쟁점부동산을 취득세 감면 유예기간(3년) 내에 임대 등 다른 목적으로 사용한 것으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2017지0565

[주 문] 경기도 양평군수가 2022.10.17. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.12.6. 경기도 양평군 OOO 토지 3,001㎡ 지상에 건축물(농산물보관용창고시설 780m², 이하 “쟁점건축물”이라 하고, 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 2019.12.9. 쟁점건축물을 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따라 농업법인이 농업‧유통‧가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 50을 경감받았다.
• 나. 처분청은 2022.10.17. 농업회사법인 A 주식회사(이하 “임차법인”이라 한다)가 쟁점부동산을 임차한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점건축물을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.13. 이의신청을 거쳐 2023.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 임차법인이 사업자등록 당시 사업장이 없는 관계로 부득이하게 쟁점건축물을 보증금 OOO원에 월 임대료 OOO원의 임대차계약서를 작성하여 첨부한바 있는데, 이는 사업자등록시 신청요건인 임대차계약서를 반드시 첨부하여야만 하여 임차법인 실무자의 단순한 생각으로 신청한 행위였으며, 이러한 사실을 3월에 알게 되어 이후 2021.3.11. 실제로 이 건 토지상에 임시사무실로 쓰던 컨테이너 사무실로 임대차계약서를 재작성하였고 이 컨테이너 사무실 사용 용도 역시 임차법인의 신축공사 중 사용할 임시 사무실이었기 때문에 재작성된 임대차계약서 특약사항에 ‘농식물재배사 준공과 함께 원상복구하여 반환한다’라는 내용의 문구를 기재하였다. 이를 입증하기 위한 근거로 첫째, 임차법인은 사업 개시 초기부터 이렇게 큰 쟁점건축물을 사용할 필요가 없어 자가사업장을 준공하기 전까지 임시사무실로 사용하였고 둘째, 임차법인은 제품 중개 매출로 이루어져 창고가 없이 사업이 가능하여 실제로 단 한 번도 사용한 적이 없기 때문에 청구법인은 임차법인에게 임대보증금은 물론 월 임대료를 지급받지 않았고 셋째, 임차법인은 새싹보리 등 스마트 팜 시설로 재배하여 판매하는 형태로 쟁점건축물을 판매시설로 임차하여 사용한다는 것은 상식적인 측면에서도 사실이 아니며 넷째, 청구법인은 쟁점건축물 준공 후 취득 시점부터 현재까지 경기 급식 등에 납품하기 위한 마늘 보관 전용 창고로 직접 사용하고 있으며 2022년 계약부터는 마늘 저장 계약서를 별도 작성하여 관리 의무가 청구법인에게 있고 마늘 저장비를 별도 지급받았기에 임차법인에게 쟁점건축물을 임대해 주었더라면 계약 위반이 되어 경기급식을 납품할 수 없게 되는바, 이 같은 이유들로 청구법인이 임차법인에게 쟁점건축물을 임대하여 줄 수 없는 이유다. 처분청에서 쟁점건축물에 출장(2020.5.27.)한 결과, 내부가 비어있다고 하였으나 1월〜7월까지는 마늘이 생산되지 아니하는 관계로 청구법인에 원물 마늘이 입고되지 않기 때문에 가공 및 보관을 할 필요가 없어 비어 있었고, 8월 이후부터는 학교 급식용으로 제공하기 위해 12월까지 계속적으로 가공 및 보관 사용하게 되므로 이 같은 사실은 경기도농수산진흥원 직원의 입회하에 작성되고 확인된 재고확인서에 의해 나타나며 다른 날(2021.10.7.) 