[요지] 청구법인이 쟁점토지에서 이 건 창고용 건축물을 신축하기 위하여 국토계획법및 도시계획 조례등에 따라 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위허가를 받아야 하는 것을 모르거나 그 사유로 인하여 건축허가를 변경 등을 받기 위하여 추가로 시간이 소요된 것은 감면유예기간(1년)을 경과한 것에 대한 정당한 사유로 보기가 어려움.
[요지] 청구법인이 쟁점토지에서 이 건 창고용 건축물을 신축하기 위하여 국토계획법및 도시계획 조례등에 따라 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위허가를 받아야 하는 것을 모르거나 그 사유로 인하여 건축허가를 변경 등을 받기 위하여 추가로 시간이 소요된 것은 감면유예기간(1년)을 경과한 것에 대한 정당한 사유로 보기가 어려움.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내 고유목적에 직접 사용하지 못한 것은 처분청이 부당하게 “개발행위허가 관련 도시계획위원회의 심의를 받을 것”을 보완 요구한 데서 기인한 것으로 이는 처분청의 귀책사유라고 할 것이므로 청구법인이 취득한 날로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데는 ‘정당한 사유’가 있다. 청구법인의 두차례 건축허가 신청과 관련하여 처분청은 청구법인이 2019년경 개발행위허가 등을 받아 준공된 연접한 제주특별자치도 제주시 OOO토지 9,965㎡(이하 “OOO센터 부지”라고 한다)의 사업과 쟁점토지의 농업용 창고용 건축물(이하 “이 건 창고용 건축물”이라 한다) 신축사업을 하나의 사업으로 보아 제주특별자치도 도시계획 조례 제26조에 따른 도시계획위원회의 심의대상으로 판단하여 그 심의를 받을 것을 보완 요구하였으나 다음과 같은 사유로 잘못된 행정요구이다. 첫째, 2011.3.9. 대통령령 제22703호로 개정된 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(이하 “국토계획법 시행령이라 한다)에서 연접개발에 관한 규정이 삭제되어 더 이상 도시계획위원회 심의대상 토지의 형질변경 면적을 산정할 때 연접하는 토지의 면적을 산정하는 기준이 없어졌고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법이라 한다) 제58조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제55조 제1항에 따라 개발행위허가의 기준 중 하나로서 각 용도지역별로 허용되는 토지의 형질변경 면적을 규정하고 있고, 국토계획법 시행령제53조 제3호 나목에 따르면 “토지의 형질변경 면적은 형질변경이 이루어지는 당해 필지의 총면적”을 말하는바, 연접한 토지에 대하여 개별적으로 개발행위허가가 신청된 경우 허가권자는 연접한 토지를 합산하여 그 면적을 산정할 것이 아니라 원칙적으로 각 필지별로 개발행위 규모를 산정하는 것이라고 할 것이고, 청구법인의 당초 건축허가 신청과 관련된 토지 형질변경 대상 면적은 4,891㎡이므로 원칙적으로 도시계획위원회의 심의 대상이 아니다. 둘째, 하나의 사업일 경우 도시계획위원회의 심의 대상을 판단할 때 연접토지를 합산하여 대상 면적의 해당 여부를 결정한다고 하여도 쟁점토지에 이 건 창고용 건축물 신축사업은 그 건축물의 주 용도가 창고시설이고 OOO센터 부지의 건축물 주 용도는 공장이기 때문에 건축법상 건축물의 용도 자체가 다르며, OOO센터 부지와 관련된 개발행위허가는 2019년경에 이루어진 것으로 쟁점토지를 매입하기도 전이었으므로 쟁점토지에 이 건 창고용 건축물 신축사업은 기존 개발행위허가를 받아 준공된 필지와는 별개의 사업이므로 처분청(허가권자)의 보완 요구는 잘못된 것이다. 셋째, 처분청의 판단대로 쟁점토지에 대한 개발행위허가가 동일한 사업에 해당되어 하나의 사업으로 보아 연접토지를 합산한다고 하여도 제주특별자치도 도시계획 조례 (이하 “도시계획 조례”라 한다) 제26조 제1항 제2호 다목 (4)에서 “기존 공장 부지를 50퍼센트 범위에서 확장하는 경우”에는 도시계획위원회의 심의 제외 대상임을 명백하게 규정하고 있고, 청구법인의 OOO센터 부지 지상 건축물의 주 용도가 공장이며, 준공된 필지의 면적이 9,965㎡이고 쟁점토지의 면적은 4,891㎡이므로 이는 도시계획위원회의 심의 제외 대상에 해당한다고 할 것이므로 당초 청구법인의 건축 허가 신청의 건과 관련된 개발행위는 도시계획위원회 심의 대상이 아니다.
