창업중소기업 등에 대한 감면을 적용받은 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부

[참조결정] 조심2021지1952

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2018.6.20. 경기도 안성시 OOO 답 3,029㎡와 같은 리 339-8 답 220㎡의 110/220지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호 규정에 따라 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다.
• 나. 이후, 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지 지상의 공장용 건축물이 사용승인을 받지 못한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제1호에 따른 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.3.14. 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2023.3.14. 부과‧고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018.1.18. 설립이후, 2018년 2월 AAA토목설계사무소(이하 “이 건 설계사무소”라 한다)에 토목설계를 의뢰하였고, 2018.4.12. 공장설립 등을 위한 사업계획승인을 받았으며, 2018.4.25. 쟁점토지를 취득하였다. 쟁점토지 취득후에 청구법인은 주식회사 삼부토건과 토목공사를 계약해 2019.9.19. 토목공사를 완료하였고, 2020.12.1. ㈜BBB에서 건축공사를 완료하였으며, 2021.4.6. 정화조설치 검사, 2021.4.19. 소방검사 전기안전검사를 받는 등, 2021년 4월에 준공과 관련한 모든 공사절차를 완료하였다. 다만, 최종 준공 검사를 마무리하기 위해 우오수 관로를 찾았으나 도면에 표시된 지점에 우오수 관로가 존재하지 않아 기존 도면과 같은 시공이 불가능한 상황이 되었다. 이 문제의 최초 원인은 이 건 설계사무소에서 잘못 설계한 도면이지만, 감독자인 처분청에서도 잘못된 설계도면을 승인한 귀책이 있으므로, 이는 청구법인이 쟁점토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하고, 처분청의 잘못으로 쟁점토지 지상 건축물의 사용승인이 지연되었음에도 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법‧부당하다. 나.처분청 의견 지방세특례제한법제2조 제1항 제8호는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결, 같은 뜻임)으로서, 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 같은 뜻임)이고, 위 규정에 따른 감면 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상‧사실상의 장애 사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것(조심2021지1952, 2022.4.7., 같은 뜻임)인바, 청구법인의 경우, 쟁점토지의 취득일(2018.6.20.)부터 3년 이내에 쟁점토지상에 건축 중인 공장용 건축물의 사용승인을 받지 못하였으므로 쟁점토지를 감면 유예기간 이내에 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다. 한편, 청구법인은 이 건 설계사무소에서 잘못 설계한 도면을 처분청이 승인하여 쟁점토지를 유예기간내 직접 사용하지 못하였다고 주장하나, 설계도면의 관리·감독의 책임은 건축주인 청구법인에게 있다고 할 것이고, 청구법인은 언제든지 설계도면을 변경신고 할 수 있었으므로 이러한 사정은 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려운 점, 그 외 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 행정관청의 제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 있다고 보여지지 아니하는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다. 따라서, 처분청이 잘못된 설계도면을 승인하였으므로, 이는 청구법인이 쟁점토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업 등에 대한 감면을 적용받은 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 경기도 안성시 OOO을 본점으로 하고, 정밀 광학용 유리 제조업, 투명 스피넬유리 제조업 등을 목적으로 하여 2018.1.23.에 설립된 사실이 확인된다. (나) 청구법인이 제출한 사업계획승인 문서(처분청 창조경제과-19962, 2018.4.12.)에 의하면, 쟁점토지에 청구법인 명의로 아래의 ＜표1＞과 같이 공장신설이 승인된 사실과, 개발행위협의 및 농지전용허가가 이루어진 사실이 나타난다. ＜표1＞공장신설 승인내역 (단위: ㎡) 구분 소재지 대표자 업종 공장부지 면적 건축 연면적 제조시설 면적 부대시설 면적 승인

