쟁점부동산의 취득에 대하여 종전규정에 따라 최소납부세제를 배제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO 일원에서 주택재개발정비사업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 2010.4.27.에 조합설립인가를 받아 주택재개발정비사업을 시작하였고, 2013.11.26. 사업시행계획 인가 후 재개발정비사업을 진행하여 2021.1.27. 준공인가를 받았으며, 2022.3.25. 체비지로 일반분양 공동주택 620세대(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후 지방세특례제한법 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) 제1항 및 같은 법 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 제1항 규정에 따라 100분의 85의 감면율을 적용하여 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2023.1.31. 청구법인이 취득한 쟁점부동산에 대하여 지방세특례제한법 제177조의2에서 규정하는 최소납부세제가 적용되지 않는다는 이유로 기납부한 취득세 등 전액을 환급할 것을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2023.3.21. 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2020.1.1. 이전에 사업시행계획인가를 받았으므로 지방세특례제한법의 부칙(법률 제16865호, 2020.1.15.) 제5조에 따라 쟁점부동산의 취득과 관련하여 구 지방세특례제한법 제74조 제1항이 적용되는 것이고, 위 규정에 따를 경우 쟁점부동산은 취득세 면제대상이다. 한편, 행정안전부에서 2021년 1월에 배포한 ‘2021년 시행 지방세특례제한법 개정내용 및 적용요령’에 따르면, 지방세특례제한법 제74조 제1항 취득세 면제규정은 2020년부터 최소납부세제 적용 대상이나 지방세특례제한법 개정(20년) 적용요령 안내 당시 최소납부세제 미적용 대상으로 안내(지방세특례제도과-105호, 2020.1.15.)한 바 있어, 통일적 운영을 위해 재안내가 필요하다고 되어 있는바, 이와 같은 사정을 고려하면 쟁점부동산 취득과 관련한 취득세는 최소납부세제 적용 대상에 해당하지 않으므로 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 행정안전부에서 2021년 1월에 배포한 ‘2021년 시행 지방세특례제한법 개정내용 및 적용요령’에 따라 지방세특례제한법 제74조 제1항의 규정은 2020년부터 최소납부세제 적용 대상이 아니므로 기 신고납부한 취득세 등에 대하여 전액 면제하여 줄 것을 주장하고 있으나, 먼저 최소납부세제와 관련한 입법취지는 지방세특례제한법에 따른 취득세 또는 재산세 면제 규정에도 불구하고 100분의 15에 해당하는 부과율을 적용함으로써 수익자가 최소의 비용을 지불하도록 하는 세부담의 형평성을 증진하려는 조세 개세주의의 취지로서, 행정안전부에서 배포한 ‘2020년 및 2021년 시행 지방세특례제한법 적용요령’의 최소납부세제 미적용은 환지계획 등에 따른 부동산 취득에 대해서만 해당하고, 청구법인과 같은 ‘사업시행자가 취득하는 체비지’는 해당하지 않는 것으로 상세히 안내하고 있다. 또한 지방세기본법 제34조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무 성립일에 대하여 해당 과세물건을 취득하는 때로 규정하고 있어 취득세를 부과하는 경우 해당 과세물건을 취득하는 때 시행중인 지방세 법령을 따라야 할 것인바, 쟁점부동산은 2016.1.1.부터 시행된 지방세특례제한법 법률 제13637호 부칙 규정에 따라 재개발사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 관리처분계획에 따라 취득하는 체비지로서 15%의 최소납부세제 세율 적용 대상이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 취득에 대하여 종전규정에 따라 최소납부세제를 배제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2013.11.26. 사업시행계획 인가 후 주택재개발정비사업을 진행하였고, 2022.3.25. 쟁점부동산을 취득한 후 취득세 등을 신고․납부하였다. (나) 행정안전부의 ‘2020년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령’ 및 ‘2021년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령’의 주요 내용은 ＜표＞와 같다. ＜표＞ ‘2020년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령’, ‘2021년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령’의 주요 내용 〈2020년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령〉

○ 재개발사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 등에 따른 부동산에 대하여 취득세를 면제(74①)하나,

○ 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액에서 종전 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 해당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하는 것은 취득세 과표공제 성격으로서 최소납부세제 적용대상에 해당하지 않으나,

○ 다만, 체비지 및 보류지는 ‘20년부터 최소납부세제 적용대상임 〈2021년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 및 적용요령〉

○ 환지계획 등에 따른 부동산 취득세 면제 규정(§74①)은 ‘과표공제’ 취지로서 천재지변 등 대체취득의 경우 최소납부세제 미적용 대상이나,

○ 주거환경개선이나 재개발에 따른 취득의 경우 전체 가액에 대한 면제규정으로 최소납부세제 적용대상임

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 행정안전부에서 2021년 1월에 배포한 ‘2021년 시행 지방세특례제한법 개정내용 및 적용요령’에 따라 지방세특례제한법 제74조 제1항의 규정에 따라 취득세가 면제되는 경우 최소납부세제 적용 대상이 아니므로 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 부칙 제17조 제1항은 2020.1.1. 전에 도시 및 주거환경정비법제50조에 따라 사업시행계획 인가를 받은 자는 종전감면규정(지방세특례제한법 제74조)에 따라 감면이 적용된다고 규정하고 있을 뿐 최소납부세제의 적용을 배제한다고 규정하고 있지 아니한 점, 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 부칙 제5조 제3호는 제74조 제1항에 따라 취득세를 면제받는 경우에는 2020년 1월 1일부터 최소납부세제를 적용하도록 규정하고 있고, 청구법인은 위 법 개정 이후 쟁점부동산의 사용승인을 받고, 쟁점부동산을 취득한 것으로 나타나는 점, 행정안전부에서 배포한 ‘2020년 및 2021년 시행 지방세특례제한법 적용요령’의 최소납부세제 미적용은 환지계획 등에 따른 부동산 취득에 대해서만 해당하고, 체비지 및 보류지의 취득에 대하여는 2020년부터 최소납부세제 적용대상에 해당하는 것으로 안내하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2022.3.25. 취득한 쟁점부동산은 지방세특례제한법 제177조의2 규정에 따른 최소납부세제의 적용대상으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과 도시 및 주거환경정비법 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 도시 및 주거환경정비법등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 부칙(법률 제16865호, 2020.1.15.) 제5조(도시개발사업 등에 대한 감면에 관한 적용례) ① 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정은 도시개발법 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업 또는 도시 및 주거환경정비법 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업으로서 2020년 1월 1일 이후 도시개발법 제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나 도시 및 주거환경정비법 제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받는 사업부터 적용한다. 제17조(도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치) ① 2020년 1월 1일 전에 도시개발법 제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나 도시 및 주거환경정비법 제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법에 따른 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 도시 및 주거환경정비법등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감율이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제2항, 제35조의2, 제37조, 제38조 제3항, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제43조, 제50조, 제55조, 제57조의2, 제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제65조, 제66조, 제68조 제2항, 제73조, 제74조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제79조, 제80조, 제81조, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조, 제88조 제1항 및 제92조에 따른 감면

(4) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정된 것) 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면 부칙(법률 제13637호, 2015.12.29.) 제5조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례) 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

3. 제74조 제1항ㆍ제2항: 2020년 1월 1일