조세심판원 심판청구 법인세

청구법인의 부설기관(대안학교)이 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하고 있으므로 이 건 지방세 등(쟁점가산세 포함)의 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023지3777 선고일 2024-05-08 조세심판원

[요지] 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 5년 이내에 임차인에게 대안학교로 임대한 것은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우로 보이고, 임차인은 2018.12.31. 청구법인으로부터 쟁점부동산을 유료로 임차하여 대안학교 용도로 사용한 것에서 볼 때 2019년도 내지 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 쟁점부동산을 종교행위 목적사업에 사용중이었다고 보기가 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시부터 청구법인의 부설기관(대안학교)에 임대한 것은 지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2항 단서의 추징사유에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지방세 등(쟁점가산세 포함)을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.1.30. 경기도 화성시 OOO건축물 및 그 부속토지(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 2019.2.15. 처분청으로부터 지방세특례제한법제50조 제1항 본문에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았고, 처분청은 2019년도 내지 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 이 건 부동산을 지방세특례제한법제50조 제2항 본문에 따른 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 것으로 보아 2019년도 내지 2022년도 건축물분 및 토지분 재산세 등을 2019.7.10. 등에 면제받았다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산 중 제OOO호 및 제OOO호 건축물 및 그 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 지방세특례제한법제50조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 또는 종교 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 면제 받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원[가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함하고, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다]과 지방세특례제한법제50조 제2항 본문 및 단서에 따른 2019년도 내지 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 종교 용도로 직접 사용하지 않거나 또는 수익사업에 사용한 것으로 보아 기 면제 받은 재산세 등 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 하고, 이 건 취득세 등과 합하여 이하 “이 건 지방세 등”이라 한다)을 각 2023.5.10. 및 2023.5.15. 청구법인에게 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 부동산을 예배 등 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였고, 그 취득일 이후 이 건 심판청구일까지 정기적인 예배 장소로 사용하고 있으며, 청구법인의 부설기관인 OOO선교회(이하 “임차인”이라 한다)에게 쟁점부동산을 임대(전세보증금 OOO원, 월세 없음)하여 정기적인 예배 시간 외에 선교와 전도, 성경 교육 등의 장소로 사용하도록 하고 있는바, 쟁점부동산이 종교행위를 목적으로 직접 사용되었는지 여부는 쟁점부동산 취득자인 청구법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 사용관계를 기준을 판단하여야 할 것이고, 이 때 종교행위를 목적으로 사용하는 사업에는 동일한 신앙을 가진 사람들이 공동으로 종교의식을 거행하는 것뿐만 아니라 선교와 교육활동 등까지도 포함되는 것이며, 청구법인의 경우 교인들의 신앙훈련과 교육을 제공하고 성경의 가르침에 따른 훈육 등을 목적사업으로 하고 있고, 이를 위해 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산에서 학생소그룹 모임, 찬양‧악기연습, 성경공부 등이 이루어지고 있는바, 이러한 행위는 신앙의 구체적 실현방식으로서 종교의식, 예배, 축전, 종교교육 또는 이를 위한 필수적인 준비행위에 해당되고, 설령, 정기예배 시간 외에 종교교육 외의 활동에 쟁점부동산이 사용되고 있다 하더라도 정기 예배가 집중적으로 이루어지는 시간 외의 시간을 사용현황을 들어 다른 용도로 사용되었다고 보는 것은 합리적이지 않으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지방세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 청구법인이 쟁점부동산을 종교행위 목적으로 직접 사용한 것으로 보지 않는다고 하더라도 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하고 있다고 스스로 판단하여 취득세 신고의무 이행을 기대하는 것은 현실적으로 무리가 있었으므로 쟁점가산세는 면제되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다는 것은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하므로 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 면제대상이 되는 것은 취득자가 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다. 청구법인의 경우 이 건 부동산을 취득한 후 이를 청구법인이 직접 사용하였어야 함에도, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 청구법인이 직접 사용하지 아니하고, 청구법인과 대표자를 달리하고 있고 별도의 사업자등록을 한 독립된 비영리사업자인 임차인에게 임대하였고, 임차인은 청구법인이 이 건 부동산을 취득(2019.1.30.)