(2) 한편, 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으므로 “정당한 사유”가 인정되어야 한다. 청구법인은 이 건 창고용 건축물 신축경과와 관련한 사실관계를 다음과 같이 열거하고 있다. 쟁점토지를 취득한 직후인 2020.2.4. 이 건 창고용 건축물 신축사업을 위한 설계용역계약을 체결하여 건축허가를 위한 준비에 착수하였고, 2020.4.28.부터 건축계획심의를 진행하여 2020.6.9. 원안 동의 결정을 받았고 2020.6.25. 건축허가를 신청하였다. 처분청은 2020.7.24. 청구법인의 이 건 창고용 건축물 신축관련 건축허가 신청에 대하여 이전에 허가받은 사업과 하나의 사업으로 판단된다고 보아 도시계획 조례 제26조 기준에 의거 자연녹지지역에서 토지 형질변경이 10,000㎡ 이상인 경우로 도시계획위원회 심의를 득할 것을 청구법인에게 보완 요구하였다. 청구법인은 도시계획위원회의 심의에 소요되는 기간이 최소 6개월인 점과 OOO원이 넘는 관련 용역비를 고려하지 아니할 수 없었고 결국 2020.8.14. 사업 재검토를 위해 건축허가 신청을 취하하였다. 이후, 2021년도 사업계획으로 이 건 창고용 건축물 신축 관련 예산을 추가로 확보하였고, 2021.1.14. 건축허가 신청서를 다시 제출하였으나 2021.4.16. 처분청에서는 도시계획위원회의 심의를 득할 것을 재차 보완 요구하였고, 이에 청구법인은 2021년 5월부터 2021년 8월까지 도시계획위원회의 심의 절차를 문제로 담당 부서와 면담을 진행하였으며, 종국에는 당초 이 건 창고용 건축물 건축 신축사업을 로컬푸드직매장 건축(이하 “이 건 판매용 건축물”이라 한다) 사업으로 설계변경 하기로 하며, 도시계획위원회의 심의는 진행하지 아니하는 것으로 협의를 보았다. 이에 따라 청구법인은 2021.8.26. 이 건 판매용 건축물 신축 설계용역 계약을 체결하였고, 비록 2021년 9월부터 2022년 3월경까지 처분청의 공유재산 교환요청으로 상당한 기간이 소요되기는 하였으나, 2022년도 사업계획을 통해 이 건 판매용 건축물 신축 예산을 확보하였으며, 2022.3.8. 이 건 판매용 건축물 신축을 위한 건축계획심의를 접수하였고, 2022.3.10. 처분청으로부터 건축심의에 대한 원안 동의 결정을 받았으며, 최종적으로 2022.5.18. 건축허가를 재 신청하여 별도 도시계획위원회 심의 없이 건축허가를 받았다. 이처럼 청구법인은 처분청의 부당한 보완 요구와 공유재산 교환요청으로 인한 기간 소요에도 쟁점토지를 취득하고 1년 내 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 1년 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 “정당한 사유”가 있다.
(3) 처분청의 공유재산 교환요청으로 쟁점토지 지상에 건축물 신축사업과 관련한 재설계 등이 필요했으며 이에 많은 기간이 소요되었고, 이는 청구법인이 예측할 수 없는 외부적 요인이라고 할 것이므로 이러한 사항도 “정당한 사유”를 판단하는 데 아울러 참작되어야 한다. 도시계획위원회의 심의 보완과 관련된 문제가 해결된 직후 청구법인은 곧바로 해당 사업에 착수하고자 하였으나, 처분청은 2021.8.31. OOO 부지 등을 확보하기 위하여 쟁점토지와 바로 연접한 제주특별자치도 제주시 OOO토지(이하 “도 소유 공유재산”이라 한다)를 청구법인 소유의 제주특별자치도 제주시 OOO토지와 교환할 것을 내용으로 한 사업계획서를 청구법인에게 제출하였고, 상기한 바와 같이 청구법인은 2021년 9월부터 2022년 3월까지 교환 가능 여부에 관하여 논의를 진행하였는바, 논의 기간중에는 청구법인 또한 사업 부지의 변경 가능성으로 인한 설계변경 사항이 발생할 수 있어 이에 대한 검토 작업으로 인하여 건축허가 절차가 중단될 수밖에 없었으며, 이후 청구법인은 빠른 시일 내에 바로 설계 변경하여 건축심의를 신청하였고, 원안 동의 결정 통보를 받은 직후 건축허가를 신청하는 등 쟁점토지를 직접 사용하기 위해 최선을 다하였다. 처분청의 공유재산 교환요청은 청구법인이 예측할 수도, 의도하지도 아니한 것으로 조세심판원에서도 이와 비슷한 사례를 외부적 사유로 보아 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유를 인정한 경우가 있으므로 청구법인의 경우도 이를 외부적 요인으로 보아 정당한 사유를 인정해 주어야 한다.