찍은 현장 사진 또한 외부만 찍어 내부를 확인하지 않았으며, 당시 내부를 확인해 보았다면 마늘이 보관되어 있었음을 알 수 있었을 것이고, 2020.1.2. 사업자등록시 제출한 임차사업장으로 되어 있지만 단순 명의일 뿐이고 실제는 청구법인이 마늘전용 보관가공창고로 사용하고 있음을 반증한다. 처분청에서는 국세청사업장정보 확인 결과, 임차법인이 쟁점건축물을 임차하고 있는 것으로 확인된다고 하였으나, 임차법인은 자가 사업장이 없는 관계로 청구법인의 양해하에 쟁점건축물을 본점 소재지로 하여 설립등기를 할 수밖에 없었고 임차법인이 자가 건물을 준공할 때까지 쟁점건축물을 형식적으로 임대차 계약을 체결한 것이며 이 같은 사실은 임차법인이 법인 등기부등본상 본점 소재지를 2022.9.13. 변경한 것을 보면 확인할 수 있고 이를 근거로 2022.11.8. 이천세무서에 자가 사업장을 본점 소재지로 사업자등록 정정신고를 하였는바, 처분청에서 조회(2022.8.22.)당시에는 임차법인이 사업자등록을 정정하기 전이었므로 청구법인과 임차법인이 임대차 관계로 되어있음은 확인될 수밖에 없는 상황이었다. 또한, 청구법인의 쟁점건축물은 2020년 경기도 교육청 산하 학교급식 납품 응모를 위해 2019년 마늘탈피시설과 마늘 보관 전용 창고로 사용하기 위해서 건설비 OOO원의 막대한 비용을 투입하여 신축한 것으로, 이 같은 설비투자로 청구법인은 2020년부터 경기도로부터 적격 심사를 통해 학교급식용 마늘 납품 업체로 선정되어 납품하여 왔으며, 특히 2022년 계약 시에는 마늘 저장 계약서를 별도 작성하여 관리 의무가 청구법인에 있고, 마늘 저장을 별도 지급받았기에 임차법인에 이 창고를 임대해 주었다면 계약위반이 되고 경기급식 납품도 할 수 없게 됨은 물론 별도의 과태료를 물게 되는데 이 같은 정황을 감안해 보면 쟁점건축물을 임차법인에 임대해 왔다는 것은 사실과 다른 어불성설이며, 청구법인의 경우 학교급식 농산물 전처리 및 식품가공 제조업체인 농업 법인이어서 식품위생법의 제재를 수시로 받는바, 2020년 9월 14일부터 2020년 9월 25일까지 부정, 불량 식품 제조 등 불법행위광역단속 목적으로 시행한 2020년 9월 21일 경기도 민생특별사법경찰단에 의해 작성된 확인서에 의하면 청구법인에 대해 영업장 면적 변경 신고 미실시의 위반사항으로 ‘추가된 영업시설(창고, 780㎡): 보관물품(양파 약 10t, 마늘 약 200t, 식품가공품 천연향신료 약 1~2t, 과채가공품 약 300~500kg / 소재지(OOO)라고 적시되어 있는바, 양평군으로부터 2020년 12월 23일 식품위생법 제37조제5항 ‘영업장의 면적을 변경하고 변경 신고를 하지 않음’을 이유로 시정명령을 받았는데 이를 보더라도 2020년 9월 당시 건물에 마늘 200t과 양파 10t 등이 저장 보관되어 있음을 확인할 수 있는바, 이 또한 청구법인이 임차법인에 2020년 당시 쟁점건축물을 실제 임대하고 있지 않고 청구법인이 마늘 전용보관전용창고로 사용하고 있음을 반증하는 증거이다. 따라서, 처분청은 쟁점건축물을 사용하고 있는 사실이 확인된 이상 청구법인이 다른 용도로 사용한 것으로 보아 추징사유가 발생하여 취득세 납세의무가 성립한 것이라 하나 임차법인이 쟁점건축물을 임차 사용한 것은 사실이 아니고 오히려 단순 명의일 뿐이며 청구법인이 직접 마늘전용창고로 사용해 왔음을 반증하는 모든 증거들이 사실로 입증되고 있음을 감안할 때 이는 당초 취득세 감면의 대상이 된 신축 과세물건이 임대 사업에 공하지 않았음에 납세의무가 성립되지 아니하였기에 실질과세 원칙에 의거, 당초 처분은 기각 결정되어야 타당할 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건축물을 취득(2019.12.6.)