[요지] 쟁점토지상에 건축물 신축을 위한 진지한 노력을 다하는 등 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하여 쟁점토지는 취득세 등의 추징대상이 된 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 쟁점토지상에 건축물 신축을 위한 진지한 노력을 다하는 등 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하여 쟁점토지는 취득세 등의 추징대상이 된 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2016지0942
[주 문] OOO이 2023.2.27. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2020.10.5. 농림축산식품부로부터 직매장 지원사업에 선정되어 로컬푸드직매장 건축을 위한 컨설팅을 받고, 가설계 및 조감도 작성 등을 진행하여 2021.2.3. OOO로부터 2021년 직매장 지원사업 보조금 교부결정 및 교부통지를 받았다. 이후 청구법인은 2021.9.9. 로컬푸드직매장 보조사업 자부담금 OOO원을 지출하였다. 이후 청구법인은 농산물종합유통센터 및 로컬푸드직매장 신축 계획안을 작성하고 2021.5.4. 쟁점토지를 취득하였으며, 2021.6.29. 건축물 건립을 위한 설계용역계약을 체결하였고, 2022.3.28. 종합유통센터 신축공사 입찰공고를 하였으며, 2022.3.30. OOO로부터 건축허가 통지를 받았고, 2022.4.13. 종합유통센터신축공사 계약을 체결한 후 2022.4.25. 신축공사를 착공하였다. 그리고 2022.10.6. OOO로부터 건축물에 대한 임시 사용승인 통지를 받아 건축물을 사용 중이다(농산물종합유통센터 건물들 중 일부인 창고건물만 건설된 상태임). 청구법인은 직매장 사업선정 이후 건축행위를 위한 제반 업무를 진행해 왔으나, OOO의 2021년 관련 예산 미반영으로 인하여 사업을 착수하지 못하였고, 2021.7.6. OOO시로부터 국비, 도비를 선집행하라는 공문을 수신하여 보조금 교부 신청을 하였으나 보조금 교부는 이루어지지 않았으며, 2021년 말 추경에 관련 예산이 반영되어 2022.2.8. 보조금을 교부받아 사업을 진행할 수 있게 되었다.
(2) 처분청은 보조금 지급 대상인 로컬푸드직매장 건축은 전체 사업의 일부에 불과하다는 의견이나, 청구법인이 진행하는 본 사업은 ‘농산물종합유통센터’와 ‘로컬푸드직매장’을 동시에 건립해야 OOO 및 농민 조합원의 편익을 극대화할 수 있다. 또한 OOO농협농산물종합유통센터 건립사업은 청구법인이 농협중앙회로부터 승인받은 사업계획 및 예산 내에서 추진되는 사업으로, 건축물 규모, 배치, 동선 등 전체 건축물 레이아웃을 고려할 때 로컬푸드직매장 건립만을 분리해서 추진할 수 없는 사업이므로 보조금이 확정되어야만 착공을 할 수 있는 상황이었다. 즉, 청구법인의 건축물 착공은 시의 자체 보조금을 확보하지 못한 처분청의 귀책으로 지연된 것이다.
(3) 이 건 농산물종합유통센터 및 로컬푸드직매장 건립과 같은 대규모의 건축물을 건립하기 위해서는 각종 제반준비 및 설계와 건축 인허가, 공사업체 선정 등에만 최소 10개월 정도 소요되고, 착공하는 데 최소 1년이 소요되는 것이 일반적이다. 따라서 청구법인은 먼저 창고시설만이라도 건립하기 위해 2022.3.30. 처분청으로부터 건축허가를 받고, 2022.4.25. 착공하여 2022.10.6. 임시사용승인을 받았다. 이러한 사정을 감안하면 청구법인이 창고시설을 착공한 시점을 청구법인이 고유업무에 직접 사용한 시점으로 보는 것이 타당하다.
(1) 청구법인은 2017년 11월 쟁점토지의 매매계약을 체결한 이후부터 2020년 9월 직매장 지원사업에 신청하기 전까지 2년 10개월의 기간 동안 쟁점토지의 직접 사용을 위해 노력하였다고 볼만한 자료 등을 제출하지 아니하였다. 농림축산식품부의 직매장 지원사업은 2개년도에 걸쳐 진행되는 사업으로 2022년 준공이 이행조건이고, 청구법인은 쟁점토지에서 2021년에 가설건축물을 설치한 후 2021년 12월까지 농산물 직거래 장터를 운영한 점 등으로 보아 취득세 감면 유예기간인 2022.5.4.까지 직매장이 준공되지 않을 것을 염두에 둔 상태에서 사업을 추진한 것으로 보인다. 그리고 청구법인이 건축허가를 받은 농산물종합유통센터의 규모는 4개 건물(A～D동, 총 연면적 7,842.31㎡)인데, 보조금 지급이 지연된 로컬푸드직매장(D동)의 연면적은 988.61㎡로 전체 연면적의 13%에 지나지 않으며, 청구법인이 농산물종합유통센터 건립을 위하여 계획한 투자금액은 총 OOO원인데, 로컬푸드직매장에 대한 보조금 규모는 OOO원으로 전체 사업비의 5%에 불과하다. 그리고 로컬푸드직매장에 대한 보조금 OOO원 중 2021년도 보조금은 OOO원(2022.3.11. 교부), 2022년도 보조금은 OOO원으로, OOO원의 보조금 교부 지연을 쟁점토지를 직접 사용하지 아니한 정당한 사유로 보기는 어렵다.