(1) 원칙적으로 개발행위에 대한 도시계획위원회의 심의가 필요한 대상을 판단함에 있어 토지 형질변경 면적 기준은 각 필지별로 산정하여야 하고 청구법인의 당초 건축허가 신청 면적은 4,981㎡이므로 처분청의 보완 요구는 부당하다는 주장에 대하여 보면, 첫째 2021.1.12. 법률 제17898호로 개정된 국토계획법 제59조 제1항에서 같은 법 제56조 제1항 제1호부터 제3호까지의 행위 중 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위를 이 법에 따라 허가 또는 변경허가를 하거나 다른 법률에 따라 인가·허가·승인 또는 협의를 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다고 하고 있다. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 “제주특별법”이라고 한다) 제406조 제9항에서는 국토계획법 제56조 제1항 각 호 외의 부분 본문 및 제59조 제1항(대통령령으로 정하는 행위에 한정한다)에서 대통령령 또는 국토교통부령으로 정하도록 한 사항은 도조례로 정할 수 있다고 하고 있는데, 관련 조례를 살펴보면, 도시계획 조례제26조 제1항 제1호에서 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 목적으로 하는 토지의 형질변경으로서 그 면적이 제23조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 규모 이상인 경우에는 개발행위에 대한 도시계획위원회의 심의를 받아야 한다고 하고 있고, 같은 조례제23조 제1항 제1호 라목에서 자연녹지지역인 경우 그 규모를 10,000㎡ 미만이라고 정하고 있다. 한편 국토계획법 시행령제56조 제4항에서 개발행위허가기준에 대한 세부적인 검토기준을 정할 수 있다고 하고 있고, 2019.8.29. 국토교통부훈령제1218호로 일부개정된 개발행위허가운영지침(이하 “개발행위허가운영지침”이라고 한다) 제3장 제1절 3-1-1. 개발행위허가의 규모 (1)을 살펴보면, 토지의 형질변경을 하는 경우 다음의 면적(개발행위 시기에 관계없이 기존 대지를 확장하는 경우에는 그 기존 대지의 면적을 포함한다. 다만, 확장면적이 기존 대지 면적의 100분의 5 이하이고 용도지역별 개발행위허가 규모 이하인 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 2회 이상 확장할 때는 누적면적을 기준으로 한다) 이상으로 개발할 수 없다고 하고 있으며, 같은 절 3-1-1 (1) ①에서 도시지역 내 자연녹지지역 10,000㎡를 명시하고 있다. 이상 도시계획위원회의 심의와 관련된 상기 법령을 다시 살펴보면, 개발행위허가와 관련하여 국토계획법및 도시계획 조례에 따른 용도지역별 개발행위허가 기준면적 이상의 형질변경이 있는 경우 도시계획위원회의 심의를 받도록 하고 있으며, 개발행위허가운영지침을 통해 그 개발행위허가 면적을 산정할 때는 개발행위 시기에 관계없이 기존 대지를 확장하는 경우에는 그 기존 대지 면적을 포함하도록 하고 있는바, 청구법인의 경우 OOO센터 부지의 사업 면적이 9,965㎡이고, 쟁점토지 지상에 이 건 창고용 건축물 신축사업과 관련된 토지 형질변경 대상 면적이 4,891㎡였으며, OOO센터 부지의 사업을 확장한 쟁점토지의 사업은 당초 사업과 하나의 사업이므로 그 면적을 합산하면 자연녹지지역 내 기준면적인 10,000㎡를 초과하여 당연히 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위가 되므로 처분청의 보완 요구가 부당하다는 청구법인의 주장은 잘못된 것이다. 한편 청구법인이 제시한 근거 중 하나인 2011.3.9. 대통령령 제22703호로 일부개정 되어 같은 날 시행된 국토계획법 시행령에서 연접개발에 관한 규정이 삭제된 내용은 청구법인이 제출한 자료에서 확인할 수 있듯이 오히려 연접개발 제한을 폐지하는 대신 건축물 등의 종류 및 규모에 관계없이 개발행위 허가 전에 도시계획위원회의 심의를 거치도록 하여 그 규정이 강화된 개정 법령이고, 청구법인의 주장과 상반된 내용의 개정사항으로 청구법인의 주장을 뒷받침할 만한 적합한 근거가 아니라고 할 것이다. 