한 후, 계속하여 쟁점부동산을 종교목적 이외의 용도로 사용한 점, 청구법인은 이 건 부동산의 취득세 감면 신청 당시 감면의무 위반 시 추징 안내 사항에 대하여 확인하고 날인한 점, 설령, 청구법인이 추징 규정에 대하여 알지 못하였다고 하더라도 그에 대한 책임은 근본적으로 납세의무자인 청구법인에게 있는 것인 점 등을 종합하여 볼 때 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 또는 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보고 이 건 지방세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구법인의 부설기관(대안학교)이 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하고 있으므로 이 건 지방세 등(쟁점가산세 포함)의 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2019.1.30. 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 2019.2.15. 처분청으로부터 지방세특례제한법제50조 제1항 본문 규정에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았고, 청구법인이 2019.2.15. 처분청에 취득세 등 감면신청 당시 아래 고유목적확인서를 함께 제출한 것으로 확인된다. ◯◯◯ (나) 청구법은 2018.12.20. 임차인과 쟁점부동산을 목적물로 하여 아래와 같이 임대차계약을 체결한 것으로 확인된다. ◯◯◯ (다) 임차인의 사업자등록증명을 보면, 대표자를 aaa으로, 쟁점부동산을 사업장소재지로, 2008.8.12. 설립된 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인의 2022.1.8. 결의된 정관상 임차인 관련한 부분은 제1조(명칭)에 “본 교회는 OOO선교회 및 OOO(심리상담센터)을 부설기관으로 둔다”고 기재되어 있는 부분이고, 임차인의 2008.8.12. 결의된 정관(이하 “임차인의 정관”이라 한다)상 청구법인 관련한 부분은 제3조(소속 및 주소)에 “교육선교회는 OOO 부설기관으로 소속한다”고 기재되어 있는 부분이다. (마) 임차인의 정관 제2조(목적)를 보면 “교육선교회는 OOO공동체가 하나님으로부터 받은 사명을 보다 잘 수행하도록 지원하고 교회와 학교와 가정이 OOO공동체의 교육철학을 널리 전파하는 것을 목적으로 한다”고 기재되어 있고, 제4조(사업)의 내용은 아래와 같고, OOO공동체의 2023년도 수업시간표를 보면, 매주 5일 수업이 있고, 매일 초등과정은 6∼7시간의, 중등과정은 8시간의 교과수업(영어, 수학, 국어 등)이 있는 것으로 확인된다. ◯◯◯ (바) 처분청이 제출한 임차인 입학지원서류 목록 중 학부모 서약서 및 재정에 대한 서약서가 있고, 그 주요내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (사) 처분청은 2023.3.6. 이 건 부동산에 출장한 후 작성한 결과보고서를 보면 이 건 부동산 중 쟁점부동산은 임차인이 OOO학교 용도로 사용되는 것으로, 나머지 이 건 부동산은 청구법인이 종교용도로 직접 사용중으로 확인되어 기 면제 받은 취득세 등에서 쟁점부동산에 대한 부분은 추징대상에 해당한다고 보고 한 것으로 확인된다. (아) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산 중 쟁점부동산을 지방세특례제한법제50조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 또는 종교 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등과 지방세특례제한법제50조 제2항 본문 및 단서에 따른 2019년도 내지 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 종교 용도로 직접 사용하지 않거나 또는 수익사업에 사용한 것으로 보아 이 건 재산세 등을 각 2023.5.10. 및 2023.5.15.에 청구법인에게 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우라고, 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고, 그 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등을 할 수 있는 최소한의 종교시설물 등의 여건이 갖추고 정기적이고 지속적으로 종교행위가 이루어지는 곳이어야 하고, 종교시설물이라고 보기 어려운 장소에서 일시적으로 종교행위에 사용되었다 하여 그 부동산을 종교목적 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이다. (다) 청구법인은 청구법인의 부설기관(대안학교)이 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하고 있었으므로 이 건 지방세 등(쟁점가산세 포함)의 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 5년 이내에 임차인에게 대안학교로 임대한 것은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우로 보이고, 설령, 청구법인이 일시적으로 쟁점부동산을 종교행위에 사용하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아닌 점, 청구법인은 2019.1.30. 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 2019.2.15. 처분청에 취득세 등 면제신청을 하면서 고유목적확인서를 제출하였고, 그 확인서에 추징사유 등이 구체적으로 기재되어 있었던 것에서 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용할 경우 이 건 취득세 등(쟁점가산세 포함)이 추징된다는 것을 사전에 알고 있었을 것으로 추정되는 점, 임차인은 2018.12.31. 청구법인으로부터 쟁점부동산을 유료로 임차하여 대안학교 용도로 사용한 것에서 볼 때 2019년도 내지 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 쟁점부동산을 종교행위 목적사업에 사용중이었다고 보기가 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시부터 청구법인의 부설기관(대안학교)에 임대한 것은 지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2항 단서의 추징사유에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지방세 등(쟁점가산세 포함)을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)