한 후, 농업회사법인이 농산물보관창고로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세를 경감받았으나, 청구법인은 2020.1.2. 임차법인과 쟁점건축물을 소재지로 하여 임대차계약을 체결하고 임차법인은 쟁점건축물을 본점 소재지로 등록하였으며 쟁점건축물을 소재지로 하여 법인지방소득세, 근로소득에 대한 특별징수분 지방소득세를 납부하여 청구법인이 쟁점건축물을 소유주체로서 해당 용도로 직접 사용한 것으로 보기 어렵고, 쟁점건축물 임차법인의 법인격 또는 영업활동 등을 부인할 수는 없는 점, 쟁점건축물을 임대한 경위가 형식상 사업자 등록을 하기 위함이며 무상으로 하였다는 주장은 직접 사용 여부를 판단함에 있어 영향을 미치지 않는다 할 것(조심2017지0565, 2017.8.9. 참조)이고, 임차법인이 이후 사업장 정정신고를 하였다 하더라도 달리 볼 것은 아닌 점, 임차법인이 쟁점건축물을 사용하고 있는 사실이 확인된 이상 청구법인이 다른 용도로 사용한 것으로 보아 추징 사유가 발생하여 취득세 납세의무가 성립한 것이고 청구법인이 마늘보관창고로 직접 사용하고 있다하더라도 이미 성립한 납세의무에는 영향이 없다 할 것이며, 지방세특례제한법 제11조 제3항 제2호에서 정당한 사유에 대하여 별다른 규정을 두고 있지 아니한 이상 정당한 사유의 존부를 다투는 것이 허용되지 않는다 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 부과·고지한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점건축물 취득 후 감면 유예기간 내에 임대한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 청구법인은 농산물의 유통, 가공, 판매를 목적으로 하여 2007.8.20. 설립되었으며, 본점 소재지는 OOO인 것으로 확인된다. (나) 임차법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 임차법인은 농산물의 유통, 가공, 판매 등을 목적으로 하여 2019.12.24.에 설립되었으며, 본점 소재지는 쟁점건축물의 소재지였다가 2022.9.13. OOO로 변경한 것이 확인된다. (다) 청구법인은 2020.1.2. 임차법인에게 이 건 부동산을 2020.1.2. 〜 2022.1.1. 기간 동안 보증금 OOO원, 월세 OOO원에 임대하는 임대차계약서을 작성하였다. (라) 청구법인은 2021.3.11. 임차법인과 이 건 부동산 중 쟁점건축물 외 컨테이너사무실 27㎡ 부분만을 2021년 3월부터 12개월 기간 동안 보증금 OOO원(계약과 동시에 지불), 월세 무상으로 변경하여 임대하는 임대차계약을 다시 체결하면서, 특약사항으로 임차법인은 동식물재배사 준공시 임대부동산을 청구법인에게 원상복구하여 반환한다는 내용을 기재하였다. (마) 국세청 사업장연계자료(연계일시 2022.8.22.)에 따르면, 임차법인의 사업장 소재지는 이 건 부동산 소재지인 것으로 확인되고, 사업장 임차면적은 쟁점건축물 면적 780㎡와 동일한 면적으로 나타난다. (바) 처분청은 2021.4.14. 임차법인에게 사업장면적을 780㎡로 하여 2020년도 주민세 재산분을 수시부과 하였으며, 임차법인은 2021.4.30. 이를 납부하였고, 2021.3.29. 이 건 부동산 소재지를 단일사업장으로 하여 2020년도 법인지방소득세를 신고·납부한 반면, 청구법인의 주민세 재산분 사업장 면적 신고내역을 보면, 2019년도 2,090㎡에서 2020년도에는 2,930㎡로 840㎡가 증가한 것으로 나타나고, 그 증가면적에는 쟁점건축물 면적 780㎡와 컨테이너 면적이 반영된 것으로 보인다. (사) 처분청은 2차례(2020.5.27., 2021.10.7.) 