둘째 쟁점토지 지상의 이 건 창고용 건축물 신축사업은 청구법인의 OOO센터 부지의 사업과는 별개의 사업이므로 두 연접 필지를 합산하여 도시계획위원회의 심의 대상이 된다고 판단한 것은 처분청의 귀책이라는 주장에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점토지 지상의 이 건 창고용 건축물 신축사업이 OOO센터 부지의 사업과 별개의 사업이라고 주장하지만, 청구법인이 쟁점토지 지상에 이 건 창고용 건축물 신축사업과 관련하여 취득세 등 감면 신청할 당시 제출한 사업계획을 살펴보면 “사업추진명”이 “OOO센터 확충을 위한 인근부지 매입의 건”이고, “사업추진개요”에 “OOO센터 부지 내 설계를 검토하였으나 부지 협소로 인하여 주차시설이라던지 대형차량이 통행하는데 어려움이 있어 쟁점토지를 매입한다”라고 하였으며, “향후 계획”에는 “인근 부지(쟁점토지) 추가 매입을 통한 감귤류, 키위, 단호박 등 종합 유통시설을 확충하여 신속하게 관내 출하 물량을 처리하여 농가 소득증대 및 편익을 도모하겠다”.라고 되어 있는 점에 미루어 보아 쟁점토지 매입은 개별 사업을 위한 것이 아니라 OOO센터 부지의 사업인 OOO센터의 확충을 위한 것이므로 두 연접 필지의 사업은 하나의 사업임이 확실하다. 그럼에도 불구하고, 감면된 지방세가 추징된 현 시점에 와서야 비로소 건축법상 주 용도가 공장과 창고시설로 다르다는 점만을 들며, 당초 쟁점토지의 농업용 창고 신축사업은 OOO센터 부지의 사업과는 별개의 사업이니 두 연접한 필지의 개별 사업을 하나의 사업으로 보아 도시계획위원회의 심의 대상으로 본 처분청의 보완 요구는 잘못된 것이라고 하는 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다. 셋째 도시계획 조례제26조 제1항 제2호 다목 (4)에서 “기존 공장 부지를 50퍼센트 범위에서 확장하는 경우”에는 도시계획위원회의 심의 제외 대상에 해당하고 쟁점토지와 관련된 개발행위 대상 면적 또한 기존 공장 부지의 면적 50퍼센트 범위에서 확장하는 경우이므로 처분청의 보완 요구는 잘못된 요구라는 주장에 대하여 보면, 도시계획 조례제26조 제1항에서 제주특별법제406조 제9항 및 같은 법 제59조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 행위를 말한다고 하며 각 호에 도시계획위원회 심의가 필요한 “대통령령으로 정하는 행위”를 열거하고 있는데, 제1호에는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 목적으로 하는 토지의 형질변경으로서 그 면적이 제23조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 규모 이상인 경우를 들고 있으며, 제2호에는 녹지지역, 관리지역, 농림지역 또는 자연환경보전지역에서 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 목적으로 하는 토지의 형질변경으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우라고 하며 그 가목에서 주택법 제15조에 따른 사업계획승인 대상인 경우를 들고 있고, 그 나목에서는 연면적의 합계가 5,000㎡ 이상인 건축물의 경우를 들고 있는 한편 그 다목에서는 그 가목 및 그 나목에도 불구하고 도시계획위원회의 심의를 받지 아니하는 경우를 열거하고 있는데 같은 목 (4)에서 청구법인이 주장하는 기존 공장 부지를 50퍼센트 범위에서 확장하는 경우가 나와 있다. 그렇지만, 청구법인의 건축허가 신청시 보완사항인 도시계획위원회 심의를 득하도록 한 규정은 청구법인이 주장하는 도시계획 조례제26조 제1항 제2호 다목 (4) 규정이 아니라 도시계획 조례제26조 제1항 제1호에 따라 ‘자연녹지지역에서 토지형질변경 면적이 10,000㎡ 이상인 경우’에 해당하여 심의를 득하도록 한 것이다. 그리고, 청구법인이 말하는 법령은 도시계획위원회의 심의를 받아야 하는 개발행위 중 주택법 제15조에 따른 사업계획승인 대상인 경우이거나 연면적의 합계가 5,000㎡ 이상인 건축물을 설치할 목적으로 토지의 형질변경을 하는 경우 중 도시계획위원회의 심의를 받지 아니하여도 되는 예외 규정 중 하나이고, 처분청의 도시계획위원회 심의를 득하라는 보완 요구와 관련된 토지의 형질변경은 일정 규모 이상의 형질변경에 해당하는 경우이므로 이 보완 요구와는 전혀 관계가 없는 법령이라고 할 것이다. 이를 종합하여 볼 때 도시계획위원회의 심의 대상에 대한 법령 및 감면당시 사업계획을 살펴본 결과 청구법인의 당초 건축허가 신청에 대한 처분청의 보완 요구는 적법하다는 것을 확인할 수 있고, 또한 청구법인의 주장과 같이 부당한 보완 요구라면 처분청이 청구법인에게 보완 요구를 할 당시 행정심판 등의 절차를 진행했어야 할 사항이지 동일한 내용으로 건축허가 신청과 보완 요구, “취하”를 반복하며 유예기간(1년)을 도과하고 감면받은 취득세 등이 추징된 후에야 비로소 당초 처분청의 보완 요구가 부당하고 이에 처분청에 귀책사유가 있으니 청구법인에게는 정당한 사유가 있다고 주장할 사항은 아니라 할 것이다.
