제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.