투자목적회사가 주식회사로의 변경으로 인해 법인등기부상 자본금을 등록하는 경우, 쟁점등기는 「지방세법」 제28조 제1항 제6호 바목의 법인등기에 해당한다고 보아야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2023지3695

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2022.1.28. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 흡수합병한 존속법인으로, 쟁점법인은 2021.11.8. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따른 투자목적회사에서 상법에 따른 주식회사로 전환하여 자본금의 총액을 등기(이하 “쟁점등기”라 한다)한 후 지방세법 제28조 제2항 제1호에 따른 세율을 적용하여 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2023.1.12. 쟁점등기는 지방세법 제28조 제1항 제6호 가목에서 규정한 설립과 납입, 자본증가 또는 출자증가에 따른 등기에 해당하지 아니하므로 이를 지방세법 제28조 제1항 제6호 바목에 따른 그 밖의 등기로 보아야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.3.7. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점법인이 투자목적회사의 지위를 상실하여 상법에 따라 발행주식총수 및 자본금을 등기한 사실은 새로운 법인격의 창설로 보기 어렵고, 유상감자 및 투자목적회사의 지위 상실 전후로 법인등록번호가 변경되지 아니하는 등 관련 법률의 적용이 변경되어 유상감자 이후 자본금 등을 법인등기부등본에 등기하였을 뿐 최초 설립 이후 주식회사로서 동일한 법인격을 유지하고 있는바, 새로운 법인격의 창설을 요건으로 하는 ‘영리법인의 설립과 납입’에 해당하지 않는다. 또한 쟁점법인의 자본증가는 2016년 설립 당시 이루어진 것으로, 2021.11.8. 자본금에 대한 변경등기는 유상감자 후 변경등기를 한 것일 뿐 지방세법상 ‘자본의 증가’라는 등기의 원인이 발생하지 않았고, 실질적으로 등록면허세의 과세표준이 되는 납입한 금액 또는 출자가액 자체가 존재하지 아니하며, 단순 표시하지 않고 있던 자본금이 드러나는 것에 불과하다. 따라서 쟁점등기를 지방세법 제28조 제1항 제6호 가목의 ‘설립과 납입’이나 ‘자본증가 또는 출자증가’로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제28조 제1항 제6호에서 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립시 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4를 등록면허세로 납부하도록 규정하고 있고, 등록면허세는 외형적으로 정당한 절차에 의하여 등기·등록을 한 형식적 요건을 갖추면 납세의무가 성립되는 조세로, 재산권 등 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 경우 등기라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기를 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와 관계없는 것인바, 이와 같은 등록면허세의 성격을 감안하면 청구법인은 2016.7.28. 설립당시 자본시장법에 따라 자본금의 금액 및 발행주식의 총수, 그 종류와 각종 주식의 내용과 수를 법인등기부등본에 등재하지 아니하여 등록면허세를 신고⸳납부하지 아니하였으나, 2021.11.8. 법인등기부등본에 자본금 OOO원을 등재한 것으로 나타나 과세요건이 성립하였고, 이에 대해지방세법 제28조 제1항 제6호 가목 2)의 자본증가 또는 출자증가에 따른 세율을 적용하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 투자목적회사가 주식회사로의 변경으로 인해 법인등기부상 자본금을 등록하는 경우, 쟁점등기는 지방세법 제28조 제1항 제6호 바목의 법인등기에 해당한다고 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1960.2.1. 트랙터, 콤바인 등의 농업용 기계 및 염초용 필터 제주 및 판매를 목적사업으로 하여 B 주식회사라는 상호로 설립된 후 2021.3.29. 상호를 주식회사 OOO으로 변경하였다. (나) 쟁점법인의 법인등기부등본을 살펴보면, 쟁점법인은 2016.7.28. 서울특별시 종로구 OOO을 본점 주소지로 하여 설립되었고, 자본시장법 제249조의13 및 제249조의22 제3항에 의한 투자목적회사로서, 재무구조개선기업(D 주식회사)이 발행한 증권의 매매, 재무구조개선기업이 채무자인 대출채권 등 채권, 이에 수반되는 담보권, 그 밖의 권리의 매매, 재무구조개선기업이 보유하고 있는 부동산, 영업권 등 경제적 가치가 있는 자산의 매매 등을 사업으로 하는 것으로 기재되어 있다.