(2) 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다는 주장에 대하여 보면 청구법인은 2020.1.16. 쟁점토지를 취득한 후 2020.6.25. 농업용 창고건물 신축을 위해서 처분청에 건축허가 신청서를 제출하였으나, “도시계획위원회의 심의를 득할 것”을 보완 요구받았고, 이를 이행하지 아니한 상태에서 2020.8.14. 청구법인의 내부사정으로 인해 건축허가 신청을 취하하였다. 청구법인은 5개월이 지난 후 2021.1.14. 위와 동일한 내용의 건축허가를 재신청하였고, 처분청으로부터 동일한 사항의 보완 요구를 받았으나 6개월이 지나서도 보완서류를 제출하지 아니한 채 2021.7.5. 청구법인의 내부사정으로 건축허가 신청을 다시 취하하였다. 이후 청구법인은 2021.8.26. 당초 이 건 창고용 건축물 신축사업에서 이 건 판매용 건축물 신축으로 변경하는 설계용역계약을 체결하였고, 사업계획서상 판매시설 운영 중 인접한 제주특별자치도 제주시 OOO토지 내에 있는 창고 등에 물건을 보관하거나 연관성 있는 행위를 하지 않도록 관리 운영하며, 신축건축물과 인접한 경계석 울타리는 허가 없이 철거하지 않도록 운영한다는 조건으로 사업계획 내용을 변경하여 2022.5.18. 건축허가를 재 신청하였고 2022.8.26. 건축허가를 받았으나, 바로 공사에 착수하지 않고 2022.9.28. 신축건물의 연면적을 증가시켜 건축 변경 허가신청을 하였고 2022.11.4. 건축 변경 허가를 받은 상태로 취득일로부터 3년이 도과한 2023.4.7. 현재 착공신고하였다. 청구법인은 이와 관련하여 당초 설계용역계약 체결 시 도시계획위원회 심의를 예정하지 아니하였고, 이를 해결하는 데 막대한 기간이 소요되었다고 주장하나, 이는 청구법인이 건물 신축사업을 하는 데 공법상의 제한이 없을 것으로 막연히 추측하거나 기대만 할 것이 아니라 쟁점토지의 취득에 있어서 공법상의 제한 및 관련 법령상 요구되는 인허가 관련 사항을 처분청이나 전문가에게 문의하는 등의 방법으로 면밀하게 검토하였어야 할 사항이고, 청구법인의 주장처럼 설사 쟁점토지를 취득할 당시 법령상 장애를 몰랐다고 하더라도 위와 같이 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 쟁점토지를 취득하였고, 취득 후 1년 내 쟁점토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면 그 법령상의 장애사유는 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. 또한 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였다고 주장하지만, 당초 건축허가 신청과 관련된 처분청의 보완 요구에 대한 문제는 해결하려고 하지 않고 동일한 내용의 건축허가 신청 및 자진 취하를 반복하며 건축허가를 받기 위한 준비조차 하지 못한 상태에서 감면유예기간(1년)이 경과하였는데 이러한 과정에서 처분청의 귀책사유는 없었으며, 오히려 농업용 건축물 신축 사업을 위한 추가 예산 확보 및 사업 재검토라는 청구법인의 내부사정으로 인해 보완사항이 조속히 완료되지 아니한 데 있을 것이므로 쟁점토지의 취득일로부터 3년이 도과한 2023.4.7.에서야 착공처리된 상황을 감안하여 보면 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날로부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고도 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 처분청과의 토지 교환 협의 및 체결로 인해 건축허가를 진행할 수 없었으므로 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 존재하므로 유예기간(1년) 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고도 주장하나, 청구법인은 처분청이 2021.8.31. OOO 부지 등을 확보하기 위해 쟁점토지와 바로 연접한 토지인 도 소유 공유재산과 청구법인 소유의 제주특별자치도 제주시 OOO토지를 교환하는 것을 내용으로 하는 사업계획서를 청구법인에게 제출하였고, 2021년 9월부터 2022년 3월까지 교환가능 여부에 관한 논의를 진행하였는바, 만약 교환이 이루어질 경우에는 사업부지의 변경 및 설계변경 사항이 발생할 수 있었기 때문에 이를 우려하여 토지 맞교환 협의가 진행되는 동안에는 건축허가를 진행할 수 없었다고 하며, 조세심판원 사례를 제시하며 청구법인에게는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 제시한 조세심판원의 사례는 “맞교환의 대상이 되는 토지가 바로 추징의 대상이 되는 심판 사건의 토지”이나, 청구법인이 처분청과의 교환계약으로 제공한 토지는 쟁점토지와 300m 이상 떨어진, 쟁점토지의 직접 사용과는 전혀 관련이 없는 부지이며, 청구법인이 교환계약으로 얻는 도 소유 공유재산은 쟁점토지와는 연접하였으나, 당초에는 청구법인의 사업부지로 포함되어 있지도 아니하였으므로 청구법인이 제시한 심판결정 사례와는 다르다고 할 것이다. 