(2) 청구법인이 제출한 사업추진 경과내역을 살펴보면 청구법인은 2017.11.16. 쟁점토지 매매계약을 체결하였고, 이 시점부터 사업추진 계획 수립이 가능하였을 것인바, 이 건 취득세 감면 유예기간인 2022.5.4.까지 약 4년 5개월 이상의 기간이 있었음에도 직접 사용을 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 만한 증빙이 제출되지 아니하였다. 당초 로컬푸드직매장 건물(D동)은 청구법인이 165㎡ 면적의 샵인샵 매장으로 계획하였고, 2020.10.7. 보조금 지원사업에 선정됨에 따라 규모를 988.61㎡로 설계 변경을 신청하였으나 관련 부서에서 2021.4.1. 설계 변경이 불가하다는 회신을 받는 등 청구법인의 독단적인 결정에 따라 설계 착수가 늦어진 것이다. 또한 청구법인은 2020년 10월 보조사업자 선정 후 8개월이 지난 시점인 2021.6.29.에서야 설계에 착수하였고, 2021.10.15. 정기이사회에서 사업규모 등을 결정하는 안건이 부결되었는데, 이 때 영농자재백화점, 유통센터 규모의 축소 등 전반적인 재검토 결정이 이루어짐에 따라 청구법인 내부 사정으로 설계가 변경되었음을 확인할 수 있다. 이후 2021.12.6. 청구법인의 대의원총회에서야 사업계획 승인이 된 점으로 보아 보조금 지급이 정상적으로 이루어졌다 하더라도 사업 추진이 불가능한 상황이었을 것으로 판단된다.
(3) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다. 청구법인은 감면 유예기간인 2022.5.4.에 임박하여 2022.4.27. 일부 건축물을 착공하였으나, 대법원 은 ‘건축의 착공 행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하기에 건축물에 대한 사용승인을 받은 날부터 해당 토지를 직접 사용했다고 볼 수 있다(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43753 판결, 대법원 2014.8.11. 선고 2014두7749 판결)’는 입장인바, 착공 시점에 쟁점토지를 직접 사용한 것으로 보아 감면을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 제출한 청구법인의 2021년 10월 정기이사회 결의록에 따르면, 농산물종합유통센터의 사업별 고정투자금액 예상액은 ＜표2＞와 같고, 로컬푸드직매장에 대하여는 보조금이 배정되어 있으나, 농산물종합유통센터는 보조금 없이 청구법인의 자체 재원으로만 건립을 진행한 것으로 보인다. ＜표2＞ 청구법인의 농산물종합유통센터 사업별 고정투자금액 예상액 OOO (나) 청구법인의 쟁점토지 취득 및 농산물종합유통센터 건립사업 추진 과정은 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점토지 취득 및 농산물종합유통센터․로컬푸드직매장 건립사업 추진 과정 OOO (다) 청구법인의 2021.11.17. 임시이사회 결의록에 따르면, 이사회는 2021년 10월 정기이사회에서 제출되었던 원안(＜표2＞에 기재)의 규모 그대로 사업을 추진하기로 결정하였고, 그 세부 사업규모(안)은 ＜표4＞와 같으며, 사업규모(안) 하단에 ‘로컬푸드OOO 건물은 국가 보조금사업으로 사업지침에 따라 별도 건립’이라고 명시하고 있다. ＜표4＞ 청구법인의 농산물종합유통센터 세부 사업규모(안) OOO (라) 청구법인이 유선 상으로 소명한 바에 따르면, 2022.6.29. OOO부 담당자와의 회의에서 담당자가 본청사와 로컬푸드직매장을 하나의 건물에서 운영할 것을 요청하였고, 이에 청구법인은 본청사(C동)과 로컬푸드직매장(D동)의 건물을 하나의 건물(C동)으로 통합하는 것으로 설계를 변경하였다. ＜그림＞ 농산물종합유통센터 배치도
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(2) 이상의 사실관계 및 관련법률 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다)이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2023년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 위 조항에 규정된 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2022.9.4. 선고 2001두229판결 등 다수, 같은 뜻임). 또한, 유예기간 내에 건축물 등의 건축공사에 착공하였다 하더라도 그것만으로는 그 토지를 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없으나, 유예기간 내에 건축물의 건축공사에 착공하여 정상적으로 건축물을 완공하고, 그 고유 용도로 사용하였다면 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다(조심 2016지942, 2016.12.22. 같은 뜻임). 청구법인은 유예기간 만료일(2022.5.4.) 이전인 2022.4.27. 창고시설 및 농산물집하장인 A, B동의 건축공사를 착공하였고, A동은 2022.10.6. 사용승인 되어 현재 사용중인 것으로 보이는 점, 청구법인은 2021.5.4. 쟁점토지를 취득한 후 2021.6.29. 설계용역 계약체결, 설계 실시, 2022.3.3. 설계완료 및 건축허가 신청, 2022.4.27. 건축물(A․B동) 건축공사 착공, 2022.5.30. 건축물(C동) 건축허가 신청, 2022.9.30. 건축물 임시사용승인 등을 받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 2021.5.4. 쟁점토지를 취득한 후 그로부터 1년 이내인 2022.4.27. 건축물 건축공사를 착공하였고 쟁점토지상에 건축물 신축을 위한 진지한 노력을 다하는 등 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하여 쟁점토지는 취득세 등의 추징대상이 된 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.