○○○ aaa 1차 유리제품, 유리섬유 및 광학용 유리 제조업(23121) 3,029 546.5 504 42.5 (다) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인이 쟁점토지를 2018.6.20. 매매를 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기한 사실, 쟁점토지 중 안성시 OOO 3,029㎡는 2023.11.29. 공장용지로 지목이 변경된 사실, 같은 리 339-8 220㎡는 같은 날 도로로 지목이 변경된 사실이 나타난다. (라) 청구법인이 제출한 문서(처분청 건축과-38634, 2020.6.23.)에 의하면, 쟁점토지 지상에 공장을 건축하기 위하여 청구법인이 2020.6.30. 건축허가를 받은 사실이 나타나고, 착공신고 처리 문서(처분청 건축과-78772, 2020.12.17.)에 의하면 쟁점토지 지상건축물은 2020.12.17. 착공신고 처리된 사실이 나타난다. (마) 청구법인이 제출한 문서(처분청 하수도과-5432, 2021.4.6.) 및 소방시설완공검사증명서, 정보통신공사 사용전검사필증에 의하면 오수처리시설 준공검사가 2021.4.6. 수리된 사실, 사용승인용 소방시설 완공검사증명서가 2021.4.19. 교부된 사실, 정보통신공사 사용전검사필증이 2021.4.12. 교부된 사실이 나타난다. (바) 건축물대장에 의하면, 쟁점토지 지상의 건축물은 일반철골구조의 주용도가 공장인 건축물로 연면적은 495㎡이며, 2023.11.28. 사용승인된 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항에서 중소기업창업 지원법 제2조제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항 제1호에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지‧제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미한다 할 것이다(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인은 쟁점토지 지상의 건축물이 사용승인을 받지 못한 사유에는 처분청이 잘못된 설계도면을 승인한 귀책도 있으므로, 이는 청구법인이 쟁점토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 주장한다. 그러나, 청구법인이 지연사유로 지목하는 잘못된 설계로 인한 우오수관로 시공 곤란등의 문제는 청구법인 스스로 건축허가 변경을 통해 충분히 해당 문제를 시정할 수 있었던 점을 고려하면, 이는 건축주인 청구법인 내부사정으로 보이는 점, 그 외 특별한 다른 법령상의 제한이나 행정관청의 귀책사유 등의 외부적 사유는 보이지 않는 점, 청구법인은 토목설계 및 사업계획승인까지 완료한 상태에서 쟁점토지를 취득하였으나, 쟁점토지 지상건축물에 대한 건축허가를 받는데까지 유예기간의 2/3에 해당하는 2년여를 소요하고, 착공하는데까지 다시 6개월 정도를 소요하여 유예기간의 대부분을 실제 건축공사가 아닌 사전준비 작업에만 소요한 점, 실제 건축공사는 4개월 남짓에 불과했었으며, 토지 취득 이후 5년 6개월 정도가 지난 2023.11.29.에서야 쟁점토지 지상건축물에 대한 사용승인을 받은 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것은 청구법인의 내부사정에 따른 것이고, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유에도 해당하지 않아, 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2020년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

(2) 건축법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. “건축주”란 건축물의 건축ㆍ대수선ㆍ용도변경, 건축설비의 설치 또는 공작물의 축조(이하 “건축물의 건축등”이라 한다) 에 관한 공사를 발주하거나 현장 관리인을 두어 스스로 그 공사를 하는 자를 말한다. 제16조(허가와 신고사항의 변경) ① 건축주가 제11조나 제14조에 따라 허가를 받았거나 신고한 사항을 변경하려면 변경하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 허가권자의 허가를 받거나 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다.

② 제1항 본문에 따른 허가나 신고사항 중 대통령령으로 정하는 사항의 변경은 제22조에 따른 사용승인을 신청할 때 허가권자에게 일괄하여 신고할 수 있다.

③ 제1항에 따른 허가 사항의 변경허가에 관하여는 제11조제5항 및 제6항을 준용한다.

④ 제1항에 따른 신고 사항의 변경신고에 관하여는 제11조제5항ㆍ제6항 및 제14조제3항ㆍ제4항을 준용한다.