또한, 청구법인의 주장과 같이 토지 교환으로 사업부지의 변동 및 설계변경이 발생할 수 있음을 우려하여 청구법인이 건축물 신축사업을 중단하였다고 하더라도 이는 당초 사업부지로 포함되지 아니한 도 소유 공유재산을 쟁점토지 사업에 포함하여 설계변경을 할지의 결정이므로 청구법인의 내부적인 의사결정일 뿐이고, 처분청이 토지 교환을 요청한 것은 2021.8.31.이고 청구법인이 교환 여부를 검토한 것은 2021년 9월부터 2022년 3월까지로 이는 유예기간(2020.1.16.부터 2021.1.16.까지) 이후에 발생한 사후적 사정에 불과하여 유예기간 내 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하는지를 판단하는 데 고려되어야 할 사항이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2020.1.16. 쟁점토지를 OOO원에 매매로 취득한 후, 처분청으로부터 쟁점토지의 취득을 지방세특례제한법 제14조 제3항에 따른 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 85를 경감받고, 나머지 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부하였으며, 그 감면신청 당시 청구법인이 제출한 사업계획서를 보면 쟁점토지와 연접한 청구법인 소유의 OOO센터의 확충을 위한 인근 부지매입이라고 기재되어 있으며, 청구법인이 제출한 OOO센터의 주요현황은 아래와 같다. ◯◯◯ (나) 청구법인은 2020.2.4. 주식회사 OOOA(이하 “A”라 한다)와 쟁점토지 지상에 농업용 창고(720.72㎡)를 신축하기 위하여, 계약기간을 2020.2.4.부터 2020.6.30.까지로, 계약금액을 OOO원으로, 계약명을 “OOO농업용 창고 건립공사” 설계용역으로 하는 계약을 체결하였다. (다) 청구법인은 이 건 창고용 건축물 신축을 위하여 2020.4.28. 처분청에 건축법제4조의2 제1항에 따른 건축계획 심의를 신청하였으나, 2020.5.7. 처분청으로부터 아래의 사유로 재심의 결정을 받은 것으로 확인된다. ◯◯◯ (라) 청구법인은 이 건 창고용 건축물 신축을 위하여 2020.6.2. 처분청에 건축계획 심의를 재 신청하였으나, 2020.6.4. 처분청으로부터 아래의 사유로 다시 재심의 결정을 받은 후, 2020.6.9. 건축계획 심의를 재재 접수하여 원안 동의 결정을 받은 것으로 확인된다. ◯◯◯ (마) 청구법인은 2020.6.25. 이 건 창고용 건축물 신축을 위하여 처분청에 건축허가를 신청하였고, 처분청은 이에 대하여 2020.8.14.까지 아래와 같이 보완할 것을 통보하였다. (바) 청구법인은 2020.8.14. 이 건 창고용 건축물 신축을 위하여 기 신청한 건축허가를 취하하였고, 그 취하의 사유는 “당사 사정으로 인하여 건축 인·허가 민원 취하”라고 기재되어 있는 것으로 확인되고, 청구법인은 그 세부적인 취하사유를 도시계획법제59조 제1항에 따른 도시계획심의를 받기 위하여는 6개월 이상의 시간 및 OOO원의 용역비가 소요되어 그 소요되는 예산을 확보 후 진행하기 위하여 취하하였다고 주장하고 있으며, 2021년도 청구법인의 예산서를 보면 이 건 창고용 건축물 관련하여 OOO원이 기재되어 있는 것으로 확인된다. (사) 청구법인은 2021.1.14. 이 건 창고용 건축물 신축을 위하여 건축허가를 다시 신청하였고, 처분청은 이에 대하여 2021.4.16. 보완할 것을 통보하였고, 청구법인은 처분청의 보완지시에 대하여 2021.4.16.까지 “개발행위허가와 관련하여 협의 과정 중 시일이 걸림”을 사유로 들어 2021.5.31까지 보완 연기기간의 연장을 신청하였다가 2021.7.5. 다시 기 신청한 건축허가를 취하하였고, 그 취하의 사유는 “당사 사정으로 인하여 건축 인·허가 민원 취하”라고 기재되어 있는 것으로 확인된다. 이와 관련하여 청구법인은 그 세부적인 취하사유를 도시계획심의를 받기 위하여는 6개월 이상의 시간 및 OOO원의 용역비가 소요되어 그 소요되는 시간 및 예산을 줄이기 위하여 담당부서와 아래와 같이 협의하였다고 주장하고 있다. ◯◯◯ (아) 청구법인은 2021.8.26. A와 쟁점토지 지상에 당초 이 건 창고용 건축물 신축에서 이 건 판매용 건축물을 신축하는 것으로, 그 계약기간을 당초 2020.6.30.에서 2021.12.31.로 변경하는 설계용역 변경계약을 체결하였고, 청구법인은 이 변경계약을 다시 2021.12.22. A와 다시 납부기한을 2021.12.31.에서 2022.5.31.로 변경하는 설계용역 변경계약을 다시 체결한 것으로 확인된다. (자) 처분청은 2021.8.31. 