쟁점건축물을 출장하여 아래와 같이 현장 출장복명서를 작성하였다. ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 2020.9.21. 경기도 민생특별사법경찰단에게 청구법인이 쟁점건축물 면적을 2019년 12월경부터 양파, 마늘 등의 보관창고로 사용하고 있음에도 불구하고 청구법인의 사업장 면적으로 추가하는 사업장 면적 변경신고를 하지 않았다는 이유로 단속된 후, 처분청(보건정책과)으로부터 2020.12.23. 식품위생법제37조 제5항에 따른 행정처분을 받았다. (자) 청구법인이 제출한 2020년도 표준대차대조표에 의하면, 임대보증금계정금액은 없는 것으로 나타난다. (차) 청구법인은 2020년 8월 〜 2022년 10월 기간 동안 경기도농수산진흥원과 청구법인이 각각 서명한 피마늘 재고확인서를 제출하였으며 그 내용은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 피마늘 재고확인서 날짜 재고 수량(kg) 날짜 재고 수량(kg) 2020.8.31. 225,857.5 2021.10.29. 98,812 2020.9.29 219,281.5 2021.11.30. 183,215 2020.10.30. 199,406 2021.12.31 153,680 2020.11.30. 170,685 2022.8.31. 185,546 2020.12.31. 162,623 2022.9.30. 158,716 2021.8.31. 143,936 2022.10.31. 127,770 2021.9.30. 120,232 2022.11.30. 91,905

(2) 지방세특례제한법제11조 제1항은 일정한 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2020.1.2. 임차법인과 쟁점건축물을 임차하는 임대차 계약을 체결하였고, 임차법인이 쟁점건축물 소재지로 하여 본점 소재지로 등록하는 등 청구법인이 쟁점건축물을 유예기간 내에 다른 용도로 사용하였다는 의견이다. 청구법인이 2020.1.2. 임차법인과 쟁점건축물을 임차보증금 OOO원에 임대하는 임대차계약서를 작성한 사실과 임차법인에게 쟁점건축물을 사업장으로 2020년도 주민세 재산분을 부과하여 이를 납부하였고 법인지방소득세를 신고·납부하였으므로 외관상 임차법인이 쟁점건축물을 사용한 것으로 볼 수 있지만, 청구법인이 임대차계약을 체결하여 준 것은 임차법인의 사업자등록 발급을 위해 임차법인에게 편의를 제공한 것으로 보이고, 편의를 제공받은 임차법인 입장에서 2020년도 주민세 재산분도 소액인 점을 고려하여 임차법인이 정당한 납세의무자인지 여부에 상관없이 임차법인이 임의로 납부한 것으로 보이며, 실제 임대차 보증금 지급 사실도 확인되지 않는 점 등에 비추어 임차법인에게 실제 임대하였다고 단정하기 어려운 점, 오히려, 경기도 민생특별사법경찰단은 2020.9.21. 단속 결과에 따르면, 쟁점건축물을 청구법인이 2019년 12월경부터 사업장 변경신고 없이 양파, 마늘 등의 보관창고로 직접 사용하고 있었다는 사실을 확인하였고, 처분청(보건정책과)은 이를 식품위생법위반으로 보아 행정처분한 사실이 인정되는 점, 2020년 1월부터 7월까지는 마늘이 출하되지 않아 쟁점건축물이 비어 있었고, 8월 이후부터는 학교급식용으로 사용되었다는 청구주장에 대하여 경기도농수산진흥원에 의해 확인되고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점건축물을 영농에 직접 사용하였다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인이 쟁점건축물을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제한다.