2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 법률을 적용하여 2016사업연도 법인지방소득세 산출시 「조세특례제한법」제121조의2 제1항에 따른 외국인투자에 대한 감면세액 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016사업연도(2016.4.1.∼2017.3.31.) 법인지방소득세를 법정기한 내에 신고하면서 조세특례제한법제121조의2 제1항에 따른 외국인 투자에 대한 법인세 감면세액 상당액을 공제하지 아니하였다.
• 나. 청구법인은 외국인 투자에 대한 법인세 감면세액의 10% 상당액 OOO원(이하 “쟁점세액감면액”이라 한다)을 2016사업연도 법인지방소득세 계산시 기납부세액에서 차감하여야 한다는 취지로 ＜별지1＞과 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 ＜별지1＞과 같이 이의신청을 거쳐 2023.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 외국인투자촉진법에 따른 외국인투자기업으로 등록하여 OOO시장으로부터 외국인투자지역(개별형)으로 지정받아 기획재정부로부터 조세감면결정통보를 받았고, 2016사업연도 법인지방소득세 신고시 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것, 이하 “개정 후 법률”이라 하고, 2014.1.1. 개정 전 법률을 이하 “종전 법률”이라 한다)에 따라 쟁점세액감면액을 차감하지 아니하였다. 개정 후 법률 부칙 제15조에서는 종전 법률에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 개정 전 조세특례제한법 제121조의2 및 제121조의4 등의 규정도 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서, 이를 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있는 바, 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면에 관한 규정에 해당한다(대구지방법원 2023.2.9. 선고, 2020구합 26897 판결, 같은 뜻임)고 볼 수 있다. 또한 쟁점 부칙의 경과 규정상 ‘종전 규정’은 반드시 동일한 지방세법 내에서 존재하는 감면 규정만 의미한다고 보기 어렵고, 종전 법률에 따라 법인지방소득세를 산출하는 관련 법령으로 해석함이 타당하다 할 것이므로 처분청은 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 규정에 의거하여 청구법인에게 2016사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원을 환급하여야 함에도 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 개정 후 법률에서 법인지방소득세를 독립세 방식으로 전환하면서 소득세법·법인세법·조세특례제한법에 따른 지방소득세에 대한 세액공제, 감면 등 특례조항을 옮겨 규정하였으나, 법인지방소득세와 관련된 특례조항은 배제하여 법인에 대한 지방소득세 과세를 강화하였고, 개정 후 법률 제103조의22 제1항에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 규정하고 있으나 쟁점세액감면에 관하여는 별도로 정한바 없다. 청구법인은 쟁점세액감면에 관한 구조세특례제한법의 규정이 개정 후 법률 부칙 제15조의 ‘일반적 경과조치’에서 정한 종전 법률에 포함되는 것이라고 주장하나, 이는 소득세 또는 법인세에 관한 세액공제 및 감면 규정일 뿐 법인지방소득세에 관한 감면규정으로 볼 수 없다 할 것이고, 개정 전지방세법에서 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 관하여 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 아니하므로 개정 후 법률 부칙 제15조를 적용하지 않고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 법률을 적용하여 2016사업연도 법인지방소득세 산출시 조세특례제한법제121조의2 제1항에 따른 외국인투자에 대한 감면세액 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 외국인투자촉진법에 따른 외국인투자기업으로 등록하여 2013사업연도부터 2019사업연도까지 ＜표1＞에서와 같이 외국인투자에 대한 법인세 감면을 받았고, 2013사업연도 법인지방소득세를 신고하면서 종전 법률에 따라 외국인투자에 대한 법인세 감면 상당액을 법인지방소득세에서 공제하였으나 2014사업연도부터는 개정후법률에 따라 이를 적용하지 아니하였다. ＜표1＞ 사업연도별 법인세 감면세액 (단위: 원) OOO (나) 개정 후 법률의 개정 이유를 보면 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. ◇ 개정이유 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계하는 한편, 지방세 과세대상 간의 형평성을 제고하기 위하여 취득세 과세대상을 확대하고, 등록면허세의 정액 세율을 물가상승률 등을 감안하여 현실화하며, 신탁재산에 대한 재산세 납세의무자를 변경하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임. ◇ 주요내용

• 자. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 법인세법과 동일하게 하되, 표준세율을 별도로 정하고 지방자치단체의 조례로 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 함(제103조의19 및 제103조의20 신설).
• 차. 과세표준 및 세액의 확정신고ㆍ납부, 수정신고ㆍ납부, 결정과 경정, 수시부과, 징수와 환급, 특별징수의무, 가산세 등 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 부과ㆍ징수에 관한 사항을 법인세법에 준하여 규정함(제103조의23부터 제103조의30까지 신설). (다) 개정 후 법률 제103조의22에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다고 규정하고 있다. (라) 2014.1.1. 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면이나 이월세액공제를 적용할 수 있도록 규정하고 있으나, 법인지방소득세에 대해서는 별도로 규정된 바가 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 지방세법개정에도 불구하고 일반적 경과조치 또는 신뢰보호의 원칙 등에 따라 조세특례제한법제121조의2 제1항에 따른 외국인 투자에 대한 법인세 감면세액 상당액을 2016사업연도의 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다고 주장한다. 그러나 법인에 부과되는 지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 과세체계를 적용하게 된 점, 개정후법률 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에서는 법인지방소득세에 대하여 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데 조세특례제한법상 외국인 투자에 대한 법인세 감면에 대한 규정은 지방세법령에 명시되어 있는 것이 아니라서 일반적 경과조치의 적용대상에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 2014.1.1. 지방세법 개정 후에는 조세특례제한법에 따라 감면되는 세액을 법인지방소득세 산출세액에서 감면할 수 없다고 보는 것이 타당하므로 2016사업연도 법인지방소득세 산출세액에서 쟁점세액감면액을 공제해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 병합사건 내역 (단위: 원) OOO ＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정되기 전의 것) 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. (단서 생략) 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법 인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 법인세법 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. (각 호 생략)

③ 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 산출세액에서 다음 각 호의 법인지방소득세 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도에 대한 법인지방소득세로서 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다.

1. 제103조의22에 따른 해당 사업연도의 공제ㆍ감면세액

2. 제103조의26에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

3. 제103조의29에 따른 해당 사업연도의 특별징수세액 ＜부 칙＞ 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 지방세법 및 조세특례 제한법에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.

② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 안전행정부장관과 협의하여야 한다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

2. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업