1. 청구법인은 2016.7.28. 쟁점법인에 출자금 OOO원을 납입하여 설립한 후 이에 대한 등록면허세를 납부하였다.

2. 청구법인은 2016.9.8. 쟁점법인에 추가로 OOO원을 출자(지분율 27.1%)하였고, C회사(이하 “C”라 한다)는 쟁점법인에 OOO원을 출자(지분율 72.9%)하였으나, 쟁점법인은 자본시장법 제249조의13 제6항에 따라 투자목적회사 설립 등기에 관한 특례 규정에 따라 법인등기부등본상 자본금의 액과 발행주식의 총수 등을 기재하지 아니하였고, 2016.9.9. 기 등록된 자본금 OOO원에 대한 말소등기를 하였으며, 등록면허세 등을 신고·납부하지 아니하였다.

3. 청구법인과 C는 2016.9.9. 공동으로 쟁점법인이 새로이 발행하는 주식을 인수하는 방식으로 D 주식회사에 공동으로 투자하는 것을 내용으로 하는 주주간계약서를 체결하였다. (다) 쟁점법인은 2021.11.1. C가 보유한 쟁점법인의 지분 72.9%(430억원)에 대하여 주당 OOO원에 유상감자하였고, 이에 따라 쟁점법인은 자본시장법에 따른 투자목적회사의 지위를 상실하여 상법상 주식회사로 변경되었다. (라) 쟁점법인의 법인등기부등본에서 쟁점법인은 2021.11.8. 사업목적을 경영자문 및 컨설팅업 등으로 변경하고, 자본금의 액을 OOO원으로 등기한 것으로 나타나고, 같은 날 쟁점법인은 등록면허세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. (마) 쟁점법인은 청구법인과의 합병으로 2022.2.4. 해산등기되었다.

(2) 지방세법 제28조 제1항 제6호 가목에서 영리법인의 설립 등에 대해서는 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4를 등록면허세율로 규정하고 있고, 같은 호 바목에서 그 밖의 등기는 건당 OOO원을 부과하도록 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점등기의 실질이 법인을 설립하거나, 자본을 증자하기 위한 등기신청에 해당하지 아니하여 지방세법 제28조 제1항 제6호 가목이 아닌 지방세법 제28조 제1항 제6호 바목의 그 밖의 등기에 해당한다고 보아야 한다는 주장이나, 등록면허세는 등기 또는 등록이란 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 해당 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로, 쟁점법인은 자본시장법에 따른 투자목적회사의 지위를 상실하여 주식회사로 변경되어 자본금을 법인등기부등본에 기재하기 위하여 등기를 신청한 점, 쟁점법인의 등기부등본에서 2021.11.8. 발행주식의 총수와 자본금의 액을 160,000,000주와 OOO원으로 변경하여 등기를 한 사실이 확인되는 점, 또한 자본시장법 제249조의13 제6항에서 그 제1항 각 호의 요건을 모두 충족하는 투자목적회사에 해당하는 경우에는 상법 제317조 제2항 제2호ㆍ제3호를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 투자목적회사가 당초 목적사업을 달성한 후 해산하지 아니하고 목적사업을 변경하여 주식회사로 전환하는 경우 외관상으로는 법인설립의 형식을 취하지 않았다 하더라도 처음부터 법인을 설립하여 등록면허세를 납부하는 자와의 조세형평 측면에서 사실상 새로운 법인을 설립한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것인 점 등에 비추어 쟁점등기가 지방세법 제28조 제1항 제6호 바목의 등기에 해당한다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.

• 가. 광업권ㆍ어업권 및 양식업권의 취득에 따른 등록
• 나. 제15조 제2항 제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록
• 다. 지방세기본법 제38조에 따른 취득세 부과제척기간이 경과한 물건의 등기 또는 등록
• 라. 제17조에 해당하는 물건의 등기 또는 등록 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

• 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2. 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

• 바. 그 밖의 등기: 건당 4만2백원

(2) 지방세법 시행령 제43조(법인등기에 대한 세율) ① 법 제28조 제1항 제6호 나목 1) 2)외의 부분에 따른 비영리법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다.

1. 민법 제32조에 따라 설립된 법인

2. 사립학교법 제2조 제2호에 따른 학교법인

3. 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인[주주(株主)ㆍ사원ㆍ조합원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다]

② 법인이 본점이나 주사무소를 이전하는 경우 구(舊) 소재지에는 법 제28조 제1항 제6호 바목에 따라, 신(新) 소재지에는 같은 호 라목에 따라 각각 법 제3장 제2절의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)를 납부하여야 한다.