관내 영농폐기물 집하장 부재로 신규설치 수요 증대에 따라 이 건 판매용 건축물의 부속토지인 도 소유 공유재산과 쟁점토지로부터 약 300m 거리에 소재한 청구법인 소유의 제주특별자치도 OOO토지를 교환하는 내용의 교환요청 의견서를 청구법인에게 제출하였고, 청구법인은 2021년 9월부터 2022년 3월까지 처분청과 교환계약에 대한 실무협의 진행하여 2022.3.25. 교환계약을 체결한 것으로 확인된다. (차) 청구법인은 2022.3.8. 처분청에 이 건 판매용 건축물 신축을 위하여 아래와 같이 건축심의를 신청하여, 2022.3.10. 처분청으로부터 원안 동의 결정을 받은 후, 2022.5.18. 처분청에 이 건 판매용 건축물 신축을 위한 건축허가를 신청하여 2022.8.26. 처분청으로부터 허가를 받았다가, 다시 2022.9.28. 건축면적 등을 변경*허가 신청하여 2022.11.4. 처분청으로부터 변경허가를 받았고, 2023.4.7. 처분청으로부터 착공수리통지를 받은 것으로 확인되며, 이 건 심판청구 심리일까지 준공되지 않은 것으로 확인된다. ◯◯◯ (카) 처분청은 2022.4.29. 쟁점토지에 출장한 후 아래와 같이 이 건 판매용 건축물 신축을 위한 착공이 진행되지 않은 임야상태라고 보고한 것으로 확인된다. ◯◯◯
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다)이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라 할지라도 부동산 취득 당시 유예기간 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설령, 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. (다) 청구법인은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 처분청에 제출한 사업계획서 등을 보면 쟁점토지는 OOO센터의 확충을 위해 매입한 것이고, 청구법인은 그 계획에 따라 쟁점토지 지상에 이 건 창고용 건축물 신축을 추진한 것으로 보이며, 그 당시 개발행위허가와 관련하여 국토계획법및 도시계획 조례등을 종합하여 볼 때 청구법인의 OOO센터 건축물의 부속토지 면적이 9,965㎡이고, 쟁점토지 지상에 이 건 창고용 건축물 신축과 관련된 부속토지의 면적이 4,891㎡로 OOO센터 사업을 확장한 쟁점토지의 사업은 당초 사업과 하나의 사업이라고 볼 수 있어 그 면적을 합산하면 자연녹지지역 내의 기준면적인 10,000㎡를 초과하여 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위허가를 받아야 하는 것으로 청구법인이 쟁점토지에서 이 건 창고용 건축물을 신축하기 위하여 국토계획법및 도시계획 조례등에 따라 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위허가를 받아야 하는 것을 몰랐거나 그 사유로 인하여 건축허가를 변경 등을 받기 위하여 추가로 시간이 소요된 것은 감면유예기간(1년)을 경과한 것에 대한 정당한 사유로 보기가 어려운 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득(2020.1.16.)한 후 감면유예기간(1년)을 약 2년 9개월이 경과한 후에야 이 건 판매시설용 건축물을 신축하기 위한 건축허가(2022.11.4.)를 받고, 약 3년 2개월을 경과한 시점에 착공하여 이 건 심판청구 심리일까지 준공되지 않은 것 등에서 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 감면유예기간(1년) 내에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로도 보기가 어려운 점, 한편, 청구법인이 제주특별자치도지사와 이 건 판매용 건축물의 부속토지인 도 소유 공유재산과 쟁점토지로부터 약 300m 거리에 소재한 청구법인 소유의 제주특별자치도 조천읍 OOO토지를 교환한 것은 궁극적으로 볼 때 청구법인이 이 건 판매용 건축물의 신축을 위하여 필요했던 것으로 양 토지간의 교환을 위해 시간이 소요된 것의 사유를 외부적 사유라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 제14조(OOO 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ OOO법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여 하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조(개발행위의 허가) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하 “개발행위”라 한다)를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가(이하 “개발행위허가”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시ㆍ군계획사업(다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 의제한 사업을 포함한다)에 의한 행위는 그러하지 아니하다.
