청구법인의 지교회가 쟁점부동산을 종교용으로 사용하는 것을 직접 사용으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2022.7.4. 경기도 OOO 토지 920㎡ 및 건물 420.36㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 2022.7.11. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제13조의2 제1항 제1호의 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점부동산을지방세특례제한법제50조 제1항에서 규정하는 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 주장하면서, 2023.2.16. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.4.4. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.13. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 지교회(OOO교회) 설립 목회자 청빙 공고에서 교회 부지 구입과 건축비용 일체를 지원할 것을 밝히고 있고, 제출서류로 교회개척계획 및 목회계획서를 열거하고 있으므로, 이를 통해 지교회 설립은 교회개척을 통한 목회와 경기도 용인 지역의 복음화를 위한 것이므로 이는 선교활동에 해당한다. 지교회의 설립은 청구법인의 당회의를 통해 의결하는 사항이고 청구법인은 2022.6.26. 임시당회의를 통해 지교회의 설립을 위한 쟁점부동산의 매입을 결의하였으며 목회자(담임목사)의 청빙 또한 정기당회의를 통해 결의하였다. 또한, 목회자의 청빙 공고에서는 교회 부지 구입과 건축 비용 일체를 청구법인이 지원할 것을 밝히고 있고, 2022.11.15. 자 기사에서 지교회의 안정적인 성장을 위해 청구법인에서 설립 후 향후 3년간 매달 OOO원씩을 후원하고 있음을 확인할 수 있다. 감사원 심사결정(감심 2015-926, 2017.3.23.)에서도지방세특례제한법제50조 제1항에서 규정하고 있는 해당 용도로 직접 사용한 기간에 지교회가 종교시설로 사용한 기간을 합산하는 것이 타당하다고 결정한바 있다. 따라서, 지교회의 설립 관련 제반 절차와 운영이 실질적으로 청구법인을 통해 이루어지고 있으므로 청구법인이 쟁점부동산을 지교회를 통해 직접 사용하는 것으로 보아야 함에도 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 지교회는 별도의 정관 또는 규약, 별도로 선출된 대표자 및 신도 등을 가지고 있고 그 소재지를 달리하고 있으므로 청구인과 OOO교회는 각각의 종교단체로서 동일한 종교단체로 보기 어렵다 할 것이다. 지교회는 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2022.7.4.)한 후, 2022.9.27. 청구법인과 쟁점부동산에 대하여 무상임대차 계약을 체결하여 쟁점부동산을 종교시설로 사용한 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점부동산을지방세특례제한법제50조 제1항의 감면요건에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 지교회가 쟁점부동산을 종교용으로 사용하는 것을 직접 사용으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 지방세법특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 서울특별시 OOO를 사업장 및 본점 소재지로 하여 설립되었고, 정관 제3조와 제4조에서 설립 목적을 종교행위로 하고, 국내외 선교사업을 교회의 사업으로 규정하고 있다. (나) 청구법인은 지교회를 설립하고자 목회자 청빙 공고를 하면서 교회 부지 구입과 건축비용 일체를 지원할 것을 밝히고 있다. (다) 청구법인 지교회(OOO교회)는 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 용인세무서장으로부터 고유번호OOO를 발급받았다. (라) 청구법인은 2022.9.27. 쟁점부동산에 대하여 청구법인을 임대인으로 하고, 지교회를 임차인으로 하는 무상임대차계약(임대차 기간: 2022.9.28.부터 2년간)을 체결하였다. (마) 처분청의 출장보고서(2023.3.24. 현지출장)에 의하면, 청구법인의 지교회가 쟁점부동산을 종교용으로 사용하고 있고, 1층은 예배당, 2층은 담임목사 사택, 가설건축물(컨테이너)은 교인 휴게실 및 식당으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 지교회가 쟁점부동산을 종교용으로 사용한 것으로 직접 사용으로 보아야 한다고 주장하나,지방세특례제한법제50조 제1항 본문 및 그 제3호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 종교단체가 부동산을 그 용도에 직접 사용한다고 함은 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 동 단체의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결, 같은 뜻임)할 것인바, 청구법인과 청구법인의 지교회는 별도의 사업자등록을 하고, 정관 또는 규약, 별도로 선출된 대표자 및 신도 등을 가지고 있고 그 소재지를 달리하고 있으므로 청구인과 청구법인의 지교회는 별개의 법인격을 가지는 종교단체로 보이는 점, 청구법인과 청구법인의 지교회는 2022.9.27. 쟁점부동산에 대하여 무상임대차 계약을 체결하여 청구법인의 지교회가 쟁점부동산을 종교시설로 사용하고 있으므로 이를 청구법인의 직접 사용으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.