③ 법인이 지점이나 분사무소를 설치하는 경우 본점 또는 주사무소 소재지에는 법 제28조 제1항 제6호 바목에 따라, 지점 또는 분사무소의 소재지에는 같은 호 마목에 따라 각각 등록면허세를 납부하여야 한다.

④ 법 제28조 제1항 제6호 바목에 해당하는 등기로서 같은 사항을 본점과 지점 또는 주사무소와 분사무소에서 등기하여야 하는 경우에는 각각 한 건으로 본다.

⑤ 상법 제606조에 따라 주식회사에서 유한회사로 조직변경의 등기를 하는 경우 또는 같은 법 제607조 제5항에 따라 유한회사에서 주식회사로 조직변경의 등기를 하는 경우에는 법 제28조 제1항 제6호 바목에 따른 등록면허세를 납부하여야 한다.

(3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2021.4.20. 법률 제18128호로 일부개정된 것) 제249조의13(투자목적회사) ① 사모집합투자기구는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 투자목적회사의 지분증권에 투자할 수 있다.

1. 상법에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

2. 특정 법인 또는 특정 자산 등에 대한 효율적인 투자를 목적으로 할 것

3. 그 주주 또는 사원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하되, 가목에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상일 것

• 가. 사모집합투자기구 또는 그 사모집합투자기구가 투자한 투자목적회사
• 나. 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주
• 다. 그 밖에 투자목적회사의 효율적 운영을 위하여 투자목적회사의 주주 또는 사원이 될 필요가 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자

4. 그 주주 또는 사원인 사모집합투자기구의 투자자 수와 사모집합투자기구가 아닌 주주 또는 사원의 수를 합산한 수가 100인 이내일 것

5. 상근임원을 두거나 직원을 고용하지 아니하고, 본점 외에 영업소를 설치하지 아니할 것

② 투자목적회사에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 없으면 상법의 주식회사 또는 유한회사에 관한 규정을 적용한다.

③ 투자목적회사는 차입을 하거나 투자대상기업 또는 투자대상기업과 관련된 타인을 위하여 채무보증을 할 수 있다. 이 경우 차입금액과 채무보증액의 합계는 대통령령으로 정하는 한도를 초과하지 못한다.

④ 투자목적회사 재산의 투자비율 산정방식과 그 밖에 투자목적회사 재산의 운용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 투자목적회사에 관하여는 제242조, 제249조의11 제3항, 제249조의12 제4항ㆍ제6항 및 제249조의18을 준용한다.

⑥ 상법 제317조 제2항 제2호ㆍ제3호 및 제549조 제2항 제2호는 투자목적회사에는 적용하지 아니한다.

(4) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2021.10.21. 대통령령 제32091호로 일부개정된 것) 제271조의19(투자목적회사) ① 법 제249조의13 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 50을 말한다.

(5) 상법 제317조(설립의 등기) ①주식회사의 설립등기는 발기인이 회사설립시에 발행한 주식의 총수를 인수한 경우에는 제299조와 제300조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터, 발기인이 주주를 모집한 경우에는 창립총회가 종결한 날 또는 제314조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터 2주간내에 이를 하여야 한다

② 제1항의 설립등기에 있어서는 다음의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제289조 제1항 제1호 내지 제4호, 제6호와 제7호에 게기한 사항

2. 자본금의 액

3. 발행주식의 총수, 그 종류와 각종주식의 내용과 수 제543조(정관의 작성, 절대적 기재사항) ① 유한회사를 설립함에는 사원이 정관을 작성하여야 한다.

② 정관에는 다음의 사항을 기재하고 각 사원이 기명날인 또는 서명하여야 한다.

1. 제179조 제1호 내지 제3호에 정한 사항

2. 자본금의 총액

3. 출자1좌의 금액

4. 각 사원의 출자좌수

5. 본점의 소재지 제549조(설립의 등기) ① 유한회사의 설립등기는 제548조의 납입 또는 현물출자의 이행이 있은 날로부터 2주간 내에 하여야 한다.

② 제1항의 등기에서 다음 각 호의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제179조 제1호ㆍ제2호 및 제5호에 규정된 사항과 지점을 둔 때에는 그 소재지

2. 제543조 제2항 제2호와 제3호에 게기한 사항