1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치
2. 토지의 형질 변경(경작을 위한 경우로서 대통령령으로 정하는 토지의 형질 변경은 제외한다)
3. 토석의 채취
4. 토지 분할(건축물이 있는 대지의 분할은 제외한다)
5. 녹지지역ㆍ관리지역 또는 자연환경보전지역에 물건을 1개월 이상 쌓아놓는 행위 제59조(개발행위에 대한 도시계획위원회의 심의) ① 관계 행정기관의 장은 제56조 제1항 제1호부터 제3호까지의 행위 중 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위를 이 법에 따라 허가 또는 변경허가를 하거나 다른 법률에 따라 인가ㆍ허가ㆍ승인 또는 협의를 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다.
(3) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제406조(국토의 계획 및 이용에 관한 특례) ⑨ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제8조 제2항, 같은 조 제4항 제4호, 제30조 제3항 단서, 제31조 제2항 단서, 제39조 제1항 본문, 제43조 제1항 단서, 제49조 제2항, 제51조 제1항 제10호, 같은 조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 제1호ㆍ제2호, 제52조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제8호, 같은 조 제2항ㆍ제3항, 제56조 제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항 단서, 같은 조 제4항 제3호, 제57조제2항ㆍ제4항, 제58조 제1항 제1호, 같은 조 제3항, 제59조 제1항(대통령령으로 정하는 행위에 한정한다), 같은 조 제2항 제6호, 같은 조 제3항 전단, 제60조 제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항, 제62조 제1항 본문, 제67조 제1항 제3호, 같은 조 제2항ㆍ제4항ㆍ제5항, 제68조 제2항 단서, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 제2호, 같은 조 제6항 제2호, 같은 조 제7항, 제69조 제1항ㆍ제5항, 제70조 제2항 단서, 같은 조 제3항, 제76조 제1항ㆍ제2항, 같은 조 제5항 제1호, 제77조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 제78조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항부터 제5항까지, 제81조 제1항, 같은 조 제2항 제1호부터 제3호까지, 같은 조 제6항, 제85조 제1항, 같은 조 제5항 단서, 제88조 제1항ㆍ제2항, 같은 조 제4항 단서, 같은 조 제5항, 제98조 제1항, 제113조 제1항 제4호, 같은 조 제2항 제4호, 같은 조 제3항, 제113조의2 본문ㆍ단서, 제113조의3 제1항 제4호, 제114조 제2항에서 대통령령 또는 국토교통부령으로 정하도록 한 사항은 도조례로 정할 수 있다.
(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제57조(개발행위에 대한 도시계획위원회의 심의 등) ④ 관계 행정기관의 장은 제1항 각 호의 행위를 법에 따라 허가하거나 다른 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인 또는 협의를 하고자 하는 경우에는 법 제59조 제1항에 따라 다음 각 호의 구분에 따라 중앙도시계획위원회 또는 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다.
1. 중앙도시계획위원회의 심의를 거쳐야 하는 사항
2. 시ㆍ도도시계획위원회 또는 시ㆍ군ㆍ구도시계획위원회 중 대도시에 두는 도시계획위원회의 심의를 거쳐야 하는 사항
3. 시ㆍ군ㆍ구도시계획위원회의 심의를 거쳐야 하는 사항
(5) 제주특별자치도 도시계획 조례 제23조(개발행위허가의 규모) ① 제주특별법 제406조 제9항 및 법 제58조 제1항 제1호에 따른 개발행위의 규모는 다음 각 호에 해당하는 토지의 형질변경면적으로 한다.
1. 도시지역
1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 목적으로 하는 토지의 형질변경으로서 그 면적이 제23조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 규모 이상인 경우. 다만, 제23조 제3항 제6호 및 제7호에 따라 도시계획위원회의 심의를 거치는 토지의 형질변경의 경우는 제외한다.
(6) 개발행위허가운영지침(2019.8.29. 국토교통부훈령 제1218호 개정된 것) 제3장 개발행위허가기준 제1절 개발행위허가의 규모 3-1-1. 개발행위허가의 규모
(1) 토지의 형질변경을 하는 경우 다음의 면적(개발행위시기에 관계없이 기존 대지를 확장하는 경우에는 그 기존 대지의 면적을 포함한다. 다만, 확장면적이 기존 대지 면적의 100분의5 이하 이고 용도지역별 개발행위허가 규모 이하인 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 2회 이상 확장할 때에는 누적면적을 기준으로 한다) 이상으로 개발할 수 없다. 관리지역·농림지역에 대하여는 아래의 ② 및 ③의 면적 범위에서 도시·군계획조례로 면적을 따로 정할 수 있다.(영 제55조 제1항)
① 도시지역 주거지역·상업지역·자연녹지지역·생산녹지지역: 1만제곱미터 공업지역: 3만제곱미터, 보전녹지지역: 5천제곱미터